genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1766900--1766939	21	1.9	21	85	10	55	55	12	0	32	1.38
1766898--1766945	21	2.3	21	78	7	53	52	12	0	35	1.40
1771273--1771608	166	2.0	162	86	5	469	36	10	16	36	1.84
1773060--1773140	31	2.6	29	77	12	81	46	6	3	43	1.46
1773060--1773153	34	3.0	30	77	12	82	46	6	5	41	1.52
1783984--1784037	24	2.3	23	84	9	65	38	1	1	57	1.20
1785077--1785104	4	7.0	4	100	0	56	0	75	0	25	0.81
1787203--1787369	83	2.0	83	98	0	325	30	16	17	35	1.92
1792844--1792915	36	2.0	36	100	0	144	47	16	13	22	1.82
1792855--1792916	20	3.3	20	65	17	60	51	12	14	20	1.75
1794458--1794514	27	2.1	27	100	0	114	40	21	21	17	1.92
1802178--1802208	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
1812384--1812534	53	2.8	53	87	4	196	31	27	15	25	1.96
1816128--1816210	27	3.4	27	73	25	101	43	4	9	42	1.58
1816153--1816199	19	2.5	19	100	0	94	40	4	10	44	1.59
1816726--1816770	18	2.6	17	77	19	56	33	2	2	62	1.20
1831987--1832055	25	2.8	25	85	12	90	18	4	2	73	1.12
1832089--1832136	21	2.2	22	88	3	71	83	6	4	6	0.91
1832072--1832168	7	13.3	7	69	16	54	76	6	5	12	1.14
1832203--1832239	19	1.9	19	100	0	74	35	5	10	48	1.61
1832392--1832459	34	2.0	34	100	0	136	29	11	14	44	1.81
1841757--1841856	18	5.2	18	69	21	69	55	1	1	43	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1841757--1841857	19	5.3	18	68	21	53	55	0	0	42	1.13
1841817--1841858	19	2.2	19	87	8	59	69	2	0	28	1.01
1841752--1841942	80	2.3	80	79	7	215	49	3	2	45	1.29
1841920--1842049	17	6.9	17	69	22	57	49	1	3	46	1.27
1842019--1842186	81	2.1	79	82	6	198	48	4	4	43	1.41
1842850--1842889	6	6.7	6	100	0	80	17	15	67	0	1.23
1858953--1858977	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
1859382--1859415	7	4.7	7	96	3	59	17	14	14	52	1.74
1859382--1859417	14	2.5	15	90	9	65	19	13	13	52	1.74
1859833--1859916	39	2.2	38	89	2	132	41	3	9	45	1.54
1866738--1866767	15	2.0	15	93	0	51	30	63	6	0	1.20
1867628--1867706	27	2.7	30	80	16	87	50	3	2	43	1.33
1873320--1873354	14	2.6	13	86	8	52	42	0	0	57	0.99
1873840--1873865	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
1876156--1876259	51	2.0	52	88	1	156	41	11	18	28	1.85
1877282--1877314	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
1878672--1878731	20	3.0	20	90	9	88	61	1	3	33	1.22
1878720--1878768	18	2.5	20	83	12	66	59	0	2	38	1.09
1878770--1878849	19	4.2	19	70	20	60	62	1	3	32	1.21
1878742--1878849	28	3.7	29	81	9	132	62	1	3	32	1.24
1878758--1878842	9	9.1	9	70	20	50	63	2	3	30	1.24
1878765--1878888	57	2.2	56	83	11	153	60	3	6	29	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1879091--1879136	18	2.4	19	85	10	67	39	4	0	56	1.19
1879043--1879164	29	4.3	29	67	12	83	35	2	0	61	1.15
1879133--1879187	20	2.8	19	74	15	58	34	1	0	63	1.05
1879214--1879417	92	2.2	92	82	5	250	35	8	23	32	1.85
1882460--1882485	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1886215--1886247	17	1.9	17	93	0	57	27	30	18	24	1.98
1888023--1888064	21	2.0	21	86	4	59	52	0	21	26	1.47
1893113--1893161	26	2.0	24	88	8	71	28	0	6	65	1.16
1894434--1894460	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
1896813--1896853	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
1900311--1900528	108	2.0	108	83	0	274	39	15	15	29	1.88
1900419--1900903	259	1.9	260	83	0	630	38	12	17	31	1.87
1900419--1900933	130	4.0	130	83	0	573	38	12	17	31	1.87
1901426--1901462	18	2.1	18	89	0	56	37	18	18	24	1.94
1903245--1903274	14	2.1	15	93	6	53	3	13	0	83	0.77
1912079--1912134	25	2.2	24	81	9	67	41	1	0	57	1.09
1912079--1912118	13	3.2	13	86	13	57	40	0	0	60	0.97
1912083--1912123	13	3.2	12	86	10	55	39	0	0	60	0.96
1912112--1912167	19	3.0	18	78	21	62	55	3	0	41	1.17
1912111--1912179	10	7.1	10	70	18	56	57	2	0	39	1.13
1912111--1912179	19	3.6	19	74	14	61	57	2	0	39	1.13
1919041--1919099	25	2.5	24	84	13	77	37	11	5	45	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1922288--1922323	6	6.2	6	90	3	56	83	0	2	13	0.76
1929025--1929076	26	2.0	26	85	7	70	51	7	1	38	1.42
1931065--1931138	13	5.8	13	82	7	89	31	8	25	35	1.85
1941118--1941180	25	2.4	27	82	12	78	58	6	3	31	1.39
1941261--1941305	2	22.5	2	95	0	81	48	0	2	48	1.13
1941554--1941589	10	3.5	10	85	7	54	86	5	8	0	0.72
1941851--1941917	28	2.4	28	84	0	80	2	1	25	70	1.10
1942927--1943165	74	3.1	76	86	8	313	31	20	19	28	1.97
1942953--1943508	77	7.2	75	73	12	318	32	20	17	29	1.96
1942787--1943388	246	2.5	245	86	5	787	32	20	17	29	1.96
1943159--1943508	77	4.7	75	87	4	440	32	20	16	30	1.95
1943159--1943511	149	2.4	148	85	4	451	32	20	16	30	1.95
1943465--1943560	49	2.0	49	95	0	174	32	19	17	30	1.95
1943514--1943654	72	2.0	72	98	0	273	32	17	17	32	1.93
1943393--1943632	121	2.0	121	94	0	426	33	18	17	30	1.94
1943514--1943735	72	2.9	78	84	8	206	32	18	17	31	1.94
1943704--1943809	54	1.9	55	83	5	135	38	18	14	28	1.90
1943789--1943822	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
1943947--1944141	72	3.0	63	75	14	212	28	21	14	34	1.93
1943898--1944288	134	2.8	137	84	7	484	29	20	15	33	1.94
1944007--1944293	73	3.9	73	86	7	411	31	20	16	32	1.94
1944009--1944288	149	1.9	147	90	2	445	30	20	16	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1952662--1952716	12	5.0	12	77	20	66	40	7	25	27	1.82
1952681--1952727	19	2.5	19	96	0	85	40	8	25	25	1.84
1952682--1952730	11	5.1	10	75	24	52	40	10	22	26	1.86
1952662--1952727	19	3.4	21	85	10	79	40	7	24	27	1.82
1952662--1952716	4	14.0	4	74	11	51	40	7	25	27	1.82
1954672--1954778	39	2.7	39	76	2	108	55	3	5	35	1.41
1955240--1955300	26	2.3	27	77	5	70	3	3	24	68	1.19
1955893--1955931	19	2.1	19	90	4	62	56	7	0	35	1.28
1955905--1955956	24	2.2	24	82	6	61	55	5	0	38	1.24
1961121--1961146	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1961064--1961129	31	2.2	31	83	5	91	45	12	4	37	1.62
1962104--1962179	38	2.0	38	100	0	152	42	10	5	42	1.62
1966389--1966427	13	2.9	14	92	3	62	51	2	7	38	1.44
1966411--1966449	16	2.3	18	82	8	55	38	0	5	56	1.22
1966411--1966448	17	2.2	18	85	4	51	39	0	2	57	1.12
1966568--1966596	14	2.1	14	93	6	51	27	0	10	62	1.28
1966665--1966713	18	2.5	20	83	12	66	51	4	2	42	1.32
1967273--1967324	15	3.2	15	73	19	50	46	0	0	53	1.00
1967286--1967322	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
1973873--1973910	16	2.4	16	100	0	76	36	15	21	26	1.93
1974638--1974687	15	3.1	15	76	15	55	78	2	4	16	1.00
1974772--1974811	19	2.2	18	86	4	53	65	2	7	25	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1974864--1974941	31	2.6	31	82	13	92	75	1	5	17	1.05
1974866--1974937	23	3.1	23	75	16	69	76	1	4	18	1.02
1975718--1975756	18	2.2	18	86	9	53	10	10	12	66	1.44
1978405--1978476	35	2.0	37	91	8	121	36	15	11	37	1.83
1978419--1978474	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
1978405--1978476	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
1978825--1979098	45	6.1	45	78	6	286	25	27	16	30	1.96
1978825--1979005	89	2.0	90	89	1	274	25	30	14	29	1.95
1979038--1979332	78	3.8	78	88	1	439	25	23	18	32	1.97
1991614--1991693	19	3.9	19	76	20	90	35	13	12	38	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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