genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58699865--58699973	21	5.3	20	74	11	78	27	3	4	64	1.30
58699874--58699929	20	2.8	20	81	13	62	21	1	8	67	1.27
58700302--58700366	9	7.3	9	76	13	64	35	0	1	63	1.04
58703559--58703661	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
58711361--58711463	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
58719159--58719261	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
58722516--58722557	18	2.3	18	87	0	66	16	28	11	42	1.84
58722586--58722944	165	2.2	164	90	2	567	23	22	16	37	1.93
58722864--58722903	18	2.2	18	86	8	55	20	27	7	45	1.78
58722629--58722961	165	2.0	165	94	0	585	22	21	17	38	1.93
58723330--58723385	18	3.1	18	86	0	76	23	28	5	42	1.76
58723333--58723404	18	4.0	18	83	3	56	25	25	5	44	1.75
58723594--58724427	192	4.2	192	79	6	760	24	24	14	37	1.92
58724003--58724594	210	2.8	210	83	4	719	22	23	15	39	1.92
58725458--58725493	18	2.0	18	88	0	54	27	19	11	41	1.85
58725879--58725917	19	2.1	19	100	0	78	20	0	5	74	1.01
58729458--58729923	198	2.4	197	86	2	657	26	27	15	30	1.95
58730069--58730439	198	1.9	198	90	0	589	26	27	14	31	1.95
58739486--58739603	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
58739454--58739617	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
58743233--58743436	40	5.1	40	87	1	275	22	21	29	26	1.99
58743229--58743440	80	2.7	80	91	2	329	23	21	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58744000--58744222	111	2.0	111	100	0	446	27	9	26	36	1.88
58745261--58745323	32	1.9	33	93	3	110	28	17	22	31	1.96
58747041--58747106	33	2.0	33	96	0	123	50	6	12	31	1.64
58755747--58755924	40	4.5	40	85	3	209	23	23	28	25	2.00
58760452--58760513	20	3.1	20	69	0	61	20	22	20	35	1.96
58761876--58761958	27	3.1	26	82	3	94	28	26	15	28	1.96
58764822--58764993	93	1.8	93	91	2	283	29	29	19	21	1.97
58764816--58764989	46	3.8	46	78	14	196	31	28	18	21	1.97
58768234--58768333	49	2.0	49	92	0	164	26	23	26	25	2.00
58781319--58782337	344	3.0	344	97	0	1939	33	13	16	35	1.88
58782441--58782526	37	2.3	37	93	0	145	29	5	22	43	1.76
58782811--58782927	20	5.8	20	64	11	60	23	17	19	39	1.92
58788195--58788225	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
58789279--58789317	20	2.0	20	94	0	69	53	2	0	43	1.14
58789280--58789329	25	2.0	26	81	18	61	54	4	0	42	1.19
58789268--58789365	37	2.9	35	76	21	100	54	4	1	40	1.26
58795150--58795248	28	3.5	29	80	6	105	30	26	15	28	1.96
58795362--58795386	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
58802148--58802304	23	6.7	23	80	10	135	28	20	18	33	1.96
58806756--58806856	40	2.5	39	87	3	130	22	28	23	24	1.99
58809379--58809545	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
58817390--58817556	40	4.2	40	79	2	167	24	27	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58829687--58829726	20	2.0	20	100	0	80	35	20	15	30	1.93
58834332--58834445	43	2.7	42	78	11	124	34	26	15	23	1.95
58847088--58847164	34	2.3	34	86	0	100	27	7	15	49	1.72
58847627--58847659	17	1.9	17	88	11	50	30	3	15	51	1.58
58855586--58855757	40	4.3	40	90	2	249	26	28	20	23	1.99
58855586--58855807	79	2.8	79	81	6	225	26	27	21	24	1.99
58861877--58861982	26	4.2	26	91	2	171	35	24	7	32	1.84
58875724--58875891	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
58887994--58888041	18	3.1	15	75	18	53	4	18	0	77	0.93
58895060--58895191	25	5.3	25	80	4	90	31	15	29	23	1.95
58897196--58897256	28	2.3	26	76	20	63	9	21	0	68	1.18
58900715--58900958	40	6.2	40	89	3	343	25	21	26	26	2.00
58907625--58907854	40	5.8	40	91	2	340	24	21	27	26	1.99
58926977--58927051	37	2.0	37	100	0	150	30	21	8	40	1.82
58944434--58944654	47	4.6	47	76	9	191	24	29	18	27	1.98
58946377--58946401	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
58947149--58947193	18	2.5	18	89	7	65	24	20	11	44	1.83
58948148--58948450	33	9.6	32	68	21	178	53	1	1	43	1.20
58948181--58948236	25	2.2	24	90	6	85	55	0	1	42	1.10
58948139--58948471	125	2.7	125	94	0	567	53	1	1	43	1.19
58948305--58948361	25	2.3	26	81	9	73	57	3	0	38	1.16
58948407--58948474	23	2.8	25	73	8	77	54	1	1	42	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58948440--58948472	15	2.2	15	89	10	50	48	0	3	48	1.17
58949948--58949988	18	2.2	19	86	4	57	39	2	17	41	1.62
58952673--58952732	30	2.0	30	100	0	120	33	16	13	36	1.88
58953835--58953938	26	4.0	26	72	6	86	48	1	2	47	1.28
58954093--58954163	16	4.4	16	90	0	97	29	28	7	35	1.83
58955132--58955185	28	1.9	28	84	0	72	20	16	14	48	1.81
58956947--58957166	101	2.1	104	84	3	284	29	25	14	30	1.94
58961496--58961624	69	1.9	69	95	0	231	31	17	13	37	1.89
58966036--58966260	40	5.6	40	80	3	229	25	23	27	23	2.00
58966036--58966296	80	3.3	80	82	3	294	25	23	26	24	2.00
58974356--58974422	32	2.1	32	83	10	84	29	0	2	67	1.06
58974352--58974416	10	6.2	10	74	13	51	30	0	3	66	1.07
58974356--58974414	25	2.3	24	83	13	66	28	0	3	67	1.06
58974369--58974420	7	6.5	8	81	18	56	26	0	1	71	0.97
58975617--58975667	23	2.1	25	89	7	79	70	0	5	23	1.09
58984700--58984754	28	1.9	29	81	3	67	50	12	16	20	1.77
58990896--58990930	2	17.5	2	93	0	61	0	51	0	48	1.00
58991266--58991305	16	2.4	17	87	8	55	70	2	0	27	1.01
58994702--58994786	21	4.0	21	79	0	89	37	15	28	18	1.91
58994704--58994797	42	2.2	42	80	0	98	39	13	27	19	1.89
58996316--58996357	17	2.5	17	92	0	66	57	11	23	7	1.59
58997300--58997353	27	2.0	27	96	0	99	37	24	14	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59001093--59001162	34	2.1	34	100	0	140	31	0	21	47	1.51
59015012--59015059	17	2.9	17	81	3	53	41	4	0	54	1.20
59015149--59015217	19	3.5	20	72	21	58	26	2	1	69	1.11
59015158--59015217	19	3.1	19	79	11	68	23	1	1	73	1.01
59015160--59015242	20	4.1	20	76	7	69	28	2	2	66	1.17
59015850--59015934	41	2.0	42	86	9	118	36	8	4	50	1.53
59016033--59016058	9	2.9	9	100	0	52	57	0	0	42	0.98
59016536--59016604	18	3.6	18	70	24	59	33	2	8	55	1.46
59016537--59016604	20	3.2	22	66	21	63	33	2	8	54	1.47
59016979--59017015	18	2.1	18	90	5	58	43	2	5	48	1.40
59021526--59021599	34	2.2	34	90	4	114	39	25	9	25	1.86
59021667--59021719	27	2.0	27	88	0	70	28	24	9	37	1.86
59021774--59021867	33	2.9	31	77	16	93	27	26	14	30	1.95
59021855--59021967	33	3.5	32	84	9	149	25	22	13	38	1.90
59026369--59026413	23	2.0	23	82	8	56	35	24	2	37	1.68
59026647--59026711	19	3.2	21	72	12	73	40	20	26	13	1.89
59026629--59026729	39	2.6	39	93	0	166	36	21	27	13	1.92
59029037--59029162	62	2.0	62	93	3	218	38	23	7	31	1.82
59053296--59053335	21	1.9	21	85	10	55	60	15	17	7	1.57
59055224--59055300	21	3.7	21	94	0	136	33	16	27	22	1.95
59056964--59057044	25	3.2	25	63	16	67	17	19	8	54	1.68
59056955--59057056	51	2.0	51	100	0	204	19	19	9	50	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59062087--59062122	17	2.1	17	90	10	56	50	0	0	50	1.00
59067396--59067434	19	2.1	19	85	4	53	12	12	12	61	1.57
59084513--59084562	21	2.4	21	89	0	73	38	8	32	22	1.83
59084868--59084902	17	2.2	15	90	10	52	68	0	31	0	0.90
59088684--59088714	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
59089502--59089551	23	2.1	24	85	3	66	40	26	0	34	1.56
59091411--59091480	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
59094654--59094861	40	5.2	40	83	0	209	25	22	25	25	2.00
59098403--59098955	273	2.0	273	94	0	971	33	25	11	29	1.91
59116595--59116639	22	2.0	22	100	0	90	31	31	15	22	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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