genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80240657--80240827	93	1.8	93	94	2	308	21	21	28	28	1.98
80242845--80242920	29	2.7	29	75	2	82	28	11	28	30	1.92
80242902--80243013	32	3.6	32	70	18	101	35	15	25	24	1.94
80242882--80243112	61	3.8	61	84	1	302	34	14	25	26	1.94
80244799--80244846	18	2.4	20	76	20	55	50	6	2	41	1.39
80249806--80249848	15	3.2	15	69	30	51	65	0	6	27	1.18
80249799--80249848	25	2.0	25	100	0	100	64	0	8	28	1.22
80253293--80253334	22	1.9	22	100	0	84	45	0	11	42	1.41
80253378--80253411	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
80256005--80256170	40	4.2	40	82	3	176	24	27	22	26	2.00
80264015--80264181	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
80273956--80274122	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
80275956--80276122	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
80283940--80284067	39	3.2	40	81	6	138	25	27	22	24	2.00
80292653--80292875	43	5.2	43	88	0	320	31	28	17	22	1.97
80294099--80294200	34	3.0	34	81	4	107	27	20	21	30	1.98
80294184--80294224	18	2.3	18	95	0	73	39	14	21	24	1.91
80294483--80294532	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
80294567--80294656	27	3.3	26	81	9	101	22	20	18	38	1.93
80294648--80295292	27	23.7	27	90	3	918	36	16	15	31	1.90
80295084--80295152	34	2.0	34	88	0	102	37	18	13	30	1.89
80297632--80297780	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80297673--80297780	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
80305735--80305883	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
80305776--80305883	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
80308675--80308703	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
80313761--80313963	9	22.6	9	82	6	225	32	0	22	45	1.53
80314077--80314115	19	2.0	20	85	9	55	33	0	7	58	1.26
80314398--80314442	19	2.3	20	81	14	58	62	6	2	28	1.33
80316951--80316977	14	1.9	14	100	0	54	37	0	29	33	1.58
80318065--80318141	7	10.9	7	80	8	84	31	48	0	20	1.50
80318088--80318141	22	2.5	22	93	3	92	33	48	0	18	1.49
80318374--80318518	40	3.6	40	87	0	209	29	20	19	31	1.97
80318370--80318518	81	1.9	80	89	1	235	29	20	20	30	1.97
80318560--80318724	40	4.1	40	73	12	142	28	20	18	32	1.96
80320899--80320963	25	2.6	25	76	9	69	49	20	15	15	1.80
80321276--80321315	7	5.6	7	85	5	53	40	42	2	15	1.60
80322057--80322092	18	2.1	17	89	5	54	33	5	8	52	1.55
80323416--80323447	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
80325939--80325981	21	2.0	21	86	0	59	44	23	16	16	1.86
80329056--80329124	34	2.0	34	97	0	129	40	8	18	31	1.81
80331359--80331423	31	2.1	31	100	0	130	27	9	15	47	1.76
80341022--80341151	40	3.2	40	81	2	163	24	28	23	23	2.00
80341038--80341187	80	1.9	80	83	2	194	22	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80350291--80350350	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
80350395--80350446	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
80352812--80352961	43	3.5	43	75	5	151	30	16	22	31	1.95
80356284--80356498	49	4.5	49	89	4	307	27	30	7	33	1.85
80356369--80356451	27	3.3	27	65	22	79	32	30	3	33	1.75
80359071--80359283	56	3.8	56	84	3	277	35	23	14	27	1.93
80359228--80359323	43	2.2	43	84	0	120	32	23	15	28	1.95
80363014--80363079	18	3.0	23	68	28	70	21	16	30	31	1.95
80362965--80363079	43	2.7	43	89	4	162	20	16	32	31	1.94
80365010--80365053	18	2.4	18	88	0	70	20	29	34	15	1.94
80371002--80371029	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
80371764--80372010	56	4.4	56	87	3	365	33	24	14	27	1.95
80371764--80372010	110	2.2	111	89	1	379	33	24	14	27	1.95
80371955--80372052	43	2.3	43	83	3	117	32	23	15	28	1.95
80383109--80383275	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
80391532--80391680	40	3.8	40	79	7	146	25	22	28	23	2.00
80402712--80402862	40	3.8	40	79	6	155	25	22	27	23	2.00
80407921--80408014	40	2.3	40	83	0	116	27	23	25	23	2.00
80416432--80416562	40	3.3	40	80	2	156	24	22	28	25	1.99
80429126--80429287	39	4.2	38	82	5	182	24	29	24	22	1.99
80436859--80436982	39	3.2	38	85	4	167	25	29	22	22	1.99
80440684--80440740	26	2.2	26	83	3	69	26	21	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80457209--80457309	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
80463600--80463669	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
80463600--80463681	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
80469756--80469917	39	4.2	38	82	5	182	24	29	24	22	1.99
80477416--80477539	39	3.2	38	85	4	167	25	29	22	22	1.99
80477841--80477943	29	3.6	28	94	5	179	28	31	13	27	1.94
80485979--80486110	29	4.6	29	92	0	210	26	32	14	26	1.95
80485921--80486111	87	2.2	87	81	3	215	26	33	15	24	1.95
80492160--80492319	85	1.9	85	80	5	189	28	18	24	28	1.98
80496184--80496291	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
80504171--80504206	18	2.0	18	94	0	63	22	25	38	13	1.91
80511902--80511991	20	4.3	20	77	6	81	12	28	17	41	1.86
80511901--80511991	42	2.2	41	82	5	103	12	28	18	40	1.86
80515830--80515856	9	3.0	9	100	0	54	11	0	22	66	1.22
80516536--80516709	35	5.0	35	90	2	269	31	8	18	41	1.81
80516697--80516794	50	2.0	50	80	11	112	33	7	18	40	1.78
80523660--80523746	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
80523795--80523918	49	2.5	51	88	5	189	29	27	9	33	1.88
80523815--80523918	49	2.1	49	96	0	190	30	25	8	34	1.86
80526840--80527125	137	2.1	136	93	0	482	32	23	18	25	1.97
80528911--80528994	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
80530939--80531046	40	2.7	40	88	0	162	19	30	16	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80538999--80539182	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
80539039--80539227	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
80547095--80547278	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
80547135--80547323	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
80554602--80554671	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
80554602--80554683	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
80559299--80559399	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
80564468--80564493	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
80568680--80568765	44	2.0	44	88	0	127	31	26	19	22	1.98
80573020--80573204	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
80573021--80573212	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
80573020--80573237	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
80581057--80581241	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
80581058--80581249	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
80581057--80581274	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
80588201--80588377	96	1.8	96	92	0	300	10	33	15	40	1.82
80589152--80589190	16	2.4	17	91	4	62	48	35	5	10	1.59
80591477--80591585	24	4.6	23	84	7	128	33	22	17	25	1.96
80591477--80591585	48	2.3	48	90	3	166	33	22	17	25	1.96
80597817--80597946	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
80605882--80606011	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
80609487--80609634	40	3.7	40	87	7	194	23	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80609487--80609675	80	2.4	80	78	7	179	22	23	30	23	1.99
80613690--80613798	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
80613690--80613798	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
80615392--80615438	8	5.9	8	80	9	60	51	23	21	4	1.65
80615391--80615438	16	3.0	16	90	0	69	52	22	20	4	1.64
80615681--80615777	29	3.4	29	78	7	99	30	12	27	28	1.93
80615669--80615775	29	3.7	29	76	8	94	30	14	28	26	1.94
80615669--80615777	57	1.9	58	84	1	148	30	13	29	26	1.94
80619454--80619491	20	1.9	20	94	0	67	39	21	2	36	1.67
80619571--80619699	42	3.0	42	82	4	161	31	26	13	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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