genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79182690--79182939	97	2.6	98	93	0	421	30	26	8	34	1.87
79186564--79186714	40	3.8	40	91	0	241	26	27	19	26	1.99
79188528--79188614	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
79188683--79188883	49	4.1	49	95	1	350	30	26	8	34	1.86
79188683--79188883	97	2.1	98	94	0	350	30	26	8	34	1.86
79192497--79192648	40	3.8	40	91	0	241	26	26	19	26	1.99
79194467--79194553	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
79194622--79194822	49	4.1	49	96	1	368	30	26	7	34	1.85
79194622--79194822	97	2.1	98	96	0	368	30	26	7	34	1.85
79197580--79197663	37	2.2	37	93	6	143	26	33	20	20	1.97
79197732--79197933	49	4.1	49	94	0	350	30	27	8	33	1.87
79200691--79200772	37	2.2	37	91	0	128	24	32	20	21	1.98
79200846--79201047	49	4.1	49	96	0	359	30	27	8	33	1.87
79207893--79208034	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
79207932--79208060	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
79213763--79213795	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
79214547--79214586	21	1.9	21	85	10	55	70	0	7	22	1.12
79216599--79217268	47	14.3	47	91	0	1045	35	8	28	28	1.86
79222049--79222088	20	2.0	21	95	5	73	17	52	20	10	1.72
79223561--79223633	32	2.3	31	83	6	85	17	4	1	76	1.01
79223566--79223627	26	2.3	27	86	5	81	17	4	1	75	1.05
79223561--79223639	6	12.8	6	75	15	63	17	5	1	75	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79223586--79223646	18	3.3	18	73	17	54	21	3	1	73	1.06
79226462--79226510	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
79227332--79227498	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
79236106--79236205	27	3.5	28	80	5	103	33	26	14	27	1.94
79238195--79238339	40	3.6	40	81	4	123	27	22	26	23	1.99
79238234--79238362	40	3.2	39	83	6	143	24	21	27	26	1.99
79243948--79244089	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
79243987--79244115	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
79247507--79247562	26	2.2	26	96	0	103	35	28	7	28	1.84
79250073--79250124	19	2.7	20	77	17	56	65	5	0	28	1.16
79254074--79254130	25	2.2	26	81	9	64	24	17	26	31	1.97
79258050--79258178	54	2.4	55	80	10	149	41	20	6	31	1.77
79258050--79258178	27	4.8	26	81	8	125	41	20	6	31	1.77
79258050--79258223	81	2.1	81	81	5	190	40	19	9	30	1.83
79260188--79260220	9	3.8	9	84	8	50	21	0	21	57	1.41
79260579--79260733	43	3.6	44	78	4	145	30	14	21	32	1.94
79262264--79262387	50	2.5	50	86	0	167	22	16	35	25	1.95
79267223--79267290	34	2.0	34	83	13	86	26	23	7	42	1.80
79270150--79270218	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
79271847--79271884	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
79278159--79278227	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
79279856--79279893	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79282549--79282589	15	2.8	15	88	3	57	21	4	0	73	1.02
79289675--79289771	28	3.5	28	95	1	169	19	10	25	44	1.82
79291401--79291438	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
79298055--79298098	23	2.0	22	86	4	61	25	0	20	54	1.45
79301940--79302105	40	4.2	39	80	6	149	24	27	22	25	2.00
79301956--79302105	80	1.9	78	83	8	196	23	28	22	26	1.99
79309474--79309531	27	2.1	27	100	0	116	27	22	22	27	1.99
79309961--79310126	40	4.2	39	80	6	149	24	27	22	25	2.00
79309977--79310126	80	1.9	78	83	8	196	23	28	22	26	1.99
79317153--79317352	67	3.0	68	78	9	198	23	30	16	30	1.96
79317132--79317384	68	3.9	64	76	10	163	24	30	15	29	1.96
79318590--79318707	23	5.0	24	91	5	179	28	22	21	27	1.99
79318765--79318821	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
79318753--79318823	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
79318758--79318812	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
79318860--79318907	25	1.9	25	91	0	78	25	14	27	33	1.94
79320066--79320130	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
79320188--79320325	27	5.0	27	71	10	91	31	10	17	40	1.83
79320182--79320330	56	2.7	54	80	6	147	32	10	18	37	1.86
79320283--79320737	27	16.9	27	80	5	285	38	8	23	29	1.84
79320294--79320710	54	7.7	54	82	3	471	39	7	23	28	1.83
79320282--79320710	81	5.3	81	85	3	445	39	7	23	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79320717--79320781	27	2.4	27	89	0	103	32	12	18	36	1.88
79320662--79320925	81	3.3	81	79	6	189	32	9	20	36	1.85
79320760--79320938	27	6.7	27	87	1	236	30	7	20	40	1.81
79320788--79320955	27	6.3	26	84	2	138	31	7	19	41	1.80
79325183--79325358	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
79325179--79325350	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
79328309--79328377	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
79328300--79328387	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
79330771--79330946	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
79330767--79330938	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
79338900--79338956	29	2.0	29	85	0	78	29	22	8	38	1.85
79341170--79341260	46	2.0	46	95	0	164	31	13	18	36	1.89
79344404--79344493	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
79344404--79344510	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
79344499--79344708	27	7.8	26	89	3	244	28	23	8	39	1.84
79344633--79344910	27	10.2	27	77	9	154	37	19	8	34	1.81
79344432--79344845	54	7.7	54	78	6	142	34	21	9	35	1.85
79344445--79344735	81	3.6	81	76	6	196	31	21	8	37	1.85
79344702--79344856	81	1.9	81	86	5	224	40	19	9	31	1.83
79344701--79344939	27	8.8	27	77	6	187	39	18	9	32	1.83
79344957--79345034	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
79354312--79354359	25	1.9	25	95	0	87	37	25	12	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79354403--79354486	20	4.2	20	95	0	150	34	11	21	32	1.90
79354407--79354481	11	7.4	11	68	17	63	36	13	20	30	1.91
79354533--79354726	25	8.0	24	89	5	252	27	20	23	28	1.99
79354918--79354981	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
79360060--79360120	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
79367029--79367074	22	2.1	22	100	0	92	26	17	21	34	1.95
79371236--79371283	25	1.9	25	82	0	60	33	22	14	29	1.94
79371415--79371487	26	2.8	26	85	2	85	28	24	19	27	1.98
79371441--79371494	26	2.1	25	93	3	90	33	16	18	31	1.93
79371703--79371804	31	3.3	31	94	1	179	36	15	23	24	1.94
79379302--79379349	25	1.9	25	91	0	78	35	22	14	27	1.93
79379497--79379557	26	2.3	26	91	0	95	22	26	21	29	1.99
79379497--79379570	26	2.9	26	80	13	82	27	22	21	28	1.99
79379778--79379867	31	2.9	31	84	0	126	36	16	22	24	1.94
79386589--79386689	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
79386618--79386693	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
79390867--79391033	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
79397994--79398042	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
79398864--79399011	40	3.9	37	82	9	156	26	22	27	24	2.00
79401305--79401337	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
79402546--79402643	43	2.3	42	87	7	135	22	31	26	19	1.98
79406255--79406476	47	4.8	45	76	10	162	29	18	27	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79406255--79406429	46	3.7	46	79	8	183	28	19	28	24	1.99
79408111--79408263	27	5.7	27	77	4	105	29	15	25	30	1.95
79412223--79412317	43	2.2	43	81	3	111	31	25	16	26	1.97
79417497--79417554	28	2.1	28	100	0	116	46	20	0	32	1.51
79425728--79425825	5	18.2	5	74	19	74	18	5	1	75	1.04
79425736--79425785	26	2.0	25	88	4	73	14	6	0	80	0.90
79425728--79425820	41	2.4	38	84	13	113	18	5	1	75	1.05
79425740--79425825	6	14.3	6	75	9	68	17	5	1	75	1.06
79429317--79429356	14	2.5	17	80	19	50	52	7	10	30	1.62
79437259--79437425	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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