genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25429865--25429988	35	3.6	34	74	11	90	42	16	9	31	1.80
25429902--25429999	35	2.8	35	79	0	106	43	18	7	30	1.77
25439105--25439190	28	3.5	24	72	16	68	61	3	4	30	1.33
25439680--25439745	30	2.2	30	97	0	123	45	15	10	28	1.79
25443041--25443359	49	6.7	47	74	12	231	23	29	19	27	1.98
25443041--25443359	93	3.3	95	79	8	288	23	29	19	27	1.98
25443041--25443359	142	2.2	143	83	5	394	23	29	19	27	1.98
25445099--25445155	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
25445207--25445339	52	2.7	50	90	6	200	27	18	23	31	1.97
25445207--25445339	26	5.3	26	89	7	179	27	18	23	31	1.97
25457168--25457295	40	3.2	40	92	0	220	29	27	18	24	1.98
25463113--25463151	8	4.6	9	90	6	55	20	0	0	79	0.73
25463115--25463144	8	3.8	8	100	0	60	20	0	0	80	0.72
25468228--25468437	48	4.4	47	73	7	156	30	19	24	25	1.98
25468228--25468458	96	2.4	96	79	5	243	29	19	25	25	1.99
25490099--25490130	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
25495346--25495550	40	5.2	39	84	4	214	24	26	21	26	2.00
25495346--25495550	80	2.6	81	83	4	238	24	26	21	26	2.00
25503377--25503584	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
25503377--25503582	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
25509234--25509379	71	2.1	71	85	2	195	41	12	21	25	1.88
25521624--25521848	48	4.7	48	78	2	200	24	27	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25521625--25521845	96	2.3	96	84	0	280	23	27	18	30	1.97
25523506--25523535	15	2.0	15	100	0	60	26	20	20	33	1.97
25525125--25525395	51	5.7	43	72	18	132	32	18	20	28	1.96
25525235--25525367	51	2.6	51	89	3	205	38	17	18	25	1.92
25525138--25525315	95	1.9	94	83	5	234	33	18	21	26	1.96
25525319--25525437	44	2.7	42	83	7	132	34	15	19	30	1.93
25531302--25531519	41	5.4	41	81	1	242	31	23	17	27	1.97
25538791--25539020	41	5.7	41	82	4	270	32	26	14	26	1.95
25538791--25539011	122	1.8	122	84	5	304	31	26	14	27	1.95
25550912--25550990	33	2.4	34	76	16	87	54	1	2	41	1.22
25550975--25551018	19	2.4	18	92	3	70	54	0	4	40	1.21
25554248--25554349	45	2.2	47	81	8	120	28	21	15	34	1.94
25554890--25554946	23	2.5	23	97	0	105	40	5	14	40	1.68
25561506--25561756	67	3.9	64	76	12	201	24	29	17	29	1.97
25568284--25568343	25	2.4	26	91	5	90	25	20	18	36	1.94
25568877--25568904	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25575201--25575251	22	2.4	21	86	3	66	31	5	0	62	1.19
25575234--25575272	18	2.3	17	91	8	62	30	2	0	66	1.05
25576755--25576796	21	2.0	21	90	0	66	26	19	28	26	1.98
25576839--25576863	12	2.1	12	100	0	50	36	40	0	24	1.55
25579024--25579158	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
25578970--25579159	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25586954--25587143	29	6.6	29	79	6	163	24	32	15	27	1.95
25586955--25587144	58	3.3	58	78	4	188	24	32	16	26	1.96
25589528--25589569	21	2.0	21	90	0	66	28	30	14	26	1.95
25593433--25593612	38	4.9	37	74	11	147	39	15	20	25	1.91
25593457--25593680	35	6.3	36	71	14	153	39	13	20	26	1.90
25593424--25593664	73	3.3	72	78	11	233	38	14	21	25	1.91
25593794--25593833	6	6.5	6	94	2	62	67	0	2	30	1.04
25602039--25603043	176	5.7	176	86	3	1161	27	24	17	29	1.98
25602039--25603043	351	2.9	351	84	2	1250	27	24	17	29	1.98
25603221--25603411	64	3.0	63	90	0	292	37	13	17	31	1.88
25604541--25604584	22	2.0	22	86	4	63	6	9	0	84	0.79
25604550--25604593	13	3.2	13	87	6	61	9	2	2	86	0.75
25604548--25604593	15	3.0	15	87	3	56	8	4	2	84	0.83
25604550--25604594	22	2.0	22	86	4	63	11	2	2	84	0.80
25605113--25605175	29	2.2	29	85	2	83	6	14	7	71	1.29
25611645--25611700	14	4.0	14	73	15	53	14	0	8	76	1.00
25611655--25611693	17	2.2	18	86	4	53	15	0	2	82	0.79
25611672--25611700	12	2.3	13	94	5	51	6	0	10	82	0.83
25613968--25614019	26	2.0	26	100	0	104	23	30	15	30	1.95
25622465--25622527	29	2.2	29	82	5	74	53	11	9	25	1.66
25629652--25629774	49	2.5	49	95	0	219	26	10	33	29	1.90
25629877--25629954	37	2.1	37	100	0	156	28	19	32	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25631964--25632475	29	17.7	29	96	1	893	25	16	33	24	1.96
25632959--25633057	41	2.4	41	80	11	114	26	25	24	24	2.00
25636156--25636278	49	2.5	49	95	0	219	26	10	33	29	1.90
25636381--25636458	37	2.1	37	100	0	156	28	19	32	20	1.97
25655807--25655877	24	2.9	24	72	17	58	49	1	4	45	1.30
25685734--25685875	39	3.6	39	91	2	232	21	32	21	24	1.98
25693632--25693774	39	3.6	39	89	0	214	22	29	20	27	1.99
25701531--25701665	26	5.2	26	93	1	218	34	5	23	37	1.77
25703281--25703393	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
25703279--25703393	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
25703455--25703494	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
25707874--25708057	26	7.2	25	96	3	307	34	5	23	35	1.78
25709202--25709238	8	4.6	8	93	0	65	51	21	24	2	1.61
25709655--25709768	27	4.2	27	80	3	113	17	23	21	37	1.94
25709653--25709768	54	2.1	54	85	3	153	17	23	21	37	1.93
25709829--25709868	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
25711531--25711568	20	1.9	20	84	10	51	31	2	2	63	1.22
25712920--25712946	6	4.5	6	100	0	54	51	0	0	48	1.00
25715598--25715631	17	2.0	17	100	0	68	29	0	23	47	1.52
25716097--25716175	29	2.7	30	86	2	115	34	5	15	45	1.68
25716419--25716481	18	3.5	18	73	0	63	31	4	17	46	1.69
25716666--25716692	14	1.9	14	100	0	54	25	7	29	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25717112--25717194	17	4.9	17	77	14	82	34	4	13	46	1.64
25717110--25717194	34	2.5	33	80	12	100	35	4	12	47	1.63
25719873--25719944	34	2.1	34	82	10	85	37	2	6	52	1.43
25735143--25735185	21	2.1	20	86	4	59	46	25	2	25	1.65
25740039--25740076	6	6.5	6	88	11	53	71	0	10	18	1.14
25740043--25740081	17	2.2	19	90	9	64	74	0	7	17	1.05
25742144--25742197	26	2.1	26	100	0	108	44	7	20	27	1.78
25742283--25742501	40	5.4	40	85	2	251	26	21	26	25	2.00
25742283--25742501	120	1.8	121	84	3	298	26	21	26	25	2.00
25744846--25744930	19	4.2	21	87	4	61	37	18	9	34	1.83
25744863--25744979	19	6.2	19	90	6	184	36	15	11	36	1.83
25744863--25744979	55	2.1	58	90	6	186	36	15	11	36	1.83
25744874--25744979	36	2.8	37	90	5	169	37	14	12	35	1.83
25744865--25744989	36	3.4	35	79	13	144	36	15	11	36	1.83
25752330--25752372	19	2.2	20	84	8	54	44	0	4	51	1.22
25752541--25752575	16	2.2	16	100	0	70	14	20	5	60	1.54
25752929--25752966	19	2.0	20	84	5	51	47	18	0	34	1.49
25753625--25753935	154	2.0	154	100	0	622	35	14	18	31	1.91
25754594--25754655	14	4.5	15	74	9	53	70	3	4	20	1.19
25754910--25754964	29	1.9	28	85	10	76	58	5	10	25	1.53
25757724--25757870	5	29.4	5	100	0	294	59	0	0	40	0.97
25758360--25758403	12	3.5	12	80	20	54	54	0	2	43	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25759737--25759769	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
25761242--25761270	9	3.0	10	90	10	51	58	0	20	20	1.39
25773936--25773990	28	2.0	28	92	0	92	27	10	30	30	1.91
25780517--25780557	21	2.0	21	95	0	73	19	26	21	31	1.97
25783947--25783984	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
25794634--25794694	30	2.0	30	96	0	113	37	0	14	47	1.45
25797599--25797741	40	3.5	40	84	7	191	23	15	25	34	1.94
25800943--25801117	48	3.7	47	80	3	190	23	28	18	29	1.98
25800943--25801120	96	1.9	96	83	4	234	23	28	19	28	1.98
25806804--25806985	51	3.6	51	89	5	257	28	25	19	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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