genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.317.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98503707--98503760	26	2.1	26	96	0	99	35	22	1	40	1.65
98503758--98503785	5	5.6	5	100	0	56	35	0	0	64	0.94
98516306--98516334	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
98524707--98524758	26	2.1	24	86	10	70	3	21	3	71	1.18
98528744--98528790	25	1.9	24	86	4	67	21	2	14	61	1.43
98530835--98530870	18	1.9	19	88	5	56	44	5	8	41	1.58
98535987--98536024	20	2.0	20	89	5	60	63	15	10	10	1.52
98535925--98536115	95	2.0	95	92	0	319	45	18	13	22	1.84
98547417--98547458	16	2.8	15	78	7	50	47	21	11	19	1.81
98552346--98552625	144	1.9	147	89	5	444	37	20	18	23	1.94
98553868--98553927	30	2.0	30	100	0	120	20	26	10	43	1.83
98559256--98559331	35	2.1	35	97	2	143	50	2	9	38	1.49
98564661--98564881	114	2.0	111	87	4	320	19	8	25	47	1.76
98564767--98565107	155	2.2	154	86	5	465	22	10	20	45	1.82
98567445--98567494	22	2.2	22	82	10	57	8	14	12	66	1.45
98568375--98568413	20	2.0	20	94	0	69	35	23	7	33	1.83
98569086--98569166	40	2.0	40	97	0	153	48	1	17	33	1.55
98576787--98576819	16	1.9	18	88	11	52	30	3	0	66	1.06
98578997--98579025	14	2.1	14	93	6	51	37	0	10	51	1.36
98580551--98580647	46	2.1	46	96	0	176	40	12	6	41	1.68
98583178--98583301	39	3.2	39	94	0	212	13	26	23	36	1.92
98584040--98584165	62	2.0	63	81	7	150	51	3	8	35	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98584230--98584256	14	1.9	14	100	0	54	44	14	3	37	1.63
98586306--98586374	31	2.2	31	77	12	79	30	26	4	39	1.75
98588011--98588035	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
98588215--98588253	5	8.2	5	94	5	64	0	17	0	82	0.68
98589262--98589316	28	2.1	25	86	10	74	52	3	0	43	1.18
98591081--98591182	22	4.6	22	73	6	82	42	27	16	13	1.86
98591141--98591189	22	2.2	23	85	10	75	44	26	18	10	1.81
98592228--98592363	46	3.0	46	86	2	184	20	24	13	41	1.89
98592331--98592394	32	2.0	32	100	0	128	28	28	6	37	1.81
98592285--98592440	78	2.0	78	94	0	276	24	25	11	38	1.89
98592363--98592578	46	4.7	46	95	0	389	25	24	13	36	1.92
98592238--98592579	124	2.6	130	86	9	441	23	24	13	38	1.91
98598590--98598769	47	3.8	49	79	15	191	28	29	21	21	1.98
98598598--98598769	94	1.8	93	92	1	290	27	29	21	20	1.98
98599324--98599360	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
98602112--98602340	46	5.0	43	75	12	183	22	31	20	25	1.98
98602129--98602289	46	3.6	44	84	8	184	24	31	20	24	1.98
98604788--98604967	47	3.8	49	79	15	191	28	29	21	21	1.98
98604796--98604967	94	1.8	93	92	1	290	27	29	21	20	1.98
98605522--98605558	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
98608312--98608540	46	5.0	43	75	12	183	22	31	20	25	1.98
98608329--98608489	46	3.6	44	84	8	184	24	31	20	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98610988--98611167	47	3.8	49	79	15	191	28	29	21	21	1.98
98610996--98611167	94	1.8	93	92	1	290	27	29	21	20	1.98
98611722--98611758	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
98615229--98615256	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
98615260--98615284	2	12.5	2	100	0	50	0	0	52	48	1.00
98615972--98616014	19	2.2	19	83	4	50	6	0	74	18	1.04
98616194--98616239	18	2.6	18	86	6	58	6	26	2	65	1.28
98616191--98616250	17	3.3	18	81	6	68	5	28	3	63	1.31
98618330--98618360	16	1.9	16	93	0	53	38	12	6	41	1.69
98621752--98621785	16	2.1	17	94	5	61	0	0	79	20	0.73
98624197--98624233	18	2.1	18	100	0	74	27	24	5	43	1.76
98626059--98626084	13	2.0	13	100	0	52	92	0	7	0	0.39
98633781--98633818	7	5.6	7	93	6	69	86	0	13	0	0.56
98633778--98633818	13	3.1	13	89	3	64	87	0	12	0	0.53
98644600--98644659	30	2.0	29	84	9	77	30	5	3	61	1.33
98646372--98646449	25	3.0	26	78	12	88	38	5	0	56	1.22
98646849--98646900	6	9.2	6	91	2	65	42	0	0	57	0.98
98646839--98646878	18	2.2	19	82	13	57	52	0	0	47	1.00
98646846--98646905	18	3.7	17	79	14	65	43	0	0	56	0.99
98646849--98646909	21	2.7	23	85	7	72	40	0	0	59	0.98
98648415--98648470	22	2.5	23	88	5	80	30	8	17	42	1.80
98653715--98653751	18	2.0	19	85	15	51	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98661373--98661421	19	2.5	19	80	9	55	57	6	4	32	1.42
98661901--98661930	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
98663541--98663583	21	2.1	20	82	4	50	2	34	13	48	1.56
98665467--98665554	25	3.5	25	67	6	79	36	23	3	36	1.72
98665471--98665571	50	2.0	50	98	0	193	34	24	3	36	1.74
98668559--98668617	24	2.4	24	88	8	84	37	1	5	55	1.32
98677186--98677249	30	2.3	28	80	15	78	46	10	10	31	1.74
98677188--98677254	29	2.3	30	87	5	102	47	10	11	29	1.74
98683210--98683249	13	3.1	13	77	0	53	47	0	10	42	1.37
98684268--98684323	16	3.7	16	73	20	57	1	28	1	67	1.10
98685691--98685751	27	2.3	27	88	2	88	52	9	3	34	1.51
98693794--98693827	15	2.3	15	89	0	50	38	0	8	52	1.33
98697446--98697851	130	3.1	129	88	3	575	24	15	19	41	1.89
98697441--98697888	128	3.5	129	87	4	557	24	14	19	40	1.90
98701775--98701885	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
98711519--98711642	64	1.9	64	86	3	178	29	19	17	33	1.95
98711736--98711924	100	1.9	100	93	0	324	34	20	19	25	1.96
98711950--98712206	89	2.9	88	86	4	347	30	18	19	31	1.96
98712038--98712511	132	3.6	131	79	8	469	31	18	20	29	1.97
98713816--98713861	16	2.8	17	77	9	60	28	0	6	65	1.17
98714503--98714946	129	3.4	129	85	6	533	24	16	18	40	1.91
98716848--98716911	9	7.4	9	71	16	55	37	1	0	60	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98717851--98718124	46	6.0	46	89	0	388	20	23	14	41	1.89
98717851--98718114	138	1.9	138	91	1	431	20	23	15	41	1.89
98719930--98719990	11	5.5	11	76	3	50	19	4	9	65	1.40
98719936--98719991	23	2.3	24	84	6	69	21	3	8	66	1.35
98720579--98720617	7	5.9	7	93	6	64	87	0	12	0	0.55
98720580--98720616	6	5.8	6	93	6	56	86	0	13	0	0.57
98720579--98720616	13	2.9	13	85	14	60	86	0	13	0	0.56
98720579--98720616	20	2.0	20	94	5	69	86	0	13	0	0.56
98720578--98720624	20	2.4	18	86	13	67	85	0	14	0	0.61
98727201--98727260	31	1.9	31	96	0	111	36	3	13	46	1.60
98733698--98733789	39	2.4	39	92	0	148	17	14	34	33	1.90
98735767--98735805	18	2.2	18	85	0	51	35	0	0	64	0.94
98739184--98739298	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
98739184--98739317	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
98747665--98747690	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
98754184--98754245	31	2.1	30	87	6	90	41	1	4	51	1.33
98763031--98763080	25	2.0	25	84	7	66	42	0	4	54	1.19
98766014--98766111	45	2.2	45	85	3	135	41	19	17	21	1.90
98766314--98766400	40	2.2	40	82	0	102	42	16	6	34	1.74
98767173--98767225	16	3.4	16	82	10	65	24	7	0	67	1.16
98771582--98771668	21	4.0	23	75	10	74	14	19	25	40	1.90
98778040--98778073	16	2.1	17	88	5	52	23	2	2	70	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98782938--98783004	29	2.3	28	82	12	82	56	7	0	35	1.27
98796240--98796282	22	2.0	21	86	13	61	41	9	9	39	1.69
98801833--98801872	19	2.2	18	86	8	55	27	0	2	70	1.01
98802515--98802573	31	1.9	31	82	6	75	55	3	1	38	1.26
98802578--98802619	15	2.7	15	88	7	57	54	0	4	40	1.21
98807820--98807906	42	2.0	43	93	2	149	50	4	8	36	1.52
98808406--98808466	27	2.3	27	77	11	72	47	22	3	26	1.67
98830750--98830778	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
98830726--98830779	21	2.5	20	80	11	54	81	0	5	12	0.85
98843623--98843670	23	2.0	24	84	11	64	54	25	0	20	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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