genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74516854--74516895	21	2.0	21	90	9	68	61	2	0	35	1.09
74517946--74517992	2	24.5	2	87	8	71	51	0	2	46	1.13
74518623--74518712	23	3.7	24	80	15	103	46	7	2	43	1.44
74525660--74525721	28	2.2	28	91	0	97	17	40	17	24	1.91
74527810--74527916	42	2.5	42	96	0	196	28	14	33	22	1.94
74527924--74527993	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
74529779--74529997	47	4.7	45	77	11	183	26	29	16	28	1.97
74529779--74530046	94	2.9	92	80	12	228	25	28	17	28	1.98
74533587--74533727	44	3.3	42	82	7	151	32	24	17	25	1.97
74533566--74533727	43	3.8	42	79	8	166	31	25	18	24	1.98
74534095--74534402	164	1.9	164	98	0	598	34	19	5	39	1.76
74534910--74534945	16	2.2	16	95	0	63	33	8	5	52	1.55
74535706--74535970	50	5.4	49	81	7	256	23	26	20	30	1.98
74538682--74538986	48	6.5	46	78	7	233	27	19	28	23	1.98
74538682--74538947	92	2.8	94	77	9	242	27	19	28	24	1.98
74545728--74545893	47	3.6	45	76	9	147	24	19	30	25	1.98
74545641--74545946	94	3.3	94	77	9	286	26	21	29	23	1.99
74549097--74549213	55	2.1	55	87	3	164	20	29	30	18	1.97
74557525--74557566	2	21.5	2	82	4	50	54	0	0	45	0.99
74557535--74557568	17	2.0	17	88	0	50	58	0	0	41	0.98
74558031--74558114	43	2.0	43	81	9	100	28	26	17	27	1.98
74560050--74560322	48	5.8	48	76	8	249	23	29	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74560056--74560322	93	2.8	92	82	5	259	23	29	20	26	1.99
74560050--74560330	141	2.0	142	82	7	349	24	29	19	25	1.99
74564108--74564153	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
74572281--74572317	17	2.2	16	90	4	56	56	0	0	43	0.99
74572536--74572579	21	2.0	23	86	8	65	45	0	11	43	1.40
74574294--74574330	18	2.1	18	89	0	56	37	0	2	59	1.12
74578913--74579001	28	3.1	29	83	4	110	28	30	13	28	1.94
74583280--74583394	29	4.1	29	77	6	112	26	32	14	26	1.95
74583342--74583401	29	2.1	28	90	6	95	28	28	15	28	1.96
74588994--74589101	27	4.0	28	87	2	150	35	20	24	20	1.96
74588992--74589102	55	2.0	55	87	5	163	36	19	23	19	1.95
74598075--74598142	32	2.2	31	87	7	95	47	0	4	48	1.22
74599704--74599736	16	2.0	17	88	5	50	30	0	36	33	1.58
74600961--74601040	20	4.0	20	75	16	60	30	15	35	20	1.93
74606942--74606966	12	2.1	12	100	0	50	16	24	32	28	1.96
74609284--74609365	29	2.9	28	81	7	85	40	19	10	29	1.86
74609344--74609535	29	6.5	28	71	14	95	35	17	14	32	1.90
74614632--74614663	16	2.0	16	93	0	55	40	25	3	31	1.71
74616237--74616380	46	3.1	46	72	17	129	29	29	19	22	1.98
74619201--74619254	28	1.9	28	88	0	81	27	16	20	35	1.94
74623498--74623722	46	4.7	47	70	18	153	30	18	26	24	1.98
74623539--74623724	46	3.9	47	77	11	155	29	17	28	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74625914--74626110	43	4.6	43	90	1	306	31	31	23	12	1.92
74625914--74626110	85	2.3	86	90	0	306	31	31	23	12	1.92
74626108--74626182	38	2.0	38	86	0	105	29	25	21	24	1.99
74628899--74628937	19	2.0	19	85	5	51	30	7	0	61	1.24
74632050--74632116	35	1.9	35	93	0	116	41	23	10	23	1.85
74631973--74632103	70	1.9	70	81	0	163	41	19	10	29	1.85
74631974--74632118	70	2.1	70	80	2	157	41	20	10	28	1.85
74637571--74637618	23	2.1	23	84	0	60	14	25	8	52	1.69
74641654--74641873	40	5.6	40	76	8	202	25	24	25	24	2.00
74644212--74644418	53	3.8	54	78	1	200	20	23	16	39	1.92
74644224--74644418	55	3.6	53	78	2	174	20	23	17	38	1.93
74645170--74645253	31	2.7	31	94	1	143	27	26	17	28	1.98
74645277--74645410	42	3.2	42	95	2	243	34	20	14	30	1.92
74645545--74645627	25	3.4	25	79	12	73	24	24	25	26	2.00
74647708--74647897	80	2.4	81	83	2	240	26	24	22	26	2.00
74647708--74647897	40	4.7	40	81	5	204	26	24	22	26	2.00
74649802--74649853	27	1.9	27	88	7	79	34	11	13	40	1.81
74649851--74649987	27	5.0	27	76	6	107	30	8	20	40	1.83
74649799--74649980	54	3.3	54	75	2	175	32	10	18	39	1.84
74649919--74650028	27	4.1	27	70	13	73	30	12	21	35	1.91
74650020--74650111	27	3.4	27	82	5	114	41	7	22	28	1.81
74652383--74652559	31	5.7	31	89	0	266	28	24	15	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74652583--74652716	42	3.2	42	97	2	252	34	20	14	31	1.92
74653715--74653779	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
74653823--74653875	27	2.0	27	84	0	70	35	13	15	35	1.86
74653833--74653913	29	2.9	28	83	7	94	34	11	13	40	1.80
74653833--74654022	27	7.0	27	77	4	148	32	10	17	40	1.83
74653897--74654048	81	1.9	81	84	2	207	28	11	19	41	1.85
74653896--74654047	27	5.6	27	80	1	153	28	10	19	41	1.85
74654051--74654142	27	3.4	27	84	0	121	39	6	23	30	1.80
74657681--74657938	46	5.5	47	76	12	189	28	17	28	25	1.97
74659859--74659906	22	2.2	22	92	0	78	20	33	20	25	1.97
74665044--74665085	22	1.9	22	85	0	57	33	26	0	40	1.56
74666828--74666871	23	1.9	23	85	0	61	36	6	11	45	1.67
74673457--74673518	16	3.9	16	86	0	88	40	1	29	29	1.66
74673457--74673526	32	2.2	32	94	0	122	40	2	27	30	1.71
74673457--74673526	16	4.4	16	85	0	86	40	2	27	30	1.71
74673508--74673599	44	2.1	44	86	10	125	35	5	22	35	1.78
74673767--74673806	21	2.0	20	90	5	62	55	2	0	42	1.13
74673829--74673874	21	2.3	21	85	7	60	65	2	0	32	1.05
74673978--74674012	13	2.8	12	83	8	52	57	0	11	31	1.34
74681793--74681946	42	3.7	42	82	6	179	31	25	14	28	1.95
74686463--74686643	48	3.8	48	79	1	184	24	17	29	28	1.97
74686607--74686784	42	4.1	42	73	8	140	26	15	25	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74688990--74689159	41	4.2	40	74	18	161	27	27	22	22	1.99
74697338--74697507	41	4.2	40	74	18	161	27	27	22	22	1.99
74709135--74709464	27	12.3	27	84	3	337	40	21	16	21	1.91
74726065--74726111	20	2.3	20	85	0	58	14	23	17	44	1.85
74727771--74727851	28	2.9	28	81	7	94	32	20	17	29	1.96
74732514--74732557	22	2.2	20	84	12	54	31	18	25	25	1.97
74732718--74732826	41	2.7	41	92	0	164	31	31	16	21	1.95
74733088--74733370	27	10.5	27	74	8	155	31	8	20	39	1.81
74733064--74733371	54	5.7	54	75	6	176	31	8	20	39	1.83
74733092--74733353	54	4.9	53	76	7	190	31	7	20	41	1.79
74733151--74733352	79	2.5	80	79	9	207	29	6	20	42	1.78
74733088--74733378	133	2.2	136	78	5	315	32	8	19	39	1.81
74733363--74733431	27	2.6	27	88	0	102	28	20	18	31	1.96
74748661--74748731	31	2.3	31	97	0	133	28	23	16	30	1.97
74748755--74748846	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
74748991--74749191	26	7.8	26	94	0	334	28	23	21	26	1.99
74749991--74750055	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
74750109--74750194	27	3.1	27	77	14	86	34	8	15	41	1.76
74750198--74750355	54	2.9	54	82	5	187	29	10	20	39	1.87
74750172--74750322	27	5.6	27	83	4	180	27	7	21	43	1.79
74750198--74750355	81	2.0	81	81	7	187	29	10	20	39	1.87
74750198--74750362	27	6.1	27	79	7	147	28	10	22	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74750354--74750607	27	9.4	27	85	1	294	38	7	23	30	1.83
74752096--74752150	11	5.5	11	71	20	57	36	10	18	34	1.86
74752085--74752150	20	3.3	20	91	8	109	36	10	18	34	1.85
74752207--74752304	25	3.9	25	88	6	137	25	23	21	29	1.99
74753992--74754158	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
74762008--74762174	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
74763743--74763837	38	2.5	38	96	0	172	33	16	26	23	1.96
74773513--74773715	40	5.1	40	83	6	234	25	27	23	23	2.00
74779000--74779079	27	2.9	27	85	5	99	40	16	10	33	1.82
74779009--74779098	27	3.3	27	84	3	110	40	16	10	33	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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