genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76391398--76391578	85	2.1	85	87	8	253	20	16	13	49	1.79
76391398--76391599	30	7.1	30	74	15	160	20	16	13	49	1.79
76393585--76394077	27	18.4	27	83	4	588	27	22	9	40	1.85
76394082--76394255	76	2.2	80	83	8	223	35	19	18	26	1.95
76394082--76394270	27	7.2	26	86	6	197	35	18	19	26	1.95
76394089--76394267	53	3.4	54	82	10	203	35	18	20	25	1.95
76394470--76394552	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
76394640--76394698	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
76394862--76394935	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
76395053--76395236	6	30.8	6	77	16	170	20	16	13	48	1.80
76395053--76395236	23	7.7	24	78	16	170	20	16	13	48	1.80
76395053--76395236	84	2.2	84	92	4	302	20	16	13	48	1.80
76397366--76397439	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
76397423--76397498	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
76397366--76397498	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
76402672--76402774	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
76410669--76410771	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
76415191--76415266	22	3.3	22	67	16	64	30	10	31	27	1.90
76415169--76415341	47	3.7	47	93	0	283	32	6	31	28	1.84
76415183--76415255	25	3.0	25	66	18	73	31	8	30	30	1.86
76416765--76416922	39	4.0	38	89	5	192	26	27	18	26	1.98
76421440--76421622	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76428032--76428187	77	2.0	79	86	7	221	25	28	19	25	1.99
76428032--76428187	39	4.0	39	90	5	212	25	28	19	25	1.99
76430873--76431210	43	7.9	43	78	6	344	25	15	26	32	1.95
76430853--76431210	129	2.8	129	88	0	509	24	14	26	33	1.94
76431176--76431350	56	3.1	56	90	0	262	29	14	22	33	1.94
76437312--76437360	25	2.0	23	88	7	71	26	6	0	67	1.14
76440259--76440291	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
76442016--76442180	43	3.9	42	80	5	179	35	27	14	22	1.93
76447393--76447551	43	3.7	44	80	7	166	33	24	17	24	1.96
76454559--76454613	27	2.1	26	93	3	92	23	14	20	41	1.89
76457241--76457351	57	2.0	57	85	5	154	27	29	14	28	1.95
76457239--76457349	28	3.9	28	81	6	118	27	29	14	28	1.95
76466175--76466208	17	2.0	17	88	11	52	14	0	44	41	1.45
76468040--76468247	40	5.2	40	81	1	175	22	26	23	27	1.99
76468094--76468247	80	1.9	80	85	0	209	23	26	22	27	1.99
76471030--76471160	49	2.6	49	80	4	156	26	20	25	26	1.99
76471025--76471157	51	2.7	50	81	4	162	26	20	27	26	1.99
76479872--76480046	46	3.8	46	81	6	228	19	21	30	28	1.98
76479868--76480039	92	1.9	92	96	0	317	19	22	30	27	1.98
76481609--76481779	43	4.0	43	71	6	141	26	15	25	32	1.96
76484355--76484460	46	2.3	45	82	7	126	25	19	29	25	1.99
76491522--76491583	25	2.5	24	80	10	72	74	1	17	6	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76492748--76492812	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
76499415--76499484	25	2.9	24	77	10	72	77	1	15	5	1.03
76500642--76500706	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
76509646--76509675	15	2.0	15	100	0	60	26	0	20	53	1.46
76515183--76515291	37	2.9	37	93	0	182	26	30	19	23	1.98
76515438--76516374	48	18.8	48	88	5	1196	31	25	6	36	1.81
76515438--76516374	104	9.4	98	90	4	1239	31	25	6	36	1.81
76515438--76516374	143	6.3	146	89	5	1215	31	25	6	36	1.81
76515701--76516374	95	6.9	96	92	2	956	31	25	6	36	1.82
76517857--76517987	29	4.6	29	82	1	95	25	33	17	23	1.96
76517915--76517987	29	2.6	29	93	2	130	27	31	15	26	1.95
76526423--76526598	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
76526419--76526590	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
76529507--76529585	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
76529498--76529584	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
76531945--76532120	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
76531941--76532112	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
76535033--76535111	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
76535024--76535110	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
76537483--76537653	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
76537487--76537661	46	3.8	45	79	10	201	21	20	29	28	1.98
76539630--76539656	13	2.1	13	100	0	54	29	7	18	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76540877--76540949	20	3.7	20	83	5	94	41	16	6	35	1.75
76540865--76540952	20	4.4	20	77	11	90	43	15	6	34	1.74
76541096--76541213	23	5.0	23	74	10	78	35	20	21	22	1.96
76546745--76546807	15	4.2	15	79	4	65	55	14	17	12	1.69
76549751--76549920	93	1.8	92	87	3	252	30	27	20	22	1.98
76549744--76549936	46	4.2	46	72	12	146	29	27	19	23	1.98
76557055--76557124	35	2.0	36	88	2	106	41	21	8	28	1.82
76563911--76563999	42	2.1	42	83	4	108	24	31	22	21	1.98
76564812--76564975	42	3.9	42	81	4	179	28	23	17	30	1.97
76567116--76567313	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
76567182--76567299	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
76567150--76567313	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
76569203--76569262	29	2.1	29	93	0	102	36	26	10	26	1.88
76569211--76569272	29	2.1	29	82	5	72	40	27	8	24	1.83
76572206--76572372	46	3.6	46	74	6	167	28	29	19	22	1.98
76574462--76574493	2	15.5	2	93	6	55	50	0	3	46	1.17
76574514--76574548	11	3.1	11	88	8	52	60	0	0	40	0.97
76574747--76574777	13	2.3	14	94	5	55	51	6	0	41	1.27
76574838--76574877	12	3.4	12	82	3	55	60	2	0	37	1.11
76575342--76575385	20	2.2	20	88	8	63	36	2	61	0	1.09
76576823--76576998	71	2.5	72	86	2	239	30	22	15	31	1.95
76576863--76577409	160	3.4	160	96	0	997	31	21	17	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76577027--76577158	71	1.9	71	86	0	192	28	25	16	29	1.97
76577187--76577318	71	1.9	71	88	0	201	28	25	16	30	1.97
76587686--76587872	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
76587709--76587872	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
76587709--76587906	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
76596775--76596839	28	2.3	28	89	0	94	30	27	9	32	1.88
76596945--76597007	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
76596955--76597018	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
76603015--76603236	40	5.6	40	90	1	349	22	22	26	28	1.99
76605634--76605775	40	3.5	40	78	2	133	26	27	21	23	1.99
76615315--76615406	25	3.8	24	73	9	78	32	19	22	25	1.97
76630416--76630494	39	2.0	39	95	0	140	22	16	29	31	1.96
76647125--76647214	39	2.3	39	94	0	153	22	28	23	25	1.99
76649766--76649868	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
76655143--76655262	29	4.2	29	71	13	95	37	12	25	24	1.91
76655232--76655307	39	1.9	39	86	0	107	28	10	30	30	1.90
76655285--76655433	29	5.1	29	82	4	149	38	12	25	22	1.90
76660201--76660462	48	5.5	48	74	2	224	28	23	17	30	1.97
76663482--76663525	13	3.5	13	76	17	56	47	29	0	22	1.51
76663481--76663530	25	2.0	25	100	0	100	48	28	0	24	1.52
76667482--76667699	47	4.7	47	94	0	357	30	11	30	26	1.92
76667634--76667765	65	2.0	65	84	8	171	33	11	30	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76670061--76670582	40	13.1	40	95	0	902	26	21	25	25	2.00
76674053--76674238	47	4.0	47	98	0	354	30	12	31	25	1.92
76674027--76674246	94	2.3	94	91	3	359	30	11	30	27	1.91
76680120--76680197	29	2.7	29	85	0	84	23	33	16	26	1.96
76686351--76686452	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
76692045--76692162	59	2.0	59	94	0	209	22	28	24	24	1.99
76705634--76705772	40	3.5	40	78	7	122	25	27	23	24	2.00
76720389--76720595	40	5.2	40	79	6	195	25	24	25	25	2.00
76720390--76720581	80	2.4	80	83	6	228	26	25	25	23	2.00
76723463--76723653	48	4.0	48	83	0	220	26	24	18	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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