genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  230  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72471320--72471460	60	2.3	60	100	0	282	30	21	24	24	1.99
72478428--72478551	7	17.1	7	85	3	140	49	36	0	14	1.44
72478817--72478968	44	3.5	44	69	7	121	35	19	26	17	1.95
72478762--72479128	86	4.2	86	84	3	416	33	21	23	20	1.97
72479079--72479172	44	2.1	44	88	3	136	34	23	25	17	1.96
72478990--72479236	130	1.9	132	86	3	356	32	21	23	21	1.98
72479144--72479277	44	3.1	43	67	9	110	32	20	24	21	1.98
72479120--72479401	88	3.2	87	85	5	390	32	20	23	23	1.98
72480509--72480548	9	4.2	9	87	12	62	82	0	2	15	0.77
72480507--72480548	20	2.1	19	91	8	66	80	0	2	16	0.81
72481147--72481298	3	50.3	3	76	13	134	30	6	1	61	1.29
72481347--72481375	12	2.4	12	100	0	58	34	6	0	58	1.25
72481338--72481380	21	2.0	21	91	8	70	32	6	0	60	1.23
72481439--72481532	26	3.6	26	72	11	75	28	8	1	61	1.32
72481462--72481503	14	3.0	14	80	10	50	21	7	0	71	1.09
72481512--72481575	25	2.4	26	79	10	67	28	6	1	64	1.27
72481706--72481759	3	18.3	3	78	3	56	31	3	0	64	1.11
72500714--72500738	9	2.8	9	100	0	50	28	0	24	48	1.52
72506092--72506280	40	4.7	40	91	0	315	25	27	21	24	1.99
72514120--72514308	40	4.7	40	89	2	290	25	26	23	23	2.00
72517944--72517981	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
72519190--72519529	27	12.6	27	85	2	405	27	22	8	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72519190--72519529	81	4.2	81	84	4	461	27	22	8	40	1.83
72520864--72520919	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
72520859--72520919	20	3.0	20	95	0	113	36	9	19	34	1.85
72520969--72521111	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
72520969--72521111	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
72520969--72521112	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
72521303--72521366	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
72523149--72523210	30	2.1	29	96	3	115	37	30	4	27	1.78
72524761--72524869	54	2.0	54	100	0	218	38	14	20	26	1.91
72526014--72526223	48	4.5	46	81	3	224	25	18	30	25	1.98
72525961--72526223	92	2.8	94	80	6	282	24	18	30	26	1.98
72525955--72526223	48	5.7	46	77	5	191	24	18	29	26	1.98
72527706--72527791	40	2.2	39	85	2	109	24	16	29	30	1.96
72530515--72530659	50	2.9	50	85	9	172	31	17	28	22	1.96
72530572--72530696	47	2.6	49	85	5	155	28	16	27	27	1.97
72530622--72530765	43	3.3	43	75	11	132	27	15	26	29	1.96
72532221--72532280	26	2.3	26	75	8	61	13	11	23	51	1.73
72532834--72532867	16	2.2	16	89	5	52	23	2	23	50	1.63
72534652--72534737	40	2.2	39	82	2	100	25	16	27	30	1.97
72543102--72543315	48	4.6	45	82	2	221	24	19	30	25	1.98
72552093--72552153	25	2.4	25	73	13	61	16	6	29	47	1.72
72553336--72553504	84	2.0	84	97	0	320	39	21	12	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72555225--72555327	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
72563676--72563991	39	8.1	39	93	0	524	23	24	29	23	1.99
72567207--72567245	20	2.0	20	85	10	53	48	25	2	23	1.63
72570370--72570795	27	15.8	27	88	1	550	32	21	6	39	1.79
72570851--72570929	27	2.9	26	79	7	86	41	20	7	30	1.80
72570937--72570992	27	2.1	26	83	9	69	37	12	12	37	1.81
72571046--72571106	27	2.3	27	80	5	70	36	18	24	21	1.95
72571913--72571982	25	2.8	24	91	4	104	24	28	24	22	1.99
72571912--72571995	25	3.4	24	83	8	98	27	25	23	23	2.00
72572129--72572220	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
72572244--72572378	31	4.4	31	96	0	243	28	14	27	29	1.95
72574659--72575074	27	15.4	27	86	2	548	30	21	7	40	1.81
72575077--72575148	27	2.7	27	72	6	74	41	19	13	25	1.88
72575132--72575262	27	4.7	27	75	9	120	40	16	9	33	1.81
72576185--72576254	25	2.8	24	89	4	104	24	27	24	24	2.00
72576184--72576267	25	3.4	24	82	8	98	27	23	23	25	2.00
72576402--72576493	42	2.2	42	90	0	139	30	13	21	34	1.91
72580261--72580360	49	2.0	49	96	0	182	36	15	19	30	1.92
72583628--72583796	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
72591651--72591816	39	4.2	38	78	9	133	24	25	21	28	1.99
72591668--72591816	39	3.8	40	81	8	155	24	25	22	28	1.99
72599171--72599303	60	2.3	58	81	5	142	25	31	15	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72599221--72599303	29	2.9	29	96	0	157	27	28	13	30	1.94
72607293--72607375	29	2.9	29	96	0	157	27	28	13	30	1.94
72609541--72609594	17	3.4	16	87	5	56	68	3	1	25	1.16
72609553--72609606	16	3.3	16	84	5	72	66	5	0	27	1.13
72615380--72615528	50	3.0	50	95	0	262	31	20	22	24	1.98
72617886--72617948	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
72617886--72617974	24	3.8	24	90	1	108	25	17	23	32	1.97
72624718--72624808	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
72624898--72625033	40	3.2	41	68	25	111	30	31	8	29	1.86
72624904--72625060	49	3.4	49	81	15	215	28	32	10	29	1.90
72628434--72628568	29	4.7	29	94	0	225	24	33	15	26	1.95
72628742--72628986	40	6.1	40	95	0	346	24	26	20	27	1.99
72628742--72628986	80	3.1	80	91	0	382	24	26	20	27	1.99
72630807--72630897	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
72630987--72631122	40	3.2	41	68	25	111	30	31	8	29	1.86
72630993--72631149	49	3.4	49	81	15	215	28	32	10	29	1.90
72635701--72635762	24	2.6	24	100	0	124	19	17	27	35	1.94
72639494--72639968	48	9.9	48	85	3	643	25	15	29	30	1.96
72639497--72639968	192	2.5	192	94	0	818	25	14	29	30	1.95
72645473--72645536	18	3.4	18	67	12	56	32	21	26	18	1.97
72645475--72645746	39	7.0	39	89	2	350	37	23	26	12	1.91
72645491--72645746	117	2.2	117	90	1	397	37	23	26	12	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72652300--72652617	48	6.6	47	81	10	292	27	16	27	28	1.97
72652301--72652612	144	2.2	144	81	4	362	27	16	27	28	1.97
72654373--72654413	21	1.9	22	90	5	66	36	2	7	53	1.42
72654395--72654427	15	2.2	15	89	10	50	45	0	6	48	1.27
72656398--72656500	34	3.1	34	83	6	111	29	25	19	26	1.99
72657803--72657836	8	4.2	8	92	0	59	58	0	38	2	1.13
72668079--72668113	10	3.4	10	88	7	52	85	0	14	0	0.59
72683426--72683463	19	2.0	19	100	0	76	47	10	0	42	1.38
72685695--72685825	45	2.9	45	75	6	140	31	22	21	25	1.98
72685553--72685984	232	1.9	232	85	0	605	32	17	19	30	1.95
72685928--72686395	44	10.3	44	68	12	183	32	17	19	29	1.96
72685832--72686015	98	1.9	99	82	1	235	33	15	19	32	1.93
72685930--72686302	137	2.7	139	78	3	410	33	17	19	29	1.95
72686210--72686456	133	1.9	133	82	5	311	31	15	20	31	1.94
72686206--72686454	44	5.6	45	71	5	114	32	15	20	31	1.94
72686971--72687025	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
72688026--72688079	24	2.2	24	86	0	81	33	3	42	20	1.70
72690205--72690340	49	2.7	51	83	2	177	26	17	25	30	1.97
72696456--72696485	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
72701572--72701812	40	6.0	40	88	1	295	24	20	26	27	1.99
72702039--72702080	19	2.2	19	100	0	84	40	0	23	35	1.55
72709067--72709309	40	6.1	40	86	2	292	24	21	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72709067--72709309	79	3.0	80	86	3	303	24	21	26	27	1.99
72709067--72709309	119	2.0	120	84	2	319	24	21	26	27	1.99
72712955--72713015	11	5.5	11	80	0	68	83	0	13	3	0.76
72712955--72713015	16	3.6	15	78	22	59	83	0	13	3	0.76
72712966--72713015	20	2.5	20	81	12	59	82	0	14	4	0.82
72712960--72713022	22	3.0	21	81	4	65	76	0	19	4	0.96
72713885--72714064	44	4.1	44	77	8	195	31	16	25	27	1.96
72714060--72714649	119	5.0	119	92	0	937	34	17	17	30	1.93
72714576--72715001	83	5.1	83	96	1	771	32	19	20	27	1.97
72719140--72719255	51	2.2	53	86	4	164	29	12	31	26	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318