genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21859826--21859866	21	2.0	21	85	0	55	9	2	14	73	1.19
21860059--21860214	45	3.5	45	90	0	240	24	26	14	33	1.94
21860157--21860512	78	4.5	78	89	2	525	24	24	18	32	1.97
21861287--21862034	263	2.8	263	96	0	1354	24	24	17	33	1.96
21861976--21862079	43	2.4	44	91	4	176	20	30	19	29	1.97
21871193--21871229	18	2.1	18	90	5	58	67	0	0	32	0.91
21871480--21871555	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
21871509--21871606	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
21871516--21871606	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
21872096--21872131	15	2.4	15	100	0	72	30	11	8	50	1.67
21877626--21877658	17	1.9	17	88	11	50	42	9	9	39	1.68
21879278--21879316	20	2.0	20	100	0	78	38	15	5	41	1.69
21879757--21880004	93	2.7	92	83	6	288	36	17	6	39	1.75
21880060--21880214	77	2.0	77	82	3	188	31	18	7	42	1.78
21884823--21884888	6	10.8	6	76	15	64	45	15	19	19	1.85
21884832--21884898	31	2.2	31	91	0	107	46	13	20	19	1.83
21885048--21885148	27	3.8	26	81	5	103	39	19	21	18	1.92
21885281--21885345	22	3.0	21	73	13	60	35	23	21	20	1.96
21885780--21886102	27	12.0	27	84	2	380	26	20	16	36	1.93
21886086--21886344	27	9.7	27	78	7	253	30	10	18	39	1.85
21886062--21886167	54	2.0	54	83	3	133	35	11	12	40	1.79
21886084--21886344	79	3.3	79	86	3	319	31	10	18	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21886084--21886344	53	4.9	53	80	7	210	31	10	18	39	1.85
21888291--21888379	6	14.3	6	71	19	67	48	14	17	19	1.81
21888300--21888379	31	2.5	31	89	2	115	48	13	18	18	1.80
21888516--21888617	27	3.8	26	87	5	123	36	20	24	18	1.95
21888776--21888840	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
21889275--21889624	27	13.0	27	87	0	457	25	21	16	36	1.94
21889608--21889818	27	7.9	27	75	12	186	31	9	18	40	1.82
21889608--21889760	53	2.9	53	81	9	195	31	9	18	41	1.82
21889620--21889813	80	2.4	80	92	2	311	30	9	18	41	1.82
21893202--21893229	6	4.7	6	100	0	56	17	0	0	82	0.68
21893202--21893238	18	2.1	18	89	0	56	21	0	0	78	0.75
21901815--21901861	25	1.9	24	86	4	67	40	4	10	44	1.59
21901983--21902080	50	2.0	50	84	8	128	48	5	3	42	1.40
21902069--21902116	20	2.6	18	76	23	55	50	2	2	45	1.25
21906305--21906367	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
21916299--21916326	14	2.0	14	100	0	56	35	21	0	42	1.53
21921673--21921718	23	2.0	23	95	0	83	32	8	10	47	1.69
21922158--21922223	32	2.1	32	94	0	114	45	1	12	40	1.51
21924072--21924105	15	2.3	15	89	0	50	44	41	2	11	1.56
21924679--21924716	20	1.9	20	88	0	58	36	31	2	28	1.71
21924809--21924920	43	2.6	42	85	2	161	29	24	16	30	1.96
21936113--21936181	25	2.8	25	81	0	75	31	8	20	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21944795--21944836	21	2.0	21	85	0	57	21	19	28	30	1.97
21946125--21946173	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
21946991--21947157	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
21954124--21954172	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
21954989--21955155	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
21958343--21958377	18	1.9	18	88	0	52	22	14	22	40	1.90
21965418--21965681	86	3.1	86	83	5	313	44	10	9	34	1.73
21965436--21965724	87	3.4	85	81	6	309	43	12	10	33	1.77
21965439--21965812	87	4.3	88	80	7	281	42	12	11	33	1.78
21965739--21965969	79	2.9	79	83	0	291	41	10	14	33	1.81
21965907--21966068	88	1.9	87	83	7	213	40	11	13	35	1.80
21967897--21968246	48	7.3	47	79	8	348	26	18	30	24	1.98
21967897--21968246	144	2.4	144	84	4	431	26	18	30	24	1.98
21974608--21974644	18	2.1	18	100	0	74	35	0	21	43	1.53
21982296--21982509	40	5.4	40	93	1	351	23	22	28	25	1.99
21987435--21987534	51	2.0	51	100	0	200	44	11	23	22	1.84
21992114--21992318	48	4.3	49	78	2	202	26	18	30	25	1.98
21992265--21992386	62	2.0	62	88	0	181	27	20	25	27	1.99
21992393--21992526	48	2.8	48	79	0	142	28	20	29	22	1.98
21992120--21992520	206	1.9	206	82	3	502	27	19	27	24	1.99
22006346--22006471	59	2.1	60	81	14	145	38	11	3	46	1.60
22010953--22010982	6	5.2	6	92	8	53	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22013937--22013971	18	1.9	18	100	0	70	45	11	5	37	1.64
22016630--22016939	158	2.0	158	86	1	433	39	16	18	25	1.91
22020416--22020447	16	1.9	16	93	6	55	81	0	3	15	0.82
22020415--22020471	25	2.4	24	85	5	71	75	1	1	21	0.98
22020991--22021149	43	3.7	43	76	9	137	32	25	17	24	1.97
22021647--22021698	28	1.9	28	84	7	72	34	23	3	38	1.73
22024300--22024443	58	2.4	58	83	10	168	41	2	3	52	1.30
22025843--22025888	22	2.1	21	88	4	65	21	6	2	69	1.22
22027129--22027207	24	3.2	24	67	22	72	41	18	10	29	1.83
22027105--22027210	51	2.1	51	96	0	194	42	18	8	30	1.80
22027985--22028037	27	2.0	27	96	0	97	52	15	5	26	1.64
22028713--22028760	20	2.4	20	79	6	53	43	14	4	37	1.65
22028887--22028934	22	2.0	25	88	11	75	39	6	2	52	1.39
22030438--22030828	131	3.0	131	87	1	498	36	18	18	26	1.94
22031635--22031669	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
22033738--22034265	133	4.0	133	87	1	765	27	24	18	28	1.98
22033739--22034255	263	2.0	263	89	0	802	27	24	18	29	1.98
22040347--22040381	4	8.2	4	90	9	52	77	0	0	22	0.78
22040347--22040379	9	3.8	9	92	8	59	78	0	0	21	0.75
22064963--22065326	131	2.8	132	86	3	468	36	19	18	25	1.94
22066338--22066365	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22066408--22066452	2	22.0	2	86	4	63	48	4	2	44	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22071570--22071613	16	2.8	16	79	6	54	68	4	2	25	1.20
22075271--22075383	59	1.9	58	82	7	138	51	12	7	28	1.67
22075433--22075822	84	4.6	84	87	2	487	47	12	9	31	1.73
22075850--22076134	79	3.6	78	86	3	374	38	14	15	31	1.87
22080782--22080813	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
22084036--22084138	18	5.4	18	68	17	73	38	25	23	12	1.90
22084056--22084120	21	3.2	21	71	20	57	43	23	23	10	1.85
22084038--22084138	39	2.6	39	93	0	166	39	24	23	11	1.89
22086450--22086476	4	6.8	4	100	0	54	25	22	0	51	1.48
22086927--22087079	70	2.2	70	84	0	189	28	23	23	24	2.00
22086965--22087201	35	6.8	35	71	12	164	29	22	21	26	1.99
22086965--22087201	105	2.3	105	85	2	307	29	22	21	26	1.99
22093141--22093182	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
22097302--22097331	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
22099942--22100011	10	7.0	10	85	9	90	68	1	7	22	1.22
22100979--22101074	50	1.9	50	81	12	117	25	22	19	32	1.98
22100979--22101072	25	3.8	25	80	5	93	25	23	20	30	1.98
22103889--22103984	50	1.9	50	83	12	126	23	21	21	32	1.98
22103889--22103980	25	3.7	24	81	7	96	25	21	21	31	1.98
22109097--22109128	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
22114460--22114630	46	3.7	46	79	13	215	28	28	21	22	1.99
22114465--22114635	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22115053--22115112	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
22123842--22124003	26	6.2	26	90	1	245	35	23	6	34	1.80
22123842--22124003	78	2.1	78	94	0	279	35	23	6	34	1.80
22131119--22131212	25	3.8	24	79	10	93	24	23	21	30	1.99
22142736--22142778	22	2.0	22	81	9	52	39	2	0	58	1.11
22142706--22142779	37	1.9	39	84	15	102	37	1	0	60	1.05
22143007--22143046	16	2.5	16	87	0	62	30	22	0	47	1.52
22143542--22143668	63	2.0	63	100	0	254	42	12	14	29	1.83
22147324--22147388	30	2.1	32	83	11	82	38	9	3	49	1.51
22152648--22152891	40	6.1	40	86	6	300	24	21	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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