genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27498481--27498527	24	2.0	24	91	4	78	27	44	4	23	1.72
27503708--27503747	21	1.9	21	84	0	53	22	5	30	42	1.75
27503706--27503812	53	2.0	53	90	0	169	23	2	30	42	1.68
27503802--27503877	35	2.3	33	80	11	84	21	2	34	42	1.67
27503812--27503893	35	2.3	35	79	4	85	25	4	31	37	1.77
27503931--27503956	7	3.7	7	100	0	52	26	15	15	42	1.87
27506629--27506658	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
27508402--27508499	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
27513663--27513687	10	2.5	10	100	0	50	0	8	8	84	0.79
27514789--27514836	3	16.0	3	91	0	78	33	4	0	62	1.14
27514987--27515064	36	2.2	36	82	11	90	57	1	0	41	1.07
27514994--27515048	29	2.0	27	82	13	67	58	1	0	40	1.09
27526618--27526729	23	4.9	23	76	12	113	34	20	22	22	1.96
27526613--27526719	45	2.3	45	79	10	110	35	19	22	22	1.96
27534777--27534876	40	2.5	40	81	3	112	26	29	23	22	1.99
27535632--27535657	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27542740--27542892	40	3.8	40	77	5	139	25	27	23	23	2.00
27543601--27543630	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
27563384--27563421	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
27564338--27564524	71	2.7	68	90	5	236	19	28	17	34	1.95
27564361--27564524	71	2.3	71	97	0	310	19	28	17	34	1.95
27564361--27564558	71	2.8	70	90	3	231	21	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27574693--27574766	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
27578446--27578565	27	4.6	26	87	4	161	37	11	24	26	1.90
27578446--27578565	53	2.3	51	87	5	168	37	11	24	26	1.90
27582091--27582122	13	2.4	14	85	15	50	25	12	6	56	1.59
27592419--27593612	49	24.4	49	94	0	2032	31	8	29	30	1.86
27593388--27593470	27	3.3	27	61	22	70	31	3	30	34	1.75
27595616--27595936	40	8.0	40	96	0	561	24	21	28	25	1.99
27599613--27600757	49	23.4	49	93	0	1968	31	8	30	30	1.86
27600190--27600272	27	3.3	27	61	22	70	31	3	30	34	1.75
27600533--27600615	27	3.3	27	61	22	70	31	3	30	34	1.75
27606903--27607086	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
27606943--27607131	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
27614988--27615171	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
27615032--27615179	80	1.9	79	81	4	181	22	25	29	22	1.99
27620610--27620759	39	3.8	38	84	2	156	23	26	22	27	2.00
27624841--27624977	40	3.5	39	82	10	154	24	29	21	24	1.99
27626738--27626920	40	4.6	40	80	8	212	25	22	25	25	2.00
27626738--27626956	79	2.8	80	81	5	250	25	22	26	26	2.00
27630334--27630648	40	7.8	40	83	1	299	16	29	16	37	1.91
27630359--27630542	20	9.2	20	63	11	72	16	30	16	36	1.91
27630334--27630612	80	3.5	80	83	1	353	16	30	15	37	1.91
27630336--27630622	120	2.4	120	81	4	335	16	29	16	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27630460--27630602	20	7.2	20	68	12	78	17	30	14	37	1.90
27630535--27630633	20	4.9	20	71	7	74	15	32	15	37	1.88
27631082--27631114	17	1.9	17	93	0	57	36	6	15	42	1.71
27635006--27635189	67	2.8	64	77	11	187	28	17	30	23	1.97
27646087--27646213	43	3.0	42	78	11	141	30	13	25	30	1.94
27647811--27647978	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
27647811--27647978	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
27657213--27657478	46	5.7	46	74	12	188	27	18	30	24	1.98
27657256--27657478	93	2.4	93	79	8	231	26	17	30	24	1.97
27665506--27665566	30	2.0	30	83	0	77	39	4	22	32	1.76
27671843--27672051	49	4.3	49	95	1	350	30	30	8	31	1.86
27675619--27675717	40	2.5	40	93	3	155	24	29	20	26	1.99
27675702--27675731	14	2.1	14	93	0	51	23	23	16	36	1.94
27675662--27675771	54	2.0	54	94	0	193	25	25	20	29	1.99
27675716--27675904	40	4.7	40	97	0	333	26	26	20	26	1.99
27675603--27675851	134	1.9	134	93	1	428	25	27	20	26	1.99
27677998--27678157	49	3.3	49	92	1	252	30	30	8	31	1.86
27687323--27687438	60	1.9	59	83	8	146	29	28	12	29	1.94
27691242--27691489	46	5.3	47	78	9	208	29	18	28	22	1.98
27691242--27691489	94	2.7	93	80	8	247	29	18	28	22	1.98
27698328--27698381	26	2.1	26	100	0	108	22	25	31	20	1.98
27698661--27698741	38	2.1	38	88	4	119	35	14	22	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27701596--27701896	49	6.4	49	87	8	446	28	9	32	28	1.88
27701650--27701912	136	1.9	136	89	3	377	29	8	31	29	1.87
27701998--27702082	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
27703900--27704103	40	5.1	40	92	1	284	27	20	26	24	1.99
27703921--27704103	79	2.3	79	89	0	276	26	21	27	24	1.99
27704277--27704526	29	8.7	29	95	0	439	26	16	32	25	1.96
27707704--27707777	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
27707761--27707836	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
27707704--27707836	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
27715586--27715659	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
27715643--27715718	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
27715586--27715718	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
27717874--27717972	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
27721864--27722055	51	3.8	51	73	6	149	25	15	26	33	1.95
27724863--27724921	18	3.3	18	76	9	75	38	15	20	25	1.91
27725180--27725229	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
27725264--27725407	27	5.3	26	85	5	137	20	20	19	38	1.93
27734916--27734979	23	2.8	23	80	0	83	18	12	23	45	1.84
27734892--27734986	23	4.2	23	72	9	79	20	13	23	43	1.87
27736594--27736861	46	5.7	47	75	10	169	22	29	19	28	1.98
27736656--27736858	93	2.2	93	79	12	222	23	27	20	29	1.99
27738962--27738992	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27739823--27739898	26	3.0	26	86	7	102	39	21	19	19	1.93
27742463--27742549	45	1.9	45	85	0	120	20	18	29	31	1.96
27748889--27749093	47	4.3	47	91	1	284	31	8	31	28	1.86
27751733--27751876	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
27751734--27751916	78	2.3	79	90	1	278	24	22	29	23	1.99
27755230--27755260	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
27757148--27757298	40	3.8	40	77	11	148	21	27	24	26	2.00
27757148--27757297	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
27764719--27764768	26	1.9	26	95	0	91	40	24	18	18	1.91
27764725--27764826	26	3.9	26	81	7	84	37	22	21	18	1.94
27767315--27767401	45	1.9	45	85	0	120	20	18	29	31	1.96
27771547--27771577	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
27775076--27775124	25	2.0	25	100	0	98	28	8	0	63	1.23
27775079--27775132	25	2.3	23	84	12	67	35	7	0	57	1.27
27775450--27775493	22	2.0	22	95	0	79	54	6	22	15	1.65
27777471--27777510	13	2.8	15	85	14	66	65	0	0	35	0.93
27781351--27781519	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
27789356--27789524	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
27806772--27807011	49	4.8	49	84	3	291	27	27	17	26	1.98
27811154--27811204	26	2.0	26	96	0	93	29	17	9	43	1.81
27815137--27815269	66	2.0	65	95	1	239	36	20	15	28	1.93
27817222--27817366	40	3.6	39	82	4	112	26	23	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27817261--27817389	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
27820457--27820548	46	2.0	46	83	8	116	19	16	25	39	1.92
27820459--27820548	23	3.9	23	73	5	83	17	16	25	40	1.91
27832254--27832288	17	2.0	18	88	5	54	17	45	25	11	1.81
27836294--27836325	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
27837032--27837184	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
27839329--27839374	22	2.1	22	100	0	92	23	0	23	52	1.48
27848646--27848779	49	2.7	49	80	2	162	21	15	33	29	1.94
27850891--27850925	14	2.4	15	90	9	63	25	20	0	54	1.45
27852956--27852987	14	2.3	15	89	10	50	50	0	3	46	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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