genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29103406--29103470	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
29110007--29110069	25	2.5	24	80	7	72	74	1	17	6	1.10
29111234--29111298	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
29118902--29118960	29	2.0	29	96	0	109	32	11	28	27	1.92
29124022--29124180	42	3.7	43	74	13	141	32	25	17	23	1.97
29126222--29126292	35	2.0	35	94	0	124	30	18	23	26	1.97
29133792--29133912	42	2.9	42	82	3	163	29	23	15	30	1.96
29142957--29143129	40	4.3	40	96	1	303	24	21	27	26	1.99
29146783--29146844	31	2.0	32	87	3	90	38	19	20	20	1.93
29146860--29146911	27	2.0	26	84	3	68	32	21	26	19	1.97
29148885--29148914	13	2.3	13	94	0	51	36	30	33	0	1.58
29153529--29153634	44	2.5	42	77	13	108	35	22	16	24	1.95
29164775--29164953	40	4.5	39	77	8	164	24	25	23	26	2.00
29164775--29164953	80	2.2	81	84	3	227	24	25	23	26	2.00
29164803--29164955	40	3.8	39	82	4	171	25	26	22	26	2.00
29165662--29165689	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
29172753--29172930	40	4.4	40	76	10	166	25	26	22	25	2.00
29175741--29175772	12	2.6	13	85	14	50	0	34	0	65	0.93
29178932--29179019	6	14.3	6	71	17	65	47	14	17	20	1.82
29178941--29179019	31	2.5	31	87	0	113	48	13	17	20	1.81
29179160--29179223	33	2.0	32	84	3	83	37	18	23	20	1.94
29179492--29179557	27	2.4	27	74	0	69	37	21	18	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29179553--29179585	17	1.9	17	100	0	66	18	12	33	36	1.88
29179570--29179666	27	3.6	27	88	0	140	22	19	20	37	1.95
29179650--29179739	27	3.3	27	77	10	103	28	6	26	37	1.82
29179687--29179934	27	9.2	27	82	1	219	32	6	20	40	1.79
29179703--29179934	81	2.9	80	82	2	275	32	6	20	40	1.79
29180723--29180761	15	2.6	15	100	0	78	35	33	15	15	1.89
29182844--29182902	30	2.0	30	89	0	91	47	22	6	23	1.75
29183920--29183950	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
29185926--29186267	27	12.6	28	75	11	214	42	20	9	28	1.82
29185953--29186240	80	3.6	80	77	7	228	42	20	7	28	1.80
29185953--29186155	107	1.9	107	81	9	245	42	18	9	29	1.81
29185908--29186270	81	4.5	81	74	6	256	41	20	9	28	1.84
29186507--29186625	41	2.9	41	94	0	202	22	23	29	24	1.99
29187029--29187076	22	2.2	22	92	0	78	10	18	29	41	1.84
29187037--29187082	22	2.1	22	95	0	83	10	21	26	41	1.86
29187041--29187088	22	2.2	22	88	0	69	14	25	25	35	1.94
29213065--29213859	49	16.3	49	96	0	1310	28	30	10	30	1.90
29218131--29218375	49	4.9	49	83	3	310	28	25	19	26	1.99
29218144--29218375	100	2.3	98	85	2	320	28	25	19	25	1.99
29221588--29221815	46	4.9	44	75	13	165	28	19	29	22	1.98
29221592--29221814	94	2.4	94	79	7	229	28	19	29	21	1.98
29225545--29225585	15	2.7	15	79	20	50	14	7	17	60	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29228142--29228365	47	4.8	47	73	10	163	30	16	26	25	1.97
29228198--29228366	47	3.6	47	77	10	191	30	17	27	23	1.97
29228152--29228368	94	2.3	94	90	0	326	30	17	27	23	1.97
29233776--29233874	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
29241795--29241893	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
29246047--29246090	21	2.1	21	83	8	54	25	9	2	63	1.35
29256981--29257056	39	1.9	39	85	15	104	26	21	19	32	1.97
29259004--29259175	46	3.7	46	77	14	174	23	18	27	30	1.97
29258996--29259167	93	1.8	93	87	2	256	23	19	27	29	1.98
29261598--29261631	12	2.8	13	86	13	54	26	41	0	32	1.56
29263332--29263397	33	2.0	33	82	5	80	24	25	22	27	2.00
29266439--29266486	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
29266530--29266588	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
29266534--29266588	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
29266639--29266802	23	7.0	23	89	6	226	28	21	22	26	1.99
29266993--29267056	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
29273192--29273239	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
29273283--29273341	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
29273287--29273341	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
29273392--29273558	24	7.0	23	89	4	219	28	20	22	28	1.99
29273392--29273558	47	3.5	46	86	6	219	28	20	22	28	1.99
29273749--29273812	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29279399--29279450	23	2.3	21	76	20	52	28	25	17	28	1.97
29281029--29281094	18	3.7	18	72	0	69	39	16	21	22	1.92
29281451--29281548	27	3.6	27	81	8	110	34	17	17	30	1.93
29284364--29284521	43	3.7	43	77	7	151	31	28	16	24	1.96
29286772--29287081	56	5.5	56	87	0	442	34	23	15	26	1.95
29291381--29291492	24	4.7	24	90	4	172	19	13	28	38	1.90
29301485--29301630	71	2.1	71	96	0	265	30	21	19	28	1.97
29305721--29305962	38	6.4	37	87	4	236	23	20	23	32	1.98
29305712--29305962	76	3.3	73	80	9	279	24	20	23	31	1.98
29305738--29305952	113	1.9	113	87	0	313	23	21	24	30	1.99
29305959--29306113	43	3.6	43	93	0	265	10	25	32	31	1.90
29331507--29331674	27	6.3	27	85	0	212	22	16	20	41	1.90
29334417--29334442	11	2.4	11	100	0	52	26	7	26	38	1.83
29336450--29336571	42	2.9	41	77	9	120	24	22	27	24	2.00
29344369--29344449	39	2.1	39	92	0	135	27	19	23	29	1.98
29347783--29347885	42	2.4	42	88	1	161	26	31	21	21	1.98
29352486--29352614	7	18.1	7	70	13	68	37	41	0	21	1.54
29352652--29352749	14	6.7	14	70	9	61	46	23	1	28	1.59
29352657--29352741	21	3.9	21	74	17	82	44	24	1	29	1.61
29352641--29352730	46	2.0	46	95	0	162	42	24	2	31	1.67
29352696--29352749	7	7.7	7	78	0	54	50	25	0	24	1.50
29352906--29353082	40	4.4	40	84	5	187	18	18	22	41	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29352932--29353112	40	4.5	39	83	6	175	18	18	22	40	1.91
29353135--29353160	12	2.2	12	100	0	52	46	23	15	15	1.83
29355309--29355457	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
29355350--29355457	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
29363426--29363574	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
29363467--29363574	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
29367103--29367183	39	2.1	39	95	0	144	25	20	23	29	1.99
29370545--29370650	42	2.5	42	89	1	167	28	30	20	20	1.98
29375250--29375378	7	18.1	7	70	13	68	37	41	0	21	1.54
29375416--29375513	14	6.7	14	70	9	61	46	23	1	28	1.59
29375421--29375505	21	3.9	21	74	17	82	44	24	1	29	1.61
29375405--29375494	46	2.0	46	95	0	162	42	24	2	31	1.67
29375460--29375513	7	7.7	7	78	0	54	50	25	0	24	1.50
29375670--29375847	41	4.4	40	87	4	198	17	19	22	40	1.91
29375670--29375877	41	5.1	40	86	4	197	18	19	22	39	1.92
29378455--29378521	33	2.0	33	91	0	107	25	22	22	29	1.99
29387139--29387307	24	7.0	24	97	0	320	17	15	28	38	1.91
29390783--29390949	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
29398614--29398758	24	6.0	24	97	0	272	17	15	28	38	1.90
29398623--29398779	72	2.2	72	90	2	244	19	16	28	36	1.93
29402285--29402448	40	4.1	40	81	6	179	25	20	28	26	1.99
29406231--29406347	38	3.0	39	87	5	132	23	30	24	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29406267--29406347	38	2.1	38	97	0	153	22	32	23	22	1.98
29412379--29412407	15	1.9	15	100	0	58	48	13	20	17	1.81
29416343--29416412	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
29416343--29416424	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
29424163--29424232	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
29424163--29424244	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
29425683--29425899	40	5.5	40	88	3	307	25	23	26	25	2.00
29428018--29428235	40	5.5	40	87	2	289	25	23	27	24	2.00
29428697--29428731	15	2.3	15	100	0	70	22	17	20	40	1.92
29443064--29443118	27	2.0	27	92	0	92	29	12	9	49	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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