genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65746386--65746548	91	1.8	88	88	4	245	28	28	20	22	1.99
65748923--65749000	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
65748913--65749000	30	3.0	29	79	12	99	56	15	17	10	1.66
65751898--65752069	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
65751890--65752065	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
65754044--65754075	16	2.0	16	100	0	64	12	6	31	50	1.65
65755915--65756067	39	3.9	39	86	0	207	23	25	21	29	1.99
65762164--65762340	40	4.4	40	94	2	304	22	23	30	24	1.99
65762567--65762610	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
65763157--65763288	40	3.3	40	91	3	214	22	22	29	25	1.99
65763515--65763558	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
65771270--65771446	40	4.4	40	94	2	304	22	23	30	24	1.99
65771673--65771716	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
65776226--65776337	39	2.9	39	85	5	154	22	28	20	28	1.98
65793460--65793591	29	4.6	29	88	0	165	29	15	30	25	1.95
65801388--65801612	40	5.7	40	87	5	278	26	27	21	24	1.99
65801390--65801605	119	1.8	120	85	7	305	26	26	20	25	1.99
65804678--65804810	49	2.7	49	79	6	153	23	24	21	30	1.99
65810195--65810282	21	4.1	22	78	10	92	36	25	22	15	1.94
65810201--65810281	44	1.9	41	85	7	108	34	27	23	14	1.94
65810473--65810566	28	3.6	23	76	21	80	44	34	5	15	1.70
65810485--65810576	28	3.2	28	85	1	130	45	29	6	18	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65817605--65817649	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
65818998--65819176	95	1.9	94	83	5	236	37	16	22	23	1.94
65825790--65825940	40	3.7	40	84	3	178	35	26	15	22	1.94
65829403--65829512	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
65829403--65829552	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
65832997--65833361	48	7.6	48	78	3	245	24	26	18	30	1.98
65833044--65833378	96	3.5	96	78	7	338	24	26	18	30	1.98
65833046--65833361	144	2.2	144	82	5	372	23	27	18	30	1.98
65837055--65837126	9	8.0	9	85	0	99	44	2	29	23	1.67
65837054--65837126	27	2.7	27	97	0	137	43	4	28	23	1.72
65837932--65837976	16	2.8	16	86	3	54	31	4	2	62	1.27
65838055--65838103	8	6.0	8	80	4	62	30	2	0	67	1.02
65839891--65839945	27	2.0	28	82	3	67	34	3	0	61	1.13
65840410--65840450	18	2.3	18	95	0	73	31	9	0	58	1.31
65840482--65840525	15	2.8	15	86	13	54	29	2	0	68	1.02
65840485--65840525	18	2.3	18	88	12	59	26	2	0	70	0.99
65840550--65840601	21	2.5	19	80	20	52	26	5	0	67	1.13
65849135--65849168	8	4.2	8	92	0	59	50	0	26	23	1.50
65852259--65852361	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
65860272--65860374	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
65868090--65868192	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
65873821--65873991	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65873816--65873988	46	3.7	46	75	13	192	29	27	20	22	1.99
65874410--65874469	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
65876121--65876179	26	2.3	26	88	2	84	15	23	22	38	1.92
65878691--65878863	46	3.8	45	77	11	179	21	19	28	30	1.98
65878686--65878856	93	1.8	93	91	0	279	21	19	28	29	1.98
65881671--65881846	46	3.8	45	80	11	205	21	20	29	28	1.98
65881667--65881838	93	1.8	93	93	2	301	20	20	30	27	1.98
65884774--65884841	15	4.6	15	79	3	75	11	17	13	57	1.65
65884765--65884843	29	2.7	30	82	9	99	11	17	15	55	1.68
65887224--65887399	46	3.8	45	80	10	203	20	21	30	28	1.98
65887220--65887392	93	1.9	93	95	0	310	20	21	30	27	1.98
65899960--65900039	41	1.9	41	92	7	135	21	41	22	15	1.90
65905912--65905963	10	5.1	10	76	4	50	44	0	13	42	1.44
65905912--65905962	26	2.0	26	84	0	66	45	0	13	41	1.44
65905914--65905963	15	3.3	15	77	5	55	46	0	12	42	1.41
65906576--65906632	25	2.3	25	93	0	96	21	31	19	28	1.97
65914894--65915087	47	4.1	47	89	0	280	32	10	29	27	1.90
65914923--65914994	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
65914968--65915043	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
65915058--65915241	98	1.9	96	91	4	298	35	6	26	30	1.82
65915057--65915241	48	3.8	48	87	5	282	35	6	26	31	1.82
65915387--65915495	37	2.9	37	95	0	191	22	18	32	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65918169--65918216	25	1.9	25	83	8	62	16	27	25	31	1.97
65918185--65918256	26	2.8	25	77	8	74	15	29	22	33	1.94
65918294--65918361	24	2.8	24	75	22	70	17	23	22	36	1.94
65918293--65918400	49	2.2	49	80	9	123	19	23	21	36	1.95
65925350--65925457	27	3.9	27	85	10	139	36	22	24	17	1.95
65925347--65925457	55	2.0	54	87	5	161	36	21	24	17	1.94
65925871--65925907	16	2.3	16	90	0	56	13	24	21	40	1.89
65928157--65928209	27	2.0	27	92	0	88	33	16	16	32	1.92
65940125--65940291	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
65945892--65946112	46	4.8	46	77	9	191	28	19	28	23	1.99
65945945--65946158	93	2.3	93	79	13	226	28	18	27	25	1.98
65945893--65946154	140	1.9	140	83	6	343	29	19	26	24	1.99
65947577--65947620	22	2.0	22	100	0	88	40	13	4	40	1.65
65947797--65947858	28	2.2	28	97	0	115	45	17	6	30	1.74
65950663--65950792	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
65958715--65958844	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
65966709--65966779	20	3.5	20	92	0	115	33	11	21	33	1.89
65966720--65966774	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
65966819--65966985	24	7.0	24	86	9	227	28	23	21	26	1.99
65966819--65966985	47	3.5	47	86	9	225	28	23	21	26	1.99
65966819--65966985	71	2.3	70	90	7	257	28	23	21	26	1.99
65968237--65968261	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65969718--65970085	48	7.7	48	95	0	628	33	8	27	30	1.87
65970130--65970252	37	3.3	37	98	0	237	25	19	31	23	1.98
65972171--65972471	40	7.6	40	86	5	281	24	20	27	26	1.99
65972286--65972471	80	2.3	80	94	0	311	25	21	27	25	1.99
65975718--65975830	43	2.7	42	86	2	163	30	27	13	29	1.94
65977322--65977496	44	3.9	44	80	12	210	21	20	29	29	1.98
65980411--65980494	29	2.9	29	82	10	100	10	16	15	57	1.65
65980420--65980498	15	5.4	15	80	10	92	10	17	12	59	1.60
65982856--65983029	46	3.8	45	79	10	192	20	21	30	28	1.98
65982852--65983022	91	1.9	92	93	1	299	20	21	30	26	1.98
65985168--65985507	47	7.2	47	91	0	509	27	28	8	35	1.87
65998496--65998532	7	5.3	7	100	0	74	29	0	56	13	1.37
66010906--66010933	9	3.1	9	100	0	56	42	25	0	32	1.55
66016484--66016556	27	2.7	27	76	15	80	64	4	5	26	1.33
66025341--66025438	28	3.5	28	90	0	142	35	11	24	28	1.90
66025598--66025678	43	1.9	42	87	2	117	25	20	30	22	1.98
66030187--66030280	29	3.2	29	87	0	134	25	28	15	29	1.96
66038211--66038340	29	4.6	29	87	3	183	26	33	14	26	1.95
66053771--66053877	28	3.8	28	84	0	124	34	11	24	29	1.90
66054032--66054117	43	2.0	42	84	6	111	27	17	30	24	1.97
66054050--66054142	41	2.2	42	79	11	102	31	17	27	23	1.97
66054052--66054197	40	3.5	41	74	9	127	28	18	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66056241--66056599	48	7.6	48	89	1	433	25	15	30	27	1.96
66059469--66059516	19	2.5	19	96	0	87	22	27	35	14	1.93
66060870--66060934	31	2.1	31	97	0	121	27	29	18	24	1.98
66063004--66063047	19	2.4	19	85	7	56	50	2	9	38	1.47
66064862--66064920	28	2.1	28	100	0	118	45	25	11	16	1.82
66067304--66067347	19	2.4	19	85	7	56	50	2	9	38	1.47
66069155--66069213	28	2.1	28	100	0	118	45	25	11	16	1.82
66073315--66073734	48	8.8	48	86	2	558	24	17	30	28	1.97
66076537--66076707	93	1.8	92	93	1	297	27	29	21	21	1.98
66076529--66076703	46	3.8	46	80	10	205	28	29	21	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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