genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11211020--11211184	64	2.6	64	81	7	185	26	26	21	26	1.99
11214576--11214721	56	2.7	53	84	7	159	18	19	34	27	1.95
11217030--11217250	54	4.1	54	84	4	277	23	25	15	35	1.94
11216996--11217250	108	2.3	107	82	8	280	22	25	16	36	1.94
11217229--11217350	47	2.6	47	93	0	199	24	23	14	36	1.93
11219759--11219797	20	1.9	21	89	5	62	38	38	10	12	1.78
11220940--11220991	26	2.1	25	85	7	70	46	5	0	48	1.26
11221004--11221050	14	3.4	14	77	11	51	29	6	0	63	1.19
11221034--11221104	25	2.9	25	89	2	99	32	2	0	64	1.08
11221029--11221104	11	6.5	11	73	19	64	32	2	0	64	1.07
11223409--11223581	93	1.9	93	83	0	229	22	20	28	27	1.99
11226558--11226622	15	4.4	15	77	9	71	10	15	13	60	1.60
11226554--11226622	30	2.3	31	82	9	90	10	14	17	57	1.63
11228918--11229101	91	2.0	91	93	0	314	42	7	24	25	1.79
11229380--11229551	46	3.7	46	74	13	172	20	19	28	30	1.97
11229373--11229544	93	1.8	93	89	0	272	20	20	27	30	1.98
11232395--11232450	15	3.7	15	78	7	69	12	16	12	58	1.62
11234148--11234287	40	3.6	38	77	6	120	22	28	24	25	1.99
11234155--11234336	79	2.3	81	81	7	203	23	28	23	25	2.00
11234197--11234336	40	3.5	39	76	7	122	23	27	22	27	1.99
11234645--11234738	46	2.0	46	100	0	188	37	14	19	28	1.91
11236856--11237026	93	1.8	93	88	0	261	28	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11236856--11237023	46	3.6	45	75	12	153	29	27	21	21	1.99
11237445--11237505	30	2.0	30	90	0	95	31	24	8	36	1.85
11240032--11240101	34	2.1	34	100	0	140	31	0	24	44	1.54
11250699--11250789	6	14.8	6	72	17	53	48	14	16	20	1.81
11250949--11251047	27	3.7	26	86	5	117	36	20	23	20	1.95
11251696--11251945	27	9.3	27	86	0	268	24	21	19	34	1.96
11251715--11251945	54	4.3	54	89	1	329	23	21	20	34	1.96
11251926--11252432	27	18.8	26	80	5	440	31	8	20	39	1.82
11251984--11252432	54	8.3	54	89	1	578	30	8	20	39	1.82
11262593--11262800	67	3.2	64	77	8	204	31	16	28	22	1.96
11266197--11266295	43	2.3	43	81	6	112	37	14	21	27	1.92
11269162--11269201	17	2.4	17	86	0	53	77	5	0	17	0.94
11269368--11269456	30	3.0	28	74	21	83	70	1	1	26	1.01
11269384--11269456	17	4.2	17	75	15	60	72	1	0	26	0.93
11269370--11269456	12	7.5	11	72	19	52	71	1	1	26	1.00
11271721--11271745	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
11276147--11276176	8	3.8	8	95	0	51	80	0	0	20	0.72
11279624--11279746	49	2.5	49	80	7	151	28	20	26	24	1.99
11283481--11283644	71	2.3	71	93	0	274	33	18	28	20	1.96
11291695--11291868	46	3.7	47	76	18	175	30	26	20	22	1.98
11291744--11291887	46	3.1	45	75	22	131	28	27	20	23	1.99
11296372--11296543	49	3.5	48	72	11	136	26	21	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11304789--11304972	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
11304829--11305017	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
11309661--11309825	23	7.1	23	94	3	269	29	21	21	27	1.99
11309661--11309825	47	3.5	47	91	4	280	29	21	21	27	1.99
11309661--11309825	70	2.4	70	94	2	287	29	21	21	27	1.99
11309885--11309941	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
11309873--11309943	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
11309878--11309932	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
11309980--11310027	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
11311263--11311845	27	21.6	27	79	9	327	41	8	21	28	1.83
11311265--11311846	81	7.2	81	83	5	685	41	8	21	28	1.83
11311275--11311846	54	10.6	54	85	4	647	41	8	21	27	1.83
11326422--11326727	40	7.6	40	85	9	408	23	21	28	26	1.99
11326422--11326727	82	3.8	83	90	5	452	23	21	28	26	1.99
11326422--11326727	122	2.5	122	86	8	412	23	21	28	26	1.99
11334202--11334509	40	7.6	40	85	8	408	24	22	27	25	2.00
11334202--11334509	123	2.5	120	86	6	408	24	22	27	25	2.00
11334202--11334509	83	3.8	82	90	6	461	24	22	27	25	2.00
11339060--11339250	40	4.8	40	89	3	262	23	28	24	23	1.99
11341897--11341936	21	1.9	21	84	0	53	40	12	37	10	1.77
11347463--11347513	2	25.0	2	78	11	50	41	3	5	49	1.45
11352191--11352335	44	3.4	42	78	12	118	26	18	22	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11352229--11352342	43	2.7	44	82	8	137	27	17	22	32	1.96
11352194--11352342	43	3.5	43	80	8	135	26	18	22	32	1.97
11358285--11358371	39	2.2	39	95	0	156	26	26	24	22	2.00
11359828--11360013	40	4.7	40	88	5	252	27	27	20	24	1.99
11359795--11360013	80	2.8	81	82	10	265	26	26	20	25	1.99
11365659--11365806	48	3.1	48	88	0	224	29	25	6	38	1.81
11369013--11369055	21	2.0	21	81	9	50	51	6	0	41	1.29
11369246--11369565	126	2.6	123	82	8	366	44	7	7	41	1.59
11369756--11369790	16	2.4	14	90	9	52	0	11	0	88	0.51
11373844--11373883	13	3.1	13	88	0	62	20	30	32	17	1.95
11376812--11376974	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
11376812--11377005	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
11384737--11384899	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
11384737--11384930	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
11387490--11387803	49	6.7	45	74	12	167	28	19	28	24	1.98
11391279--11391790	27	19.1	27	83	5	599	27	21	9	41	1.85
11391279--11391786	107	4.7	109	88	3	667	27	21	9	40	1.85
11391795--11391988	27	7.3	27	85	2	248	35	19	20	25	1.96
11391617--11391813	107	1.8	106	83	6	238	27	20	11	40	1.87
11391795--11391986	79	2.4	81	85	5	246	35	18	20	26	1.95
11392187--11392269	27	3.1	26	87	5	112	20	22	20	36	1.95
11393346--11393420	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11395034--11395088	22	2.5	22	90	0	83	23	21	16	38	1.93
11401228--11401281	20	2.6	21	77	8	58	48	20	18	12	1.81
11402841--11402895	27	2.0	27	100	0	110	32	10	30	25	1.90
11406690--11406750	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
11412771--11412856	44	2.0	44	100	0	172	31	18	23	26	1.97
11419578--11419602	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
11429812--11430027	40	5.4	40	82	3	231	25	26	21	25	2.00
11437798--11437844	21	2.4	19	82	10	58	27	2	23	46	1.63
11440939--11441114	46	3.8	46	79	12	207	20	19	29	30	1.97
11440936--11441107	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	29	1.98
11442600--11442643	2	22.0	2	95	0	79	52	0	0	47	1.00
11444359--11444448	29	3.2	27	75	12	83	28	15	27	27	1.96
11444370--11444460	29	3.1	31	72	20	79	27	14	29	28	1.95
11451678--11451711	13	2.6	13	90	0	50	41	0	11	47	1.40
11452163--11452227	31	2.1	31	94	0	112	40	20	21	18	1.92
11456210--11456279	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
11464139--11464208	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
11473850--11473876	12	2.2	12	100	0	54	0	22	14	62	1.31
11476034--11476239	40	5.2	40	84	2	245	24	20	27	26	1.99
11482377--11482420	6	7.3	6	89	0	70	18	2	0	79	0.83
11487598--11487675	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
11499715--11499866	45	3.4	45	80	1	171	40	16	19	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11499848--11500014	45	3.7	46	86	1	194	46	14	20	17	1.84
11500943--11500973	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
11502548--11502696	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
11502589--11502696	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
11510666--11510814	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
11510707--11510814	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
11513420--11513582	64	2.5	64	85	5	204	23	30	15	30	1.95
11516922--11516987	34	1.9	34	90	0	105	25	22	24	27	2.00
11519722--11520000	27	10.7	26	77	11	223	39	20	8	31	1.84
11519722--11519888	54	3.1	54	96	0	298	40	18	8	32	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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