genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17274106--17274166	30	2.0	30	83	0	77	29	22	8	39	1.83
17282276--17282435	49	3.3	49	96	1	288	32	6	29	31	1.84
17284114--17284191	39	2.0	39	100	0	156	51	10	10	28	1.68
17285248--17285288	14	2.8	15	81	3	57	29	4	26	39	1.77
17298601--17298632	12	2.6	13	90	9	50	62	0	0	37	0.95
17303344--17303471	43	3.0	43	81	13	147	29	28	17	24	1.97
17308499--17308683	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
17308498--17308704	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
17308497--17308704	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
17311422--17311446	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
17312881--17313576	86	8.0	87	93	1	1017	18	23	22	34	1.96
17312881--17313576	260	2.7	260	89	2	1026	18	23	22	34	1.96
17319948--17320017	35	2.0	34	97	2	131	17	25	8	48	1.75
17325652--17325748	48	2.0	48	84	6	124	54	2	6	37	1.37
17325651--17325748	24	4.0	25	70	14	78	54	2	7	36	1.40
17325925--17325993	2	34.5	2	84	5	77	52	2	2	42	1.31
17326365--17326403	20	2.1	19	90	9	62	10	7	2	79	1.02
17329319--17329379	33	1.9	32	83	6	79	29	24	21	24	1.99
17329418--17329575	43	3.7	41	84	6	183	30	27	15	25	1.96
17333753--17333797	19	2.3	19	84	3	63	17	2	4	75	1.07
17334091--17334186	22	4.4	21	66	15	61	41	32	0	26	1.56
17334385--17334478	49	1.9	49	81	12	113	39	29	2	28	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17334440--17334493	15	3.7	15	76	16	51	40	35	1	22	1.65
17334451--17334492	22	2.0	21	85	4	57	40	38	0	21	1.53
17334797--17334891	40	2.4	40	81	0	109	20	21	18	40	1.92
17334896--17334921	12	2.2	12	100	0	52	46	23	15	15	1.83
17335790--17335961	46	3.7	46	80	7	179	27	19	29	23	1.99
17335891--17336008	46	2.6	44	80	9	112	28	19	27	23	1.98
17343220--17343401	79	2.3	80	90	0	276	26	23	27	22	2.00
17343183--17343401	40	5.5	40	88	2	289	26	22	27	24	2.00
17343220--17343428	79	2.6	79	87	2	249	25	22	27	24	2.00
17346260--17346329	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
17346337--17346443	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
17359123--17359165	15	2.8	15	82	3	50	55	18	16	9	1.67
17361981--17362049	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
17368324--17368361	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
17369990--17370058	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
17372601--17372627	12	2.2	12	100	0	54	51	11	0	37	1.37
17374668--17374715	2	24.5	2	87	4	71	47	0	4	47	1.21
17375391--17375617	40	5.7	40	88	1	314	19	19	28	32	1.96
17375391--17375613	79	2.8	78	85	4	295	19	19	29	32	1.96
17383268--17383455	40	4.7	40	90	0	288	18	21	28	31	1.97
17384838--17385002	56	3.0	55	90	6	246	33	26	14	25	1.94
17386134--17386162	14	2.0	15	93	6	51	55	20	0	24	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17389852--17390105	47	5.3	47	90	1	355	29	31	8	31	1.86
17389852--17390105	49	5.3	49	89	4	358	29	31	8	31	1.86
17404442--17404510	27	2.6	27	95	0	120	27	14	28	28	1.95
17404442--17404522	27	3.0	27	85	7	76	28	16	25	29	1.96
17412344--17412412	27	2.6	27	95	0	120	27	14	28	28	1.95
17412344--17412424	27	3.0	27	85	7	76	28	16	25	29	1.96
17420207--17420231	13	1.9	13	100	0	50	24	12	40	24	1.88
17421881--17421948	28	2.4	29	75	7	77	20	17	17	44	1.87
17421943--17421991	23	2.3	21	86	10	64	22	18	22	36	1.95
17422065--17422091	14	1.9	14	100	0	54	0	0	85	14	0.61
17422421--17422457	18	2.1	18	90	10	58	21	2	18	56	1.54
17423141--17423171	12	2.6	12	100	0	62	16	25	51	6	1.68
17423478--17423510	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
17423987--17424092	40	2.7	40	76	2	106	25	28	18	27	1.98
17431554--17431663	43	2.6	43	88	0	166	23	26	21	28	1.99
17432809--17432893	28	3.1	27	86	6	109	36	21	23	18	1.95
17435122--17435151	12	2.5	12	94	0	51	73	0	0	26	0.84
17437741--17437870	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
17439405--17439590	40	4.7	40	100	0	372	21	29	23	25	1.99
17449064--17449193	40	3.2	40	83	4	147	23	23	28	24	2.00
17451622--17451732	28	4.1	28	86	3	138	35	20	22	21	1.96
17451622--17451737	55	2.1	55	84	4	146	36	19	22	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17451838--17451888	26	1.9	27	84	4	68	29	15	23	31	1.95
17470030--17470227	27	7.3	27	84	4	222	29	22	7	40	1.81
17470030--17470227	81	2.4	81	90	3	301	29	22	7	40	1.81
17470226--17470381	27	5.8	27	79	5	145	39	19	10	30	1.85
17470259--17470381	54	2.3	54	85	0	165	40	21	8	30	1.82
17471602--17471709	40	2.7	40	83	0	126	22	30	24	23	1.99
17479324--17479471	79	1.9	79	81	2	181	25	29	24	20	1.99
17479405--17479513	40	2.7	40	84	0	128	22	27	23	25	2.00
17481282--17481333	27	1.9	27	88	7	79	44	13	7	34	1.72
17483707--17483786	27	3.0	27	96	0	142	27	21	10	41	1.85
17488953--17489026	29	2.6	29	86	4	96	28	31	13	27	1.94
17501036--17501243	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
17501036--17501241	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
17509189--17509396	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
17509189--17509394	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
17515326--17515378	26	2.0	26	96	0	97	33	22	9	33	1.86
17528776--17528947	93	1.8	93	93	0	299	27	28	20	22	1.99
17528769--17528944	46	3.8	46	76	12	198	28	28	20	22	1.98
17532395--17532463	32	2.2	31	80	12	79	49	8	1	40	1.43
17539556--17539591	17	2.1	18	89	5	56	50	5	5	38	1.49
17542573--17542779	40	5.2	40	86	4	278	25	22	26	25	2.00
17544888--17545079	40	4.8	39	82	5	163	23	22	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17544888--17545079	79	2.4	81	83	6	232	23	22	28	24	1.99
17544888--17545105	79	2.7	77	80	8	206	24	22	27	25	2.00
17554563--17554691	40	3.3	38	82	5	159	24	27	23	24	2.00
17554563--17554728	79	2.1	79	83	6	203	23	27	22	26	2.00
17554579--17554728	40	3.8	38	82	11	144	22	27	23	26	2.00
17561544--17561738	40	4.9	40	92	0	320	22	27	23	27	1.99
17564807--17564968	40	4.1	40	79	4	166	26	20	24	28	1.99
17564807--17564968	80	2.0	79	84	3	209	26	20	24	28	1.99
17574220--17574307	43	2.0	43	93	0	149	23	7	28	39	1.83
17576168--17576503	27	12.5	27	87	2	417	28	24	8	38	1.84
17577833--17577889	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
17577831--17577893	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
17577948--17578114	24	7.0	23	86	6	219	29	22	20	26	1.99
17577948--17578114	47	3.5	47	87	4	221	29	22	20	26	1.99
17577948--17578113	71	2.3	71	90	3	253	29	22	21	26	1.99
17578306--17578369	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
17581742--17581988	40	6.3	41	88	5	300	23	22	27	26	2.00
17581742--17581963	40	5.7	40	90	4	303	23	22	27	26	2.00
17581742--17581988	79	3.2	80	87	5	328	23	22	27	26	2.00
17583629--17583661	13	2.5	13	95	5	57	45	24	6	24	1.75
17589842--17590091	40	6.3	41	85	3	273	24	22	26	26	2.00
17599102--17599202	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17606053--17606089	15	2.4	16	82	13	51	35	0	16	48	1.46
17607753--17607867	24	4.8	24	83	5	142	44	18	18	19	1.87
17609218--17609253	19	1.9	18	88	5	54	44	0	16	38	1.48
17609398--17609484	20	4.3	20	76	7	59	10	32	19	37	1.86
17610136--17610174	18	2.2	18	100	0	78	38	25	5	30	1.78
17614712--17614743	5	6.4	5	100	0	64	62	0	0	37	0.95
17615159--17615194	13	2.6	14	91	8	56	30	11	0	58	1.33
17616416--17616442	7	3.9	7	100	0	54	59	0	0	40	0.98
17616432--17616472	22	1.9	22	90	5	66	73	2	2	21	1.07
17616965--17617023	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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