genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78314237--78314409	46	3.7	46	77	14	194	29	27	20	22	1.99
78321600--78321755	43	3.6	44	76	9	144	27	14	25	32	1.95
78321991--78322017	12	2.2	12	100	0	54	33	14	18	33	1.92
78323758--78323830	36	2.0	36	100	0	146	32	24	5	36	1.79
78325688--78325734	23	2.0	23	84	15	62	42	19	12	25	1.86
78325769--78325886	27	4.3	27	82	8	141	19	18	20	41	1.91
78325879--78325920	21	2.0	21	95	0	75	33	19	11	35	1.88
78325878--78326053	27	6.7	27	86	4	238	36	16	14	32	1.89
78330496--78330671	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
78330492--78330663	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
78333622--78333690	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
78333613--78333700	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
78336086--78336261	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
78336082--78336253	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
78345909--78346080	93	1.8	93	93	0	299	20	19	30	29	1.97
78345914--78346088	46	3.8	46	80	10	212	20	19	29	30	1.97
78348169--78348225	30	1.9	29	85	3	78	17	26	36	19	1.94
78351823--78351950	39	3.3	39	86	0	184	31	19	26	22	1.98
78352157--78352188	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
78356462--78356568	36	2.9	37	87	5	155	30	16	25	27	1.97
78359536--78359570	18	1.9	18	88	0	52	22	2	5	68	1.24
78359677--78359702	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78361264--78361292	6	4.8	6	100	0	58	17	0	13	68	1.20
78361250--78361319	33	2.2	32	82	12	81	12	1	10	75	1.10
78361274--78361327	27	2.0	27	85	7	74	9	3	12	74	1.20
78377048--78377177	40	3.2	40	81	4	156	23	27	24	23	2.00
78377071--78377215	40	3.6	40	80	3	150	20	26	24	27	1.99
78390138--78390309	46	3.7	46	80	6	213	22	21	27	29	1.99
78390135--78390304	92	1.8	92	94	0	304	21	21	28	28	1.99
78401726--78401768	24	1.9	21	81	13	50	18	2	30	48	1.60
78402704--78402763	22	2.7	21	76	16	59	68	1	8	21	1.25
78421793--78421924	29	4.6	29	89	0	192	27	15	31	25	1.95
78421792--78421981	87	2.2	87	80	5	197	25	15	32	26	1.95
78421794--78421983	58	3.3	56	80	8	168	26	15	32	25	1.95
78422841--78422889	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
78423712--78423878	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
78432208--78432417	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
78441250--78441350	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
78441279--78441354	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
78449135--78449235	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
78449164--78449239	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
78451905--78451939	18	1.9	19	88	11	56	51	0	0	48	1.00
78458545--78458693	40	3.7	40	91	3	246	25	27	22	24	2.00
78462204--78462346	39	3.6	39	93	0	232	25	20	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78467042--78467081	19	2.2	18	86	4	53	50	0	10	40	1.36
78467308--78467456	43	3.5	43	79	5	131	26	17	23	32	1.96
78467549--78467574	11	2.4	11	100	0	52	38	11	0	50	1.39
78470252--78470459	40	5.2	40	85	2	258	26	26	21	25	1.99
78476173--78476380	40	5.2	40	85	2	258	26	26	21	25	1.99
78478255--78478394	51	2.7	51	81	4	158	28	30	16	25	1.97
78478308--78478436	51	2.5	51	83	0	141	28	27	18	24	1.98
78478349--78478536	50	3.7	50	82	2	196	30	26	17	25	1.97
78478404--78478533	52	2.6	50	83	2	161	33	26	14	26	1.95
78481846--78481881	19	2.0	17	89	10	54	25	25	0	50	1.50
78503229--78503413	39	4.7	39	84	0	217	22	29	22	25	1.99
78503229--78503412	78	2.3	79	88	1	271	22	28	22	25	1.99
78511478--78511656	40	4.5	40	76	4	137	21	25	30	22	1.99
78518132--78518401	76	3.6	76	81	5	278	33	21	21	22	1.97
78518132--78518378	38	6.5	38	75	8	225	32	21	22	23	1.98
78518120--78518402	113	2.5	113	79	4	284	33	21	22	22	1.97
78521013--78521053	18	2.3	18	95	0	73	46	0	14	39	1.45
78521014--78521060	18	2.6	18	89	3	58	53	2	10	34	1.48
78536231--78536474	40	6.1	40	88	1	301	24	21	26	27	1.99
78543747--78544030	40	7.1	40	89	2	383	24	21	26	27	1.99
78551297--78551540	40	6.1	40	88	1	301	24	21	26	27	1.99
78571470--78571931	230	2.0	230	98	0	888	27	13	17	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78585755--78585920	46	3.5	48	75	14	159	28	18	28	24	1.98
78588468--78588611	40	3.6	40	79	5	150	27	24	27	20	1.99
78588505--78588634	40	3.2	40	81	4	156	23	24	27	23	2.00
78596448--78596598	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
78596485--78596614	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
78616202--78616325	45	2.7	46	95	2	216	20	21	28	29	1.98
78623665--78623837	45	3.8	46	78	17	198	21	21	28	27	1.99
78623665--78623834	93	1.8	92	94	1	304	21	21	29	27	1.99
78625837--78625930	26	3.7	26	76	9	95	35	22	12	29	1.91
78625821--78625930	26	4.3	25	72	19	84	33	23	15	27	1.95
78625918--78625942	12	2.1	12	100	0	50	44	24	16	16	1.86
78632706--78632747	21	2.0	20	86	13	59	23	21	35	19	1.96
78633782--78634046	47	5.7	45	77	13	220	23	28	19	28	1.98
78638075--78638206	47	2.8	46	83	6	169	21	12	21	44	1.85
78638079--78638212	23	5.8	23	78	7	119	21	13	23	41	1.88
78647732--78647903	48	3.6	48	74	3	168	30	21	26	20	1.98
78653670--78653703	18	1.9	17	94	5	59	32	0	14	52	1.42
78655614--78655788	46	3.8	46	80	13	232	21	21	28	28	1.99
78655610--78655780	93	1.8	93	98	0	333	21	21	28	28	1.99
78659946--78660077	29	4.6	29	91	0	201	25	32	15	26	1.95
78668004--78668135	29	4.6	29	91	0	201	25	32	15	26	1.95
78684255--78684283	14	2.1	14	100	0	58	27	6	27	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78684923--78685086	38	4.3	38	85	3	220	22	22	26	28	1.99
78685079--78685190	43	2.6	43	97	0	215	9	25	33	30	1.88
78690859--78690897	17	2.3	17	86	0	60	23	7	10	58	1.56
78693885--78693911	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
78695658--78695809	40	3.8	39	89	3	205	21	24	29	25	1.99
78695658--78695835	80	2.2	80	85	3	225	22	23	28	25	1.99
78702818--78702926	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
78702818--78702926	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
78706246--78706443	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
78706312--78706429	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
78706280--78706443	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
78713808--78714005	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
78713874--78713991	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
78713842--78714005	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
78716428--78716588	39	4.2	39	90	4	245	24	31	19	23	1.98
78716428--78716577	77	1.9	78	91	4	250	24	31	20	24	1.98
78716907--78716962	24	2.4	24	96	3	105	32	16	0	51	1.44
78721994--78722096	40	2.7	40	80	7	115	23	25	27	24	2.00
78738042--78738162	45	2.8	43	87	6	156	24	23	28	23	2.00
78738680--78738712	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
78740458--78740495	18	2.1	19	90	5	60	5	10	0	84	0.77
78740564--78740602	17	2.3	17	90	0	60	12	17	5	64	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78742327--78742415	3	29.7	3	100	0	178	67	0	0	32	0.91
78744409--78744453	15	3.2	13	81	12	54	2	26	0	71	0.98
78747451--78747497	21	2.2	21	88	0	67	21	23	21	34	1.97
78747630--78747698	34	2.0	34	88	0	102	24	20	24	30	1.99
78759728--78759792	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
78765567--78765628	25	2.5	24	80	10	72	74	1	17	6	1.11
78766791--78766855	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
78771112--78771319	67	3.2	64	75	12	181	30	17	28	23	1.97
78773685--78773816	29	4.6	29	84	0	156	25	15	33	25	1.95
78778308--78778388	32	2.5	32	85	0	108	25	18	24	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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