genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27857800--27857837	20	1.9	20	89	10	60	76	5	2	15	1.08
27862688--27862719	14	2.3	14	94	0	55	31	12	12	43	1.80
27874632--27874702	3	24.0	3	94	2	126	66	1	0	32	1.01
27881539--27881605	33	2.0	33	94	0	116	22	31	14	31	1.94
27890600--27890916	64	4.8	65	78	8	270	31	14	29	25	1.94
27896775--27896993	49	4.6	46	76	11	165	24	26	19	30	1.98
27901102--27901209	43	2.5	42	80	3	126	25	21	22	31	1.98
27904366--27904409	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
27904370--27904411	11	3.7	11	79	17	50	64	2	2	30	1.19
27904784--27904827	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
27909143--27909484	94	3.6	93	77	8	275	28	19	28	24	1.98
27909313--27909484	47	3.7	45	73	14	154	27	18	29	24	1.98
27918388--27918706	46	6.9	46	90	0	424	40	14	23	21	1.90
27918990--27919022	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
27920514--27920823	47	6.7	45	73	12	220	27	20	29	22	1.98
27920514--27920877	94	3.9	93	79	12	379	27	20	29	22	1.98
27927182--27927292	47	2.4	47	83	6	145	35	23	15	26	1.94
27931718--27931751	13	2.6	13	85	0	50	32	2	11	52	1.53
27931741--27931781	21	2.0	21	90	0	64	31	4	7	56	1.48
27935749--27935782	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
27942177--27942239	28	2.2	28	88	0	90	30	30	6	33	1.82
27947893--27948025	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27947923--27948025	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
27955888--27956020	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
27955918--27956020	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
27960658--27960698	22	1.9	21	85	5	55	53	0	7	39	1.29
27961575--27961623	22	2.2	23	96	3	91	34	14	8	42	1.75
27967205--27967237	15	2.1	16	94	5	59	42	0	24	33	1.55
27968133--27968181	25	2.0	25	84	8	64	18	26	8	46	1.76
27971510--27971541	16	2.0	16	100	0	64	25	18	31	25	1.98
27971563--27971976	27	15.4	27	80	6	256	37	21	9	31	1.86
27971563--27971780	107	2.0	108	84	6	282	37	21	10	30	1.86
27971977--27972161	27	6.9	27	94	0	307	32	19	22	24	1.97
27972829--27972957	27	4.8	26	87	3	96	20	24	19	35	1.96
27973117--27973250	6	21.8	6	75	11	103	20	19	14	45	1.85
27973114--27973250	37	3.9	37	75	15	119	21	19	13	45	1.85
27973130--27973241	31	3.6	30	83	4	136	19	19	14	46	1.84
27973129--27973198	25	2.8	25	78	4	70	18	20	15	45	1.85
27973238--27973271	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
27974949--27975068	6	19.3	6	69	19	77	47	15	17	19	1.83
27974933--27975068	31	4.4	31	84	3	159	49	15	16	19	1.80
27975205--27975307	27	3.8	27	80	5	109	35	18	23	22	1.95
27975465--27975529	22	3.0	22	77	8	69	33	21	23	21	1.97
27975955--27976142	27	7.0	27	82	4	193	26	19	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27975956--27976151	81	2.4	81	85	5	254	26	19	17	36	1.94
27976182--27976556	27	13.9	28	76	8	280	32	8	19	39	1.81
27976132--27976547	81	5.1	78	75	11	236	32	8	19	38	1.83
27976270--27976556	54	5.3	54	85	0	351	31	7	19	41	1.79
27977771--27977890	57	2.1	59	81	6	138	40	14	5	40	1.67
27978247--27978299	15	3.4	15	73	16	54	58	1	0	39	1.09
27982537--27982585	17	2.9	17	81	6	64	61	0	0	38	0.96
27982538--27982597	22	2.8	21	82	7	68	56	0	0	43	0.99
27982884--27982939	28	2.0	28	92	0	94	33	8	16	41	1.79
27983347--27983371	12	2.1	12	100	0	50	32	16	16	36	1.90
27984443--27984480	19	2.0	19	85	10	51	76	0	13	10	1.02
27990673--27990707	1	35.0	1	100	0	70	0	0	0	100	0.00
27994589--27994640	6	8.7	6	100	0	104	67	0	0	32	0.91
27998299--27998348	24	2.1	24	88	0	73	30	24	16	30	1.96
27999099--27999189	44	2.1	44	93	0	155	29	12	10	47	1.75
28007442--28007528	23	3.6	23	74	13	77	37	21	25	14	1.92
28024438--28024491	26	2.1	26	96	0	99	37	24	7	31	1.83
28026167--28026374	40	5.2	40	80	2	184	25	23	25	25	2.00
28026169--28026374	80	2.6	80	82	3	218	25	23	26	24	2.00
28027737--28027796	26	2.3	26	94	0	102	35	23	6	35	1.81
28030219--28030333	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
28030219--28030333	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28030436--28030509	26	2.8	26	83	4	76	29	10	24	35	1.89
28032493--28032593	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
28040450--28040550	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
28043060--28043169	26	4.2	26	96	0	184	35	24	5	34	1.79
28045509--28045546	19	2.1	19	90	5	60	50	0	5	44	1.24
28047304--28047357	22	2.5	22	80	13	60	61	3	1	33	1.25
28051381--28051412	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
28052088--28052329	131	1.8	132	88	0	369	28	21	16	32	1.96
28056736--28056892	43	3.7	43	72	13	144	31	25	18	24	1.97
28067874--28067930	29	2.0	29	96	0	105	31	7	15	45	1.73
28072377--28072534	70	2.3	70	98	0	307	41	9	17	32	1.81
28078368--28078412	23	2.0	23	82	8	56	24	6	13	55	1.62
28081693--28081874	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
28081693--28081874	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
28083691--28083725	11	3.2	11	87	0	52	88	0	11	0	0.51
28085001--28085132	29	4.6	29	91	0	201	26	15	32	25	1.95
28092993--28093174	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
28092993--28093174	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
28095828--28095942	7	17.1	7	71	25	81	36	4	0	59	1.18
28095827--28095942	20	5.8	19	79	14	119	36	4	0	59	1.17
28095821--28095942	26	4.6	26	72	18	85	35	4	0	60	1.16
28095821--28095979	20	8.1	18	75	16	106	34	4	0	60	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28096236--28096293	17	3.6	17	71	21	61	36	1	0	62	1.06
28108134--28108507	205	1.8	205	93	1	651	31	17	21	29	1.96
28110113--28110228	20	5.8	19	77	14	110	36	5	0	58	1.20
28110197--28110245	18	2.8	18	84	6	57	32	4	2	61	1.26
28110522--28110579	17	3.6	17	71	21	61	36	1	0	62	1.06
28116045--28116126	28	3.0	27	87	3	85	28	26	10	34	1.90
28116060--28116126	28	2.4	28	94	0	116	29	26	11	31	1.92
28116141--28116235	40	2.4	40	94	0	172	34	25	14	25	1.94
28136001--28136038	19	2.0	19	94	0	67	21	34	21	23	1.97
28137022--28137099	33	2.4	33	85	6	104	26	23	14	35	1.93
28148559--28148606	25	1.9	25	87	8	71	50	2	0	47	1.12
28148727--28148792	12	5.7	11	80	18	57	48	0	1	50	1.10
28148856--28148906	26	2.0	26	88	3	77	50	7	0	41	1.31
28148977--28149070	44	2.1	46	84	4	120	34	24	6	35	1.81
28149052--28149106	16	3.4	16	82	9	67	29	25	7	38	1.83
28150768--28150831	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
28151039--28151170	25	5.4	24	90	3	185	29	23	18	28	1.97
28151219--28151285	20	3.3	20	89	0	107	32	22	11	32	1.90
28151322--28151369	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
28153801--28153912	27	4.2	26	85	7	143	37	23	23	16	1.93
28153801--28153912	54	2.1	54	88	3	163	37	23	23	16	1.93
28155330--28155400	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28157715--28157785	24	3.0	24	91	0	115	36	1	36	25	1.65
28157715--28157810	48	2.0	48	82	10	115	37	4	35	22	1.74
28159203--28159314	27	4.2	26	82	7	125	16	22	23	37	1.94
28159203--28159314	54	2.1	54	86	3	154	16	22	23	37	1.94
28163962--28163996	18	1.9	18	88	0	52	51	14	14	20	1.76
28163991--28164034	19	2.3	19	84	0	61	45	15	20	18	1.85
28164432--28164654	27	8.3	27	88	2	313	24	23	19	33	1.97
28164432--28164681	81	3.1	81	84	4	326	24	22	20	33	1.97
28164636--28164764	27	4.8	27	79	3	116	28	8	21	41	1.83
28164636--28164763	54	2.4	54	78	2	141	28	8	21	40	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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