genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13194492--13194663	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
13194484--13194659	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
13197042--13197130	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
13197042--13197121	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
13197053--13197130	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
13200079--13200250	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
13200071--13200246	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
13202980--13203126	57	2.5	56	74	10	136	30	17	22	29	1.97
13215977--13216147	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
13224014--13224193	40	4.5	39	77	10	161	27	22	26	23	1.99
13230639--13230722	44	1.9	44	82	4	107	38	13	23	25	1.91
13230816--13230937	47	2.6	47	90	0	199	36	13	23	27	1.92
13230924--13231112	55	3.5	55	79	7	199	35	17	24	22	1.95
13230916--13231123	53	3.9	54	79	7	215	35	16	24	23	1.95
13236187--13236290	44	2.4	44	93	0	181	27	24	22	25	1.99
13236322--13236418	40	2.4	40	91	0	167	25	25	18	29	1.98
13243734--13243831	40	2.5	40	88	5	162	26	25	18	29	1.98
13247750--13247803	21	2.6	21	93	0	90	22	27	31	18	1.97
13248485--13248538	6	8.7	6	88	11	74	81	3	1	12	0.91
13252022--13252064	11	4.1	11	88	5	63	51	0	0	48	1.00
13254907--13254949	22	2.0	22	81	9	52	16	23	4	55	1.59
13260927--13260986	25	2.3	26	78	16	63	41	3	5	50	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13260907--13261105	62	3.0	66	73	14	203	42	2	4	50	1.36
13261022--13261097	6	14.0	6	68	25	53	46	0	1	52	1.08
13262030--13262118	34	2.6	34	85	0	124	25	16	12	44	1.83
13265071--13265220	45	3.3	44	80	6	167	27	16	18	37	1.92
13271857--13271907	26	2.0	26	100	0	102	31	3	25	39	1.74
13272330--13272571	121	2.0	120	94	3	423	38	6	23	32	1.79
13273521--13273569	25	2.0	25	84	8	64	38	20	16	24	1.92
13274952--13275080	64	2.0	64	89	0	195	27	19	7	44	1.78
13278745--13278877	45	3.0	45	77	2	133	30	14	15	40	1.86
13278911--13278961	20	2.5	20	100	0	102	13	33	21	31	1.92
13279060--13279185	67	1.9	67	85	3	173	40	13	19	26	1.88
13283700--13283730	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
13283810--13283840	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
13289523--13289769	40	6.2	40	92	3	385	23	22	27	25	2.00
13294676--13294706	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
13296830--13296904	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
13296888--13296961	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
13299274--13299374	39	2.5	40	85	1	132	31	22	23	21	1.98
13299274--13299451	40	4.5	40	82	3	180	28	22	25	23	1.99
13307884--13307957	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
13307825--13307957	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
13311657--13311968	67	4.6	67	84	2	376	33	16	24	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13313741--13313816	6	12.3	6	71	20	59	47	17	17	18	1.83
13313750--13313816	25	2.7	25	88	0	98	47	16	17	17	1.83
13314211--13314432	27	8.3	27	91	1	356	24	21	19	34	1.97
13314210--13314432	107	2.1	108	93	0	376	24	21	19	34	1.96
13314225--13314458	107	2.2	107	88	3	337	26	19	19	35	1.95
13314417--13314729	27	11.6	27	75	5	222	30	8	21	39	1.83
13314417--13314729	54	5.8	53	77	5	254	30	8	21	39	1.83
13314921--13314964	19	2.3	19	100	0	88	11	43	22	22	1.85
13316695--13316782	6	14.3	6	75	17	83	47	15	18	18	1.83
13316695--13316782	19	4.8	18	75	18	83	47	15	18	18	1.83
13316704--13316782	31	2.5	31	93	0	131	48	15	18	17	1.82
13316709--13316755	25	1.9	24	95	4	85	44	17	21	17	1.86
13317177--13317399	27	8.3	27	92	0	365	24	21	19	34	1.97
13317384--13317696	27	11.6	27	74	5	213	30	8	21	39	1.83
13317888--13317931	19	2.3	19	100	0	88	11	43	22	22	1.85
13319662--13319755	6	15.3	6	77	16	95	47	15	18	18	1.82
13319676--13319755	31	2.6	31	93	0	133	47	16	18	17	1.83
13319662--13319752	25	3.7	24	81	15	98	47	16	18	17	1.83
13320150--13320372	27	8.3	27	92	0	365	24	21	19	34	1.97
13320357--13320669	27	11.6	27	74	5	213	30	8	21	39	1.83
13320861--13320904	19	2.3	19	100	0	88	11	43	22	22	1.85
13322635--13322734	6	16.3	6	78	15	107	48	16	18	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13322635--13322734	31	3.3	31	87	6	134	48	16	18	18	1.82
13323129--13323351	27	8.3	27	91	0	356	24	21	19	34	1.96
13323336--13323648	27	11.6	27	74	5	213	30	8	21	39	1.83
13323839--13323882	19	2.3	19	100	0	88	11	43	22	22	1.85
13325611--13325716	6	17.3	6	79	14	119	48	16	17	17	1.82
13325611--13325716	31	3.5	31	88	6	146	48	16	17	17	1.82
13326111--13326333	27	8.3	27	91	0	356	24	21	19	34	1.96
13326318--13326630	27	11.6	27	74	5	213	30	8	21	39	1.83
13326821--13326864	19	2.3	19	100	0	88	11	43	22	22	1.85
13328595--13328700	6	17.3	6	79	14	119	48	16	17	17	1.82
13328595--13328700	31	3.5	31	88	6	146	48	16	17	17	1.82
13329095--13329263	27	6.3	27	90	0	248	24	20	19	35	1.96
13329246--13329296	27	1.9	26	88	4	75	33	9	21	35	1.86
13329111--13329290	81	2.2	81	86	3	238	25	17	20	36	1.95
13329304--13329701	27	14.7	27	80	2	197	34	7	21	36	1.82
13329365--13329536	54	3.2	54	91	0	272	39	7	22	30	1.82
13329309--13329512	81	2.5	81	86	0	264	36	7	22	33	1.83
13329337--13329534	81	2.4	81	87	1	272	38	8	22	30	1.83
13334561--13334597	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
13335097--13335121	12	2.1	12	100	0	50	8	8	0	84	0.79
13341524--13341585	21	2.9	19	76	19	54	66	0	4	29	1.12
13341609--13341650	21	2.0	22	90	4	68	73	2	2	21	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13341965--13342031	14	4.8	14	75	10	57	62	0	2	34	1.10
13341965--13342013	12	3.9	12	78	7	53	67	0	2	30	1.02
13343683--13344170	207	2.4	207	93	0	852	29	22	18	30	1.97
13355976--13356037	21	2.9	19	76	19	54	66	0	4	29	1.12
13355993--13356109	49	2.2	50	80	11	128	63	1	5	29	1.28
13356411--13356443	13	2.3	15	80	20	52	66	0	0	33	0.92
13356415--13356470	12	4.5	12	82	6	67	62	0	3	33	1.12
13356400--13356470	37	1.9	37	83	8	92	59	1	2	36	1.21
13357224--13357806	205	2.8	205	90	2	902	28	21	18	31	1.97
13370012--13370122	38	2.9	38	89	10	183	27	22	28	21	1.99
13370131--13370239	40	2.7	40	75	0	119	24	24	28	22	1.99
13378152--13378337	40	4.7	40	100	0	372	25	23	29	21	1.99
13378152--13378401	120	2.1	120	88	1	367	26	23	28	22	1.99
13381613--13381705	43	2.1	44	84	7	127	27	26	18	26	1.98
13381626--13381749	43	2.9	43	81	10	139	29	25	16	28	1.96
13387988--13388038	15	3.5	15	72	5	50	47	27	1	23	1.63
13388284--13388486	41	5.0	41	84	3	196	23	25	19	32	1.97
13388284--13388495	82	2.6	80	81	5	219	22	24	19	33	1.97
13389233--13389361	48	2.7	48	89	1	188	31	23	14	30	1.94
13400128--13400173	22	2.0	24	84	12	62	45	0	2	52	1.13
13401278--13401342	20	3.0	20	70	12	58	41	3	1	53	1.25
13409528--13409599	18	4.0	18	90	0	117	31	16	22	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13409528--13409596	36	1.9	36	96	0	129	31	14	23	30	1.94
13410135--13410176	21	2.0	22	90	4	68	28	2	47	21	1.63
13410135--13410176	11	4.0	10	87	3	57	28	2	47	21	1.63
13410734--13410780	24	2.0	24	82	0	58	51	2	2	44	1.25
13412991--13413029	18	2.1	19	85	4	53	43	15	10	30	1.80
13416284--13416336	23	2.3	23	96	0	97	35	3	24	35	1.74
13425986--13426055	23	3.2	23	60	12	56	51	15	12	20	1.76
13425967--13426057	43	2.1	43	97	0	173	48	14	13	24	1.79
13426354--13426413	24	2.5	24	86	2	84	46	21	16	15	1.83
13426492--13426549	25	2.2	25	85	11	73	39	20	22	17	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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