genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8629138--8629228	45	2.0	45	100	0	182	37	8	28	25	1.86
8632794--8632867	36	2.1	36	100	0	148	44	5	24	25	1.75
8635149--8635375	40	5.7	40	86	0	301	17	20	28	33	1.96
8635156--8635375	120	1.8	120	89	0	341	17	20	29	32	1.96
8639241--8639266	9	2.9	9	100	0	52	57	0	0	42	0.98
8649545--8649571	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
8653039--8653092	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
8657323--8657413	27	3.4	27	83	3	121	29	23	6	40	1.79
8657339--8657409	26	2.7	26	86	2	97	30	23	4	40	1.74
8657417--8657513	27	3.6	27	83	2	88	41	19	11	27	1.86
8657412--8657567	54	2.9	54	84	3	172	39	19	12	29	1.88
8657445--8657678	27	8.7	26	78	7	155	39	19	9	31	1.84
8657445--8657594	81	1.9	81	81	5	187	40	20	9	30	1.83
8657445--8657680	54	4.4	54	76	11	187	38	19	10	31	1.85
8657445--8657680	109	2.2	109	80	5	255	38	19	10	31	1.85
8658584--8658679	25	4.0	23	78	9	68	25	23	23	27	2.00
8658800--8658893	42	2.2	42	94	0	170	30	17	20	31	1.95
8660588--8660635	25	1.9	25	82	0	60	10	20	20	47	1.79
8662505--8662564	18	3.3	18	83	2	57	75	1	6	16	1.10
8662516--8662593	6	12.8	6	83	2	75	71	5	3	19	1.20
8664512--8664590	31	2.5	31	95	0	149	27	26	18	26	1.98
8664809--8664902	25	3.8	25	85	1	127	26	20	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8665890--8666122	27	8.7	27	80	5	231	28	9	21	41	1.83
8665915--8666122	80	2.6	81	84	5	251	28	9	21	40	1.84
8665804--8666136	27	12.3	27	78	6	219	30	9	20	39	1.85
8665806--8666136	54	6.1	54	76	9	246	30	9	20	39	1.84
8666114--8666243	27	4.9	27	88	0	172	40	7	22	30	1.82
8666088--8666243	54	2.9	54	83	0	170	38	7	21	32	1.82
8671355--8671412	25	2.4	24	82	8	64	70	1	5	22	1.16
8671364--8671406	19	2.2	20	83	8	52	67	2	4	25	1.22
8674835--8674908	38	1.9	38	97	0	139	37	12	14	35	1.84
8686161--8686276	29	4.1	29	82	4	130	26	32	14	25	1.95
8686501--8686539	16	2.4	16	95	0	69	12	15	15	56	1.68
8690604--8690635	16	2.0	16	93	0	55	15	6	28	50	1.68
8693497--8693572	29	2.7	26	79	16	82	23	34	15	26	1.95
8693525--8693614	29	3.1	29	87	1	110	28	28	14	27	1.95
8693825--8693869	16	2.8	16	86	0	72	13	20	15	51	1.76
8696025--8696087	17	3.6	17	76	4	63	42	28	12	15	1.84
8697121--8697174	17	3.1	18	84	7	58	74	1	9	14	1.15
8697294--8697363	30	2.4	31	90	4	101	45	7	25	21	1.77
8698067--8698100	17	2.1	17	88	5	52	26	14	11	47	1.79
8701818--8701864	20	2.3	21	78	10	53	55	4	8	31	1.49
8703396--8703434	17	2.3	17	95	0	69	28	5	20	46	1.72
8704042--8704149	25	4.3	25	81	9	123	24	27	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8712227--8712316	25	3.6	25	80	0	90	18	25	20	35	1.95
8713105--8713142	20	1.9	20	84	10	51	42	10	0	47	1.38
8713507--8713532	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
8713636--8713676	18	2.3	18	87	8	57	29	21	0	48	1.50
8713781--8713874	39	2.4	38	80	5	100	25	27	22	24	2.00
8714819--8714849	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
8715380--8715487	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
8717104--8717216	27	4.2	26	84	7	147	17	23	24	34	1.96
8717104--8717216	54	2.1	54	93	4	194	17	23	24	34	1.96
8722476--8722583	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
8724066--8724170	39	2.7	39	84	7	117	21	29	25	22	1.99
8732123--8732229	40	2.7	39	86	1	133	21	29	25	23	1.99
8732083--8732229	79	1.9	79	81	5	181	23	30	24	21	1.99
8732092--8732235	39	3.7	40	82	1	139	23	28	23	24	2.00
8740122--8740328	79	2.6	80	78	7	190	24	29	23	22	1.99
8740222--8740328	40	2.7	39	86	1	133	21	29	25	23	1.99
8740191--8740334	39	3.7	40	82	1	139	23	28	23	24	2.00
8743802--8743958	40	3.9	39	87	5	192	28	21	26	24	1.99
8743857--8743986	40	3.2	40	83	6	131	28	20	26	24	1.99
8750844--8750915	33	2.1	34	87	2	101	23	23	25	27	2.00
8751551--8751604	27	2.0	27	96	0	99	33	3	20	42	1.70
8751551--8751592	14	3.1	14	74	19	52	35	4	16	42	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8752891--8752951	28	2.2	28	93	0	104	31	16	21	31	1.95
8753866--8753905	19	2.2	18	86	13	55	42	2	2	52	1.28
8761322--8761417	47	2.0	47	95	0	174	36	7	22	33	1.82
8774240--8774369	40	3.2	40	81	2	163	25	28	23	23	1.99
8781555--8781702	40	3.7	40	86	5	174	22	27	22	26	2.00
8789653--8789800	40	3.7	40	86	5	174	22	27	22	26	2.00
8815975--8816161	47	4.0	48	85	5	213	25	20	9	44	1.81
8815988--8816161	94	1.9	94	87	0	258	27	20	9	42	1.83
8819719--8819816	49	2.0	49	100	0	196	20	24	22	32	1.98
8829450--8829507	30	1.9	30	82	6	73	18	27	31	22	1.97
8831567--8831592	11	2.4	11	100	0	52	84	0	7	7	0.77
8834195--8834378	67	2.8	64	77	8	194	28	16	30	23	1.96
8835459--8835485	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8864862--8864941	40	2.0	40	100	0	160	35	17	10	37	1.83
8870284--8870405	43	2.8	43	83	11	160	32	27	18	22	1.96
8872499--8872623	62	2.0	62	96	0	232	29	28	9	32	1.89
8874265--8874555	128	2.3	127	83	1	341	39	18	14	28	1.89
8877242--8877386	44	3.3	44	70	6	141	19	26	20	33	1.96
8877207--8877753	88	6.2	88	84	2	688	22	22	21	33	1.97
8877223--8877751	175	3.0	176	87	1	733	22	23	20	33	1.97
8877415--8877735	44	7.3	43	66	15	149	20	23	21	33	1.97
8887996--8888138	39	3.7	39	88	2	225	22	29	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8887987--8888137	77	1.9	79	91	2	252	23	29	21	25	1.99
8895194--8895346	39	3.9	39	88	0	216	23	30	21	24	1.99
8895163--8895345	78	2.3	79	89	1	269	22	29	22	24	1.99
8898126--8898402	128	2.2	127	85	3	360	37	19	15	27	1.92
8900328--8900366	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
8902741--8902773	15	2.1	16	88	5	50	42	0	0	57	0.98
8924918--8924983	3	22.0	3	100	0	132	66	0	0	33	0.92
8925442--8925493	23	2.3	23	83	6	61	51	0	48	0	1.00
8929144--8929178	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
8931280--8931320	21	2.0	21	85	0	55	46	24	17	12	1.82
8931285--8931431	42	3.5	42	77	3	152	44	14	21	19	1.86
8931382--8931458	21	3.7	21	74	10	68	42	15	20	20	1.88
8933767--8933877	56	2.0	56	83	3	143	29	26	17	27	1.97
8947191--8947234	3	14.7	3	100	0	88	34	31	0	34	1.58
8947788--8947886	50	2.0	50	82	6	119	33	26	17	23	1.96
8947846--8947931	43	2.0	42	88	2	127	29	30	17	23	1.97
8954221--8954316	48	2.0	48	95	0	174	38	9	19	32	1.84
8956729--8956761	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
8960214--8960341	55	2.3	55	87	0	193	29	32	22	14	1.94
8962062--8962139	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
8967993--8968160	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
8976003--8976174	40	4.3	40	80	3	195	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8976003--8976174	80	2.2	80	85	3	222	26	20	26	26	1.99
8981754--8981955	40	5.1	40	85	3	266	24	22	27	25	2.00
8981739--8981955	80	2.7	80	85	6	305	24	23	27	24	2.00
8984141--8984168	5	5.6	5	100	0	56	0	60	0	39	0.97
8987844--8987920	38	2.0	38	97	0	145	32	12	19	35	1.90
8995378--8995408	15	2.1	15	100	0	62	32	29	6	32	1.83
9008021--9008193	46	3.8	46	78	6	181	22	20	28	28	1.98
9013527--9013702	46	3.8	46	79	15	200	22	21	27	28	1.99
9013523--9013695	93	1.9	93	92	0	292	23	21	28	27	1.99
9022018--9022049	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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