genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67402442--67402948	46	11.0	46	89	1	694	39	14	23	22	1.90
67404376--67404416	21	2.0	21	100	0	82	24	14	39	21	1.91
67405445--67405620	47	3.8	47	76	7	173	23	28	18	29	1.98
67413275--67413376	28	3.5	29	85	6	127	29	29	13	27	1.94
67415387--67415712	96	3.4	98	74	11	275	23	28	18	28	1.98
67415387--67415748	46	7.7	45	73	12	198	23	28	19	28	1.98
67415580--67415752	94	1.9	92	85	7	242	22	28	19	29	1.98
67418154--67418245	42	2.2	43	84	5	116	31	28	16	23	1.96
67418579--67418612	16	2.1	16	100	0	68	50	5	0	44	1.26
67420523--67420666	26	5.4	27	75	11	120	28	25	21	25	1.99
67420547--67420666	26	4.5	26	78	7	125	29	25	21	24	1.99
67420874--67420940	26	2.6	26	85	0	98	32	19	26	20	1.97
67420998--67421135	64	2.2	64	81	2	152	33	16	23	26	1.96
67420999--67421135	32	4.3	32	80	3	132	33	16	24	25	1.96
67421150--67421197	22	2.2	22	85	7	62	35	22	25	16	1.95
67421269--67421360	43	2.2	43	82	2	105	29	29	18	22	1.97
67421537--67421595	27	2.2	27	84	6	75	20	22	23	33	1.97
67422876--67422963	32	2.8	32	82	0	104	32	22	21	22	1.98
67423006--67423089	22	3.8	22	79	3	89	33	23	27	15	1.95
67423135--67423249	43	2.7	43	84	0	158	28	33	19	18	1.95
67423415--67423466	27	1.9	27	84	0	68	25	15	19	40	1.90
67423416--67423473	27	2.1	27	80	0	62	25	17	17	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67424758--67424906	32	4.7	32	78	2	131	35	19	22	22	1.96
67424758--67424906	64	2.3	64	80	3	158	35	19	22	22	1.96
67425005--67425139	43	3.1	43	78	0	162	26	29	20	23	1.99
67425308--67425383	27	2.8	27	82	11	102	27	21	19	31	1.97
67426408--67426498	27	3.4	26	86	6	83	46	21	5	26	1.73
67426399--67426526	53	2.4	54	79	6	161	43	20	7	28	1.79
67426425--67426595	27	6.4	26	82	3	135	42	20	8	29	1.81
67426399--67426595	54	3.7	52	75	9	166	42	20	8	28	1.82
67426506--67426630	27	4.6	26	78	5	88	38	21	8	31	1.84
67426615--67426861	27	9.2	27	85	2	311	36	18	20	25	1.95
67426615--67426861	80	3.1	79	85	2	307	36	18	20	25	1.95
67426622--67426861	107	2.2	107	88	2	340	35	18	20	24	1.95
67426650--67426861	53	4.0	53	88	5	234	35	19	20	24	1.95
67427145--67427192	20	2.4	20	75	0	60	12	18	31	37	1.88
67427417--67427530	27	4.3	26	84	7	131	19	22	19	38	1.93
67427656--67427716	25	2.4	25	88	0	86	19	19	13	47	1.82
67427650--67427765	6	18.8	6	68	15	67	19	20	12	47	1.81
67427672--67427765	37	2.5	37	89	0	134	19	22	12	45	1.83
67427697--67427774	18	4.3	18	75	12	70	20	20	11	47	1.81
67434459--67434632	86	2.0	85	80	3	188	35	25	15	24	1.94
67446242--67446269	12	2.3	12	100	0	56	7	14	32	46	1.71
67446590--67446692	40	2.6	40	83	9	122	26	22	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67446920--67446958	14	2.7	15	84	8	53	17	0	33	48	1.48
67446962--67447048	22	4.1	21	71	12	61	19	1	36	42	1.59
67446991--67447074	43	2.0	43	83	9	109	22	1	33	42	1.61
67452950--67453092	42	3.4	42	88	2	214	20	19	26	32	1.97
67453342--67453464	42	2.9	42	81	4	140	28	24	15	31	1.95
67457592--67457651	30	2.0	30	83	6	77	38	6	26	28	1.81
67458296--67458540	49	4.9	50	80	3	280	26	17	26	30	1.97
67458299--67458527	100	2.3	99	85	5	295	25	17	26	31	1.97
67462087--67462352	46	5.7	46	73	16	244	29	28	19	22	1.98
67462139--67462306	47	3.6	47	77	16	195	30	28	18	22	1.97
67462092--67462355	93	2.8	93	94	0	447	29	28	20	21	1.98
67462775--67462834	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
67464163--67464195	15	2.2	15	94	0	57	18	12	12	57	1.64
67466247--67466305	30	2.0	29	83	9	75	37	6	27	28	1.82
67467049--67467132	28	3.2	27	65	25	72	25	16	28	29	1.97
67466944--67467176	49	4.7	50	83	2	290	25	18	26	30	1.98
67466947--67467206	100	2.6	101	82	5	260	25	18	25	30	1.98
67471454--67471491	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
67473120--67473188	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
67479457--67479494	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
67481123--67481191	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
67483326--67483389	27	2.4	27	84	2	76	21	18	21	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67488380--67488449	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
67495181--67495232	22	2.4	22	93	0	86	34	19	26	19	1.95
67495616--67495700	27	3.1	27	78	11	102	32	20	16	30	1.94
67498357--67498425	28	2.5	28	88	6	97	30	27	14	27	1.95
67507250--67507352	29	3.6	29	90	0	152	27	15	33	24	1.95
67516192--67516261	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
67524190--67524340	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
67524226--67524356	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
67549135--67549306	56	3.1	56	91	0	274	28	12	23	35	1.92
67557724--67557907	40	4.6	40	80	9	198	24	25	27	22	2.00
67565773--67565992	40	5.6	40	78	10	213	25	24	27	23	2.00
67565773--67565957	80	2.3	81	87	6	252	24	24	28	22	2.00
67569206--67569250	16	2.8	17	77	12	51	4	11	20	64	1.42
67570654--67570728	34	2.2	34	79	9	82	26	21	22	29	1.99
67573551--67573664	43	2.7	42	80	8	124	28	27	20	24	1.99
67575261--67575314	27	2.0	27	96	0	99	46	3	12	37	1.60
67586111--67586301	40	4.8	40	86	0	238	26	23	26	23	2.00
67586111--67586299	80	2.3	81	87	0	263	25	23	26	23	2.00
67586110--67586343	80	2.9	79	81	5	256	27	24	26	22	2.00
67586111--67586334	40	5.6	39	79	10	177	27	24	25	22	2.00
67586111--67586329	120	1.8	121	83	4	291	26	24	26	22	2.00
67588166--67588273	26	4.2	26	93	0	189	32	6	25	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67589865--67590005	27	5.2	26	84	6	183	17	23	24	35	1.95
67589865--67590005	54	2.6	53	92	2	228	17	23	24	35	1.95
67589865--67590023	27	5.9	26	83	7	149	18	23	22	35	1.96
67595287--67595393	26	4.2	26	92	1	180	30	7	27	34	1.84
67596978--67597118	27	5.2	27	85	8	180	17	23	24	35	1.95
67596978--67597136	54	3.0	53	89	2	230	18	23	22	35	1.96
67596978--67597136	27	5.9	27	80	16	154	18	23	22	35	1.96
67598307--67598384	34	2.3	34	97	0	147	24	17	16	41	1.90
67607720--67607893	46	3.8	45	75	13	183	28	28	21	21	1.99
67607727--67607897	93	1.8	93	91	0	279	28	28	22	21	1.99
67614745--67614929	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
67614738--67614929	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
67621139--67621323	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
67621132--67621323	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
67624717--67624889	46	3.8	45	75	13	163	21	20	28	28	1.98
67624712--67624882	93	1.8	93	88	0	261	21	21	28	28	1.98
67631861--67631898	18	2.1	19	85	5	51	50	5	7	36	1.54
67643671--67643772	29	3.5	28	74	12	82	26	35	17	20	1.95
67647649--67647686	14	2.5	16	87	8	53	42	2	21	34	1.67
67651302--67651383	34	2.4	34	84	9	123	28	21	24	25	1.99
67653621--67653839	94	2.4	91	81	8	248	26	18	29	25	1.98
67653626--67653939	47	6.7	46	73	15	198	28	17	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67656990--67657022	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
67660980--67661081	29	3.5	28	81	5	114	21	16	32	29	1.95
67664730--67664905	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
67664727--67664898	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
67669614--67669706	40	2.3	40	83	7	127	25	26	23	23	2.00
67677255--67677405	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
67677291--67677421	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
67689331--67689540	104	2.0	104	97	0	393	28	18	21	31	1.97
67693329--67693498	47	3.6	47	72	12	143	27	18	29	25	1.98
67693328--67693500	94	1.8	93	85	8	244	27	18	29	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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