genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85031498--85031566	27	2.6	28	80	15	83	72	4	1	21	1.10
85031495--85031557	9	6.9	9	80	12	67	71	3	1	23	1.09
85031506--85031573	8	7.8	8	75	15	55	72	4	1	22	1.11
85031491--85031573	10	9.0	9	69	18	55	71	3	1	24	1.09
85033414--85033479	19	3.6	19	87	8	100	34	13	10	40	1.79
85034221--85034999	84	9.3	84	89	3	1171	25	22	21	30	1.99
85034393--85034948	41	13.3	41	64	20	181	25	22	22	29	1.99
85035951--85036000	7	6.9	7	84	15	50	0	16	0	84	0.63
85035958--85035992	11	3.3	10	85	14	52	0	14	0	85	0.59
85037778--85037824	25	2.0	24	84	12	62	63	8	6	21	1.44
85038318--85038358	21	1.9	21	85	5	55	39	17	9	34	1.82
85038329--85038401	36	2.0	36	89	5	110	35	15	10	38	1.82
85038315--85038407	19	4.8	19	80	11	109	36	16	10	36	1.83
85040665--85040698	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
85041119--85041205	8	10.0	8	70	16	57	56	2	0	41	1.12
85041119--85041205	44	2.0	44	82	13	108	56	2	0	41	1.12
85043578--85043624	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
85045280--85045373	20	4.9	19	70	15	54	58	6	2	32	1.35
85045280--85045362	18	4.7	18	72	16	66	57	4	2	34	1.33
85045294--85045371	18	4.1	18	74	16	59	56	6	2	34	1.39
85045432--85045492	17	3.8	17	76	20	60	54	3	6	36	1.43
85045767--85045837	35	2.0	37	91	5	119	45	39	1	14	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85046251--85046287	14	2.5	14	91	8	56	21	5	10	62	1.48
85046250--85046288	15	2.5	16	87	4	62	20	5	10	64	1.44
85046249--85046289	16	2.5	17	80	11	59	19	4	9	65	1.40
85046516--85046624	30	3.7	29	79	6	130	45	1	22	29	1.63
85046628--85046673	24	1.9	24	95	0	83	26	0	2	71	0.97
85046862--85047140	75	3.7	75	78	9	300	34	17	15	31	1.92
85047382--85047411	14	2.1	14	93	0	51	66	3	6	23	1.30
85059710--85059770	17	3.8	17	76	20	60	54	3	6	36	1.43
85060527--85060567	16	2.5	17	73	11	50	14	4	12	68	1.36
85060814--85060900	30	2.9	30	82	3	104	43	3	25	27	1.70
85060905--85060950	24	1.9	24	90	0	74	23	0	2	73	0.94
85065067--85065105	18	2.1	19	85	4	53	30	23	0	46	1.53
85065609--85065716	26	4.2	26	91	0	180	31	7	24	37	1.83
85067158--85067217	28	2.2	26	82	5	66	40	16	10	33	1.82
85067169--85067232	26	2.4	27	89	5	94	32	21	12	32	1.91
85067337--85067477	27	5.2	26	83	6	174	17	24	24	34	1.95
85067337--85067477	54	2.6	53	90	2	219	17	24	24	34	1.95
85067337--85067495	27	5.9	27	76	19	145	18	24	22	34	1.96
85068552--85068779	45	5.1	45	84	1	287	43	19	16	20	1.87
85068552--85068779	90	2.5	90	88	1	332	43	19	16	20	1.87
85069188--85069222	10	3.5	10	88	0	52	31	28	0	40	1.57
85071257--85071423	21	7.5	22	70	22	75	32	3	1	62	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85071287--85071441	16	9.6	16	65	20	74	34	3	0	61	1.17
85071256--85071441	41	4.0	44	70	22	107	33	3	1	61	1.19
85075375--85075434	17	3.5	17	70	20	54	65	1	1	31	1.13
85075918--85076008	19	4.9	19	88	8	143	36	15	10	37	1.83
85075918--85076008	35	2.5	37	89	8	141	36	15	10	37	1.83
85075932--85075987	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
85076371--85077082	205	3.5	205	93	0	1154	29	20	18	32	1.96
85077057--85077146	44	2.0	44	84	4	117	26	24	17	31	1.97
85077151--85077551	132	3.0	132	92	0	658	26	23	17	32	1.97
85077240--85077559	44	7.3	44	72	11	253	25	24	17	32	1.97
85077152--85077551	88	4.5	89	71	11	252	26	23	18	32	1.97
85078442--85078504	8	8.7	7	79	17	51	4	9	0	85	0.72
85078442--85078505	15	4.3	15	82	13	71	4	9	0	85	0.72
85078449--85078503	21	2.7	20	85	5	65	3	10	0	85	0.72
85078443--85078505	13	4.8	12	80	18	63	4	9	0	85	0.72
85078443--85078505	27	2.3	26	82	12	74	4	9	0	85	0.72
85085155--85085323	46	3.7	45	77	13	182	22	19	27	30	1.98
85085148--85085318	93	1.8	93	92	0	288	22	20	28	29	1.98
85087174--85087233	17	3.5	17	74	21	63	65	0	1	33	1.03
85087521--85087607	45	1.9	45	97	0	165	37	12	26	22	1.90
85087763--85087853	19	4.9	19	88	8	143	36	15	10	37	1.83
85087763--85087853	35	2.5	37	89	8	141	36	15	10	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85087777--85087832	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
85089515--85089544	15	2.0	15	100	0	60	26	26	26	20	1.99
85099434--85099508	38	2.0	38	86	5	107	24	22	24	29	1.99
85099501--85099663	43	3.8	43	94	0	283	12	24	33	29	1.92
85101622--85101832	44	4.8	44	88	1	280	32	15	26	26	1.95
85101820--85101966	47	3.3	47	63	19	114	29	15	24	29	1.96
85101795--85102026	87	2.7	87	87	0	338	28	16	24	30	1.96
85103816--85103900	21	4.2	20	79	10	75	32	3	2	61	1.26
85103999--85104074	34	2.2	34	100	0	152	38	10	2	48	1.52
85113632--85113964	50	6.6	50	75	4	283	26	17	24	30	1.97
85113631--85113964	151	2.2	151	89	1	499	26	17	24	30	1.97
85122716--85122754	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
85123218--85123280	28	2.2	29	91	2	101	31	23	22	22	1.98
85123386--85123450	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
85127536--85127588	24	2.2	24	96	0	97	26	7	30	35	1.84
85128630--85128663	17	2.0	17	88	11	52	14	11	2	70	1.27
85136352--85136487	39	3.5	39	89	2	202	23	21	28	26	1.99
85136344--85136507	78	2.1	78	85	5	217	23	20	28	28	1.99
85136344--85136534	78	2.5	78	82	5	201	22	20	27	28	1.99
85137866--85138001	26	5.2	26	92	0	227	33	4	25	36	1.76
85141278--85141377	25	4.0	25	72	1	76	29	18	25	28	1.98
85150310--85150476	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85151302--85151347	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
85153274--85153424	40	3.8	39	84	2	151	23	27	22	26	2.00
85153274--85153424	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	26	2.00
85154241--85154286	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
85161264--85161430	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
85162256--85162301	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
85164747--85164978	41	5.7	41	86	0	304	34	15	28	21	1.94
85164811--85164950	21	6.8	20	64	11	59	36	15	27	20	1.93
85164903--85164969	20	3.3	20	72	12	64	37	16	26	19	1.93
85169644--85169680	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
85175059--85175244	40	4.7	40	87	5	234	24	20	26	27	1.99
85175114--85175267	80	1.9	79	85	6	213	26	19	26	27	1.99
85179039--85179196	43	3.7	43	81	2	138	31	25	16	25	1.96
85185972--85185998	13	2.1	13	100	0	54	29	14	18	37	1.91
85186707--85186794	45	2.0	45	83	0	113	36	14	20	28	1.92
85187071--85187169	41	2.4	41	88	1	137	20	18	25	36	1.95
85187071--85187183	41	2.8	41	82	4	113	20	19	25	34	1.96
85189791--85190009	47	4.7	47	75	12	186	30	19	27	22	1.98
85189788--85190009	93	2.4	93	82	7	254	29	19	27	22	1.98
85205604--85205701	41	2.4	41	89	0	142	41	15	17	25	1.88
85205704--85205781	40	1.9	40	84	5	102	35	20	17	25	1.95
85206084--85206125	21	1.9	23	85	9	61	45	33	0	21	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85206586--85206662	21	3.8	20	75	17	70	20	0	31	48	1.50
85206651--85206713	28	2.3	27	83	8	81	17	1	36	44	1.59
85207152--85207409	115	2.2	116	82	3	315	33	18	20	27	1.96
85210313--85210576	9	30.0	9	69	13	115	46	16	0	36	1.51
85210297--85210430	52	2.6	52	95	0	232	50	14	0	35	1.44
85210345--85210509	79	2.1	79	91	0	267	49	13	0	36	1.48
85210345--85210549	79	2.6	79	85	4	218	47	15	0	37	1.49
85212941--85212986	23	2.0	23	95	0	83	19	26	19	34	1.96
85216125--85216175	21	2.3	21	86	10	66	33	19	43	3	1.70
85216409--85216489	31	2.5	33	82	8	103	12	6	20	60	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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