genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15535250--15535306	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
15535242--15535318	20	3.8	20	96	0	145	33	19	11	35	1.88
15535242--15535317	11	7.5	11	74	16	83	32	19	11	35	1.88
15540060--15540200	40	3.5	40	85	3	178	21	28	21	29	1.98
15540059--15540247	79	2.4	81	80	7	199	23	28	21	26	1.99
15548091--15548229	39	3.5	39	86	5	174	21	28	20	29	1.98
15555472--15555640	89	1.9	89	85	2	232	39	18	15	25	1.91
15558137--15558290	40	3.8	40	80	1	157	26	21	26	25	1.99
15564734--15564902	43	4.0	44	78	9	145	27	14	24	33	1.94
15564766--15564876	42	2.6	44	80	8	122	27	15	25	32	1.95
15569821--15569903	26	3.1	27	84	6	82	30	28	10	30	1.91
15569832--15569909	26	3.0	26	90	1	111	28	29	11	30	1.92
15571257--15571297	19	2.2	18	91	4	64	75	7	4	12	1.16
15577184--15577237	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
15577201--15577276	26	2.8	27	82	4	82	27	13	22	36	1.91
15577518--15577546	8	3.6	8	100	0	58	10	24	24	41	1.86
15578728--15578811	26	3.2	26	93	0	132	36	23	5	33	1.79
15582400--15582431	15	2.1	15	94	0	55	25	15	6	53	1.65
15592937--15592979	21	2.0	21	95	0	77	16	18	16	48	1.81
15593336--15593377	22	2.0	21	90	4	66	45	0	40	14	1.45
15593507--15593536	15	1.9	16	93	6	53	20	3	10	66	1.35
15596167--15596228	30	2.1	30	90	0	97	59	12	1	25	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15599144--15599207	27	2.6	24	79	15	76	20	7	9	62	1.50
15599157--15599218	27	2.2	28	94	2	92	22	9	11	56	1.63
15607136--15607266	40	3.3	39	80	8	156	25	27	22	24	2.00
15607136--15607303	40	4.2	40	78	6	151	23	26	23	26	2.00
15611536--15611567	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
15616897--15617091	40	4.9	40	85	6	245	23	28	24	24	2.00
15620873--15620914	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
15622885--15622992	28	3.8	28	80	2	110	26	14	31	26	1.95
15630686--15630796	28	3.9	28	78	2	116	27	15	31	26	1.96
15633744--15633816	23	3.2	23	77	14	71	34	16	21	27	1.95
15641349--15641434	23	3.8	22	71	10	57	34	12	23	29	1.92
15641359--15641434	23	3.3	22	76	10	64	34	13	23	28	1.92
15641377--15641434	23	2.5	24	77	8	66	37	12	22	27	1.89
15644698--15644725	14	2.0	14	100	0	56	50	0	14	35	1.43
15647054--15647123	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
15647054--15647135	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
15655634--15655708	23	3.1	25	86	9	120	28	21	20	30	1.98
15655766--15655842	9	7.9	9	70	16	55	33	20	10	35	1.87
15655762--15655844	20	4.2	20	93	0	148	31	19	13	36	1.90
15655762--15655833	11	7.1	11	67	17	57	30	19	13	36	1.91
15657168--15657506	27	12.6	27	85	3	416	39	9	23	28	1.85
15668652--15668819	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15676756--15676923	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
15681185--15681299	27	4.3	26	85	7	140	36	21	22	19	1.95
15681185--15681299	55	2.1	53	85	3	149	36	21	22	19	1.95
15681403--15681466	28	2.3	28	91	2	103	26	7	28	37	1.84
15686090--15686169	33	2.4	34	79	6	92	28	18	23	28	1.98
15694019--15694099	33	2.4	34	77	8	94	28	18	23	29	1.98
15694019--15694112	32	2.9	30	73	12	71	26	20	25	27	1.99
15705006--15705065	27	2.3	26	85	5	86	41	15	6	36	1.73
15705061--15705273	27	7.9	28	81	7	158	39	22	8	30	1.83
15705186--15705309	27	4.6	27	75	7	92	37	22	8	32	1.83
15705294--15705408	27	4.3	27	82	3	133	36	19	19	25	1.94
15705889--15705940	27	1.9	27	84	7	70	23	23	17	36	1.95
15706062--15706142	27	3.0	26	85	5	108	17	23	22	37	1.94
15706260--15706384	6	20.3	6	70	16	69	19	18	13	48	1.80
15706288--15706358	19	3.8	19	70	10	74	18	19	14	47	1.82
15706266--15706324	25	2.4	25	82	0	64	22	18	11	47	1.81
15706282--15706375	37	2.5	37	84	0	125	18	19	13	48	1.80
15709754--15709873	28	4.2	28	85	1	150	25	33	13	27	1.93
15712636--15712695	29	2.0	29	84	9	77	41	3	25	30	1.71
15713188--15713471	64	4.3	64	80	6	268	32	14	28	25	1.94
15713323--15713451	67	1.9	66	89	4	197	35	14	27	21	1.93
15724185--15724285	23	4.4	23	78	9	91	36	21	20	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15726982--15727018	17	2.2	17	100	0	74	45	10	10	32	1.74
15729492--15729739	47	5.3	47	90	0	388	33	8	29	28	1.87
15732456--15732646	39	4.8	40	88	0	208	24	31	21	22	1.98
15732492--15732654	39	4.2	39	91	0	254	23	32	20	23	1.98
15740384--15740546	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
15748282--15748444	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
15759046--15759083	13	3.2	12	82	10	51	36	26	0	36	1.57
15760570--15760649	24	3.3	24	82	3	99	36	18	23	21	1.95
15788284--15788390	39	2.7	39	86	2	151	26	20	28	24	1.99
15788290--15788419	40	3.3	40	89	3	183	23	22	29	24	1.99
15788289--15788454	79	2.1	79	78	6	176	24	21	28	26	1.99
15796345--15796451	39	2.7	39	86	2	151	26	20	28	24	1.99
15796351--15796480	40	3.3	40	89	3	183	23	22	29	24	1.99
15796350--15796515	79	2.1	79	78	6	176	24	21	28	26	1.99
15799325--15799389	27	2.4	27	89	0	94	27	18	16	36	1.93
15799341--15799893	27	20.7	27	83	4	548	30	10	21	37	1.87
15805988--15806327	187	1.8	187	95	0	617	37	17	7	37	1.79
15808716--15808818	37	2.8	37	92	0	170	25	31	19	24	1.98
15808959--15809181	48	4.4	54	85	10	212	30	28	7	32	1.85
15808988--15809181	48	4.0	48	94	0	334	30	28	7	32	1.85
15808988--15809334	96	3.8	95	84	9	520	30	28	7	33	1.84
15809147--15809218	35	2.1	35	97	0	135	34	25	1	38	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15809099--15809266	83	2.0	83	92	0	282	32	26	5	35	1.79
15809182--15809334	48	3.2	48	98	0	297	30	27	6	35	1.82
15809051--15809314	131	2.0	131	93	0	456	31	27	6	34	1.81
15809003--15809334	179	1.9	179	95	0	601	31	27	6	34	1.83
15814840--15814871	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
15815118--15815182	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
15815288--15815377	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
15815288--15815402	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
15816460--15816493	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
15822959--15823019	28	2.2	28	93	0	104	32	27	8	31	1.86
15823125--15823213	27	3.2	27	84	9	110	19	24	23	32	1.97
15823125--15823238	55	2.1	55	82	9	135	18	24	21	35	1.96
15824256--15824281	12	2.2	12	100	0	52	7	30	38	23	1.83
15831025--15831166	50	2.8	50	92	0	230	43	8	32	15	1.77
15836031--15836221	72	2.6	72	85	2	240	24	18	27	29	1.98
15839669--15839696	14	2.0	14	100	0	56	64	7	0	28	1.20
15840851--15840881	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
15841011--15841057	24	2.0	24	91	0	76	44	17	4	34	1.68
15844620--15844655	6	6.0	6	100	0	72	16	0	33	50	1.46
15850722--15850782	27	2.3	27	85	5	79	54	0	11	34	1.37
15852911--15853112	39	5.2	39	94	0	332	24	20	31	23	1.98
15860566--15860775	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15868498--15868580	29	2.9	29	98	0	157	28	14	30	26	1.95
15868499--15868593	29	3.2	29	92	3	127	31	15	28	24	1.96
15875202--15875249	17	2.6	18	75	15	53	79	2	14	4	0.98
15876403--15876485	29	2.9	29	98	0	157	28	14	30	26	1.95
15883091--15883150	27	2.3	26	82	8	68	23	20	20	36	1.95
15891888--15891918	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
15893423--15893660	49	4.8	49	79	4	253	26	18	24	30	1.98
15904420--15904596	40	4.4	40	90	2	259	24	27	24	24	2.00
15912601--15912778	40	4.5	40	87	2	243	24	26	24	25	2.00
15915435--15915590	42	3.7	42	79	5	179	30	24	14	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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