genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19403727--19403839	27	4.1	28	82	5	117	28	7	23	41	1.80
19403820--19404158	27	12.6	27	84	1	394	41	9	20	28	1.83
19407437--19407504	28	2.5	28	92	4	113	19	10	27	42	1.83
19408112--19408173	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
19408153--19408232	27	3.0	27	90	0	124	30	8	20	41	1.82
19408128--19408254	54	2.4	54	80	6	141	27	9	19	43	1.82
19408154--19408266	27	4.1	28	82	5	117	28	7	23	41	1.80
19408247--19408586	27	12.6	27	85	1	394	42	9	20	27	1.83
19408219--19408617	81	4.9	81	85	1	408	39	9	21	29	1.84
19411763--19411813	22	2.4	22	80	3	59	21	29	15	33	1.94
19415071--19415280	23	9.2	23	85	5	282	29	26	20	24	1.99
19417596--19417643	14	3.4	14	100	0	96	29	45	12	12	1.78
19419744--19419778	17	1.9	17	88	11	52	37	0	2	60	1.12
19419731--19419783	19	2.8	20	75	18	58	41	0	1	56	1.10
19420789--19420839	16	3.0	17	74	8	50	49	0	0	50	1.00
19423125--19423176	24	2.2	24	89	6	79	30	0	1	67	1.02
19425698--19425749	22	2.4	22	87	3	70	23	28	15	32	1.95
19428466--19428563	19	5.2	19	92	7	164	37	10	16	35	1.82
19428456--19428563	36	2.9	35	78	20	112	37	10	15	36	1.82
19431574--19431626	14	3.7	14	77	20	56	22	20	11	45	1.83
19434111--19434149	20	2.0	19	85	5	51	82	0	15	2	0.79
19434114--19434170	9	6.4	9	77	4	62	82	0	14	3	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19434114--19434179	29	2.2	31	71	17	50	80	0	15	4	0.87
19445232--19445600	44	8.5	44	72	9	265	31	18	23	26	1.97
19445330--19445404	38	2.0	38	94	0	132	26	18	22	32	1.97
19445249--19445585	88	3.9	88	73	12	322	31	18	23	26	1.97
19445547--19446288	206	3.6	206	93	0	1216	30	17	22	28	1.97
19446676--19446787	19	5.8	19	88	9	165	36	10	16	36	1.83
19446666--19446773	36	2.9	35	78	20	112	37	10	15	36	1.82
19452932--19453060	68	1.9	68	82	9	165	22	26	19	31	1.98
19461913--19462073	70	2.3	71	95	4	301	19	27	17	35	1.94
19464397--19464604	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
19464397--19464603	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
19472437--19472644	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
19472437--19472643	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
19475665--19475867	27	7.6	27	84	2	257	38	20	8	32	1.83
19475665--19475967	54	5.6	54	81	2	270	38	20	8	32	1.82
19475665--19475940	81	3.4	80	83	4	288	39	20	8	31	1.83
19475694--19475967	27	10.2	27	81	5	166	38	20	8	32	1.83
19475917--19476220	27	11.3	27	81	2	315	27	22	9	40	1.85
19475890--19476220	54	6.1	54	83	2	360	28	22	9	39	1.85
19476237--19476405	81	2.1	81	90	0	266	36	19	20	24	1.95
19476237--19476424	27	7.0	27	85	0	232	35	18	20	25	1.96
19476624--19476705	27	3.1	26	87	5	110	20	23	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19476793--19476851	22	2.7	22	78	0	55	20	27	20	32	1.97
19477016--19477090	28	2.8	26	78	9	69	21	22	20	36	1.96
19477205--19477315	31	3.6	31	92	0	168	18	14	16	50	1.78
19477234--19477329	6	15.7	6	76	16	90	17	16	16	48	1.81
19477209--19477309	25	3.8	25	76	19	80	18	14	16	49	1.80
19479216--19479260	24	1.9	24	95	4	83	26	0	6	66	1.16
19481840--19481887	22	2.2	21	81	3	60	22	29	16	31	1.96
19488328--19488589	39	6.7	39	84	2	305	20	22	28	28	1.99
19510963--19511041	19	4.2	19	88	9	117	36	11	17	34	1.86
19510953--19511039	36	2.4	36	76	16	108	36	11	17	34	1.86
19514051--19514124	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
19514108--19514182	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
19514051--19514182	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
19521928--19522001	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
19521985--19522058	27	2.6	29	78	8	89	22	20	35	21	1.96
19528152--19528225	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
19528209--19528284	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
19528152--19528284	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
19536026--19536099	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
19536083--19536157	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
19536026--19536157	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
19541651--19541724	23	3.3	23	79	9	82	81	5	13	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19541690--19541725	16	2.2	16	90	0	54	86	8	5	0	0.72
19542680--19542904	43	5.3	43	68	21	170	30	20	20	28	1.98
19542674--19543198	84	6.3	84	86	5	708	30	22	21	25	1.99
19542808--19543111	41	7.3	41	65	19	139	29	24	21	24	1.99
19542671--19543198	250	2.1	248	85	6	733	30	22	21	25	1.99
19543973--19544070	19	5.2	19	91	7	155	36	10	17	35	1.84
19543992--19544048	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
19543973--19544070	36	2.6	37	88	9	144	36	10	17	35	1.84
19545627--19545677	16	3.0	17	74	8	50	49	0	0	50	1.00
19556471--19556617	40	3.7	38	79	13	136	22	21	29	25	1.99
19556462--19556639	41	4.4	40	76	8	153	21	20	30	27	1.98
19561392--19561421	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
19566780--19566998	40	5.5	40	91	3	338	26	27	22	23	1.99
19572166--19572221	16	3.2	17	75	10	51	48	0	0	51	1.00
19575607--19575722	40	2.9	40	82	7	130	29	22	21	26	1.99
19575765--19575874	40	2.8	40	82	0	139	28	20	24	26	1.99
19575627--19576019	151	2.6	150	82	7	485	30	19	21	29	1.97
19575931--19576001	35	2.0	35	91	0	115	32	18	21	28	1.96
19576388--19576441	22	2.5	21	82	5	72	22	0	25	51	1.48
19576387--19576524	7	19.6	7	76	5	64	22	0	30	47	1.52
19576462--19576500	13	2.7	16	74	25	50	23	0	41	35	1.55
19576583--19576668	27	3.3	26	67	26	74	50	4	4	40	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19577203--19577256	18	3.0	18	77	0	54	12	29	0	57	1.36
19586419--19586470	21	2.5	20	81	9	59	59	1	0	38	1.08
19586476--19586581	43	2.5	43	88	0	149	25	16	27	31	1.96
19592086--19592296	48	4.4	48	77	8	216	24	25	21	28	1.99
19592086--19592297	94	2.2	96	82	5	261	25	25	21	28	1.99
19600300--19600743	50	8.8	50	82	5	466	30	25	18	25	1.98
19600292--19600739	151	3.0	151	90	2	693	30	26	18	25	1.98
19602518--19602804	43	6.7	43	90	1	459	24	19	31	24	1.98
19605101--19605170	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
19605101--19605182	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
19613041--19613110	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
19613041--19613122	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
19619893--19620004	57	2.0	57	87	0	161	29	1	23	45	1.63
19619926--19620000	39	1.9	39	97	0	141	33	0	21	45	1.52
19619905--19620017	9	12.2	9	77	5	109	30	1	21	46	1.62
19619893--19620017	57	2.2	57	85	0	160	30	1	21	46	1.61
19621406--19621664	27	9.6	27	84	4	119	31	24	7	37	1.83
19621425--19621656	81	2.9	80	88	2	347	30	23	7	39	1.82
19621423--19621656	54	4.3	54	87	2	328	29	23	7	38	1.83
19621404--19621664	81	3.2	81	84	2	328	31	24	7	36	1.83
19621646--19621829	27	6.8	27	85	3	237	39	23	11	26	1.88
19621444--19621691	81	3.1	81	82	3	196	31	24	7	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19621728--19621844	27	4.3	27	86	2	103	39	21	13	25	1.90
19624088--19624138	10	5.4	10	75	13	54	35	17	0	47	1.48
19624081--19624134	27	2.0	27	100	0	108	40	14	0	44	1.46
19624182--19624230	23	2.1	23	92	7	82	36	16	14	32	1.89
19626535--19626588	19	2.8	19	91	0	90	22	24	29	24	1.99
19626606--19626657	19	2.7	20	84	6	70	32	1	38	26	1.68
19627981--19628156	46	3.8	46	76	12	189	21	21	27	29	1.98
19627978--19628149	93	1.8	93	92	0	290	22	21	27	28	1.99
19630512--19630555	15	3.0	14	90	6	61	31	2	20	45	1.64
19630726--19630781	29	1.9	29	92	0	94	19	8	35	35	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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