genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  269  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85216566--85216718	43	3.5	42	84	6	182	27	31	17	23	1.97
85218688--85218833	41	3.6	42	81	8	160	19	14	32	32	1.92
85220487--85220529	21	2.0	21	100	0	86	44	23	0	32	1.54
85221395--85221521	64	2.0	64	95	0	227	26	18	18	36	1.94
85221491--85221572	29	2.8	29	96	0	146	25	24	13	36	1.92
85232163--85232202	21	2.0	20	85	14	55	35	12	22	30	1.91
85234167--85234192	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
85242225--85242339	44	2.7	44	80	12	123	29	26	20	24	1.99
85253291--85253402	44	2.6	43	72	4	109	29	25	16	27	1.97
85262622--85262679	8	7.2	8	77	14	57	65	0	6	27	1.18
85269188--85269266	39	2.0	39	95	0	140	46	10	8	34	1.69
85271806--85271854	25	2.0	25	100	0	98	36	8	30	24	1.85
85275163--85275337	75	2.4	70	84	10	235	51	12	7	28	1.66
85277557--85277592	16	2.3	16	95	4	65	66	5	0	27	1.13
85277555--85278157	102	6.1	102	81	7	609	55	14	0	29	1.46
85277555--85278157	203	3.0	199	82	7	624	55	14	0	29	1.46
85278047--85278071	12	2.1	12	100	0	50	64	8	0	28	1.22
85280155--85280205	25	2.0	25	96	0	93	29	15	25	29	1.96
85283510--85283583	27	2.7	27	82	10	82	18	22	20	37	1.94
85287059--85287112	27	2.0	28	88	3	83	48	0	7	44	1.31
85289363--85289455	29	3.2	29	87	0	123	33	16	27	22	1.95
85289363--85289468	29	3.7	29	82	5	115	30	16	31	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85293268--85293320	24	2.2	24	83	6	63	50	16	9	22	1.74
85294751--85294888	41	3.4	41	80	7	122	27	13	26	32	1.94
85295394--85295427	10	3.4	10	100	0	68	29	8	20	41	1.82
85296637--85296676	18	2.2	18	86	8	55	27	2	0	70	1.01
85300434--85300635	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
85300433--85300584	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
85308502--85308651	40	3.8	37	79	9	120	25	22	27	24	2.00
85308554--85308682	40	3.3	40	82	7	131	24	25	26	23	2.00
85318712--85318824	33	3.3	32	84	13	122	24	24	29	21	1.99
85324612--85324778	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
85332540--85332706	40	4.2	40	81	3	176	24	26	22	26	2.00
85340496--85340590	34	2.8	33	80	4	91	27	24	26	22	2.00
85355013--85355064	19	2.8	18	82	8	52	13	25	38	23	1.91
85357828--85357875	22	2.2	22	96	0	87	45	14	10	29	1.78
85365731--85365872	40	3.5	40	79	2	124	33	25	15	26	1.95
85366923--85366947	11	2.3	11	100	0	50	60	0	0	40	0.97
85368863--85368990	40	3.2	40	82	2	141	26	22	27	23	2.00
85376829--85376995	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
85416518--85416552	17	2.1	17	100	0	70	48	40	5	5	1.51
85417364--85417399	2	18.5	2	94	5	65	52	0	0	47	1.00
85420425--85420483	29	2.0	29	93	0	100	52	15	5	27	1.63
85420865--85420913	23	2.1	23	96	0	89	32	6	16	44	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85443185--85443414	48	4.8	48	75	9	193	27	21	26	23	1.99
85443177--85443414	95	2.5	95	77	7	223	27	21	26	23	1.99
85446589--85447201	306	2.0	306	96	0	1136	29	25	15	29	1.96
85458273--85458345	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
85466407--85466479	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
85468368--85468394	13	2.1	13	100	0	54	33	0	29	37	1.58
85474217--85474246	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
85476451--85476582	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
85483794--85483925	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
85493835--85493998	40	4.1	40	82	6	188	25	20	28	26	1.99
85493835--85494012	80	2.2	80	83	4	209	25	20	27	25	1.99
85501946--85502109	40	4.1	40	82	6	188	25	20	28	26	1.99
85501946--85502123	80	2.2	80	83	4	209	25	20	27	25	1.99
85509741--85509805	34	1.9	34	81	6	78	33	18	21	26	1.96
85510148--85510199	22	2.4	22	93	0	86	40	25	9	25	1.85
85512107--85512133	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
85514234--85514269	15	2.4	15	95	0	63	38	19	13	27	1.90
85514248--85514593	56	6.2	56	84	7	479	32	24	14	28	1.94
85515732--85515757	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
85520353--85521531	587	2.0	588	98	0	2288	32	13	19	34	1.91
85529736--85529853	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
85529704--85529867	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85539268--85539385	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
85539236--85539399	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
85541265--85541654	56	7.0	56	85	7	517	32	25	14	26	1.95
85546092--85546117	12	2.2	12	100	0	52	50	26	0	23	1.50
85547453--85547665	43	5.0	43	79	4	200	33	24	15	26	1.95
85549640--85549711	35	2.1	35	94	0	126	40	27	8	23	1.83
85562014--85562074	13	4.6	13	80	17	63	32	0	0	67	0.91
85562014--85562074	26	2.3	26	88	2	86	32	0	0	67	0.91
85563251--85563295	22	2.0	22	100	0	90	48	4	0	46	1.22
85563780--85563824	23	2.0	23	87	8	67	62	8	0	28	1.25
85564132--85564170	16	2.4	16	86	0	51	74	0	5	20	1.01
85568843--85568926	44	1.9	44	85	9	118	26	28	15	29	1.96
85568753--85569937	177	6.7	177	82	4	1335	27	24	18	30	1.98
85570092--85570474	64	6.0	64	93	0	631	37	13	17	31	1.89
85570506--85570539	17	1.9	18	88	5	52	35	2	14	47	1.60
85571565--85571630	6	10.5	6	84	9	87	16	0	1	81	0.76
85571577--85571645	32	2.2	32	81	5	77	15	5	1	76	1.04
85571577--85571646	33	2.2	32	84	2	86	15	5	1	77	1.03
85573089--85573148	25	2.4	25	97	0	111	58	8	13	20	1.60
85574931--85574976	23	2.0	23	91	0	74	34	21	13	30	1.91
85578633--85578743	3	37.7	3	71	10	59	29	9	1	58	1.41
85578685--85578723	20	2.0	20	89	0	60	23	5	5	66	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85578773--85578834	23	2.6	24	82	2	72	38	3	4	53	1.39
85578798--85578858	15	4.1	15	80	14	63	36	1	0	62	1.05
85578822--85578865	3	14.7	3	95	0	79	31	2	0	65	1.05
85581246--85581291	19	2.4	19	85	7	58	19	19	13	47	1.81
85585145--85585269	64	2.0	64	96	0	232	31	16	14	37	1.89
85585485--85585806	45	7.3	44	68	8	174	25	18	27	28	1.98
85585344--85585893	132	4.2	132	89	0	755	27	19	24	28	1.99
85587796--85587909	3	38.7	3	74	10	83	30	8	0	59	1.34
85587852--85587912	23	2.7	23	81	0	59	29	8	1	60	1.35
85594214--85594259	23	2.0	22	83	4	56	41	13	2	43	1.55
85594526--85594608	31	2.7	30	83	10	98	31	10	4	53	1.57
85594526--85594619	31	3.1	31	83	6	86	31	9	4	54	1.52
85619951--85619998	25	1.9	25	87	8	71	27	18	22	31	1.97
85621307--85621479	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	29	1.98
85621304--85621474	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
85625123--85625164	20	2.0	21	82	13	52	52	14	4	28	1.62
85630276--85630327	23	2.2	24	80	19	65	34	0	1	63	1.06
85630859--85631080	114	1.9	114	91	1	365	18	11	20	49	1.79
85631580--85631638	31	1.9	31	89	6	93	44	10	5	40	1.60
85633289--85633373	19	4.4	18	73	15	64	36	2	1	60	1.18
85633288--85633354	10	7.0	10	76	10	50	38	2	0	58	1.14
85634565--85634625	30	2.0	30	81	12	70	52	1	1	44	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85634651--85634726	35	2.2	35	81	9	84	53	6	0	39	1.27
85650528--85650578	20	2.5	20	87	6	59	29	11	13	45	1.79
85651950--85651988	18	2.1	19	90	4	62	35	0	0	64	0.94
85651939--85651992	19	2.8	20	77	11	67	42	0	0	57	0.98
85657504--85657737	3	78.3	3	71	13	117	57	2	8	32	1.40
85657459--85657519	22	2.8	22	80	2	61	68	6	6	18	1.33
85657475--85657543	22	2.9	26	75	16	78	63	5	5	24	1.39
85657737--85657768	16	2.0	16	93	0	55	50	6	21	21	1.71
85657873--85657915	16	2.8	15	86	6	59	62	0	6	30	1.21
85658010--85658039	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318