genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.125.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38468721--38469006	50	5.7	50	79	5	272	24	17	27	30	1.97
38468767--38468948	101	1.8	101	90	0	292	25	19	26	28	1.99
38468723--38469043	150	2.1	152	83	2	396	24	17	28	30	1.97
38472666--38472718	22	2.4	22	100	0	106	33	3	15	47	1.63
38482473--38482646	47	3.7	46	72	8	136	28	20	27	24	1.99
38482480--38482675	94	2.1	94	81	1	223	30	18	27	24	1.98
38488266--38488617	47	7.5	44	72	11	190	28	19	28	23	1.98
38488269--38488625	94	3.8	94	77	10	365	28	19	28	23	1.98
38489611--38489635	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
38490507--38490576	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
38497469--38497493	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
38498367--38498436	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
38501896--38502126	55	4.4	53	81	9	251	36	17	23	22	1.94
38501900--38502100	108	1.8	110	89	4	318	35	17	24	22	1.95
38502216--38502260	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
38502338--38502368	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
38503994--38504046	26	2.0	26	88	0	79	28	15	16	39	1.89
38506502--38506764	49	5.4	49	93	0	427	30	29	8	31	1.87
38512393--38512529	41	3.3	41	81	6	154	33	26	14	25	1.94
38512438--38512541	41	2.6	41	78	7	113	34	25	13	25	1.93
38515375--38515506	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
38533015--38533252	48	4.9	48	80	3	271	26	18	28	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38533020--38533298	97	2.9	97	83	3	339	28	19	27	24	1.98
38539608--38539774	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
38547604--38547770	40	4.2	41	83	5	182	25	26	21	26	2.00
38550794--38550966	47	3.7	47	80	13	189	21	21	28	28	1.99
38550794--38550963	92	1.8	93	93	1	297	21	21	28	28	1.99
38558365--38558535	46	3.7	46	79	11	199	21	21	27	29	1.98
38558759--38558796	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
38563143--38563183	20	2.0	20	100	0	82	41	9	24	24	1.85
38564533--38564589	22	2.5	22	80	2	60	50	3	29	15	1.61
38570964--38571005	14	3.0	14	78	0	57	23	7	2	66	1.28
38579989--38580166	52	3.5	51	88	4	245	26	30	14	28	1.95
38583526--38583552	14	1.9	14	100	0	54	51	11	14	22	1.73
38588070--38588146	38	2.0	38	100	0	154	45	18	5	31	1.71
38590503--38590528	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
38591913--38592118	40	5.2	40	92	1	335	23	22	26	28	1.99
38594045--38594177	24	5.6	24	90	1	205	39	27	12	19	1.88
38598537--38598564	12	2.3	12	100	0	56	0	32	14	53	1.41
38607168--38607333	46	3.7	41	80	11	138	23	31	18	26	1.98
38607115--38607379	93	2.9	93	75	13	233	23	30	18	27	1.98
38612012--38612106	24	4.0	24	93	2	147	28	21	21	29	1.98
38612313--38612376	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
38619894--38619957	20	3.2	20	95	0	110	34	10	21	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38619898--38619952	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
38620002--38620153	24	6.4	24	90	5	229	28	21	21	27	1.99
38620360--38620422	30	2.1	31	84	3	83	38	14	22	25	1.92
38621171--38621222	25	2.1	25	100	0	104	57	7	15	19	1.62
38622032--38622075	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
38625476--38625691	47	4.7	45	75	11	140	24	31	18	25	1.98
38629133--38629164	12	2.8	12	95	4	57	56	0	0	43	0.99
38629362--38629407	19	2.4	19	88	3	65	34	10	8	45	1.70
38631932--38631958	14	1.9	14	100	0	54	37	14	18	29	1.91
38633164--38633195	15	2.1	15	100	0	64	31	28	0	40	1.57
38638775--38638930	78	2.0	78	94	0	276	36	13	14	35	1.85
38638964--38639013	24	2.1	24	100	0	100	36	18	30	16	1.92
38645873--38645901	12	2.3	13	94	5	51	82	3	6	6	0.93
38647067--38647174	47	2.3	47	90	0	162	25	10	13	50	1.74
38651271--38651565	47	6.3	47	93	0	482	33	8	28	29	1.87
38653930--38654004	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
38654062--38654321	79	3.3	79	93	1	425	23	22	28	25	2.00
38654058--38654309	39	6.4	40	88	2	368	23	21	28	26	1.99
38657955--38658296	47	7.3	47	96	0	594	32	9	29	28	1.89
38661989--38662056	31	2.3	28	80	12	75	29	8	29	32	1.87
38663611--38663706	33	2.9	33	87	0	120	17	10	30	41	1.83
38665732--38665915	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38665772--38665960	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
38673848--38674031	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
38673888--38674076	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
38681959--38682032	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
38682016--38682091	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
38681959--38682091	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
38689823--38689954	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
38692979--38693016	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
38697662--38697686	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
38698560--38698629	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
38705517--38705541	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
38706415--38706484	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
38725748--38726142	44	8.8	45	74	8	245	30	20	23	26	1.98
38725752--38726188	89	4.9	89	77	3	439	29	20	23	26	1.99
38726200--38726288	45	2.0	45	93	0	151	33	15	24	25	1.95
38727521--38727559	17	2.3	17	95	0	69	25	0	25	48	1.51
38729660--38729747	34	2.6	33	85	1	113	29	25	25	20	1.99
38729909--38729933	12	2.1	12	100	0	50	32	16	16	36	1.90
38731907--38731948	21	2.0	21	100	0	84	33	28	14	23	1.94
38732448--38732603	43	3.7	42	77	4	127	33	26	11	27	1.91
38737405--38737535	41	3.1	41	70	12	131	25	27	20	26	1.99
38737429--38737561	43	3.1	43	69	12	139	26	28	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38737359--38737578	43	5.2	42	64	20	118	24	28	19	27	1.99
38737357--38737582	84	2.7	84	93	0	380	24	28	19	27	1.99
38739009--38739038	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
38741827--38741983	30	5.2	29	70	4	116	27	25	17	29	1.98
38741839--38741983	60	2.4	60	97	0	272	27	25	18	28	1.98
38743702--38743732	12	2.5	13	94	5	55	41	0	48	9	1.36
38744884--38745019	43	3.2	42	66	15	109	24	26	19	29	1.99
38748179--38748216	18	2.1	18	85	9	51	60	7	2	28	1.38
38749337--38749363	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
38751366--38751426	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
38752906--38753012	53	2.0	53	98	0	205	42	9	15	31	1.79
38755560--38755602	17	2.4	17	80	7	50	9	25	44	20	1.81
38764029--38764065	12	3.0	12	92	7	65	16	8	2	72	1.19
38764029--38764063	13	2.8	13	95	4	63	11	8	2	77	1.10
38766451--38766541	29	3.2	29	84	1	121	27	15	29	27	1.96
38769664--38769769	27	3.9	28	86	2	137	33	18	24	22	1.97
38771129--38771225	30	3.2	30	74	8	99	27	27	15	28	1.96
38785150--38785209	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
38790496--38790579	27	3.1	27	89	6	125	39	20	22	17	1.92
38803008--38803129	48	2.5	48	81	7	142	29	23	18	27	1.98
38804998--38805137	40	3.5	40	87	0	183	29	29	16	25	1.97
38804998--38805153	80	2.0	79	83	3	197	30	30	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38806567--38806662	30	3.2	29	71	10	79	28	15	28	28	1.96
38808891--38808975	30	2.8	30	79	10	93	12	23	1	62	1.37
38809044--38809100	5	11.0	5	78	14	53	3	15	1	78	0.96
38809048--38809096	26	1.9	25	84	12	64	4	14	2	79	0.97
38809062--38809111	20	2.4	20	80	16	57	0	18	4	78	0.91
38809968--38810008	11	3.7	11	93	0	73	17	4	7	70	1.28
38809968--38810009	22	1.9	22	100	0	84	16	4	7	71	1.26
38813402--38813498	30	3.2	30	71	8	81	27	15	27	28	1.96
38812387--38813665	639	2.0	639	96	0	2371	32	17	20	29	1.95
38819748--38819795	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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