genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57127654--57127961	46	6.5	46	73	15	222	27	19	29	23	1.98
57127654--57127961	94	3.3	92	81	10	313	27	19	29	23	1.98
57138760--57138944	40	4.6	40	78	2	192	25	24	22	27	2.00
57140899--57140955	30	1.9	30	88	0	87	26	24	15	33	1.95
57142986--57143035	15	2.9	18	77	19	54	24	6	8	62	1.46
57143005--57143033	15	1.9	15	100	0	58	27	3	6	62	1.37
57151683--57151787	40	2.6	40	81	3	120	24	26	19	29	1.98
57151763--57151886	43	2.8	45	88	8	177	25	29	21	23	1.99
57161607--57161634	14	2.0	14	100	0	56	28	0	21	50	1.49
57175350--57175452	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
57183309--57183428	23	5.1	23	90	6	188	30	21	20	27	1.98
57183309--57183429	48	2.6	47	88	8	192	29	21	20	28	1.98
57183487--57183563	9	7.9	9	70	16	55	35	22	9	33	1.85
57183483--57183565	20	4.2	20	95	0	148	32	20	12	34	1.89
57183602--57183649	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
57191410--57191529	23	5.1	23	90	6	188	30	21	20	27	1.98
57191410--57191530	48	2.6	47	88	8	192	29	21	20	28	1.98
57191588--57191664	9	7.9	9	70	16	55	35	22	9	33	1.85
57191584--57191666	20	4.2	20	95	0	148	32	20	12	34	1.89
57191703--57191750	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
57196198--57196258	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
57202451--57202627	27	6.6	27	83	3	180	38	20	17	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57202451--57202615	80	2.0	81	84	3	217	39	18	18	23	1.92
57206379--57206468	41	2.2	41	88	4	128	37	16	21	24	1.93
57213335--57213432	31	2.9	35	83	11	141	45	11	6	36	1.65
57213714--57213738	7	3.6	7	100	0	50	32	12	16	40	1.84
57218213--57218354	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
57218252--57218380	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
57219843--57219891	20	2.5	19	77	9	53	57	20	0	22	1.41
57220908--57221022	29	4.0	29	80	6	119	27	28	14	28	1.95
57221080--57221114	17	2.0	18	88	5	54	20	40	22	17	1.92
57222516--57222547	16	2.0	16	93	0	55	15	6	28	50	1.68
57224361--57224461	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
57237248--57237373	28	4.5	28	86	4	139	28	26	14	30	1.95
57239419--57239585	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
57239419--57239585	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
57247414--57247580	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
57247414--57247580	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
57248406--57248451	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
57250459--57250579	43	2.9	42	80	4	127	35	13	18	33	1.89
57263137--57263484	175	2.0	175	85	3	477	25	22	28	24	1.99
57264940--57265111	93	1.8	93	94	0	308	27	29	22	20	1.98
57264932--57265110	46	3.9	46	82	10	238	27	29	21	21	1.99
57267488--57267576	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57267488--57267567	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
57267499--57267576	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
57270488--57270659	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
57270480--57270655	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
57276119--57276183	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
57284101--57284165	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
57288815--57288867	21	2.5	21	87	0	70	30	33	9	26	1.88
57299012--57299238	49	4.6	49	83	2	274	25	16	27	30	1.97
57299005--57299238	99	2.3	100	84	2	301	24	17	28	29	1.97
57300963--57301146	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
57308983--57309166	40	4.6	39	76	9	140	26	23	27	22	2.00
57309023--57309211	80	2.4	81	78	4	195	23	23	29	23	1.99
57311577--57311728	40	3.8	39	79	6	144	22	25	23	28	1.99
57311577--57311728	80	1.9	80	82	5	191	22	25	23	28	1.99
57319604--57319752	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
57319645--57319752	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
57323251--57323392	30	4.7	29	78	6	140	35	13	25	26	1.93
57323228--57323450	30	7.4	30	76	7	107	37	13	25	24	1.92
57326512--57326718	40	5.2	40	80	3	211	26	22	27	24	2.00
57326516--57326722	79	2.6	79	78	3	220	26	22	27	24	2.00
57342129--57342279	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
57342166--57342295	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57350125--57350274	40	3.8	38	77	13	126	27	23	26	22	2.00
57350162--57350290	40	3.2	40	77	6	138	24	23	27	24	2.00
57358025--57358295	46	5.8	46	79	9	248	29	18	28	23	1.98
57358025--57358295	93	2.9	91	80	9	291	29	18	28	23	1.98
57368612--57368722	40	2.8	39	83	9	127	23	27	25	23	2.00
57376619--57376748	40	3.2	40	81	2	163	24	28	23	23	2.00
57376635--57376784	80	1.9	80	83	2	194	22	28	24	25	1.99
57388298--57388661	46	7.7	47	73	16	237	24	30	18	27	1.98
57388298--57388657	94	3.8	94	79	12	289	24	30	18	27	1.98
57388347--57388500	50	3.1	49	72	8	116	27	30	17	24	1.97
57389002--57389073	30	2.4	30	100	0	144	22	26	12	38	1.89
57389157--57389198	19	2.2	19	83	8	50	35	16	0	47	1.47
57396265--57396480	46	4.7	45	78	10	195	23	30	17	28	1.97
57402639--57402715	29	2.7	29	83	2	102	31	31	12	24	1.93
57407322--57407375	4	13.8	4	80	3	56	24	5	1	68	1.21
57407538--57407563	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
57410686--57410723	19	2.0	20	89	5	60	28	21	5	44	1.73
57418923--57418951	12	2.3	13	94	5	51	20	6	13	58	1.58
57422011--57422952	44	20.4	45	70	13	264	33	17	18	30	1.94
57422011--57422496	233	2.1	233	82	3	604	33	18	17	30	1.94
57422559--57422935	95	3.9	96	72	9	286	33	16	19	30	1.94
57422554--57422838	140	2.0	140	85	0	381	34	16	19	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57422742--57422854	51	2.2	51	88	3	174	37	15	14	32	1.88
57423639--57423681	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
57424418--57424443	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
57427443--57427666	37	6.1	37	93	2	335	27	31	18	22	1.97
57427443--57427666	74	3.0	74	92	1	369	27	31	18	22	1.97
57427451--57427666	111	1.9	111	93	1	371	25	32	18	23	1.97
57427812--57428044	48	4.8	48	91	3	369	30	27	6	36	1.82
57428022--57428207	47	4.0	47	91	0	282	26	29	11	32	1.91
57428107--57428178	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
57432587--57432626	13	2.9	14	88	3	55	22	2	0	75	0.93
57434502--57434572	34	2.1	34	81	0	79	36	25	12	25	1.91
57435962--57436020	25	2.4	24	81	10	66	67	3	0	28	1.06
57435991--57436049	21	2.8	22	85	7	70	69	6	0	23	1.12
57436096--57436130	17	2.1	17	88	0	52	71	0	0	28	0.86
57440915--57440939	12	2.1	12	100	0	50	0	8	0	92	0.40
57441113--57441145	11	3.1	11	91	4	50	54	0	3	42	1.15
57450110--57450231	49	2.5	49	91	0	199	30	9	31	28	1.89
57450328--57450412	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
57453864--57454435	47	12.0	47	92	3	928	34	8	28	28	1.87
57453864--57454435	96	6.0	96	97	0	1040	34	8	28	28	1.87
57454427--57454626	48	4.2	48	94	0	346	33	6	28	32	1.83
57454666--57454756	37	2.4	37	96	1	164	23	18	32	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57463750--57463787	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
57471389--57471425	19	1.9	19	100	0	74	51	16	16	16	1.77
57479879--57479904	4	6.5	4	100	0	52	73	0	0	26	0.84
57480052--57480089	16	2.3	16	90	4	58	78	0	0	21	0.74
57480680--57480714	15	2.3	15	95	0	61	22	0	0	77	0.78
57483267--57483325	22	2.7	22	78	0	64	18	25	27	28	1.98
57486010--57486156	43	3.4	43	79	4	154	28	14	23	33	1.94
57486019--57486176	86	1.8	85	82	9	205	29	15	22	31	1.95
57490491--57490603	23	4.9	23	87	0	145	42	17	19	20	1.89
57490458--57490603	46	3.2	44	78	9	132	41	17	19	22	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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