genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28164446--28164708	81	3.2	81	83	4	244	25	20	19	34	1.96
28164666--28164805	54	2.6	54	81	2	138	29	6	22	41	1.79
28164729--28164955	81	2.8	81	87	2	260	37	7	22	32	1.82
28164772--28164953	27	6.7	27	89	0	292	39	7	24	29	1.82
28164965--28165114	27	5.6	27	81	9	171	30	8	20	40	1.82
28164961--28165114	81	1.9	82	82	6	197	30	8	21	39	1.83
28169221--28169707	48	10.1	48	95	0	866	36	5	26	31	1.80
28175214--28175259	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
28175252--28175388	60	2.3	60	84	6	170	29	19	24	26	1.99
28179226--28179271	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
28179308--28179405	28	3.4	27	72	22	74	27	18	26	27	1.98
28187194--28187229	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
28190944--28191052	6	18.3	6	91	4	132	16	5	0	77	1.01
28197680--28197880	41	4.9	41	81	6	203	33	18	22	24	1.97
28197680--28197879	81	2.4	81	81	7	228	34	19	23	24	1.97
28198421--28198476	29	1.9	29	85	7	78	35	32	8	23	1.86
28198647--28198690	15	2.9	15	90	6	63	45	20	2	31	1.64
28199647--28199698	19	2.7	20	84	6	70	26	38	1	32	1.68
28199716--28199769	19	2.8	19	91	0	90	24	29	24	22	1.99
28201073--28201182	26	4.2	26	95	0	175	33	5	25	35	1.79
28202799--28202913	27	4.3	26	84	11	142	16	22	23	37	1.94
28202799--28202913	54	2.1	54	87	3	160	16	22	23	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28205144--28205169	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
28206340--28206388	23	2.1	23	92	7	82	32	14	16	36	1.89
28206432--28206482	10	5.4	10	72	13	54	47	0	17	35	1.48
28206436--28206489	27	2.0	27	100	0	108	44	0	14	40	1.46
28207020--28207132	9	12.2	9	79	5	118	46	21	0	30	1.57
28207037--28207114	39	2.0	39	97	0	147	46	21	0	32	1.52
28207033--28207144	57	2.0	57	89	0	170	46	23	0	29	1.58
28211385--28211529	44	3.3	43	83	3	193	26	33	17	22	1.96
28211515--28211552	20	1.9	20	94	0	67	36	31	21	10	1.87
28211535--28211736	43	4.7	43	93	0	341	23	35	19	21	1.96
28211427--28211635	106	2.0	108	90	1	332	26	34	18	20	1.96
28214122--28214214	28	3.3	28	82	5	98	26	15	15	43	1.86
28216668--28216934	137	1.9	138	84	3	351	20	21	24	32	1.97
28221786--28221819	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
28222996--28223045	25	2.0	25	88	0	73	52	4	22	22	1.64
28227308--28227353	23	2.0	24	82	4	58	21	0	4	73	1.00
28229009--28229089	40	2.0	40	100	0	162	49	4	18	27	1.68
28229012--28229075	19	3.3	19	65	8	56	54	3	17	25	1.57
28230903--28230953	4	12.8	4	87	0	75	47	23	5	23	1.73
28230903--28230953	16	3.2	16	91	0	84	47	23	5	23	1.73
28231490--28231564	31	2.5	31	86	2	98	20	16	17	46	1.84
28232104--28232136	16	2.1	16	100	0	66	24	18	15	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28232271--28232371	47	2.2	46	87	10	152	24	3	19	51	1.64
28234116--28234164	13	3.4	13	75	24	53	14	28	32	24	1.94
28234106--28234179	31	2.4	30	86	6	103	16	35	28	20	1.94
28240634--28240749	33	3.5	33	81	3	128	26	22	14	36	1.93
28240628--28240789	66	2.5	66	76	5	159	26	20	14	37	1.92
28240758--28240887	33	4.0	33	88	5	185	31	20	9	38	1.84
28240733--28240887	66	2.4	65	81	8	206	30	20	10	38	1.87
28241592--28241639	21	2.2	22	78	14	55	37	14	0	47	1.44
28243392--28243558	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
28243392--28243558	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
28244386--28244431	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
28251374--28251540	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
28251374--28251540	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
28252365--28252410	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
28256560--28257316	48	15.8	48	93	0	1192	34	6	27	31	1.82
28256547--28257316	192	4.0	192	96	0	1380	35	6	27	31	1.82
28257361--28257469	37	2.9	37	93	0	182	23	19	30	26	1.98
28260984--28261025	22	1.9	22	85	9	59	38	4	19	38	1.73
28260980--28261032	22	2.3	23	78	18	58	33	9	18	37	1.83
28269209--28269410	40	5.1	40	87	4	268	21	22	28	26	1.99
28276768--28276925	68	2.3	67	97	0	280	31	14	30	24	1.95
28283611--28283645	18	1.9	18	94	0	61	11	42	2	42	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28286642--28286681	20	2.0	20	90	5	62	37	0	5	57	1.21
28286642--28286692	20	2.3	21	83	12	59	35	0	3	60	1.15
28288557--28288603	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
28292613--28292656	18	2.4	18	96	0	79	34	20	36	9	1.84
28297596--28297753	44	3.6	44	74	13	146	36	20	22	19	1.95
28297724--28298161	178	2.5	177	76	7	474	33	22	21	23	1.97
28300164--28300206	22	2.1	21	83	12	54	32	4	2	60	1.30
28300414--28300480	3	22.3	3	100	0	134	34	0	0	65	0.93
28302966--28303026	25	2.5	24	76	12	70	45	4	0	49	1.23
28306166--28306269	42	2.4	44	78	9	117	34	24	14	26	1.94
28314621--28314652	16	2.0	16	100	0	64	6	18	31	43	1.75
28316672--28316732	24	2.5	24	97	0	113	37	26	16	19	1.93
28320095--28320251	43	3.6	44	73	10	119	31	24	17	26	1.97
28321803--28321864	19	3.5	18	81	14	67	35	3	0	61	1.12
28321818--28321865	16	2.8	16	84	9	51	31	4	0	64	1.12
28321967--28322010	18	2.5	17	82	10	52	34	0	2	63	1.07
28321966--28322026	28	2.3	28	83	13	76	32	1	3	62	1.21
28322862--28322886	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
28324768--28325332	140	4.1	139	86	2	757	46	5	8	40	1.56
28324768--28325332	277	2.0	276	87	2	814	46	5	8	40	1.56
28330925--28331074	42	3.6	41	77	7	158	30	12	24	32	1.92
28332144--28332174	16	1.9	16	93	0	53	32	6	22	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28332776--28332834	31	1.9	31	92	0	100	22	44	22	11	1.85
28334608--28334674	33	2.0	33	94	0	116	37	13	7	41	1.73
28338342--28338375	18	1.9	18	94	5	61	20	41	23	14	1.89
28338342--28338381	18	2.2	18	86	8	55	20	45	22	12	1.84
28346958--28347028	29	2.4	29	79	6	72	54	7	1	36	1.36
28351546--28351694	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
28351587--28351694	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
28353700--28353771	29	2.5	28	88	6	101	30	16	26	26	1.97
28361604--28361675	29	2.5	28	88	6	101	30	16	26	26	1.97
28363827--28363903	39	2.0	39	84	0	100	22	28	12	36	1.91
28367317--28367374	29	2.0	29	100	0	116	58	10	24	6	1.55
28368699--28368725	13	2.1	13	100	0	54	37	7	14	40	1.74
28369039--28369210	43	4.0	43	76	14	165	31	25	19	24	1.98
28373187--28373217	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
28374333--28374400	3	22.0	3	89	8	102	32	0	1	66	1.01
28389335--28389494	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
28391688--28391806	58	2.1	58	98	0	229	39	0	33	26	1.57
28392261--28392292	5	6.4	5	100	0	64	40	0	0	59	0.97
28392441--28392498	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
28392548--28392590	13	3.2	13	78	12	50	76	0	20	2	0.89
28393323--28393355	13	2.5	14	90	9	52	48	0	21	30	1.50
28393715--28393758	13	3.6	13	82	17	58	40	47	2	9	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28393783--28393823	6	6.5	6	83	10	55	78	2	2	17	0.98
28393786--28393825	20	2.0	20	90	0	62	75	5	2	17	1.10
28393843--28393919	9	8.6	9	85	0	91	24	11	23	40	1.88
28393843--28393920	27	2.9	27	82	0	102	24	11	23	41	1.87
28394326--28394378	16	3.3	15	74	10	52	33	7	24	33	1.84
28395956--28396148	68	2.9	67	80	6	228	37	16	17	28	1.91
28395956--28396148	67	2.9	67	80	6	212	37	16	17	28	1.91
28405148--28405197	25	2.0	25	96	0	91	42	14	20	24	1.88
28405402--28405457	27	2.1	27	100	0	112	41	26	14	17	1.88
28406053--28406101	24	2.0	24	100	0	98	32	14	4	48	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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