genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.147.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44980646--44980774	40	3.2	40	79	4	154	24	28	23	23	1.99
44980662--44980771	39	2.8	39	82	12	127	22	29	24	23	1.99
44980662--44980809	79	1.9	79	82	2	190	22	28	23	25	1.99
44988678--44988845	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
44988694--44988843	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
44990413--44990477	32	2.1	32	97	2	123	47	21	3	27	1.65
44994862--44994976	27	4.3	27	83	6	135	40	22	19	17	1.91
44995081--44995142	26	2.3	26	80	2	70	29	6	25	38	1.81
45005970--45006088	24	4.9	23	73	18	98	33	7	0	58	1.26
45006145--45006219	14	4.9	16	67	20	54	30	9	1	58	1.38
45015578--45016152	48	12.0	48	92	0	943	34	6	26	31	1.83
45016197--45016305	37	2.9	37	93	0	182	21	19	32	27	1.97
45021914--45022461	206	2.7	206	86	2	778	31	17	21	29	1.96
45025024--45025144	24	5.0	24	98	0	233	38	28	16	17	1.91
45032011--45032131	24	5.0	24	98	0	233	38	28	16	17	1.91
45035379--45035547	47	3.7	44	77	14	166	28	27	21	21	1.99
45035382--45035550	93	1.8	91	89	2	266	28	28	21	21	1.99
45035969--45036028	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
45042960--45043126	46	3.6	45	74	15	153	29	28	20	22	1.98
45044556--45044672	24	4.9	24	74	18	95	34	7	0	58	1.27
45044650--45044768	47	2.5	49	81	10	131	33	5	1	59	1.29
45044733--45044807	14	4.9	16	67	20	54	30	9	1	58	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45050111--45050941	419	2.0	420	85	2	1123	22	30	16	30	1.95
45052113--45052281	49	3.5	48	86	4	232	27	19	22	30	1.98
45052133--45052281	73	2.0	73	93	2	255	28	18	22	31	1.97
45052113--45052281	24	7.0	24	87	3	232	27	19	22	30	1.98
45062502--45062588	24	3.6	24	96	0	165	21	17	25	35	1.95
45062502--45062610	48	2.3	48	91	3	175	24	17	23	33	1.96
45062502--45062610	24	4.5	24	90	2	157	24	17	23	33	1.96
45063996--45064108	49	2.3	49	83	6	131	23	23	21	31	1.98
45065617--45065646	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
45066860--45066931	36	2.0	36	100	0	144	30	11	16	41	1.83
45070141--45070189	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
45071012--45071178	40	4.2	40	77	6	151	25	21	27	25	1.99
45078369--45078438	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
45081298--45081380	42	2.0	42	90	0	130	38	20	12	28	1.88
45081520--45081578	25	2.3	26	88	11	88	27	23	18	30	1.98
45081627--45081703	20	3.8	20	92	0	127	31	16	11	40	1.85
45082402--45082495	27	3.5	26	83	9	109	21	25	20	32	1.97
45082525--45082870	27	12.8	27	74	7	236	30	8	20	40	1.83
45082630--45082862	81	2.9	81	88	0	306	29	8	21	40	1.82
45082869--45082991	27	4.6	27	89	0	174	41	8	21	28	1.82
45082835--45082991	54	2.9	54	87	0	197	38	7	21	31	1.82
45082866--45083005	27	5.2	27	86	0	163	38	7	20	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45082820--45083004	81	2.3	81	78	0	208	35	7	22	34	1.82
45088129--45088198	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
45095334--45095403	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
45096902--45097084	79	2.3	80	82	9	214	26	27	21	25	1.99
45096881--45097084	40	5.1	40	79	10	213	26	26	21	25	1.99
45104637--45104819	77	2.3	80	81	10	216	26	27	21	24	1.99
45104618--45104819	40	5.1	40	81	10	229	25	27	21	24	1.99
45122494--45122545	20	2.6	20	84	0	68	25	32	25	17	1.97
45137536--45137703	40	4.2	40	81	6	171	25	22	26	25	2.00
45143237--45143275	17	2.3	17	95	0	69	20	5	0	74	1.01
45146167--45146249	37	2.2	37	91	0	130	20	32	22	24	1.98
45146367--45146757	47	8.3	47	93	0	629	27	29	9	32	1.88
45146417--45146495	25	3.3	25	67	16	76	30	29	6	34	1.82
45150332--45150480	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
45150373--45150480	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
45158446--45158594	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
45158487--45158594	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
45160211--45160436	125	1.8	125	87	1	337	28	18	17	35	1.94
45165026--45165076	18	2.8	18	90	0	75	45	9	17	27	1.80
45169082--45169247	47	3.5	47	68	16	135	28	17	30	24	1.97
45169033--45169248	94	2.3	94	89	1	335	28	19	29	23	1.98
45169033--45169303	94	2.9	94	81	2	285	29	19	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45169867--45169903	18	2.1	18	100	0	74	37	16	21	24	1.93
45175623--45175873	55	4.7	55	79	9	229	22	23	17	36	1.94
45175668--45175870	108	1.9	110	87	4	304	23	24	17	34	1.96
45179788--45179913	46	2.7	46	87	0	180	22	21	27	28	1.99
45182340--45182513	46	3.7	45	76	9	154	29	18	28	23	1.98
45184993--45185041	22	2.3	22	82	3	64	36	12	30	20	1.89
45187543--45187587	24	1.9	24	95	4	83	66	6	0	26	1.16
45187548--45187596	24	2.0	24	88	4	71	69	6	0	24	1.11
45196680--45196887	40	5.2	39	83	6	231	25	21	27	25	1.99
45196680--45196887	80	2.6	79	84	5	258	25	21	27	25	1.99
45205198--45205365	40	4.2	40	80	7	162	23	26	23	26	2.00
45205214--45205365	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
45213612--45213819	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
45213638--45213819	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
45221659--45221839	79	2.3	80	81	0	202	22	26	22	28	1.99
45221690--45221839	40	3.8	40	84	2	169	23	26	22	28	1.99
45225152--45225177	13	2.0	13	100	0	52	84	0	15	0	0.62
45226955--45227259	49	5.9	49	76	15	310	32	8	28	30	1.87
45227074--45227111	18	2.1	18	95	0	67	23	10	36	28	1.88
45227025--45227160	67	2.0	67	97	0	254	29	8	30	30	1.88
45226976--45227207	116	2.0	114	96	1	428	30	8	30	30	1.87
45226955--45227253	163	1.8	164	97	1	573	31	8	28	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45227365--45227436	37	1.9	37	94	0	126	27	16	30	25	1.97
45231889--45231987	28	3.5	29	94	5	168	32	27	12	28	1.92
45237644--45237742	28	3.5	29	94	5	168	32	27	12	28	1.92
45238828--45238865	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
45241975--45242109	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
45241921--45242110	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
45244242--45244285	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
45246494--45246523	4	7.2	4	92	7	51	50	0	23	26	1.50
45247681--45247890	27	7.8	27	86	0	267	28	23	10	37	1.88
45247681--45247890	81	2.6	81	88	0	312	28	23	10	37	1.88
45247681--45247890	54	3.9	54	87	0	303	28	23	10	37	1.88
45247667--45247918	54	4.7	54	82	2	202	31	22	10	35	1.88
45247869--45248300	27	16.0	27	80	2	346	38	19	9	31	1.85
45247666--45247932	81	3.3	80	79	3	257	31	22	10	35	1.88
45248316--45248458	27	5.3	26	81	9	171	36	16	20	26	1.94
45248316--45248485	54	3.1	54	87	0	241	35	17	20	25	1.95
45248326--45248487	27	6.0	26	82	5	162	35	19	20	24	1.95
45248316--45248468	81	1.9	81	85	5	211	36	18	19	25	1.94
45248691--45248785	25	3.8	25	88	0	127	25	24	22	28	1.99
45251025--45251340	27	11.7	27	85	0	380	30	23	7	37	1.83
45251264--45251717	27	16.8	27	79	5	274	39	21	8	30	1.84
45251129--45251717	54	10.9	54	79	5	294	36	22	8	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45251129--45251728	81	7.4	81	78	5	352	36	22	8	32	1.85
45251713--45251863	27	5.6	27	87	0	212	36	16	19	27	1.93
45251711--45251879	54	3.1	54	87	1	241	37	15	18	28	1.92
45251711--45251879	27	6.3	27	83	5	164	37	15	18	28	1.92
45252086--45252180	25	3.8	25	92	2	156	26	25	23	25	2.00
45261170--45261239	25	2.8	25	93	0	122	24	21	27	27	1.99
45261386--45261565	80	2.2	81	87	1	263	27	19	17	35	1.94
45261386--45261557	27	6.4	27	87	1	247	27	20	17	34	1.95
45261549--45261618	26	2.6	27	79	2	79	25	7	28	38	1.82
45270607--45270672	32	2.1	32	88	0	96	22	34	25	16	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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