genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57759760--57759784	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
57760504--57760726	47	4.7	47	77	11	215	27	20	29	22	1.98
57760504--57760726	94	2.4	94	81	7	247	27	20	29	22	1.98
57761767--57761826	23	2.6	23	97	0	111	15	36	31	16	1.90
57765978--57766062	24	3.5	24	95	0	143	37	30	11	20	1.88
57765927--57766059	48	2.8	48	80	3	142	35	27	12	24	1.91
57765929--57766062	72	1.9	72	82	3	171	35	28	11	24	1.90
57767234--57767267	17	2.0	17	94	0	59	38	5	0	55	1.24
57773467--57773601	72	1.9	72	84	0	180	34	28	12	23	1.92
57773467--57773601	24	5.6	24	82	3	148	34	28	12	23	1.92
57774778--57774811	17	2.0	17	94	0	59	38	5	0	55	1.24
57777779--57777815	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
57778466--57778548	39	2.1	40	84	2	105	28	30	22	18	1.97
57778619--57778727	47	2.3	46	87	7	150	27	29	10	33	1.89
57781972--57782031	30	2.0	30	93	0	102	38	6	25	30	1.81
57782452--57782624	46	3.8	45	77	13	181	23	20	27	29	1.99
57782449--57782619	93	1.8	93	92	0	288	22	20	28	28	1.99
57784290--57784320	11	2.7	12	95	5	55	38	0	3	58	1.15
57785516--57785688	46	3.7	46	77	13	201	22	20	27	29	1.98
57785513--57785683	93	1.8	93	94	0	306	22	20	28	28	1.98
57788392--57788416	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
57789133--57789452	47	6.8	47	78	12	284	25	20	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57789135--57789452	141	2.2	140	81	7	376	26	20	30	23	1.98
57793560--57793596	19	1.9	19	88	0	56	48	10	2	37	1.52
57797965--57798061	42	2.3	42	87	3	133	25	16	22	35	1.95
57813950--57813978	13	2.2	13	100	0	58	72	0	13	13	1.13
57814136--57814160	10	2.5	10	100	0	50	28	20	12	40	1.87
57815741--57815926	91	2.0	91	96	0	345	46	13	6	32	1.71
57821644--57821703	21	2.8	23	80	9	65	21	0	8	70	1.14
57821673--57821724	27	2.0	25	85	7	68	30	0	5	63	1.18
57824095--57824261	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
57824095--57824261	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
57825086--57825131	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
57832103--57832269	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
57832103--57832269	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
57833093--57833138	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
57844272--57844323	27	1.9	27	96	0	95	28	17	17	36	1.92
57859467--57859504	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
57863995--57864028	18	1.9	17	88	5	50	20	8	41	29	1.82
57865527--57865591	34	1.9	33	90	3	103	23	21	24	30	1.99
57871509--57871676	40	4.2	40	84	0	194	25	26	22	26	2.00
57879537--57879710	40	4.4	40	83	1	190	26	26	20	27	1.99
57887920--57888019	50	2.0	50	92	0	164	35	5	17	43	1.70
57892002--57892150	58	2.9	49	73	16	154	15	24	7	52	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57893173--57893207	17	2.0	18	88	5	54	17	25	40	17	1.90
57897686--57897884	51	3.9	51	93	1	337	27	26	14	31	1.95
57897927--57897990	24	2.7	24	92	0	101	23	20	14	42	1.88
57910085--57910146	22	2.8	22	85	0	79	12	3	51	32	1.56
57912433--57912480	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
57912524--57912582	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
57912528--57912582	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
57912633--57912751	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
57912633--57912751	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
57912941--57913035	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
57914254--57914401	31	4.8	31	80	4	165	25	26	15	32	1.95
57914254--57914401	62	2.4	62	90	1	244	25	26	15	32	1.95
57914622--57914687	25	2.6	25	92	0	114	27	21	24	27	1.99
57917063--57917101	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
57919017--57919192	46	3.8	46	79	14	209	21	21	28	28	1.98
57919014--57919185	93	1.8	93	95	2	310	21	21	29	27	1.99
57921945--57922027	31	2.7	31	84	1	114	22	26	18	32	1.97
57922240--57922291	25	2.1	25	92	3	88	30	19	17	32	1.95
57924690--57924726	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
57926799--57926884	31	2.8	31	84	8	122	22	25	19	32	1.97
57927095--57927146	25	2.1	25	92	3	88	26	19	21	32	1.97
57927075--57927147	25	3.0	23	84	9	83	26	21	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57933541--57933623	42	2.0	42	83	9	107	27	26	20	25	1.99
57942056--57942223	40	4.2	40	80	5	144	25	27	22	25	2.00
57949182--57949284	29	3.6	28	80	5	109	27	26	16	30	1.97
57957096--57957198	29	3.6	28	80	5	109	27	26	16	30	1.97
57961251--57961321	27	2.6	27	90	2	106	29	30	14	25	1.94
57970837--57971043	40	5.2	40	85	2	222	25	28	22	24	2.00
57971869--57971914	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
57978481--57978514	17	1.9	18	88	5	52	44	8	0	47	1.34
57979155--57979192	20	1.9	20	88	0	58	28	28	2	39	1.70
58008093--58008170	34	2.3	34	95	0	138	43	3	0	52	1.19
58008144--58008192	25	1.9	26	83	4	64	48	0	2	48	1.12
58013724--58013768	24	1.9	23	86	13	65	60	0	35	4	1.17
58013727--58013768	22	1.9	22	85	9	59	61	0	33	4	1.17
58016676--58016701	12	2.2	12	100	0	52	69	7	0	23	1.14
58018257--58018292	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
58020563--58020640	30	2.7	29	79	2	84	25	15	19	39	1.91
58020563--58020646	29	2.8	30	78	3	89	25	14	21	39	1.91
58022857--58022950	24	3.9	24	77	8	84	18	21	21	39	1.93
58038454--58038540	43	2.0	43	82	8	106	24	20	27	27	1.99
58047970--58047998	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
58053284--58053317	17	1.9	18	88	5	52	52	5	5	35	1.50
58061295--58061357	23	2.6	25	78	14	69	33	19	26	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58069224--58069285	27	2.3	27	85	0	79	38	24	6	30	1.80
58069235--58069471	27	8.8	27	87	0	314	31	24	6	38	1.80
58069210--58069499	81	3.6	81	85	1	350	32	23	6	36	1.82
58069235--58069513	27	10.4	27	83	4	264	32	24	6	36	1.82
58069235--58069500	54	4.9	54	85	1	304	31	23	6	37	1.81
58069343--58069669	54	6.1	54	79	6	205	36	22	8	32	1.85
58069464--58069669	27	7.6	28	81	5	169	40	19	9	29	1.84
58069356--58069607	81	3.1	80	80	5	238	36	22	8	32	1.85
58069464--58069725	81	3.2	78	79	8	260	39	19	11	28	1.87
58069662--58069873	27	8.0	27	85	1	277	35	19	20	24	1.95
58069651--58069858	81	2.6	80	88	3	310	37	19	19	24	1.94
58070077--58070143	25	2.7	25	92	0	107	26	25	22	25	2.00
58070077--58070153	25	3.1	25	88	1	93	31	22	19	27	1.98
58072003--58072153	40	3.8	40	90	0	212	25	22	27	23	2.00
58072003--58072177	40	4.3	40	85	2	199	25	24	26	23	2.00
58075801--58076092	27	10.8	27	90	0	413	28	23	9	38	1.86
58075762--58076290	27	19.7	27	81	5	216	33	22	9	34	1.86
58075801--58076092	81	3.6	81	90	0	467	28	23	9	38	1.86
58076074--58076235	53	3.0	53	80	0	180	40	22	8	29	1.83
58076137--58076319	81	2.3	80	80	8	185	37	20	11	30	1.88
58076280--58076493	27	8.0	27	83	1	245	36	19	19	24	1.95
58077929--58078092	71	2.3	71	98	0	319	18	27	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58077929--58078126	71	2.8	70	90	3	249	20	27	17	34	1.95
58083935--58084004	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
58087162--58087291	46	2.7	48	83	8	167	22	26	20	30	1.98
58088978--58089052	29	2.6	30	81	8	84	20	21	17	41	1.90
58089648--58089718	21	3.2	21	64	24	56	35	2	14	47	1.58
58089630--58089720	45	2.0	45	100	0	182	34	4	15	46	1.66
58092283--58092378	29	3.3	29	89	1	149	26	13	31	29	1.94
58096740--58096809	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
58096740--58096821	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
58104817--58104886	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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