genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33379898--33380068	46	3.7	46	77	14	192	29	26	20	22	1.98
33379897--33380080	47	4.0	46	70	22	129	29	28	19	22	1.98
33382263--33382363	44	2.3	43	86	8	134	33	25	17	22	1.96
33397769--33397862	44	2.2	44	83	7	113	31	27	18	22	1.97
33401431--33401464	17	2.1	16	88	5	50	44	8	0	47	1.34
33408651--33408683	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
33411156--33411215	28	2.2	26	80	11	75	26	25	11	36	1.90
33411170--33411232	28	2.2	28	94	0	108	28	26	11	33	1.91
33418260--33418369	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
33422742--33422818	37	2.1	37	100	0	154	31	32	7	28	1.85
33427866--33428025	29	5.5	30	83	8	186	33	13	25	28	1.94
33427866--33427968	28	3.6	28	85	6	109	31	14	27	27	1.95
33430247--33430304	27	2.1	27	100	0	116	29	3	20	46	1.67
33431727--33431911	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
33431720--33431911	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
33439757--33439941	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
33439750--33439941	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
33446743--33446811	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
33448439--33448476	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
33454738--33454806	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
33456427--33456464	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
33460618--33460663	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33460625--33460669	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
33479334--33479403	27	2.5	28	88	2	97	27	28	14	30	1.95
33483044--33483206	43	3.8	42	81	9	163	25	20	30	23	1.99
33488564--33489068	49	10.4	49	92	2	790	33	9	29	27	1.88
33492441--33492470	15	2.0	15	93	0	51	60	6	10	23	1.52
33493377--33493403	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
33493947--33493989	20	2.1	21	87	12	63	2	20	13	62	1.42
33493956--33493996	20	2.0	20	86	9	57	2	24	12	60	1.43
33502873--33503096	40	5.6	40	86	6	310	25	26	23	24	2.00
33502873--33503096	83	2.8	80	88	4	317	25	26	23	24	2.00
33511216--33511585	49	7.7	49	93	1	554	32	9	30	27	1.88
33515815--33516038	40	5.6	40	86	6	310	25	26	23	24	2.00
33515815--33516038	83	2.8	80	88	4	317	25	26	23	24	2.00
33519168--33519315	27	5.5	27	82	3	190	22	12	20	43	1.86
33519168--33519315	54	2.7	54	89	4	226	22	12	20	43	1.86
33531686--33531808	45	2.8	44	79	9	137	24	17	26	31	1.97
33531686--33531845	84	1.9	84	81	5	196	25	16	27	30	1.97
33551002--33551039	18	2.2	16	90	9	58	65	2	7	23	1.32
33555711--33555743	5	6.6	5	92	0	57	18	3	0	78	0.87
33558410--33558854	91	4.8	92	73	11	311	23	28	18	28	1.98
33558403--33558852	47	9.6	46	70	13	249	23	29	18	28	1.98
33558403--33558853	187	2.4	186	90	1	699	23	29	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33563395--33563448	27	2.0	27	85	7	74	31	20	18	29	1.96
33566727--33566759	16	2.0	17	88	5	50	39	12	9	39	1.74
33570238--33570287	15	3.4	15	81	13	59	10	16	12	62	1.55
33570594--33570657	31	2.1	31	96	0	119	39	4	18	37	1.72
33572700--33572874	46	3.8	46	78	13	196	21	20	28	29	1.98
33577547--33577671	6	20.3	6	73	16	87	48	12	18	20	1.81
33577572--33577642	19	3.8	19	76	10	83	43	12	21	22	1.86
33577556--33577642	37	2.4	37	88	0	111	47	11	20	20	1.81
33577789--33577923	27	5.0	27	85	4	141	35	20	23	20	1.96
33577780--33577924	54	2.7	53	79	5	157	33	20	24	21	1.97
33578533--33578721	27	7.0	27	87	0	261	27	20	17	34	1.95
33580552--33580676	6	20.3	6	68	16	69	48	12	18	21	1.80
33580560--33580647	37	2.4	37	92	0	131	47	10	20	21	1.79
33580578--33580647	19	3.7	19	79	11	90	45	11	21	21	1.83
33580609--33580676	25	2.7	25	79	0	82	47	13	17	22	1.82
33580792--33580904	27	4.2	26	86	3	136	36	20	23	20	1.95
33580792--33580926	27	5.0	27	82	7	134	37	19	22	20	1.95
33581085--33581149	22	3.0	22	79	0	76	32	18	23	26	1.97
33581537--33581968	27	16.0	27	86	0	522	26	20	18	34	1.96
33584029--33584153	6	20.3	6	69	16	78	48	13	18	20	1.81
33584055--33584125	19	3.8	19	78	10	92	45	14	22	18	1.85
33584038--33584143	37	2.8	37	84	4	142	47	13	19	19	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33584053--33584153	31	3.3	31	72	15	91	47	13	18	19	1.82
33584074--33584153	25	3.2	25	77	5	83	48	13	17	20	1.80
33584275--33584405	27	4.9	27	77	7	99	38	19	21	21	1.94
33584564--33584625	22	2.8	21	80	4	70	32	20	22	24	1.98
33585005--33585117	54	2.1	54	83	0	136	26	20	23	30	1.98
33585051--33585207	81	1.9	81	93	0	269	27	18	19	35	1.95
33585017--33585205	27	7.0	27	85	0	243	27	19	18	34	1.95
33587114--33587201	45	2.0	44	86	2	122	25	13	28	32	1.94
33587010--33587250	101	2.4	101	87	5	337	26	12	25	34	1.92
33593947--33594332	196	2.0	197	89	0	594	38	21	12	27	1.89
33596483--33596527	22	2.0	22	82	0	54	46	22	17	13	1.83
33596902--33596981	41	2.0	41	92	0	133	28	27	22	21	1.99
33597219--33597561	27	12.7	27	78	8	223	31	9	19	39	1.83
33600934--33601128	38	5.1	38	88	5	261	23	21	24	31	1.98
33608868--33608962	44	2.2	43	83	7	113	37	21	13	27	1.91
33611185--33611417	48	4.9	48	74	6	186	24	24	21	29	1.99
33614476--33614520	21	2.2	21	84	7	58	60	4	0	35	1.17
33614741--33614800	31	1.9	31	86	10	86	33	1	3	61	1.22
33614809--33614880	10	7.3	10	74	13	60	33	0	2	63	1.08
33614750--33614878	38	3.4	36	71	12	96	34	0	3	62	1.17
33625468--33625499	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
33625797--33625835	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33633945--33633989	15	2.9	16	80	6	56	44	0	11	44	1.39
33633959--33634017	30	1.9	31	76	13	59	44	3	10	42	1.55
33638733--33638941	50	4.2	50	79	3	249	30	24	17	27	1.97
33638801--33639083	142	2.0	141	94	0	494	30	25	17	27	1.97
33639472--33639510	19	2.1	19	85	4	53	53	15	0	30	1.42
33642990--33643045	27	2.1	27	100	0	112	37	19	3	39	1.69
33644922--33644953	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
33645153--33645492	50	6.8	50	75	5	326	30	25	17	26	1.97
33645212--33645493	101	2.8	101	90	0	420	31	25	17	25	1.97
33645153--33645492	151	2.2	152	80	3	391	30	25	17	26	1.97
33646130--33646159	11	2.7	11	89	0	51	23	0	0	76	0.78
33646940--33647038	42	2.3	42	84	5	128	32	23	18	26	1.97
33646917--33647041	43	2.9	42	78	10	137	31	24	18	25	1.98
33648725--33648757	13	2.6	13	90	4	50	69	3	0	27	1.03
33648704--33648762	17	3.5	17	82	11	59	66	5	3	25	1.28
33651134--33651265	48	2.7	47	86	4	183	27	20	27	25	1.99
33657561--33657779	40	5.5	40	93	2	363	25	28	23	22	1.99
33659895--33659946	27	2.0	26	88	3	77	32	23	19	25	1.97
33660283--33660384	27	3.8	27	88	0	141	25	19	19	35	1.95
33663385--33663548	23	7.0	24	86	7	221	26	21	22	29	1.99
33663385--33663549	70	2.3	70	89	5	244	26	21	23	29	1.99
33663594--33663643	19	2.5	20	90	3	75	32	22	10	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33663679--33663726	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
33664961--33665271	27	11.6	27	84	6	373	40	9	22	27	1.85
33668375--33668540	47	3.5	48	88	5	232	26	21	22	29	1.99
33668376--33668540	24	7.0	24	87	6	230	26	21	22	29	1.99
33668586--33668656	20	3.5	20	92	0	115	33	21	9	35	1.86
33668586--33668656	9	7.0	11	71	18	64	33	21	9	35	1.86
33668693--33668740	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
33669978--33670291	27	11.6	27	84	5	366	39	9	22	28	1.85
33669979--33670291	81	3.9	82	86	5	413	39	9	22	28	1.85
33679409--33679542	43	3.2	42	76	14	141	27	16	26	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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