genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.159.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49036984--49037084	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
49041256--49041422	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
49041272--49041422	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
49049257--49049423	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
49056141--49056241	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
49062219--49062436	40	5.4	40	83	2	224	27	23	25	23	2.00
49062219--49062450	120	1.9	120	80	5	263	28	23	25	22	2.00
49064576--49064645	26	2.8	26	81	14	94	42	17	20	20	1.89
49064680--49064744	26	2.5	26	92	2	105	38	18	18	24	1.93
49081019--49081059	21	2.0	21	90	4	66	24	34	17	24	1.96
49081238--49081274	18	2.0	19	89	5	58	27	2	8	62	1.37
49083138--49083192	3	18.3	3	96	0	101	32	1	0	65	1.03
49085654--49085802	27	5.6	26	79	9	122	40	20	8	30	1.81
49085648--49085802	54	2.9	54	80	2	170	40	21	7	30	1.81
49085679--49086047	27	13.7	27	76	7	169	37	21	8	32	1.83
49086031--49086440	27	15.2	27	87	2	549	33	18	22	25	1.96
49085985--49086413	81	5.3	81	87	3	533	34	19	21	25	1.96
49086788--49086846	22	2.7	22	81	5	66	20	27	22	30	1.98
49087195--49087252	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
49087207--49087294	6	14.3	6	73	13	72	19	18	14	47	1.82
49087192--49087294	31	3.3	31	94	0	170	18	17	14	49	1.80
49090071--49090159	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49090071--49090153	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
49090082--49090159	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
49092215--49092406	40	4.8	39	82	5	163	23	22	28	24	1.99
49092215--49092406	79	2.4	81	83	6	232	23	22	28	24	1.99
49092748--49092775	8	3.5	8	100	0	56	0	21	14	64	1.29
49095123--49095492	27	13.7	27	75	8	146	37	21	8	33	1.84
49095099--49095248	27	5.6	27	74	12	103	41	21	8	28	1.82
49095260--49095366	54	2.0	54	90	0	169	28	22	9	40	1.85
49095260--49095417	81	2.0	81	81	7	187	31	22	8	37	1.85
49095478--49095780	27	11.3	27	88	0	401	33	20	21	24	1.97
49095397--49095781	54	7.1	55	82	5	351	35	20	18	25	1.96
49095478--49095781	134	2.3	135	87	1	414	33	20	21	24	1.97
49096127--49096185	22	2.7	22	81	5	66	20	27	22	30	1.98
49096553--49096606	19	2.8	19	85	2	72	16	16	14	51	1.76
49096592--49096658	12	5.5	12	72	13	57	22	20	14	41	1.89
49096627--49096672	24	1.9	24	86	0	65	19	15	13	52	1.75
49099349--49099403	26	2.2	25	86	3	74	20	7	3	69	1.28
49101412--49101513	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
49111511--49111612	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
49115594--49115769	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
49115590--49115762	93	1.9	93	95	0	310	21	21	29	27	1.98
49118245--49118360	25	4.7	25	69	10	85	25	25	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49123534--49123637	28	3.7	28	88	2	136	25	12	33	28	1.92
49123534--49123654	28	4.2	28	86	3	134	28	12	33	26	1.92
49127677--49127734	25	2.3	26	79	8	66	29	17	18	34	1.94
49138177--49138216	20	2.0	20	95	0	71	17	20	20	42	1.89
49141114--49141142	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
49156481--49156646	40	4.2	40	82	3	185	24	27	21	26	1.99
49162523--49162772	27	9.3	26	79	9	211	38	21	10	29	1.87
49162523--49162772	81	3.1	80	77	6	272	38	21	10	29	1.87
49162838--49162902	34	1.9	34	90	0	103	24	12	21	41	1.87
49166149--49166262	46	2.5	46	91	0	183	26	15	30	27	1.96
49167618--49167784	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
49175629--49175795	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
49179276--49179451	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
49179272--49179443	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
49182406--49182484	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
49182397--49182483	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
49184868--49185043	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
49184864--49185035	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
49187998--49188066	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
49187989--49188076	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
49190459--49190634	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
49190455--49190626	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49195404--49195442	20	1.9	21	89	5	62	61	0	7	30	1.24
49197558--49197664	39	2.7	39	94	0	178	24	21	28	26	1.99
49198693--49198896	50	4.1	50	81	3	239	25	18	25	30	1.98
49203352--49203425	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
49205145--49205315	43	4.0	43	84	1	227	23	30	20	25	1.98
49207556--49207779	40	5.6	40	84	7	294	26	27	22	22	1.99
49207556--49207779	79	2.8	79	86	7	335	26	27	22	22	1.99
49207556--49207775	122	1.8	122	88	4	336	26	28	23	22	1.99
49212045--49212455	49	8.4	49	95	0	678	29	9	32	29	1.88
49212213--49212297	27	3.3	27	63	15	72	30	4	32	31	1.78
49212557--49212641	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
49219724--49219908	40	4.6	40	85	9	252	25	28	22	23	1.99
49219724--49219908	83	2.3	80	90	3	291	25	28	22	23	1.99
49223255--49223298	20	2.3	18	84	7	52	25	29	34	11	1.91
49225751--49225878	47	2.7	47	85	2	150	33	28	14	23	1.93
49231764--49231813	24	2.0	25	85	11	68	56	0	36	8	1.29
49234783--49234852	31	2.3	31	92	0	113	24	22	14	38	1.91
49235073--49235142	25	2.8	25	93	0	122	27	24	24	24	2.00
49235246--49235296	25	2.0	25	88	0	75	25	17	23	33	1.96
49239343--49239472	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
49252539--49252705	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
49255383--49255434	27	2.0	26	81	11	61	38	1	23	36	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49262785--49262836	27	2.0	26	81	11	61	38	1	23	36	1.66
49272591--49272698	26	4.2	26	91	0	180	31	7	25	36	1.83
49274139--49274213	26	2.8	26	85	4	87	36	22	10	30	1.88
49274318--49274524	27	7.2	27	74	18	170	18	23	22	35	1.95
49274333--49274465	66	2.0	66	98	0	257	20	23	20	36	1.95
49274401--49274524	54	2.3	53	92	2	203	16	22	23	37	1.94
49279451--49279558	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
49281170--49281309	27	5.3	27	79	10	155	17	21	23	37	1.94
49281170--49281326	54	3.0	53	84	6	194	19	22	21	36	1.95
49281170--49281326	27	5.9	27	72	21	118	19	22	21	36	1.95
49284638--49284668	15	2.1	15	100	0	62	58	0	0	41	0.98
49287902--49287959	20	2.9	19	71	14	55	62	0	3	34	1.12
49287938--49287983	23	2.0	23	86	0	65	67	0	0	32	0.91
49303255--49303287	17	1.9	17	93	0	57	51	15	0	33	1.43
49305585--49305637	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
49307120--49307202	26	3.2	25	93	5	139	36	25	4	33	1.77
49311371--49311423	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
49312903--49312986	26	3.2	26	91	0	132	35	23	5	34	1.80
49315782--49315814	17	1.9	17	93	0	57	33	0	15	51	1.43
49319328--49319362	18	1.9	18	88	0	52	25	14	28	31	1.95
49324382--49324543	80	2.0	79	80	3	182	27	19	25	28	1.98
49324382--49324543	40	4.1	40	80	5	159	27	19	25	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49339331--49339470	36	3.8	36	77	15	128	25	27	22	24	2.00
49347218--49347380	39	4.2	39	77	9	161	26	27	20	25	1.99
49350038--49350221	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
49350078--49350266	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
49356535--49356731	70	2.8	69	90	3	281	34	16	28	20	1.95
49356601--49356717	40	3.2	40	60	28	94	32	17	29	21	1.96
49356569--49356731	70	2.3	71	98	1	319	35	17	28	19	1.94
49360167--49360315	39	3.9	39	88	2	221	28	22	21	27	1.99
49360167--49360314	77	1.9	76	90	4	235	28	22	21	27	1.99
49366605--49366875	46	5.8	44	73	11	168	24	29	18	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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