genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1117331--1117506	46	3.8	46	80	10	223	28	28	21	21	1.98
1128138--1128170	17	2.0	17	88	5	50	33	15	3	48	1.60
1128456--1128728	92	3.0	92	90	0	411	20	24	14	40	1.90
1128456--1128728	46	5.9	46	90	0	368	20	24	14	40	1.90
1136504--1136562	29	2.0	29	100	0	118	22	33	13	30	1.92
1156182--1156227	24	1.9	24	86	0	65	17	17	13	52	1.75
1161905--1161966	31	2.0	31	90	6	99	37	8	8	46	1.63
1180210--1180254	23	2.0	23	82	8	56	37	11	4	46	1.60
1182366--1182410	15	3.0	15	93	0	72	0	17	33	48	1.48
1182368--1182408	18	2.3	18	100	0	82	0	14	34	51	1.43
1189007--1189051	19	2.4	19	85	10	58	35	2	0	62	1.08
1192536--1192592	21	2.8	21	79	10	73	43	3	0	52	1.18
1193389--1193425	18	2.1	18	100	0	74	40	21	10	27	1.86
1203213--1203259	16	2.8	16	87	6	58	38	0	4	57	1.18
1208539--1208603	21	3.0	21	78	12	76	30	24	13	30	1.94
1208602--1208687	45	1.9	45	95	0	154	19	26	29	24	1.99
1210123--1210191	35	2.0	35	100	0	138	40	15	8	34	1.79
1217014--1217050	15	2.5	15	86	0	56	16	40	0	43	1.48
1223760--1223802	16	2.6	16	81	3	50	48	16	4	30	1.66
1224064--1224111	20	2.6	18	83	9	62	43	8	0	47	1.33
1224064--1224106	20	2.2	20	88	8	63	46	9	0	44	1.35
1230109--1230137	3	9.7	3	100	0	58	0	65	34	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1232823--1232857	17	2.1	17	100	0	70	28	17	22	31	1.96
1233529--1233561	17	1.9	17	88	11	50	30	0	6	63	1.18
1233695--1233784	31	2.9	31	77	11	96	48	10	6	34	1.63
1234318--1234377	31	1.9	31	96	0	111	46	25	5	23	1.72
1239645--1239738	44	2.1	46	92	6	156	17	41	4	37	1.69
1245423--1245468	23	2.0	23	100	0	92	34	4	17	43	1.69
1245493--1245600	50	2.1	51	98	1	209	35	8	10	46	1.68
1247810--1248075	46	6.0	45	84	8	330	22	23	15	39	1.91
1247988--1248063	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96
1250208--1250259	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
1251746--1251986	93	2.7	89	77	8	233	38	16	8	36	1.78
1254824--1255129	156	2.0	153	83	6	388	26	22	28	22	1.99
1256719--1256760	2	21.0	2	90	0	66	50	0	4	45	1.23
1257951--1257996	24	2.0	23	86	4	65	36	2	2	58	1.22
1257973--1258036	29	2.2	28	83	8	76	42	3	3	51	1.33
1263203--1263264	31	2.0	31	100	0	124	22	16	22	38	1.92
1263577--1263686	56	2.0	56	92	3	188	43	20	15	20	1.87
1264918--1264946	14	2.1	14	100	0	58	44	13	13	27	1.82
1266238--1266292	22	2.5	22	80	11	60	32	3	1	61	1.24
1266251--1266346	22	4.2	22	72	17	63	33	5	4	57	1.40
1266451--1266514	25	2.6	23	83	13	83	35	0	4	59	1.18
1266785--1266843	24	2.5	24	84	13	77	37	3	5	54	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1267044--1267087	21	2.0	21	86	8	61	40	4	2	52	1.34
1267052--1267096	22	2.0	22	83	8	56	37	6	2	53	1.40
1267180--1267222	18	2.3	18	84	11	52	37	4	2	55	1.33
1268284--1268329	14	3.1	15	78	12	51	13	4	2	80	0.95
1268289--1268330	15	2.8	16	82	7	52	11	4	2	80	0.95
1271159--1271195	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
1278925--1278957	2	16.5	2	93	0	57	54	0	0	45	0.99
1285975--1286063	43	2.1	43	100	0	178	52	8	8	29	1.63
1291404--1291449	24	2.0	24	83	8	60	34	4	8	52	1.52
1295732--1295842	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
1310851--1310890	15	2.8	14	85	7	62	30	0	0	70	0.88
1310859--1310925	8	8.2	8	70	20	50	26	0	1	71	0.94
1310859--1310925	33	2.0	34	91	2	109	26	0	1	71	0.94
1310851--1310924	14	4.8	15	75	16	71	27	0	1	71	0.94
1310866--1310944	32	2.5	33	80	12	101	30	1	2	65	1.13
1310995--1311055	30	2.0	30	100	0	122	37	6	16	39	1.75
1311761--1311793	16	2.0	17	88	5	50	27	0	0	72	0.85
1311858--1311900	12	3.7	12	75	6	52	41	0	0	58	0.98
1311852--1311915	21	3.0	21	80	14	69	43	0	0	56	0.99
1311869--1311954	21	4.1	21	77	7	77	46	1	1	51	1.16
1312090--1312130	15	2.9	15	83	16	52	51	0	0	48	1.00
1312077--1312130	12	4.0	13	78	21	58	50	1	0	48	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1312112--1312147	18	1.9	19	94	5	65	55	0	0	44	0.99
1312222--1312261	21	1.9	21	90	10	64	62	2	0	35	1.09
1312332--1312397	21	3.1	21	82	12	66	56	0	0	43	0.99
1312331--1312391	19	3.2	19	86	11	72	55	0	0	44	0.99
1312360--1312384	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
1312349--1312404	19	2.8	19	79	17	60	62	1	0	35	1.06
1312125--1312426	135	2.2	134	79	12	318	53	3	3	39	1.35
1312396--1312458	25	2.6	25	82	9	78	53	4	0	41	1.22
1312395--1312459	23	2.8	22	75	13	67	53	4	0	41	1.21
1314932--1314992	31	2.0	31	100	0	122	39	19	14	26	1.90
1317283--1317389	54	2.0	54	96	0	196	42	14	5	37	1.68
1319730--1319906	3	58.7	3	79	7	180	61	3	4	31	1.33
1320077--1320127	15	3.6	14	78	10	59	54	0	5	39	1.24
1320079--1320140	28	2.2	28	88	5	90	59	0	4	35	1.19
1320592--1320807	106	2.0	107	99	0	425	28	20	12	38	1.90
1322869--1322918	17	2.9	17	93	0	82	44	14	16	26	1.85
1323155--1323235	40	2.0	40	95	0	144	37	17	14	30	1.90
1324956--1325015	30	2.0	30	90	0	93	26	1	13	58	1.45
1329797--1329825	9	3.3	9	95	4	51	34	0	20	44	1.52
1332321--1333291	261	3.7	263	89	3	1499	25	17	18	39	1.91
1333228--1333353	62	2.0	62	95	3	227	33	9	17	39	1.82
1333290--1334111	263	3.1	263	90	2	1299	25	17	18	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1337281--1337313	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
1337576--1337745	46	3.7	46	85	3	218	18	22	16	42	1.88
1338970--1339202	3	78.0	3	64	19	60	29	6	2	60	1.36
1338970--1339194	15	14.3	15	68	21	90	29	6	2	61	1.35
1339450--1339494	23	2.0	23	82	8	56	31	2	4	62	1.27
1340220--1340351	46	2.9	46	95	0	228	25	21	14	39	1.91
1341071--1341095	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
1342348--1342410	15	4.1	15	84	10	83	34	0	9	55	1.32
1342778--1342864	23	4.0	23	69	22	78	17	19	24	39	1.92
1342790--1342839	21	2.3	22	86	6	66	14	22	28	36	1.92
1343314--1343417	36	2.9	36	83	0	127	35	10	13	40	1.79
1343314--1343421	18	6.1	18	75	1	101	35	11	13	39	1.81
1348767--1348828	15	4.1	15	83	10	81	33	1	9	54	1.43
1349200--1349286	21	4.0	23	76	11	83	17	20	24	37	1.93
1349736--1349839	36	2.9	36	85	0	136	35	10	14	39	1.81
1349736--1349843	18	6.1	18	78	1	110	35	11	14	38	1.82
1353983--1354027	12	3.7	12	86	13	65	31	0	0	68	0.89
1353986--1354042	4	14.5	4	80	14	57	24	1	0	73	0.92
1359051--1360704	525	3.1	523	88	2	2342	24	18	17	39	1.92
1359051--1360704	265	6.3	265	87	3	2274	24	18	17	39	1.92
1360571--1360838	135	2.0	134	97	0	509	20	22	19	38	1.94
1364015--1364071	18	3.2	18	92	0	87	28	19	15	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1370470--1370534	24	2.6	25	73	14	62	33	9	12	44	1.74
1374111--1374162	20	2.8	19	77	11	54	0	55	1	42	1.10
1375082--1375127	23	2.0	22	88	12	67	36	0	2	60	1.09
1375087--1375132	20	2.1	22	84	11	60	34	0	6	58	1.24
1375407--1375453	23	2.0	23	83	8	58	46	6	0	46	1.28
1382106--1382151	12	3.8	12	78	16	51	8	8	6	76	1.17
1384178--1384219	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
1384320--1384358	3	12.7	3	89	5	60	61	0	2	35	1.10
1385602--1385646	23	1.9	24	86	4	65	13	2	35	48	1.54
1388999--1389067	34	2.0	34	97	0	129	27	14	13	44	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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