Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  229  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
72186010--72186158
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
72186051--72186158
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
72192782--72192989
40
5.2
40
82
1
184
21
26
24
27
1.99
72192808--72192989
80
2.3
80
83
0
220
21
26
23
28
1.99
72200235--72200438
53
3.8
54
82
1
239
19
23
18
38
1.93
72201680--72201705
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
72203263--72203425
44
3.8
44
82
4
206
31
27
14
26
1.94
72204535--72204559
13
1.9
13
100
0
50
40
24
4
32
1.73
72214907--72214965
13
4.5
13
71
14
50
42
18
0
38
1.51
72214932--72214972
13
3.0
14
73
20
50
36
17
0
46
1.48
72214996--72215063
13
5.2
13
73
15
52
36
20
0
42
1.52
72214916--72215078
27
6.2
24
69
16
85
36
18
1
43
1.61
72216081--72216219
60
2.3
59
79
8
147
26
24
20
28
1.99
72218606--72218650
23
2.0
23
91
8
74
51
8
0
40
1.33
72224811--72224868
2
29.5
2
89
3
91
51
3
0
44
1.18
72227647--72227788
40
3.6
40
89
2
207
26
27
23
23
2.00
72234700--72234857
43
3.7
43
79
7
178
20
18
28
32
1.96
72240223--72240305
25
3.3
24
77
9
78
26
20
20
32
1.97
72245843--72246054
46
4.6
47
75
9
179
28
18
29
23
1.98
72246027--72246205
50
3.7
48
79
10
184
25
15
30
27
1.96
72249085--72249147
25
2.5
25
86
0
90
28
14
4
52
1.62
72257760--72257862
29
3.6
27
81
5
98
29
33
16
21
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
72265553--72265655
29
3.6
27
81
5
98
29
33
16
21
1.95
72272491--72272548
26
2.3
26
85
8
75
24
20
3
51
1.62
72273702--72273792
22
4.0
22
76
15
71
62
26
5
5
1.39
72273729--72273801
11
6.4
11
71
20
51
60
28
6
4
1.41
72273702--72273781
22
3.7
21
82
11
83
63
25
6
5
1.38
72277366--72277542
16
11.3
16
73
11
91
61
19
7
10
1.53
72277324--72277469
62
2.3
63
88
3
233
60
19
8
10
1.54
72277366--72277542
78
2.3
78
98
0
345
61
19
7
10
1.53
72277444--72277589
63
2.3
63
88
1
213
60
20
9
9
1.56
72277955--72278007
26
2.0
26
96
0
97
49
9
30
11
1.70
72287668--72287725
30
1.9
30
89
6
91
32
13
17
36
1.89
72287694--72287850
34
4.6
34
86
0
197
30
8
17
43
1.79
72287856--72287968
41
2.8
41
90
1
183
34
3
13
48
1.59
72290671--72290907
49
5.0
47
91
4
393
34
8
28
28
1.87
72290671--72290907
96
2.5
96
97
0
447
34
8
28
28
1.87
72290899--72291098
48
4.2
48
95
0
355
32
6
29
32
1.83
72291138--72291228
37
2.4
37
96
1
164
23
18
32
25
1.97
72296347--72296410
30
2.1
30
82
0
74
37
14
12
35
1.83
72296385--72296476
34
2.7
34
87
0
139
28
9
18
43
1.82
72296501--72296613
41
2.8
41
93
1
192
32
3
14
49
1.60
72298349--72298491
39
3.7
39
90
2
234
22
30
20
26
1.99
72298309--72298490
77
2.3
79
89
2
269
23
29
22
24
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
72306373--72306515
39
3.7
39
90
2
234
22
30
20
26
1.99
72306333--72306514
77
2.3
79
89
2
269
23
29
22
24
1.99
72310796--72310834
16
2.4
16
91
0
60
41
17
12
28
1.87
72312984--72313031
21
2.4
20
83
10
62
20
6
2
70
1.19
72312986--72313032
20
2.3
21
85
3
60
19
6
2
72
1.17
72339822--72339890
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64
72339813--72339900
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
72344214--72344269
27
2.1
27
83
6
69
14
17
1
66
1.34
72344278--72344323
8
5.9
8
78
12
51
15
2
0
82
0.76
72344275--72344328
27
2.0
27
85
7
74
20
1
0
77
0.86
72344619--72344663
11
3.9
11
77
11
54
35
0
2
62
1.08
72344752--72344796
2
22.5
2
100
0
90
51
0
0
48
1.00
72345528--72345583
22
2.6
22
80
5
53
46
0
0
53
1.00
72345596--72345631
16
2.2
17
90
9
58
61
2
0
36
1.11
72345664--72345720
15
3.5
15
73
17
60
50
1
0
47
1.11
72346880--72346976
38
2.5
38
91
5
149
55
4
5
35
1.41
72347661--72347690
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
72348020--72348045
13
2.0
13
100
0
52
30
7
7
53
1.57
72351022--72351063
4
10.2
4
89
5
66
23
2
0
73
0.94
72351021--72351063
17
2.6
17
92
3
70
23
2
0
74
0.93
72351022--72351061
21
1.9
21
94
0
71
22
2
0
75
0.93
72367499--72367524
12
2.2
12
100
0
52
7
15
30
46
1.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
72368917--72368962
21
2.1
22
92
4
76
23
2
23
50
1.61
72369748--72369819
25
2.9
25
91
0
126
30
31
2
34
1.72
72373984--72374031
21
2.3
21
96
0
87
22
16
58
2
1.49
72374333--72374441
43
2.5
43
84
10
141
37
15
16
30
1.90
72374409--72374554
42
3.4
43
85
6
206
26
21
18
32
1.97
72374409--72374572
45
3.7
42
86
3
202
28
22
17
31
1.97
72384295--72384382
44
2.0
44
100
0
176
27
15
20
36
1.93
72388151--72388209
29
2.0
30
83
9
77
25
3
10
61
1.44
72389725--72389772
25
1.9
25
82
0
60
22
20
20
35
1.96
72392549--72392590
20
2.1
20
82
8
50
35
21
0
42
1.53
72392779--72393030
55
4.8
53
80
9
214
22
24
17
36
1.95
72394276--72394352
38
2.0
38
100
0
154
27
10
18
44
1.82
72394568--72394652
20
4.4
20
72
14
70
37
3
2
56
1.29
72394525--72394662
10
14.5
10
68
11
58
36
2
2
57
1.28
72394530--72394654
57
2.2
57
92
0
205
38
3
2
56
1.29
72394590--72394704
37
3.1
35
71
19
90
36
5
2
55
1.36
72394557--72394651
29
3.3
29
71
14
97
36
3
2
57
1.26
72394681--72394712
16
2.1
15
94
5
55
34
6
0
59
1.23
72404826--72404874
2
24.5
2
95
0
89
46
0
0
53
1.00
72415062--72415141
42
1.9
42
84
5
108
26
22
17
33
1.96
72418886--72418917
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
72421468--72421526
10
6.4
9
84
15
77
42
0
0
57
0.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
72421474--72421526
18
3.0
17
89
8
79
43
0
0
56
0.99
72421468--72421528
26
2.2
28
85
8
90
42
0
0
57
0.98
72421476--72421520
9
5.2
8
82
12
54
44
0
0
55
0.99
72426456--72426509
20
2.7
21
80
8
58
16
1
5
75
1.07
72426453--72426520
10
6.8
10
74
12
50
14
1
5
77
1.02
72426453--72426521
30
2.3
31
80
7
79
14
1
5
78
1.01
72440346--72440400
27
2.0
27
100
0
110
25
25
10
38
1.88
72444045--72444117
32
2.5
28
77
16
92
39
10
8
41
1.70
72444057--72444123
32
2.1
32
97
0
125
35
14
8
40
1.78
72450249--72450290
21
2.0
21
85
0
57
21
26
19
33
1.97
72453886--72453910
12
2.1
12
100
0
50
76
0
0
24
0.80
72458633--72458697
31
2.1
31
86
8
89
60
1
0
38
1.07
72458630--72458700
30
2.4
30
77
13
83
60
1
0
38
1.06
72458910--72458978
30
2.3
30
85
7
86
27
18
2
50
1.61
72460234--72460289
18
3.1
17
69
30
53
48
14
7
30
1.70
72460219--72460276
18
3.0
21
70
29
65
46
15
5
32
1.68
72460219--72460295
37
2.1
37
95
0
136
48
14
6
31
1.69
72462936--72462985
20
2.5
20
86
0
64
56
0
8
36
1.29
72465014--72465053
9
4.2
9
87
12
62
82
0
2
15
0.77
72465012--72465053
20
2.1
19
91
8
66
80
0
2
16
0.81
72465650--72465783
3
44.3
3
73
15
98
29
7
1
61
1.32
72465834--72465862
12
2.4
12
100
0
58
34
6
0
58
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
72465825--72465867
21
2.0
21
91
8
70
32
6
0
60
1.23
72465961--72465994
17
2.0
17
88
0
50
23
11
0
64
1.26
72466000--72466063
25
2.4
26
79
10
67
28
6
1
64
1.27
72466083--72466113
15
2.1
15
93
0
53
29
6
0
64
1.18
72466195--72466232
3
12.7
3
100
0
76
34
0
0
65
0.93
72466423--72466622
3
67.3
3
68
15
69
29
8
0
62
1.29
72466436--72466529
26
3.6
26
71
16
77
29
8
0
61
1.25
72466447--72466621
15
11.9
15
66
25
90
27
8
0
64
1.26
72466700--72466737
15
2.5
15
86
0
58
34
5
0
60
1.19
72470541--72470565
9
2.8
9
100
0
50
28
12
12
48
1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318