Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  259  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81833793--81834931
45
24.5
43
69
14
333
33
15
20
30
1.94
81833975--81834136
86
1.9
86
85
2
227
31
15
20
32
1.94
81834147--81834549
96
4.3
96
76
8
380
34
15
19
31
1.92
81834573--81834899
96
3.4
96
90
0
521
33
16
20
29
1.95
81834331--81834772
242
1.8
242
89
0
697
34
16
19
29
1.94
81834812--81835073
145
1.8
145
82
5
341
30
19
20
29
1.97
81836805--81837025
46
4.8
46
74
9
164
24
28
15
31
1.96
81842409--81842627
46
4.8
46
73
10
164
23
26
19
30
1.98
81847055--81847100
23
2.0
23
95
0
83
32
21
23
21
1.98
81848835--81848995
40
3.9
41
74
8
114
25
16
25
32
1.96
81851225--81851277
3
17.7
3
81
14
65
26
1
3
67
1.17
81851222--81851277
12
4.7
11
87
10
76
26
1
3
67
1.16
81856210--81856263
22
2.5
22
90
0
81
20
37
11
31
1.88
81857493--81857548
27
2.0
27
86
10
76
21
8
14
55
1.66
81858084--81858118
10
3.4
10
84
7
52
20
11
14
54
1.70
81861304--81861528
40
5.7
40
87
5
305
24
21
27
26
1.99
81861315--81861561
119
2.1
119
80
8
272
25
21
26
26
1.99
81865934--81866000
27
2.4
27
87
9
91
20
7
14
56
1.62
81868051--81868227
40
4.4
40
82
4
180
23
22
28
25
1.99
81868051--81868227
80
2.2
80
86
5
234
23
22
28
25
1.99
81868455--81868496
22
1.9
22
85
9
59
33
9
14
42
1.78
81869754--81869788
11
3.3
11
84
8
54
20
8
14
57
1.63
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81871887--81872005
57
2.1
58
85
1
159
29
21
6
42
1.78
81877978--81878018
13
2.9
15
89
7
59
75
7
2
14
1.12
81878052--81878161
3
36.7
3
72
18
54
68
2
4
24
1.22
81878101--81878188
30
2.9
30
76
17
76
68
4
4
22
1.27
81878095--81878168
18
4.0
17
74
22
60
68
2
4
24
1.19
81879076--81879110
17
2.1
17
100
0
70
22
28
20
28
1.98
81885842--81886025
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
81885882--81886070
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
81887924--81887949
3
8.7
3
100
0
52
34
30
0
34
1.58
81891256--81891419
40
4.1
40
78
6
179
25
21
28
25
1.99
81893173--81893210
19
2.0
19
94
0
67
34
10
23
31
1.89
81902839--81902902
28
2.1
32
80
13
73
26
1
14
57
1.46
81902839--81902902
31
2.1
30
85
8
85
26
1
14
57
1.46
81910381--81910457
9
8.6
9
81
5
93
44
18
9
28
1.80
81910542--81910566
13
1.9
13
100
0
50
12
0
48
40
1.40
81910543--81910580
18
2.1
18
95
0
67
7
2
47
42
1.46
81910786--81911013
102
2.2
102
97
0
438
35
9
19
35
1.84
81919181--81919235
27
2.0
27
96
0
101
36
16
0
47
1.47
81919654--81919815
35
4.6
35
84
5
211
34
25
9
30
1.87
81919654--81919815
70
2.3
70
91
0
261
34
25
9
30
1.87
81929249--81929466
40
5.5
40
92
1
348
16
21
30
31
1.96
81929249--81929466
79
2.7
79
92
1
337
16
21
30
31
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81930376--81930501
35
3.6
35
87
0
189
32
26
10
30
1.90
81933350--81933387
19
2.0
20
85
15
53
39
23
0
36
1.55
81933610--81933737
46
2.8
46
80
9
145
30
26
19
23
1.98
81933613--81933756
46
3.1
45
71
18
118
29
27
19
23
1.98
81939948--81940118
93
1.8
93
93
0
297
28
28
21
21
1.98
81939943--81940115
46
3.7
46
79
10
208
29
27
20
21
1.98
81947554--81947679
40
3.2
40
80
2
137
22
28
24
24
1.99
81947575--81947682
40
2.7
39
87
8
139
21
27
25
25
1.99
81947577--81947719
40
3.6
40
80
5
130
19
26
25
27
1.99
81950681--81950750
27
2.5
28
95
2
124
28
14
27
30
1.95
81950681--81950762
27
3.0
27
85
8
78
29
15
24
30
1.96
81952308--81952345
19
2.0
20
85
15
53
39
23
0
36
1.55
81952575--81952745
93
1.8
93
93
0
297
28
28
21
21
1.98
81952570--81952742
46
3.7
46
79
10
208
29
27
20
21
1.98
81960076--81960145
27
2.5
28
95
2
124
28
14
27
30
1.95
81960076--81960157
27
3.0
27
85
8
78
29
15
24
30
1.96
81961700--81961737
19
2.0
20
85
15
53
39
23
0
36
1.55
81961966--81962129
46
3.6
45
79
12
181
29
28
20
21
1.98
81961967--81962137
93
1.8
93
92
0
288
28
29
21
21
1.98
81961961--81962146
46
4.0
46
70
20
127
29
29
19
21
1.98
81963741--81963829
35
2.6
35
78
5
101
14
8
35
40
1.78
81966557--81966598
17
2.5
17
84
7
50
59
14
2
23
1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81976114--81976192
34
2.3
34
82
0
86
21
26
24
27
1.99
81979141--81979168
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
81982707--81982741
17
2.1
17
100
0
70
28
48
11
11
1.74
81988473--81988515
19
2.5
17
82
14
52
23
41
25
9
1.84
81990978--81991011
13
2.6
13
90
0
50
29
32
32
5
1.81
81994476--81994511
2
18.0
2
100
0
72
50
0
0
50
1.00
81995552--81995659
20
5.8
18
70
19
62
51
3
1
42
1.30
82004505--82004672
40
4.2
40
82
1
185
24
26
22
26
2.00
82007652--82007707
23
2.4
23
91
5
87
17
12
37
32
1.88
82013101--82013251
40
3.8
40
77
13
134
27
23
26
22
2.00
82013138--82013267
40
3.2
40
77
4
138
24
23
27
23
2.00
82021111--82021261
40
3.8
40
77
13
134
27
23
26
22
2.00
82021148--82021277
40
3.2
40
77
4
138
24
23
27
23
2.00
82026439--82026521
39
2.1
40
84
10
109
27
22
16
32
1.96
82029164--82029210
24
1.9
25
86
4
69
42
19
21
17
1.89
82031801--82031916
48
2.4
48
89
1
180
35
8
26
29
1.86
82032078--82032154
37
2.1
37
92
0
127
22
20
32
24
1.98
82035079--82035116
17
2.2
17
90
0
58
21
5
7
65
1.38
82044903--82044963
32
1.9
32
87
9
90
50
8
0
40
1.32
82045041--82045111
15
5.0
14
75
17
67
59
1
1
38
1.15
82045046--82045110
12
4.8
13
76
23
64
58
1
1
38
1.17
82045074--82045111
3
12.7
3
100
0
76
65
0
0
34
0.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
82049486--82049593
27
3.9
28
78
10
116
37
21
23
17
1.94
82049485--82049592
55
2.0
54
85
5
146
38
21
22
17
1.93
82051025--82051098
24
3.1
24
96
0
130
21
41
6
29
1.79
82055746--82055808
32
2.0
30
85
11
83
52
7
0
39
1.31
82055918--82055970
3
17.7
3
100
0
106
66
0
0
33
0.92
82061760--82061980
46
4.7
48
77
11
158
27
19
30
23
1.98
82067359--82067434
21
3.5
23
73
12
79
36
21
22
19
1.95
82068663--82068736
31
2.4
31
93
2
123
28
25
0
45
1.53
82068972--82069017
18
2.7
18
80
9
53
4
19
2
73
1.10
82073071--82073135
29
2.2
29
97
0
121
29
16
27
26
1.97
82075900--82076382
46
10.5
46
88
2
639
21
22
14
41
1.89
82079405--82079445
12
3.5
12
93
3
66
26
17
29
26
1.97
82081343--82081659
46
6.8
48
76
11
216
28
16
29
25
1.97
82083023--82083266
40
6.1
40
83
6
255
26
28
21
23
1.99
82091923--82091990
34
2.0
34
85
2
93
44
0
1
54
1.09
82092199--82092253
21
2.6
21
85
0
74
34
36
1
27
1.68
82094793--82094976
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
82094833--82095021
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
82095457--82095597
46
3.0
46
79
12
189
27
29
20
21
1.98
82106510--82106573
20
3.3
20
66
16
53
42
23
4
29
1.74
82107756--82107796
10
4.1
10
100
0
82
31
19
9
39
1.84
82109157--82109182
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
82109892--82110113
40
5.6
40
85
5
272
25
20
27
26
1.99
82109896--82110136
119
2.0
119
80
7
267
26
20
26
26
1.99
82114849--82114990
40
3.5
40
82
1
124
27
24
26
21
1.99
82114887--82115016
40
3.3
39
78
11
147
23
24
26
24
2.00
82117881--82117926
25
1.9
23
100
0
74
28
8
13
50
1.70
82117882--82117942
25
2.5
25
86
2
70
26
16
9
47
1.77
82118512--82118547
15
2.4
15
85
0
54
50
5
5
38
1.49
82118781--82118900
23
5.3
23
80
7
138
32
15
14
38
1.87
82125573--82125773
42
4.6
42
71
10
143
30
22
18
28
1.97
82129143--82129175
16
2.0
17
94
5
59
12
24
12
51
1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318