genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.297.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93102187--93102352	35	4.6	35	86	8	192	33	24	10	31	1.90
93102182--93102354	75	2.4	72	83	11	221	33	23	10	31	1.90
93109680--93109851	75	2.4	73	83	8	217	33	23	11	31	1.90
93109685--93109851	35	4.6	35	86	7	192	33	23	10	31	1.89
93118377--93118546	87	1.9	88	82	4	209	41	20	7	31	1.79
93118634--93118673	20	2.0	20	85	0	53	70	0	5	25	1.08
93118669--93118707	18	2.2	18	85	0	51	58	2	5	33	1.33
93119016--93119067	19	2.8	18	75	18	61	34	1	0	63	1.06
93119105--93119277	90	1.9	91	82	3	215	35	8	17	39	1.79
93124021--93124067	23	2.0	23	100	0	94	29	12	27	29	1.93
93126100--93126137	18	2.2	16	90	9	58	23	7	2	65	1.32
93128916--93129002	45	1.9	45	92	0	147	25	14	25	34	1.94
93141842--93141889	20	2.5	20	86	3	62	62	2	8	27	1.35
93141876--93141919	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
93141915--93141947	15	2.2	15	100	0	66	48	12	0	39	1.40
93142860--93142895	18	2.0	18	100	0	72	16	33	16	33	1.92
93152358--93152390	17	1.9	17	88	11	50	63	3	6	27	1.32
93152483--93152700	3	73.3	3	66	15	60	56	2	8	31	1.44
93152438--93152498	22	2.8	21	80	2	59	70	6	4	18	1.27
93152829--93152866	16	2.4	16	86	8	51	63	0	7	28	1.23
93152966--93152995	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
93153089--93153129	3	13.7	3	90	10	66	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93153089--93153129	20	2.1	19	95	4	73	63	0	0	36	0.95
93153858--93153882	12	2.1	12	100	0	50	16	8	36	40	1.77
93160717--93160751	16	2.2	16	94	0	61	54	0	11	34	1.37
93160935--93160993	30	2.0	30	96	0	109	45	16	8	28	1.77
93161789--93161820	3	10.7	3	100	0	64	0	34	0	65	0.93
93164369--93164405	13	2.8	14	88	8	51	51	0	2	45	1.15
93169854--93169892	20	2.0	20	84	0	51	48	0	7	43	1.31
93170148--93170181	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
93171581--93171619	20	2.0	20	84	0	51	64	7	0	28	1.21
93177110--93177180	31	2.2	32	87	5	99	66	16	4	12	1.40
93177397--93177462	21	3.2	20	77	12	53	3	46	19	30	1.65
93177875--93177903	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
93180726--93180766	18	2.3	18	95	0	73	51	24	4	19	1.66
93181424--93181524	40	2.5	40	85	0	112	28	21	14	34	1.93
93182863--93182972	26	4.2	26	96	0	193	33	4	24	37	1.76
93188682--93188790	26	4.2	26	95	1	184	33	4	24	36	1.76
93190270--93190322	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
93191561--93191638	38	2.1	36	86	9	104	44	28	2	24	1.67
93191833--93192251	188	2.2	191	85	4	558	28	17	20	33	1.96
93192532--93192602	30	2.3	31	90	4	108	26	26	23	22	2.00
93197897--93197947	18	2.6	19	90	9	77	19	3	0	76	0.94
93198000--93198101	7	12.9	8	75	19	81	31	0	1	66	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93197993--93198074	15	5.6	15	73	4	78	32	0	1	65	1.00
93197988--93198074	7	12.0	7	79	7	66	35	0	1	63	1.02
93197988--93198074	36	2.4	37	92	1	140	35	0	1	63	1.02
93198000--93198101	29	3.2	32	80	18	108	31	0	1	66	1.03
93198483--93198525	21	2.0	21	86	0	59	44	32	2	20	1.65
93199245--93199442	41	4.9	41	82	5	208	21	25	22	30	1.99
93199528--93199588	21	2.9	22	82	4	72	19	0	40	39	1.52
93199758--93199807	22	2.3	21	82	3	64	28	0	26	46	1.53
93199799--93199831	14	2.3	15	89	5	50	15	3	45	36	1.61
93200609--93200686	37	2.1	37	92	0	129	24	42	3	29	1.72
93203115--93203151	18	2.1	18	94	0	65	29	18	16	35	1.93
93205026--93205093	30	2.3	30	82	5	75	57	0	4	38	1.19
93205334--93205367	17	2.1	17	89	10	54	67	0	5	26	1.13
93205373--93205592	20	10.9	20	65	21	79	60	2	4	33	1.28
93205528--93205591	7	9.1	7	74	19	53	60	1	1	35	1.15
93205428--93205598	27	6.2	27	68	22	90	61	2	3	32	1.26
93205526--93205588	15	4.5	15	70	20	55	61	1	1	34	1.15
93207216--93207797	205	2.8	205	92	0	957	29	20	19	30	1.97
93220607--93220674	16	4.2	16	71	22	52	58	0	4	36	1.18
93220918--93220951	17	2.1	17	89	10	54	67	0	5	26	1.13
93220918--93220985	21	3.8	18	77	19	54	63	2	4	29	1.29
93221112--93221175	7	9.1	7	74	19	53	60	1	1	35	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93220907--93221173	20	13.4	20	68	22	104	60	2	4	32	1.30
93221010--93221182	27	6.4	27	64	28	59	61	2	3	32	1.25
93221110--93221172	15	4.5	15	70	20	55	61	1	1	34	1.15
93223541--93223587	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
93223839--93223969	43	3.1	43	82	3	167	23	16	29	31	1.96
93224188--93224253	21	3.2	21	72	6	55	24	0	22	53	1.47
93224557--93224687	41	3.2	41	78	4	147	21	16	25	36	1.93
93224662--93224714	27	2.0	27	96	0	97	15	7	26	50	1.70
93224618--93224755	68	2.0	68	100	0	276	18	13	26	41	1.87
93224687--93224939	41	6.2	41	90	1	402	22	15	26	34	1.94
93224687--93224939	81	3.1	82	92	1	411	22	15	26	34	1.94
93224686--93224939	122	2.1	122	94	0	445	22	15	26	35	1.94
93228440--93228486	3	15.7	3	100	0	94	68	0	31	0	0.90
93236875--93236976	50	2.0	50	98	0	195	32	16	9	41	1.81
93263044--93263340	111	2.7	111	87	0	423	17	10	28	43	1.81
93263029--93263340	37	8.4	37	84	1	374	17	9	29	43	1.81
93271781--93271829	21	2.3	21	86	6	64	22	20	18	38	1.93
93274785--93274961	47	3.8	47	77	13	195	22	20	28	29	1.98
93277705--93277812	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
93285417--93285587	47	3.7	46	78	11	195	23	20	26	29	1.99
93293510--93293597	30	2.9	30	85	9	117	23	40	22	12	1.88
93293522--93293576	17	3.5	17	72	27	57	23	43	21	10	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93298830--93298871	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
93306531--93306696	46	3.9	39	81	14	172	37	15	24	21	1.93
93306573--93306730	46	3.4	46	89	1	228	42	13	24	19	1.88
93307001--93307047	25	2.0	25	83	8	62	55	4	12	27	1.56
93307661--93307742	14	6.0	14	77	19	59	79	4	2	13	1.00
93307672--93307742	8	8.4	8	76	18	56	81	4	1	12	0.90
93307665--93307702	20	1.9	20	88	0	58	76	10	2	10	1.12
93308850--93309022	54	2.9	62	76	16	182	31	17	12	38	1.88
93309232--93309979	177	4.2	177	88	1	980	30	17	23	28	1.97
93309452--93309551	44	2.2	45	81	10	125	27	14	26	33	1.94
93310128--93310180	18	2.7	19	80	11	54	71	15	1	11	1.22
93311779--93311816	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
93312169--93312205	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
93314095--93314140	10	4.5	10	75	24	51	21	0	2	76	0.90
93314100--93314154	16	3.5	15	80	11	58	21	1	1	74	1.01
93317329--93317474	35	4.2	35	89	1	213	18	10	30	41	1.84
93317306--93317474	70	2.4	70	85	3	232	18	10	29	41	1.83
93321420--93321552	37	3.6	37	84	4	169	20	12	25	42	1.86
93326128--93326218	42	2.3	40	81	10	109	40	3	4	51	1.38
93327159--93327187	15	1.9	15	100	0	58	41	0	3	55	1.17
93332702--93332738	17	2.1	18	90	5	58	27	0	2	70	1.01
93334682--93334951	35	7.7	35	80	6	260	30	13	23	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93334694--93334946	105	2.4	105	91	0	398	30	13	23	32	1.93
93338014--93338082	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
93338005--93338092	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
93347867--93347908	20	2.1	20	95	0	75	30	11	14	42	1.81
93349974--93350204	46	5.0	47	89	2	319	21	24	14	39	1.90
93351815--93351852	1	38.0	1	89	0	58	0	5	0	94	0.30
93351978--93352208	118	2.0	118	92	0	381	29	31	17	22	1.96
93353000--93353104	42	2.5	42	85	3	140	26	12	32	28	1.92
93353040--93353104	20	3.2	19	68	23	51	26	10	33	29	1.90
93353228--93353288	7	8.9	7	79	12	56	75	0	4	19	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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