genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.306.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95566497--95566582	42	2.0	42	93	0	145	22	12	13	51	1.75
95569043--95569153	40	2.8	40	98	1	215	21	21	27	29	1.99
95571088--95571121	13	2.5	13	90	4	50	26	0	2	70	1.01
95574688--95574752	24	2.6	27	79	16	77	40	0	0	60	0.97
95577527--95577556	11	2.7	11	94	0	51	50	10	16	23	1.75
95577870--95577911	18	2.4	18	84	4	59	23	16	9	50	1.75
95579611--95579636	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
95589474--95589647	71	2.5	70	84	2	217	28	13	22	35	1.92
95589647--95589805	72	2.2	72	85	4	214	23	15	20	40	1.90
95589744--95590650	140	6.5	140	97	0	1645	25	16	19	37	1.93
95590488--95590521	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
95590570--95590795	72	3.0	72	84	11	294	30	16	18	33	1.94
95590749--95590844	49	2.0	49	100	0	192	30	15	20	33	1.94
95590677--95590916	121	2.0	121	95	0	435	31	16	18	34	1.93
95590798--95591151	74	4.7	75	85	5	412	32	16	18	32	1.93
95590798--95591151	153	2.4	149	83	5	428	32	16	18	32	1.93
95591073--95591246	95	1.8	95	86	2	251	29	20	18	31	1.96
95591168--95591734	79	7.0	77	70	17	346	28	16	19	36	1.93
95591000--95591306	172	1.8	168	85	5	429	30	18	20	30	1.97
95591505--95591566	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
95590926--95591730	248	3.3	243	81	8	748	29	16	19	34	1.94
95594464--95595623	578	2.0	578	97	0	2205	28	13	25	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95595578--95595603	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
95599768--95599803	17	2.1	17	94	0	63	44	2	2	50	1.31
95604865--95604900	18	2.0	18	94	0	63	47	2	0	50	1.15
95611606--95611646	9	4.6	9	93	0	73	24	9	21	43	1.83
95611720--95611780	29	2.2	28	82	8	72	34	8	16	40	1.78
95616747--95616781	3	11.7	3	90	0	52	2	34	2	60	1.26
95618772--95618829	18	3.2	18	72	18	57	34	1	3	60	1.24
95620967--95621007	21	1.9	22	90	5	66	60	2	2	34	1.23
95621902--95621935	17	2.0	17	100	0	68	47	5	5	41	1.52
95630044--95630068	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
95631225--95631323	42	2.3	43	82	1	119	27	16	23	33	1.95
95631172--95631342	43	4.0	43	72	11	134	24	15	26	33	1.95
95636448--95636488	12	3.5	11	87	9	55	21	4	9	63	1.44
95636457--95636490	11	3.0	11	95	4	59	17	8	8	64	1.47
95637633--95637722	37	2.4	38	83	5	119	58	8	8	23	1.56
95644077--95644184	44	2.4	44	85	3	135	28	24	14	32	1.95
95650969--95651071	44	2.3	45	84	3	127	32	21	11	34	1.89
95658506--95658625	56	2.2	55	86	1	159	34	10	11	44	1.74
95659674--95659698	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
95678523--95679077	42	12.9	42	65	16	154	36	20	21	20	1.95
95678481--95678717	129	1.8	130	84	6	329	35	21	19	23	1.96
95678486--95678766	129	2.2	131	80	6	313	35	21	21	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95678655--95679034	173	2.2	173	92	1	636	35	21	23	20	1.96
95678655--95679034	87	4.4	86	94	0	634	35	21	23	20	1.96
95678655--95679079	87	4.9	85	89	4	568	36	20	22	20	1.96
95690472--95690503	15	2.1	15	100	0	64	37	0	12	50	1.41
95700446--95700485	2	20.0	2	85	10	55	47	5	0	47	1.24
95700893--95700987	3	32.0	3	94	2	165	66	0	0	33	0.92
95701465--95701499	15	2.3	16	90	9	56	42	0	57	0	0.99
95702781--95702909	61	2.1	61	84	5	163	32	21	17	28	1.96
95702903--95702965	14	4.5	14	74	7	56	61	4	12	20	1.49
95702953--95703171	74	2.9	73	83	7	269	31	21	20	26	1.98
95702988--95703177	77	2.5	76	87	5	269	32	21	18	27	1.97
95702988--95703518	239	2.2	240	81	10	631	33	19	18	27	1.95
95703268--95703410	71	2.0	72	82	8	175	31	20	18	29	1.96
95703303--95703980	285	2.4	285	95	1	1211	31	21	17	30	1.96
95703807--95704187	71	5.3	71	83	6	486	28	23	16	31	1.96
95703807--95704286	145	3.2	146	87	7	589	29	22	17	31	1.96
95705137--95705163	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
95716390--95716431	2	21.0	2	85	9	59	47	4	0	47	1.23
95716839--95716900	3	21.0	3	93	3	108	67	0	0	32	0.91
95717376--95717410	15	2.3	16	90	9	56	42	0	57	0	0.99
95718515--95718548	7	4.7	7	85	7	50	70	0	2	26	1.01
95718589--95718617	9	3.2	9	100	0	58	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95723441--95723551	35	3.0	36	78	12	118	32	22	13	31	1.93
95725832--95726480	130	5.0	130	91	0	1005	36	19	18	26	1.94
95725744--95726480	390	1.9	390	86	3	1056	36	19	18	26	1.94
95726750--95726810	31	2.0	31	96	0	113	52	24	6	16	1.67
95727234--95727263	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
95727652--95727713	28	2.2	28	82	8	72	53	9	12	24	1.69
95729332--95729542	45	4.7	45	69	11	119	27	26	18	27	1.98
95729156--95729544	133	2.9	133	89	0	555	29	24	18	27	1.98
95729567--95729756	64	3.0	64	91	1	274	36	12	18	32	1.88
95737749--95737786	19	2.0	20	85	15	53	36	13	23	26	1.91
95740495--95741013	130	4.0	130	91	0	788	36	18	17	27	1.93
95742150--95742211	28	2.2	28	82	8	72	53	9	12	24	1.69
95743348--95743372	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
95744254--95744323	9	7.6	10	81	18	80	44	2	5	47	1.41
95744259--95744323	18	3.6	18	97	0	121	43	1	4	50	1.32
95751566--95751646	27	2.9	26	81	17	83	20	33	22	23	1.97
95751566--95751654	29	3.1	27	82	6	97	22	33	21	22	1.97
95751584--95751668	27	3.0	28	81	5	91	18	32	25	22	1.97
95751613--95751676	29	2.2	29	82	0	74	17	34	28	20	1.95
95752615--95752730	51	2.3	51	80	0	133	39	6	12	41	1.68
95755410--95755525	51	2.3	51	80	0	133	39	6	12	41	1.68
95757190--95757220	15	2.1	15	93	0	53	83	0	0	16	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95759071--95759376	141	2.2	139	82	5	368	29	19	18	33	1.95
95759203--95759323	44	2.7	45	76	11	124	28	22	19	28	1.98
95759300--95759431	52	2.5	52	85	2	167	31	17	17	34	1.93
95761025--95761063	20	2.1	19	85	9	53	2	28	17	51	1.59
95765455--95765551	48	2.0	49	95	2	178	39	17	9	34	1.82
95769161--95769185	13	1.9	13	100	0	50	20	32	24	24	1.98
95769230--95769372	55	2.6	55	79	0	160	17	27	25	29	1.97
95771144--95771425	36	7.6	36	68	14	153	35	14	13	36	1.85
95771224--95771413	18	10.6	18	75	14	144	35	15	13	35	1.87
95771225--95771425	72	2.8	70	78	10	219	35	15	12	35	1.86
95771131--95771425	18	16.1	18	71	10	114	35	14	12	36	1.85
95772492--95772796	27	11.3	27	79	5	219	40	22	11	26	1.87
95772492--95772715	54	4.1	54	82	2	254	41	23	8	27	1.82
95772643--95772815	81	2.1	81	78	4	188	38	19	16	26	1.92
95773209--95773287	31	2.5	31	87	0	104	21	17	13	46	1.83
95773209--95773296	6	14.3	6	71	17	65	21	17	14	46	1.83
95774281--95774342	30	2.1	30	96	0	115	33	3	35	27	1.73
95775506--95775565	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
95775986--95776158	47	3.8	45	79	13	192	21	19	28	30	1.98
95783029--95783088	30	2.0	30	83	6	77	36	6	26	30	1.82
95783510--95783686	47	3.8	46	80	13	209	21	20	28	29	1.98
95785571--95785795	27	8.3	27	80	3	229	40	22	8	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95785571--95785795	54	4.2	54	84	0	261	40	22	8	29	1.82
95785786--95786001	27	8.0	27	86	1	279	34	17	22	25	1.96
95785644--95785919	54	5.1	53	79	10	177	38	19	14	27	1.91
95785786--95786003	82	2.7	81	85	2	267	34	17	22	25	1.96
95786397--95786487	6	14.8	6	72	13	69	18	14	15	51	1.76
95786397--95786487	37	2.5	37	85	0	128	18	14	15	51	1.76
95786397--95786479	31	2.7	31	85	10	100	19	14	15	50	1.78
95787135--95787269	45	3.0	45	91	0	207	41	21	17	19	1.90
95787678--95787714	5	7.2	5	87	6	56	40	21	0	37	1.54
95787665--95787714	15	3.2	16	81	13	61	40	20	0	40	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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