genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80634409--80634627	40	5.5	40	95	2	372	22	23	26	26	2.00
80634409--80634627	79	2.8	80	94	2	372	22	23	26	26	2.00
80634409--80634627	119	1.8	119	93	3	379	22	23	26	26	2.00
80642891--80643108	40	5.5	40	93	3	363	22	23	27	26	2.00
80646344--80646472	46	2.8	46	91	0	204	20	20	28	30	1.98
80648563--80648587	12	2.1	12	100	0	50	32	24	0	44	1.54
80654271--80654349	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
80655446--80655483	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
80662062--80662140	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
80663246--80663283	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
80666288--80666362	37	2.1	36	94	2	132	50	2	17	29	1.59
80666292--80666351	18	3.3	18	64	13	50	51	3	20	25	1.62
80666292--80666350	19	3.2	19	64	22	52	52	3	18	25	1.61
80667158--80667187	11	2.9	10	90	9	51	70	13	6	10	1.34
80669248--80669300	27	2.0	26	85	3	70	13	15	22	49	1.79
80669746--80669783	19	2.1	19	90	5	60	18	39	15	26	1.91
80669756--80669792	19	1.9	19	88	0	56	16	37	18	27	1.92
80669896--80669957	23	2.6	24	69	5	63	11	20	17	50	1.77
80672913--80673075	71	2.3	71	97	1	310	34	17	28	19	1.94
80678249--80678315	33	2.0	33	100	0	134	49	5	20	23	1.71
80679767--80679839	36	2.0	36	100	0	146	26	27	13	32	1.94
80679861--80680083	119	1.9	120	84	6	301	25	28	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80679840--80680083	40	6.1	40	83	6	282	25	28	22	24	1.99
80686599--80686688	27	3.3	27	84	0	90	12	15	36	35	1.85
80688183--80688294	29	3.9	29	96	0	197	26	31	14	27	1.95
80688163--80688294	58	2.3	58	89	0	174	25	31	15	27	1.95
80696333--80696461	29	4.6	29	88	5	183	24	32	15	27	1.95
80696333--80696461	55	2.3	57	87	4	163	24	32	15	27	1.95
80703789--80703972	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
80703829--80704017	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
80706183--80706247	6	11.0	6	74	12	55	3	20	0	76	0.91
80706183--80706276	36	2.6	35	77	16	86	5	18	1	75	1.05
80706452--80707261	227	3.6	227	85	4	1010	24	19	12	42	1.86
80706452--80707261	225	3.6	228	83	6	984	24	19	12	42	1.86
80707171--80707207	18	2.0	20	89	10	60	0	21	0	78	0.75
80707505--80707543	19	2.1	19	86	13	55	76	7	15	0	0.99
80708084--80708110	13	2.1	13	100	0	54	0	14	0	85	0.61
80711733--80711765	8	4.0	8	96	4	57	12	0	3	84	0.72
80712453--80712491	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
80718548--80718593	23	2.0	23	95	0	83	50	17	2	30	1.58
80725436--80725472	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
80727016--80727077	29	2.1	30	93	3	108	24	3	12	59	1.48
80734117--80734159	22	1.9	23	95	4	79	27	23	9	39	1.85
80747188--80747235	4	12.8	4	82	12	66	77	0	0	22	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80747188--80747235	7	6.4	8	85	9	66	77	0	0	22	0.78
80747192--80747243	14	3.6	14	78	14	52	73	0	1	25	0.94
80747192--80747236	15	3.1	15	80	6	56	77	0	0	22	0.76
80747814--80747856	13	3.5	13	78	18	56	37	0	13	48	1.43
80747812--80747858	23	2.0	23	95	0	85	38	0	14	46	1.45
80748760--80748786	14	1.9	14	100	0	54	14	0	3	81	0.82
80751405--80751445	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
80755900--80755931	16	2.0	16	93	0	55	37	9	6	46	1.61
80760180--80760258	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
80761362--80761399	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
80762056--80762101	24	1.9	24	82	8	58	41	8	17	32	1.80
80764897--80764933	18	2.1	17	90	5	56	51	21	0	27	1.48
80768616--80768657	22	1.9	22	90	0	66	47	2	0	50	1.14
80771429--80771470	10	4.2	11	88	11	56	47	0	4	47	1.23
80771429--80771463	2	17.5	2	93	0	61	48	0	2	48	1.16
80772025--80772076	20	2.5	20	87	3	68	3	0	30	65	1.10
80772040--80772082	20	2.2	20	100	0	86	4	0	30	65	1.13
80772904--80772960	30	1.9	30	89	7	89	43	26	8	21	1.81
80773062--80773097	14	2.7	13	91	8	63	47	5	13	33	1.67
80772946--80773153	88	2.4	87	82	8	230	35	19	17	28	1.94
80772735--80773328	257	2.4	249	85	6	765	37	18	16	27	1.92
80773117--80773400	77	3.7	75	84	6	326	35	17	17	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80773116--80773400	79	3.8	73	82	7	313	35	17	17	29	1.93
80773318--80773814	83	5.8	86	75	11	421	34	17	19	28	1.95
80773494--80773665	91	1.9	91	95	0	308	34	16	19	29	1.93
80773578--80773744	77	2.1	78	87	2	237	32	19	20	27	1.96
80773732--80773758	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
80773233--80774065	170	4.9	166	84	7	922	32	18	18	29	1.95
80773645--80773818	93	1.9	93	85	2	242	32	20	20	27	1.97
80773744--80773897	77	2.0	78	90	2	247	26	22	18	33	1.96
80773922--80774063	74	1.9	75	89	5	225	27	23	18	30	1.97
80773947--80774199	138	1.8	136	86	3	364	27	24	17	30	1.97
80782436--80782471	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
80784441--80784469	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
80784438--80784538	39	2.6	40	78	6	109	54	3	4	36	1.41
80784608--80784652	17	2.6	18	85	3	56	8	44	31	15	1.77
80785040--80785106	27	2.7	24	85	14	100	5	2	17	73	1.17
80785040--80785103	26	2.5	26	90	9	105	6	3	18	71	1.20
80793634--80793673	21	1.9	21	85	10	55	60	2	5	32	1.32
80796800--80796900	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
80796829--80796900	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
80803138--80803174	18	2.1	18	94	0	65	37	24	10	27	1.88
80810171--80810319	15	9.7	15	67	24	80	26	1	0	71	0.98
80810260--80810303	8	5.2	8	86	8	61	25	0	0	75	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80810237--80810314	24	3.4	22	76	13	77	25	1	0	73	0.91
80810260--80810319	17	3.6	17	78	17	72	25	0	0	75	0.81
80810230--80810314	40	2.2	39	81	12	95	27	1	0	71	0.93
80810172--80810328	33	4.6	32	76	14	104	25	1	1	71	1.04
80810298--80810343	24	1.9	24	86	8	67	17	4	4	73	1.15
80810405--80810501	6	16.3	6	77	6	54	21	2	2	74	1.03
80810462--80810499	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
80818010--80818188	40	4.5	40	84	8	224	27	27	20	23	1.99
80818802--80818839	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
80822295--80822456	43	3.8	42	76	8	148	25	17	24	32	1.97
80828133--80828296	40	4.1	40	79	3	168	25	27	21	25	1.99
80828133--80828296	80	2.0	80	81	2	186	25	27	21	25	1.99
80833228--80833380	43	3.6	42	81	7	157	22	16	26	33	1.96
80836959--80836999	19	2.2	18	86	4	55	26	14	0	58	1.37
80847818--80847867	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
80848333--80848359	14	1.9	14	100	0	54	37	0	7	55	1.28
80848821--80848875	20	2.7	21	83	11	69	54	1	23	20	1.54
80848827--80848882	20	2.8	20	83	0	67	50	0	28	21	1.49
80849555--80849584	14	2.1	15	93	6	53	26	0	20	53	1.46
80852203--80852247	22	2.0	22	82	4	54	28	2	2	66	1.15
80855534--80855585	27	1.9	27	84	0	68	42	15	7	34	1.75
80877655--80877704	25	2.0	24	85	11	66	42	2	2	54	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80877981--80878038	29	1.9	30	82	6	73	37	10	12	39	1.77
80887193--80887433	120	2.0	120	95	0	428	27	9	17	44	1.81
80890494--80890617	42	3.0	42	80	4	126	20	33	23	21	1.97
80902541--80902716	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
80902537--80902708	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
80905668--80905732	15	4.4	15	84	9	89	10	15	12	61	1.56
80908113--80908288	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
80908109--80908280	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
80910840--80910880	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
80912093--80912122	15	1.9	16	93	6	53	20	20	6	53	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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