genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70558791--70558963	81	2.1	81	83	2	213	29	24	8	38	1.84
70558995--70559145	27	5.6	27	83	7	182	41	22	7	28	1.80
70558962--70559145	54	3.4	53	80	4	190	40	21	9	28	1.84
70558995--70559144	81	1.9	81	85	5	214	42	22	7	28	1.80
70558995--70559202	54	3.8	54	80	5	179	41	20	7	30	1.80
70559101--70559208	27	3.9	27	77	9	110	42	17	7	32	1.77
70559280--70559711	27	16.1	26	84	6	492	37	19	17	26	1.93
70559280--70559711	54	8.0	54	88	2	559	37	19	17	26	1.93
70559280--70559711	81	5.4	81	84	3	552	37	19	17	26	1.93
70561838--70561988	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
70561874--70562004	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
70569822--70569972	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
70569858--70569988	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
70571339--70571403	22	2.9	23	81	6	71	21	21	21	35	1.96
70571561--70571661	27	3.8	26	84	5	103	19	24	19	35	1.95
70571560--70571661	54	1.9	53	83	2	132	20	24	19	35	1.96
70573143--70573240	28	3.4	28	83	7	99	29	26	14	29	1.95
70575076--70575139	6	10.3	6	72	24	53	18	14	15	51	1.76
70580502--70580709	55	3.8	53	83	6	240	23	24	16	36	1.95
70587556--70587594	16	2.4	16	86	0	60	38	17	7	35	1.79
70593325--70593386	19	3.1	20	71	19	58	24	16	29	30	1.96
70595298--70595384	27	3.2	26	82	6	102	17	21	21	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70602856--70602919	33	2.0	33	84	3	85	28	26	21	23	1.99
70605204--70605304	29	3.6	29	81	4	116	23	17	29	28	1.97
70605221--70605304	28	3.0	26	77	14	80	25	15	28	30	1.96
70609609--70609734	28	4.4	29	89	3	177	26	15	28	29	1.96
70612099--70612211	37	3.0	37	92	1	172	28	29	17	24	1.97
70617172--70617390	40	5.5	40	93	2	354	26	26	23	23	2.00
70617172--70617390	79	2.8	79	90	4	352	26	26	23	23	2.00
70617172--70617390	119	1.8	119	91	3	361	26	26	23	23	2.00
70625662--70625840	40	4.4	41	76	12	158	23	25	24	26	2.00
70628763--70628945	78	2.3	80	85	10	243	24	21	27	25	1.99
70628763--70628945	40	4.7	40	87	7	252	24	21	27	25	1.99
70628813--70628977	78	2.1	77	83	9	219	26	20	27	25	1.99
70636721--70636923	40	5.2	40	84	8	256	25	22	27	25	2.00
70638662--70639190	27	19.6	27	85	3	652	27	22	9	40	1.84
70640518--70640574	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
70640516--70640578	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
70640633--70640799	24	7.0	23	87	6	228	29	22	21	26	1.99
70640633--70640799	47	3.5	47	88	4	230	29	22	21	26	1.99
70640633--70640798	71	2.3	71	91	3	262	28	22	21	26	1.99
70640991--70641054	31	2.1	31	87	0	92	35	15	21	26	1.94
70642351--70642669	27	12.0	28	78	10	314	40	17	14	28	1.88
70642378--70642666	108	2.7	108	87	6	389	40	16	13	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70643868--70643933	28	2.3	29	84	2	89	30	33	12	24	1.91
70644145--70644179	16	2.2	16	89	0	52	8	14	20	57	1.63
70645165--70645249	24	3.5	24	93	3	127	20	38	22	18	1.93
70645186--70645249	12	5.3	12	75	0	65	21	40	20	17	1.91
70645483--70645539	27	2.1	27	96	0	105	24	17	19	38	1.93
70645940--70645985	24	1.9	24	91	8	76	10	26	15	47	1.78
70650317--70650345	13	2.2	13	100	0	58	34	0	20	44	1.52
70656073--70656202	40	3.3	39	83	4	163	23	27	24	23	2.00
70656073--70656240	40	4.2	40	82	3	158	23	26	23	25	2.00
70658302--70658474	56	3.1	56	87	7	235	27	14	24	33	1.94
70666417--70666602	40	4.7	40	85	5	216	25	19	26	27	1.99
70666470--70666625	80	2.0	79	83	6	199	26	19	26	27	1.99
70672996--70673179	78	2.3	82	85	9	256	24	21	27	26	1.99
70672996--70673179	40	4.7	40	88	6	252	24	21	27	26	1.99
70681215--70681440	40	5.7	40	89	4	278	25	21	26	27	1.99
70681215--70681440	80	2.8	80	87	5	314	25	21	26	27	1.99
70693667--70693763	40	2.4	40	79	8	108	29	24	12	32	1.92
70694568--70694593	8	3.2	8	100	0	52	23	30	0	46	1.53
70702412--70702526	29	4.0	29	83	6	128	27	28	15	27	1.96
70702585--70702618	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
70705789--70705973	79	2.3	80	82	10	227	26	27	21	24	1.99
70705789--70705973	40	4.7	40	79	9	191	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70711112--70711175	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
70711367--70711532	47	3.5	48	87	6	232	26	21	22	29	1.99
70711368--70711532	23	7.0	24	87	6	230	26	21	22	29	1.99
70711368--70711532	70	2.3	71	90	4	253	26	21	22	29	1.99
70711591--70711647	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
70711587--70711649	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
70711686--70711733	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
70712968--70713304	27	12.6	27	87	3	468	39	9	23	27	1.86
70712968--70713306	186	1.8	187	88	3	522	38	9	23	27	1.86
70716067--70716129	30	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
70716321--70716508	94	2.0	95	89	5	292	26	21	23	28	1.99
70716321--70716508	24	8.0	24	88	6	260	26	21	23	28	1.99
70716562--70716624	20	3.2	20	90	0	108	31	17	12	38	1.87
70716661--70716707	24	2.0	24	86	0	67	25	17	25	31	1.97
70717942--70718282	27	12.6	27	86	4	420	39	9	23	27	1.85
70719488--70719517	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
70723665--70723730	29	2.3	29	86	2	98	28	30	15	25	1.96
70723717--70723744	14	2.0	14	100	0	56	21	28	14	35	1.92
70723978--70724012	16	2.2	16	89	0	52	17	22	11	48	1.79
70726717--70726904	49	3.8	49	82	2	250	28	18	23	29	1.98
70726712--70726899	100	1.9	100	93	0	322	27	19	23	29	1.98
70731673--70731716	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70731943--70732163	40	5.6	40	87	2	313	27	25	23	23	2.00
70731943--70732163	79	2.8	80	89	2	331	27	25	23	23	2.00
70731943--70732163	119	1.9	119	90	3	356	27	25	23	23	2.00
70740393--70740573	96	1.9	96	83	2	238	28	18	23	30	1.97
70740393--70740542	48	3.1	48	92	1	239	28	18	22	30	1.98
70740526--70740606	42	1.9	42	82	0	99	28	16	27	28	1.97
70742117--70742210	40	2.3	40	90	0	152	32	20	14	31	1.93
70742141--70742231	40	2.3	40	84	3	112	35	23	15	26	1.94
70752845--70753527	48	14.1	48	91	4	1059	30	27	6	35	1.81
70753356--70753436	28	3.2	28	60	26	70	28	29	6	35	1.81
70767396--70767525	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
70767412--70767563	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
70767412--70767561	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
70775232--70775397	40	4.2	40	77	2	147	22	27	23	26	2.00
70775247--70775395	79	1.9	80	83	6	196	21	27	24	26	1.99
70785283--70785412	40	3.2	40	81	2	163	24	28	23	23	2.00
70789510--70789712	80	2.5	80	87	5	302	27	20	25	26	1.99
70789510--70789712	40	5.1	40	89	4	268	27	20	25	26	1.99
70789510--70789735	40	5.7	40	88	4	264	26	20	26	26	1.99
70806333--70806413	6	13.2	6	72	14	67	48	13	18	19	1.81
70806328--70806442	31	3.7	31	85	3	142	48	13	16	21	1.80
70806955--70807058	27	3.9	27	78	12	106	25	23	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70806956--70807068	53	2.1	54	83	1	138	25	21	16	36	1.94
70807052--70807452	27	14.9	27	79	3	299	31	8	21	38	1.83
70807050--70807473	54	7.9	54	79	4	358	30	8	21	38	1.84
70807160--70807480	108	3.0	107	86	3	421	30	9	22	38	1.85
70809438--70809553	6	18.8	6	71	15	85	48	14	18	18	1.81
70809449--70809512	19	3.4	19	79	12	78	45	15	20	18	1.86
70809438--70809553	31	3.5	31	80	13	133	48	14	18	18	1.81
70809438--70809553	37	3.3	37	78	14	127	48	14	18	18	1.81
70810066--70810172	27	4.0	27	87	0	133	24	22	19	33	1.97
70810067--70810182	54	2.1	54	83	0	151	25	20	18	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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