genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.307.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95787840--95787889	25	1.9	27	88	8	77	24	6	0	70	1.10
95787840--95787885	23	1.9	25	86	8	69	23	6	0	69	1.11
95788074--95788134	21	2.9	21	79	13	63	47	18	0	34	1.49
95789380--95789407	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
95810845--95810955	57	1.9	58	90	1	179	28	30	18	21	1.97
95811109--95811244	43	3.2	43	90	0	200	31	32	22	13	1.92
95813850--95813972	26	4.8	26	92	4	189	28	21	21	27	1.99
95814022--95814088	20	3.3	20	89	4	100	35	17	10	35	1.85
95821686--95821756	25	2.8	25	78	2	79	29	22	21	26	1.99
95821806--95821852	20	2.3	20	82	7	60	34	17	10	38	1.84
95827978--95828010	14	2.5	13	90	9	57	60	12	15	12	1.59
95837773--95837824	23	2.3	23	96	3	97	17	13	13	55	1.69
95843736--95843824	36	2.7	32	82	16	117	29	4	3	62	1.31
95843921--95843960	20	1.9	20	85	10	53	40	5	0	55	1.22
95847699--95847773	36	2.1	36	94	0	132	41	10	21	26	1.86
95861942--95861990	24	2.0	25	92	4	82	36	14	12	36	1.83
95864290--95864327	19	2.0	20	85	10	53	34	18	13	34	1.89
95865606--95865644	17	2.2	18	86	4	53	53	0	2	43	1.14
95866757--95866791	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
95871372--95871429	30	1.9	30	82	6	73	17	24	32	25	1.96
95874133--95874273	15	10.1	13	68	19	54	58	2	3	35	1.30
95874136--95874204	9	7.9	9	71	12	54	55	0	4	40	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95874139--95874203	20	2.9	24	71	19	68	53	0	4	41	1.21
95874214--95874274	30	2.0	30	84	6	79	62	3	1	32	1.21
95874230--95874265	16	2.2	16	95	0	63	66	0	2	30	1.06
95874356--95874409	25	2.2	25	80	9	67	46	0	7	46	1.31
95877569--95877611	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
95877691--95877732	19	2.2	20	95	4	77	50	9	9	30	1.67
95892809--95892839	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
95893401--95893473	21	3.5	20	88	5	101	4	1	26	68	1.15
95893404--95893476	20	3.6	20	83	3	74	4	1	27	67	1.17
95894297--95894358	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
95894458--95894488	14	2.2	14	94	0	53	58	6	12	22	1.58
95894508--95894790	77	3.7	75	82	6	299	35	16	17	30	1.93
95894734--95895710	88	11.4	86	73	16	476	33	19	19	27	1.96
95894943--95894977	14	2.5	14	90	0	52	57	5	20	17	1.60
95894957--95895110	76	2.0	76	85	0	209	31	21	19	27	1.97
95895137--95895279	74	1.9	75	86	2	207	27	23	19	29	1.98
95895137--95895464	76	4.1	74	69	20	207	30	21	20	27	1.98
95895304--95895443	72	1.9	74	88	4	212	27	22	20	29	1.98
95894623--95895710	170	6.5	164	84	8	1244	33	19	19	27	1.96
95895375--95895708	181	1.9	175	86	5	481	34	21	17	25	1.96
95895375--95895708	88	3.8	88	88	4	483	34	21	17	25	1.96
95895733--95895925	71	2.7	71	84	4	228	36	23	14	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95912988--95913040	26	2.0	26	100	0	106	54	7	11	26	1.62
95913265--95913317	20	2.7	20	87	0	70	15	30	35	18	1.92
95913616--95913642	4	6.8	4	100	0	54	25	22	0	51	1.48
95915148--95915189	20	2.2	20	88	12	63	0	30	2	66	1.04
95915198--95915248	25	2.1	24	88	3	75	11	13	1	72	1.20
95917664--95917707	20	2.3	20	88	11	67	2	31	0	65	1.05
95917720--95917774	13	4.3	13	80	13	69	12	14	0	72	1.12
95917726--95917777	25	2.0	26	92	3	88	13	13	0	73	1.11
95917735--95917782	25	2.1	22	81	14	53	18	10	0	70	1.15
95917714--95917791	38	2.1	37	80	7	86	15	11	2	70	1.27
95934143--95934213	24	3.0	24	93	0	115	25	39	1	33	1.65
95940429--95940540	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
95940429--95940540	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
95941968--95942038	24	3.0	24	93	0	115	25	39	1	33	1.65
95943375--95943405	14	2.2	14	100	0	62	35	6	0	58	1.24
95944096--95944194	41	2.3	40	81	10	108	26	14	23	36	1.93
95944471--95944526	28	2.0	28	100	0	112	42	7	14	35	1.73
95947699--95947746	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
95947790--95947847	19	3.0	20	92	5	100	36	12	20	31	1.89
95947794--95947848	11	5.5	11	71	20	57	36	12	20	30	1.90
95947783--95947848	20	3.3	20	89	4	107	34	12	21	31	1.90
95947898--95948016	24	5.0	24	84	5	152	28	19	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95947899--95947995	47	2.1	47	90	0	149	28	18	20	31	1.96
95948209--95948272	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
95950331--95950858	44	11.8	44	74	10	367	35	17	17	29	1.92
95950332--95950858	89	5.9	89	82	5	476	36	16	17	29	1.92
95950331--95950800	133	3.5	132	77	8	366	36	17	16	29	1.92
95950724--95950896	92	1.9	92	88	0	265	31	19	22	27	1.98
95950747--95950894	44	3.3	44	73	14	138	31	17	24	26	1.97
95953519--95953608	45	2.0	45	91	0	144	34	20	4	41	1.72
95954428--95954522	40	2.4	39	84	3	111	35	36	12	14	1.85
95954979--95955016	17	2.2	17	95	0	67	15	34	28	21	1.94
95972102--95972385	131	2.2	130	78	8	288	37	15	18	28	1.92
95972353--95972632	131	2.1	130	83	3	346	35	16	19	28	1.93
95973777--95973805	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
95975953--95976367	132	3.1	130	81	7	480	29	24	18	27	1.98
95976437--95976557	64	1.9	64	87	3	181	34	14	19	31	1.92
95981322--95981348	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
95988781--95988834	21	2.5	22	76	8	58	29	14	20	35	1.93
95989984--95990125	71	2.0	71	100	0	284	15	29	23	30	1.95
95991460--95991488	12	2.3	13	94	5	51	34	10	0	55	1.34
95998274--95998310	7	5.4	7	87	6	58	45	2	10	40	1.53
95998272--95998310	13	2.9	13	88	3	60	43	2	10	43	1.52
96004820--96004943	39	3.1	40	83	3	117	23	20	26	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96004863--96004943	39	2.1	39	97	0	153	20	22	27	29	1.99
96004863--96004962	39	2.6	39	87	3	121	22	21	27	30	1.98
96014547--96014580	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
96018590--96018622	17	1.9	17	93	0	57	21	24	12	42	1.86
96020407--96020461	22	2.5	22	82	11	69	32	5	1	60	1.30
96021008--96021063	14	4.1	14	75	15	64	35	5	1	57	1.32
96021018--96021124	26	4.2	25	79	14	112	37	2	2	57	1.28
96021058--96021137	2	41.5	2	73	12	51	37	1	3	57	1.25
96020994--96021127	39	3.4	39	73	15	98	35	2	2	58	1.29
96021069--96021146	37	2.0	40	85	9	108	37	2	2	57	1.26
96029655--96029737	2	43.5	2	73	13	50	57	3	1	37	1.24
96029655--96029737	13	6.2	13	78	13	80	57	3	1	37	1.24
96029665--96029777	26	4.2	26	78	13	113	57	2	2	37	1.27
96029732--96029787	14	4.1	14	75	15	64	57	1	5	35	1.32
96029983--96030027	23	2.0	22	82	4	54	48	2	4	44	1.35
96030330--96030405	22	3.5	22	75	18	70	61	1	3	32	1.22
96031908--96031957	24	2.1	24	100	0	100	32	16	24	28	1.96
96036466--96036965	85	6.1	85	74	17	434	26	15	21	36	1.93
96036436--96036753	158	2.0	157	84	7	410	28	15	20	35	1.93
96038435--96038574	27	5.2	28	90	5	184	35	22	24	17	1.96
96040191--96040292	26	3.9	26	97	0	177	36	25	5	32	1.80
96041644--96041679	15	2.3	16	95	4	65	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96042174--96042228	14	4.1	14	75	15	62	36	5	1	56	1.33
96042224--96042307	2	44.5	2	74	15	54	39	1	3	55	1.25
96042224--96042307	15	6.2	14	71	20	63	39	1	3	55	1.25
96042198--96042305	9	11.8	9	71	13	69	38	1	3	55	1.28
96042279--96042386	50	2.2	49	79	11	114	32	10	3	53	1.52
96044405--96044444	6	6.7	6	91	8	64	35	0	0	65	0.93
96047942--96048070	50	2.5	51	88	2	188	37	17	20	24	1.94
96048046--96048124	31	2.5	31	89	4	124	29	20	26	24	1.99
96048201--96048323	49	2.6	48	85	5	160	28	17	24	29	1.98
96048232--96048330	49	2.0	48	92	5	164	27	17	24	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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