genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71491956--71492339	48	8.0	48	94	1	642	30	27	6	35	1.82
71495016--71495170	42	3.7	42	85	1	211	30	25	14	30	1.94
71498492--71498639	51	2.9	51	92	2	253	27	25	14	33	1.94
71498675--71498774	24	4.0	24	81	10	128	24	24	15	37	1.93
71498663--71498781	52	2.3	52	89	0	193	26	25	14	34	1.94
71498663--71498778	24	4.4	26	77	15	123	25	25	13	34	1.93
71502477--71502545	30	2.3	30	92	0	120	21	21	33	23	1.97
71502865--71502912	20	2.4	20	100	0	96	20	27	35	16	1.94
71503256--71503282	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
71513002--71513123	37	3.3	37	92	0	199	22	31	19	26	1.98
71513225--71513439	49	4.4	49	97	0	412	29	32	9	28	1.88
71518305--71518477	46	3.7	46	72	13	165	23	19	26	30	1.98
71518302--71518472	93	1.8	93	89	0	270	23	19	27	29	1.98
71521286--71521520	40	6.2	40	83	9	250	21	28	23	26	1.99
71521432--71521520	31	2.8	32	94	5	153	20	28	21	30	1.98
71529447--71529696	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
71533222--71533392	27	6.3	27	81	0	198	35	18	20	25	1.95
71537168--71537366	27	7.4	27	81	4	215	35	15	19	30	1.92
71537168--71537365	54	3.7	54	83	2	238	35	15	19	29	1.92
71537168--71537366	80	2.5	80	86	3	256	35	15	19	30	1.92
71540814--71541011	51	3.9	51	94	1	344	28	25	14	31	1.94
71541035--71541130	28	3.6	27	78	14	110	27	21	14	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71541047--71541124	24	3.0	25	81	10	95	25	20	15	38	1.92
71547653--71547849	43	4.6	43	91	0	290	24	28	19	26	1.99
71551045--71551069	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
71553716--71553769	14	3.6	14	76	14	54	46	5	0	48	1.25
71563584--71563685	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
71565554--71565582	15	1.9	15	100	0	58	41	3	20	34	1.69
71568866--71568926	30	2.1	29	96	3	113	24	16	22	36	1.94
71579354--71579413	21	3.0	21	83	9	63	43	0	1	55	1.10
71582627--71582760	67	2.0	69	83	5	175	48	5	5	40	1.50
71590191--71590320	40	3.2	40	83	4	156	23	24	28	23	2.00
71593218--71593258	19	2.2	19	90	0	64	68	7	7	17	1.36
71599549--71599628	26	3.2	25	78	7	90	36	21	26	16	1.94
71608499--71608606	25	4.4	25	77	3	121	36	20	24	19	1.95
71608503--71608597	50	1.9	49	89	2	145	34	18	25	21	1.96
71611932--71611986	25	2.2	25	90	0	83	36	23	27	12	1.91
71614070--71614164	41	2.3	41	85	0	109	34	30	15	18	1.93
71617353--71617565	45	4.7	43	73	11	176	20	18	17	43	1.89
71619662--71619767	19	5.8	18	71	23	62	53	1	2	41	1.26
71621217--71621244	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
71625289--71625370	25	3.3	25	80	16	98	32	18	18	30	1.95
71625301--71625394	25	3.8	25	80	10	95	30	18	20	30	1.96
71625288--71625407	25	4.8	25	75	19	90	31	18	20	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71625288--71625394	50	2.1	50	83	6	137	31	18	19	29	1.96
71627242--71627358	43	2.7	43	82	0	126	36	22	15	25	1.93
71632888--71633099	40	5.3	40	80	2	194	25	25	22	26	2.00
71632888--71633099	80	2.7	80	80	2	230	25	25	22	26	2.00
71634594--71634637	19	2.4	19	84	3	54	70	4	6	18	1.27
71635224--71635391	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
71643597--71643697	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
71651541--71651641	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
71663554--71663583	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
71666420--71666580	47	3.4	47	97	0	304	26	30	11	31	1.92
71672075--71672102	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
71674071--71674141	29	2.4	29	100	0	142	29	15	28	26	1.96
71674071--71674201	29	4.5	29	84	3	106	26	16	31	25	1.97
71674234--71674260	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
71675666--71675884	29	7.5	30	90	6	333	26	25	13	34	1.93
71675666--71675884	59	3.7	59	93	3	345	26	25	13	34	1.93
71683526--71683683	29	5.5	29	87	9	207	27	25	13	32	1.94
71683526--71683683	30	5.5	30	86	11	204	27	25	13	32	1.94
71686392--71686492	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
71694344--71694444	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
71700197--71700356	43	3.7	43	79	5	137	23	17	25	33	1.96
71712275--71712461	92	2.0	91	94	1	329	30	8	22	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71717764--71717788	13	1.9	13	100	0	50	16	28	40	16	1.89
71720033--71720534	49	10.3	49	92	1	816	29	29	7	32	1.85
71720325--71720407	27	3.3	27	62	16	68	33	27	4	33	1.78
71720033--71720534	244	2.1	243	92	1	839	29	29	7	32	1.85
71723534--71723725	39	4.9	40	88	7	247	26	20	26	26	1.99
71723534--71723725	77	2.5	77	83	10	248	26	20	26	26	1.99
71724166--71724499	168	2.0	167	99	0	659	24	16	21	37	1.94
71725737--71725823	43	2.0	43	100	0	174	29	20	16	33	1.94
71732563--71732623	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
71737401--71737584	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
71737441--71737629	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
71746086--71746184	28	3.4	28	86	6	110	30	26	13	30	1.94
71747924--71747961	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
71748183--71748354	46	3.7	45	77	13	188	29	27	19	22	1.98
71748188--71748357	92	1.8	93	93	1	297	28	28	20	22	1.98
71748233--71748373	46	3.1	45	72	20	123	29	28	19	23	1.98
71755489--71755526	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
71755751--71755925	45	3.8	48	79	13	170	29	27	20	22	1.98
71755756--71755925	92	1.8	93	91	3	281	29	28	20	21	1.98
71760103--71760324	49	4.7	47	73	16	172	27	19	28	24	1.99
71761430--71761470	21	2.0	20	90	4	64	17	29	31	21	1.96
71764448--71764635	40	4.7	40	88	5	274	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71771485--71771614	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
71771485--71771652	40	4.2	40	79	4	153	22	27	24	25	2.00
71773558--71773764	40	5.2	39	81	5	202	25	25	22	26	2.00
71773558--71773762	80	2.6	81	83	3	238	25	25	22	25	2.00
71782803--71782978	40	4.4	40	80	7	196	25	22	26	25	2.00
71782803--71783014	80	2.7	80	81	5	227	25	22	26	25	2.00
71794377--71795374	70	13.5	76	85	11	1063	30	16	20	32	1.95
71794377--71795374	217	4.5	218	85	11	1295	30	16	20	32	1.95
71794377--71794965	147	4.1	140	92	4	980	32	15	20	31	1.94
71794397--71795374	147	6.7	142	81	14	788	30	16	20	32	1.95
71795088--71795116	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
71794965--71795191	91	2.6	86	83	7	285	24	19	21	34	1.96
71795103--71795452	72	4.7	72	89	5	472	30	16	19	32	1.95
71795765--71795863	44	2.2	45	80	3	103	38	17	15	29	1.90
71796175--71796245	35	2.0	35	94	0	124	18	46	9	25	1.79
71796646--71796713	15	4.6	14	67	25	50	61	19	5	13	1.51
71796643--71796715	32	2.3	32	83	6	96	63	19	5	12	1.48
71796969--71797018	11	4.5	11	82	9	57	0	56	0	44	0.99
71797534--71797590	2	30.0	2	81	10	57	40	0	7	52	1.28
71797750--71797784	2	17.5	2	87	0	52	45	2	2	48	1.32
71804554--71804652	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
71805965--71806068	40	2.6	40	75	1	102	25	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71808784--71808819	13	2.8	13	91	0	54	30	27	33	8	1.86
71822960--71823113	54	2.9	53	75	7	134	30	25	24	18	1.98
71830862--71830906	24	1.9	23	100	0	81	51	4	26	17	1.65
71832863--71833070	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
71832889--71833070	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
71837443--71837591	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
71837484--71837591	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
71845402--71845586	40	4.7	39	84	10	225	25	28	22	24	1.99
71845370--71845586	79	2.7	78	82	12	266	24	27	22	25	2.00
71845593--71845631	20	1.9	21	89	5	62	43	23	5	28	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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