genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8103641--8103699	24	2.3	27	82	11	70	38	20	10	30	1.86
8103817--8103928	27	4.2	26	85	8	147	16	23	25	34	1.95
8103817--8103928	54	2.1	52	91	6	181	16	23	25	34	1.95
8103830--8103945	27	4.4	25	81	11	101	19	24	20	35	1.96
8109165--8109272	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
8110885--8110998	27	4.2	27	86	6	160	17	23	24	34	1.96
8110885--8110998	54	2.1	54	95	3	203	17	23	24	34	1.96
8110885--8111016	27	4.9	26	84	7	158	18	24	22	34	1.97
8117541--8117578	20	1.9	20	84	10	51	42	10	0	47	1.38
8118064--8118104	18	2.3	18	87	8	57	29	21	0	48	1.50
8118235--8118344	38	2.8	40	73	8	100	30	25	19	25	1.98
8119246--8119276	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
8121238--8121767	263	2.0	263	99	0	1051	32	13	17	36	1.89
8122893--8122981	32	2.8	31	93	3	151	20	20	2	57	1.52
8127978--8128071	47	2.0	47	97	0	179	50	14	5	29	1.65
8130211--8130282	30	2.4	30	95	2	128	33	19	0	47	1.50
8134889--8134915	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
8137146--8137256	47	2.4	47	83	6	145	36	23	15	25	1.94
8138671--8138715	23	2.0	22	82	4	54	46	0	0	53	1.00
8145171--8145195	6	4.2	6	100	0	50	0	68	0	32	0.90
8149044--8149085	19	2.2	20	95	4	77	50	14	9	26	1.73
8149069--8149106	14	2.7	14	91	0	58	39	15	5	39	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8149073--8149117	14	3.1	14	87	3	54	40	17	8	33	1.81
8150423--8150489	21	3.2	21	62	21	50	32	31	16	19	1.94
8150422--8150520	42	2.3	43	91	3	173	30	31	18	20	1.96
8160237--8160389	75	2.0	75	91	0	243	33	22	20	23	1.97
8161255--8161297	21	2.0	21	95	0	77	20	32	0	46	1.51
8163555--8163713	43	3.7	43	75	9	144	28	16	22	32	1.96
8166681--8166813	68	2.0	68	100	0	266	42	8	12	37	1.72
8172008--8172142	43	3.1	43	84	6	150	31	15	22	30	1.95
8174669--8174713	22	2.0	22	95	0	81	46	6	0	46	1.29
8176271--8176330	15	4.0	15	84	0	84	25	6	25	43	1.78
8176261--8176330	30	2.3	30	82	4	88	22	7	25	44	1.78
8178293--8178400	45	2.4	45	85	0	144	43	16	16	23	1.87
8178617--8178697	40	2.0	40	82	0	99	39	16	8	35	1.79
8179479--8179504	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
8179494--8179543	26	1.9	26	84	8	66	54	4	0	42	1.19
8184786--8184814	13	2.1	14	93	6	51	20	0	0	79	0.74
8185581--8185669	45	2.0	45	84	4	117	42	20	16	20	1.89
8186728--8186761	8	4.0	8	85	14	50	61	0	0	38	0.96
8186728--8186763	13	2.7	14	91	8	58	61	0	0	38	0.96
8186728--8186763	18	2.0	18	100	0	72	61	0	0	38	0.96
8186725--8186806	30	2.7	30	78	14	87	56	2	0	41	1.13
8189329--8189419	43	2.1	43	95	2	166	32	30	1	35	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8191766--8191823	24	2.5	22	75	20	64	27	20	12	39	1.88
8194840--8194870	14	2.3	14	94	5	55	29	0	6	64	1.18
8198272--8198324	21	2.5	21	81	0	61	37	33	11	16	1.85
8203517--8203628	55	2.0	55	81	3	127	25	27	28	17	1.98
8207664--8207690	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
8209843--8210028	29	6.4	29	79	2	185	34	10	24	29	1.89
8209836--8210028	58	3.3	56	80	7	208	35	11	24	29	1.90
8209892--8210053	87	1.9	87	84	2	218	34	11	24	29	1.91
8209894--8210129	87	2.7	87	78	5	217	34	11	25	27	1.91
8209835--8210115	29	9.7	29	76	2	152	35	12	25	27	1.91
8210017--8210130	59	1.9	59	80	3	131	36	13	27	22	1.91
8214506--8214535	8	3.9	8	95	4	53	0	10	0	90	0.47
8216309--8216364	28	1.9	28	86	13	78	66	0	3	30	1.09
8221906--8221986	41	2.0	41	92	4	137	32	7	12	48	1.68
8226036--8226074	15	2.6	15	83	0	51	51	0	46	2	1.14
8229153--8229202	17	2.8	18	90	6	84	58	38	0	4	1.17
8229154--8229199	16	2.8	16	93	6	74	60	34	0	4	1.16
8229968--8230076	37	2.9	36	77	8	103	37	7	3	51	1.48
8242347--8242455	52	2.1	52	93	1	184	21	11	11	55	1.68
8243074--8243124	15	3.5	15	72	5	50	47	27	0	25	1.53
8243366--8243480	41	2.8	41	85	3	144	25	22	20	32	1.98
8243369--8243535	40	4.1	40	82	4	138	21	20	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8248746--8248792	24	2.0	23	83	4	58	74	0	2	23	0.93
8250424--8250516	34	2.7	33	80	13	107	22	37	3	36	1.71
8250427--8250524	35	2.8	35	83	10	112	21	41	3	33	1.68
8257080--8257119	21	2.1	19	86	13	55	27	32	5	35	1.79
8262084--8262774	230	3.0	230	98	0	1328	27	29	14	27	1.96
8265364--8265594	40	5.8	40	87	2	304	24	22	28	24	2.00
8274647--8274767	43	2.8	43	76	7	120	32	28	14	23	1.95
8281477--8281549	27	2.8	26	76	12	69	35	1	4	58	1.25
8281711--8281854	43	3.3	43	83	0	180	27	16	29	26	1.97
8281837--8281869	15	2.2	15	100	0	66	30	9	42	18	1.81
8283569--8283598	4	7.5	4	92	0	51	23	3	0	73	0.98
8283651--8283709	18	3.3	18	77	15	52	15	6	3	74	1.16
8283668--8283709	17	2.4	17	80	11	50	14	4	2	78	1.01
8287432--8287484	19	2.8	20	83	13	67	32	20	7	39	1.81
8294270--8294301	16	2.0	16	93	0	55	65	6	0	28	1.16
8301746--8301870	41	2.9	43	79	6	137	39	17	15	28	1.90
8301747--8302171	132	3.2	128	76	11	358	31	19	20	28	1.97
8301893--8302171	44	6.4	44	86	4	298	27	19	23	29	1.98
8303818--8303852	6	5.8	6	90	10	54	17	2	0	80	0.84
8303818--8303854	17	2.1	18	95	5	67	18	2	0	78	0.87
8311421--8311449	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
8311978--8312017	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8313035--8313078	23	1.9	23	81	9	54	50	4	18	27	1.66
8315031--8315112	39	2.1	39	83	4	101	52	6	3	37	1.44
8326483--8326622	64	2.2	62	81	6	147	20	4	35	40	1.72
8331439--8331472	2	17.0	2	87	0	50	52	2	0	44	1.16
8331670--8331711	18	2.4	17	88	11	59	59	2	2	35	1.23
8331782--8331845	28	2.3	28	83	0	83	51	4	6	37	1.48
8332386--8332425	21	1.9	21	84	0	53	60	2	7	30	1.38
8332615--8332690	19	3.6	21	74	16	68	64	1	6	27	1.26
8332630--8332692	22	3.0	22	67	26	55	66	0	6	26	1.15
8333239--8333292	25	2.2	25	96	0	99	31	0	3	64	1.11
8334344--8334667	79	3.9	80	83	6	303	34	20	17	26	1.95
8334530--8334837	152	2.0	153	94	0	537	31	18	20	29	1.96
8334743--8334970	76	3.0	76	82	7	275	31	21	17	30	1.96
8337667--8337729	25	2.4	26	81	7	74	50	4	7	36	1.53
8338146--8338253	26	4.2	26	91	0	180	32	8	24	35	1.85
8340949--8341035	36	2.3	35	78	9	84	56	3	5	34	1.40
8341013--8341072	25	2.5	24	80	2	66	55	3	3	38	1.33
8341311--8341338	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8341580--8341657	3	26.0	3	69	10	52	61	1	5	32	1.26
8342205--8342258	25	2.2	25	93	0	90	33	0	3	62	1.12
8346976--8347121	43	3.4	42	81	7	150	32	14	20	32	1.93
8352858--8352935	27	2.9	27	98	0	147	39	21	24	14	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8352981--8353061	37	2.2	38	90	2	128	46	33	0	19	1.50
8352972--8353047	16	4.4	16	72	18	64	47	32	0	19	1.50
8353548--8353626	7	10.9	7	74	12	61	18	2	36	41	1.65
8354491--8354546	3	18.7	3	100	0	112	67	0	0	32	0.91
8357790--8357822	12	2.6	13	90	9	59	54	0	6	39	1.25
8364176--8364242	25	2.7	25	82	11	84	31	8	4	55	1.51
8364225--8364249	13	1.9	13	100	0	50	36	8	8	48	1.62
8367794--8367843	16	3.3	15	78	8	57	66	20	4	10	1.38
8369244--8369289	2	23.0	2	95	0	83	50	2	0	47	1.13
8370621--8370868	137	1.8	137	83	1	336	35	25	8	29	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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