genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23901707--23901863	85	1.9	84	86	4	226	31	13	23	31	1.93
23905753--23905927	46	3.8	46	81	11	205	30	29	19	21	1.97
23905761--23905928	92	1.8	92	92	0	282	29	29	19	21	1.98
23907300--23907546	112	2.2	113	80	2	273	29	14	16	39	1.88
23907377--23907573	37	5.3	37	72	4	146	29	15	17	37	1.91
23910300--23910356	29	2.0	29	96	0	105	52	14	10	22	1.71
23911900--23911943	23	1.9	23	95	0	79	38	11	22	27	1.88
23916082--23916130	21	2.3	21	96	0	89	44	4	26	24	1.71
23917155--23917281	67	1.9	67	86	0	182	38	18	20	22	1.93
23917155--23917309	67	2.3	67	81	0	175	39	17	20	22	1.92
23934402--23934437	18	2.0	19	89	10	58	27	13	27	30	1.94
23945165--23945339	50	3.5	49	85	3	226	25	16	27	31	1.96
23952555--23952784	50	4.7	49	79	13	167	25	18	26	30	1.98
23952559--23952794	99	2.4	98	81	9	250	25	17	25	30	1.97
23956913--23956946	18	1.9	17	88	5	50	32	14	11	41	1.82
23960565--23960602	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
23968959--23969031	28	2.6	28	84	0	101	27	34	15	23	1.94
23975563--23975596	18	1.9	18	88	5	52	35	17	5	41	1.74
23976827--23976947	28	4.3	28	82	4	136	25	31	13	29	1.93
23977456--23977494	20	1.9	21	84	5	53	33	23	10	33	1.88
23978091--23978204	55	2.1	56	93	1	194	33	27	9	29	1.89
23988434--23988600	85	2.0	84	98	1	325	32	13	17	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23989732--23989794	30	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
23989986--23990103	24	5.0	24	86	7	161	27	22	21	27	1.99
23990007--23990102	47	2.1	46	92	2	156	29	21	20	28	1.98
23990154--23990213	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
23990256--23990303	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
23991530--23992111	27	21.6	27	86	3	726	41	9	21	27	1.84
23994955--23995017	30	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
23995209--23995327	24	5.0	24	88	5	170	27	22	21	27	1.99
23995230--23995326	47	2.1	47	94	0	167	28	21	21	27	1.99
23995378--23995436	19	3.0	20	90	5	102	33	20	11	33	1.89
23995479--23995526	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
23996754--23997335	27	21.6	27	86	3	735	41	9	21	27	1.85
23998462--23998501	14	2.9	14	92	3	64	52	0	5	42	1.23
24004079--24004288	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
24012214--24012423	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
24014432--24014576	40	3.6	40	79	5	152	20	26	24	28	1.99
24022463--24022592	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
24022463--24022626	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
24033265--24033327	28	2.3	27	81	10	67	61	1	3	33	1.21
24034667--24034715	2	24.5	2	87	0	71	4	0	42	53	1.20
24036215--24036341	40	3.2	39	76	8	130	22	28	24	24	2.00
24044225--24044351	40	3.2	39	76	8	130	22	28	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24054382--24054589	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
24054382--24054588	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
24061636--24061843	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
24061636--24061842	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
24069490--24069572	37	2.2	37	91	0	130	21	24	27	26	1.99
24069490--24069593	37	2.8	36	87	7	122	21	22	27	28	1.99
24069586--24069817	41	5.6	43	91	7	383	10	26	32	31	1.90
24074047--24074075	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
24075034--24075145	38	2.9	38	84	4	127	23	23	26	26	2.00
24075149--24075252	43	2.4	43	95	0	190	8	25	33	32	1.86
24075217--24075279	27	2.3	27	97	0	117	6	26	34	31	1.82
24075174--24075322	70	2.1	70	94	0	262	8	24	34	32	1.85
24075244--24075373	43	3.0	43	94	0	224	10	26	33	30	1.90
24075152--24075365	113	1.9	113	95	0	383	9	25	34	31	1.87
24078951--24079176	40	5.7	40	89	4	314	26	27	20	24	1.99
24080844--24081050	55	3.9	54	84	5	249	23	24	16	35	1.95
24081029--24081150	47	2.6	47	96	0	217	25	24	13	36	1.91
24087537--24087725	55	3.5	53	81	6	211	21	22	19	37	1.95
24087712--24087833	47	2.6	47	89	0	190	25	22	14	36	1.93
24090973--24091141	46	3.7	46	76	11	175	22	20	27	29	1.99
24091369--24091406	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
24096565--24096624	30	2.0	30	100	0	120	30	6	36	26	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24096565--24096614	16	3.2	16	68	21	52	30	8	36	26	1.85
24096595--24096960	49	7.5	49	97	0	673	31	8	30	29	1.87
24097060--24097137	37	2.1	37	95	0	138	26	19	32	21	1.97
24106629--24106666	18	2.2	18	86	9	53	26	15	13	44	1.83
24108758--24108815	23	2.5	23	91	0	89	18	15	20	44	1.86
24108772--24108828	23	2.5	23	82	0	60	19	17	22	40	1.91
24116046--24116070	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
24119938--24119976	16	2.4	17	82	8	53	53	20	0	25	1.45
24119942--24119977	16	2.2	16	90	0	54	55	19	0	25	1.43
24124586--24124751	40	4.2	38	81	8	174	27	22	26	24	2.00
24129493--24129527	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
24130250--24130300	3	17.7	3	92	8	88	35	0	0	64	0.94
24133744--24133967	40	5.6	40	84	7	242	23	22	27	25	2.00
24133743--24133986	80	3.1	80	80	9	277	24	22	27	25	2.00
24133750--24133990	119	2.0	119	81	7	276	25	21	26	26	2.00
24140261--24140312	27	1.9	27	84	0	68	30	17	19	32	1.95
24140683--24140707	11	2.3	11	100	0	50	32	8	24	36	1.84
24143960--24144025	30	2.2	30	97	0	123	42	6	22	28	1.77
24149594--24149668	10	7.7	10	78	15	70	60	0	2	37	1.11
24149589--24149668	19	4.2	19	70	16	67	61	0	2	36	1.10
24149813--24149849	18	2.1	18	89	0	56	32	0	13	54	1.40
24150166--24150199	16	2.2	16	89	5	52	23	0	20	55	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24150161--24150199	16	2.5	15	83	4	51	23	0	23	53	1.46
24150967--24150992	12	2.2	12	100	0	52	46	7	30	15	1.74
24157689--24157878	55	3.5	53	78	2	164	20	22	20	37	1.94
24183078--24183617	45	12.0	45	73	10	381	32	17	21	28	1.96
24183130--24183617	134	3.6	129	75	11	346	32	18	21	27	1.97
24184428--24184466	20	1.9	21	84	5	53	30	12	0	56	1.37
24187776--24187827	25	2.1	25	92	0	86	21	30	30	17	1.96
24187606--24187985	193	2.0	193	100	0	760	20	27	28	23	1.99
24188369--24188409	2	20.5	2	94	0	73	53	0	0	46	1.00
24215154--24215332	40	4.4	40	80	3	189	25	25	26	22	2.00
24215154--24215346	80	2.4	80	82	2	217	25	24	26	22	2.00
24215205--24215358	40	3.8	40	79	6	132	25	25	26	22	2.00
24216841--24216880	21	1.9	21	100	0	80	37	37	15	10	1.80
24219377--24219416	14	2.9	14	96	0	71	30	12	15	42	1.83
24219544--24219572	10	2.9	10	100	0	58	20	20	10	48	1.79
24224041--24224443	47	8.6	46	73	14	317	26	19	30	24	1.98
24224040--24224349	91	3.4	91	89	4	419	25	18	30	25	1.98
24228263--24228433	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	21	1.98
24228255--24228430	46	3.8	46	79	12	216	29	28	20	21	1.98
24231251--24231396	40	3.7	40	79	9	138	22	23	28	25	2.00
24241436--24241472	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
24242851--24242965	45	2.6	43	80	13	135	26	18	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24247973--24248194	68	3.4	64	72	10	189	25	27	14	32	1.94
24248687--24248747	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
24250161--24250185	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24251746--24251917	47	3.7	47	86	7	226	29	27	19	23	1.99
24251699--24251914	47	4.7	45	79	13	190	29	27	19	23	1.99
24255176--24255407	68	3.5	65	74	12	199	24	29	14	31	1.94
24261540--24261569	15	2.0	15	100	0	60	33	20	13	33	1.91
24264434--24264556	45	2.8	45	81	8	130	24	26	23	25	2.00
24264873--24265083	43	4.9	43	90	0	314	30	31	23	14	1.94
24265076--24265159	38	2.2	38	84	0	114	32	26	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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