genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.302.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  302  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94703539--94703592	19	2.9	18	80	17	58	64	3	1	29	1.21
94704236--94704269	16	2.1	16	89	10	52	0	8	2	88	0.62
94704418--94704642	127	1.8	121	83	8	299	30	3	6	59	1.39
94707034--94707080	19	2.5	19	89	6	69	27	21	8	42	1.81
94709865--94709916	6	8.7	6	100	0	104	51	17	30	0	1.45
94709916--94709954	14	2.8	14	92	0	69	87	12	0	0	0.55
94711293--94712237	43	21.7	43	73	9	578	35	21	22	20	1.96
94711292--94712150	260	3.3	261	91	2	1307	35	22	21	20	1.96
94711281--94712150	132	6.6	132	84	4	1118	35	22	21	20	1.96
94711431--94712236	175	4.6	176	74	8	603	36	21	21	20	1.96
94711289--94712253	132	7.4	132	81	7	702	35	21	21	20	1.96
94712257--94712590	137	2.4	137	94	2	584	28	23	21	27	1.99
94712263--94712590	68	4.8	67	86	3	451	28	23	21	26	1.99
94712739--94713210	132	3.6	132	97	0	872	31	20	23	25	1.98
94713009--94713385	176	2.1	176	97	0	700	30	19	24	25	1.98
94712638--94713444	44	18.3	44	75	8	572	31	19	23	25	1.98
94713788--94713829	22	1.9	22	85	9	59	23	52	9	14	1.71
94713928--94713976	20	2.3	21	93	6	82	10	0	24	65	1.23
94713933--94714004	25	3.0	25	82	13	82	16	1	26	55	1.49
94714312--94714392	3	26.3	3	74	18	62	30	3	1	64	1.19
94714305--94714392	12	7.3	12	76	19	78	29	3	1	65	1.16
94714312--94714396	18	4.7	18	79	14	88	31	3	1	63	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94714558--94714773	121	1.8	118	81	9	269	31	5	5	57	1.43
94714748--94714783	2	18.0	2	88	0	54	47	2	0	50	1.15
94715017--94715111	47	2.0	48	97	2	183	31	12	20	35	1.90
94716178--94716239	28	2.2	29	97	2	117	56	4	0	38	1.21
94716249--94716327	34	2.4	32	79	10	79	77	3	5	13	1.08
94716255--94716326	9	8.4	8	77	7	54	79	4	5	11	1.04
94716354--94716413	17	3.8	17	78	17	83	76	1	10	11	1.09
94716354--94716420	17	4.2	17	74	14	70	76	1	11	10	1.10
94717826--94717893	20	3.6	18	80	11	66	54	10	2	32	1.49
94717829--94717874	18	2.4	19	85	7	58	54	10	2	32	1.47
94729814--94729840	12	2.2	12	100	0	54	51	0	29	18	1.46
94735405--94735429	9	2.8	9	100	0	50	20	0	0	80	0.72
94735718--94735753	6	6.0	6	86	0	54	61	16	5	16	1.53
94735718--94735753	18	2.0	18	100	0	72	61	16	5	16	1.53
94740260--94740378	25	4.8	25	77	12	113	17	26	20	36	1.94
94740324--94740417	25	3.8	24	76	10	73	20	24	21	34	1.97
94740226--94740390	49	3.3	49	74	13	142	18	26	21	33	1.96
94740259--94740419	73	2.2	75	80	13	181	19	24	20	34	1.96
94740357--94740416	25	2.4	25	88	8	86	25	21	20	33	1.97
94742277--94742330	28	2.0	27	85	3	72	66	14	1	16	1.34
94742313--94742351	18	2.2	18	95	4	71	56	20	0	23	1.42
94742996--94743030	13	2.6	13	90	4	52	85	2	11	0	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94744006--94744051	21	2.2	22	80	11	60	17	13	4	65	1.42
94749213--94749274	30	2.1	30	93	0	106	27	1	12	58	1.44
94749578--94749724	73	2.0	73	95	0	267	27	13	15	42	1.85
94750517--94750599	42	2.0	42	100	0	166	48	13	4	33	1.63
94751126--94751185	31	1.9	31	83	6	77	41	10	16	31	1.81
94754728--94755137	46	8.8	46	90	3	554	39	14	24	21	1.91
94754728--94755137	142	2.9	138	87	5	563	39	14	24	21	1.91
94757790--94757850	30	2.0	30	83	0	77	29	22	6	40	1.79
94757846--94758372	261	2.0	260	96	0	973	32	21	9	36	1.86
94759577--94759674	22	4.2	25	84	13	81	40	0	2	57	1.10
94759570--94759645	38	2.2	33	83	11	89	39	0	3	56	1.18
94759577--94759685	22	4.9	23	81	16	76	40	0	1	57	1.09
94759608--94759683	22	3.5	22	92	3	120	39	0	1	59	1.06
94759645--94759724	36	2.2	38	82	8	94	42	2	0	55	1.13
94759616--94759732	22	5.3	21	77	13	112	40	1	0	58	1.08
94760014--94760073	21	2.8	21	78	16	70	63	1	0	35	1.05
94760138--94760197	22	2.9	21	82	9	61	58	0	1	40	1.08
94760122--94760197	23	3.6	21	77	11	66	53	0	1	44	1.08
94760114--94760215	53	1.9	53	82	7	127	54	0	0	44	1.06
94760261--94760302	21	2.0	21	85	4	57	76	4	0	19	0.96
94760317--94760357	19	2.0	21	86	9	59	75	4	7	12	1.16
94760502--94760554	22	2.4	23	76	17	60	60	3	0	35	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94760594--94760635	22	2.0	21	90	4	66	64	0	0	35	0.94
94760697--94760725	14	2.0	15	93	6	51	75	0	0	24	0.80
94763842--94763896	28	2.0	28	82	10	69	40	3	0	56	1.17
94768257--94768299	22	2.0	22	86	13	63	37	0	0	62	0.95
94770562--94770625	31	2.1	31	85	2	85	32	14	12	40	1.83
94778795--94778951	60	2.6	60	81	7	181	17	14	18	49	1.79
94796123--94796168	19	2.3	20	82	14	60	47	8	6	36	1.60
94798720--94798917	64	3.1	63	81	4	236	43	6	6	43	1.55
94801417--94801515	35	2.8	35	81	6	92	50	6	2	41	1.38
94807927--94807954	13	2.2	13	100	0	56	35	21	7	35	1.81
94808347--94808391	19	2.4	19	80	0	54	42	2	2	53	1.25
94808395--94808437	19	2.3	18	88	7	68	53	0	2	44	1.13
94808339--94808454	43	2.6	43	80	12	110	50	0	2	46	1.21
94809547--94809590	22	2.0	22	86	0	61	54	0	2	43	1.12
94809610--94809651	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
94809614--94809650	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
94812791--94812874	26	3.2	26	89	0	132	36	23	3	35	1.73
94830066--94830232	35	4.6	35	83	7	192	34	23	10	31	1.89
94830061--94830232	75	2.4	73	83	8	217	34	23	11	31	1.89
94833747--94833799	19	2.7	19	94	2	88	49	1	3	45	1.31
94836957--94837011	22	2.5	22	87	3	74	27	21	3	47	1.68
94845250--94845640	75	5.1	75	80	11	425	28	15	20	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94845409--94845640	73	3.1	74	85	4	324	28	14	20	36	1.92
94845258--94845640	161	2.5	154	85	9	478	28	15	20	34	1.94
94847337--94847389	3	18.3	3	75	21	51	30	1	0	67	1.01
94847324--94847389	22	3.0	21	77	12	71	27	1	0	71	0.95
94847333--94847389	18	3.2	18	75	9	64	29	1	0	68	1.00
94847519--94848129	23	26.3	23	66	22	147	33	5	5	55	1.46
94847526--94847709	65	2.8	63	72	17	160	33	3	5	57	1.39
94847896--94848004	25	4.4	25	79	7	98	34	6	5	53	1.50
94848064--94848103	21	2.0	21	90	5	64	35	10	2	52	1.48
94853435--94853483	21	2.4	20	82	3	53	55	12	2	30	1.48
94853535--94853647	24	4.6	24	69	21	81	59	5	3	31	1.37
94853565--94853609	23	2.0	22	83	8	56	60	6	4	28	1.42
94853535--94853645	22	4.5	23	68	25	59	59	5	3	31	1.37
94853712--94853754	21	2.0	21	90	0	68	60	0	2	37	1.10
94853955--94853991	12	3.2	12	92	3	58	59	0	8	32	1.27
94854093--94854150	24	2.4	24	79	0	62	46	3	10	39	1.55
94854980--94855028	21	2.3	22	82	13	66	75	2	12	10	1.13
94856158--94856191	15	2.3	15	89	0	50	70	2	8	17	1.25
94856212--94856488	75	3.7	73	84	9	339	32	20	16	30	1.95
94856212--94856643	148	2.8	152	86	6	556	33	19	16	30	1.94
94856396--94856577	87	2.1	88	87	3	260	38	16	15	29	1.90
94856487--94856643	74	2.2	72	88	3	233	35	18	15	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94856321--94856636	161	2.0	162	91	1	510	34	18	15	31	1.93
94874396--94874434	20	1.9	20	84	5	51	71	7	5	15	1.26
94876995--94877048	20	2.7	21	76	18	53	53	1	1	42	1.22
94881464--94881488	13	1.9	13	100	0	50	64	8	4	24	1.38
94881656--94881686	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
94883559--94883800	124	2.0	123	85	3	326	31	17	11	38	1.86
94883424--94883895	127	3.7	126	76	8	431	30	15	10	43	1.80
94885087--94885126	21	1.9	21	84	0	53	45	0	2	52	1.14
94885437--94885479	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
94887151--94887175	13	1.9	13	100	0	50	0	8	0	92	0.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318