genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.128.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39133417--39133450	15	2.2	16	89	5	52	67	0	11	20	1.21
39135150--39135264	31	3.7	31	96	1	205	27	26	17	28	1.97
39135485--39135554	25	2.8	25	91	4	106	25	25	24	24	2.00
39136461--39136696	27	8.7	27	79	6	192	32	8	18	40	1.81
39136728--39136924	27	7.3	27	83	2	225	40	7	22	29	1.82
39136728--39136924	81	2.4	81	87	0	268	40	7	22	29	1.82
39136771--39136945	81	2.2	81	85	0	224	40	8	20	31	1.81
39140279--39140310	15	2.1	15	94	0	55	53	9	18	18	1.71
39141660--39141723	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
39141915--39142057	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
39141915--39142056	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
39141914--39142057	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
39142108--39142167	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
39142108--39142162	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
39142210--39142257	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
39147300--39147480	40	4.6	38	81	10	172	22	23	29	24	1.99
39147417--39147499	40	2.1	39	86	2	112	21	22	30	25	1.99
39150060--39150208	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
39150101--39150208	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
39158104--39158131	14	2.0	14	100	0	56	14	7	35	42	1.73
39158683--39158799	40	2.9	41	82	3	123	24	20	31	23	1.98
39161997--39162026	15	2.0	15	93	0	51	70	6	13	10	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39165700--39165730	16	1.9	16	93	0	53	48	25	16	9	1.76
39178654--39178760	6	17.3	6	69	19	60	48	14	15	20	1.81
39178663--39178732	25	2.8	25	88	0	104	47	14	20	18	1.83
39178690--39178760	31	2.3	31	95	0	124	50	15	12	21	1.77
39179163--39179492	27	12.3	27	88	0	473	25	21	19	33	1.97
39179474--39179633	27	5.9	27	77	4	126	30	8	21	40	1.82
39179450--39179604	81	1.9	81	82	2	195	29	9	20	41	1.84
39179476--39179654	81	2.2	80	83	1	214	29	7	22	40	1.82
39190134--39190351	40	5.5	40	88	3	307	25	27	22	24	2.00
39192573--39192607	8	4.4	8	85	0	52	51	20	14	14	1.76
39192565--39192603	16	2.5	16	91	4	62	46	23	17	12	1.83
39192830--39192906	28	2.7	29	83	4	93	24	18	31	25	1.97
39196315--39196424	29	3.9	29	81	2	107	26	18	30	24	1.98
39198210--39198308	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
39205893--39205991	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
39213560--39213658	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
39216321--39216456	39	3.7	36	86	11	188	24	22	30	22	1.99
39216321--39216475	39	4.3	37	88	8	164	21	21	32	24	1.98
39224283--39224446	40	4.2	40	89	4	228	25	21	28	24	1.99
39242597--39242626	15	1.9	16	93	6	53	33	0	26	40	1.57
39247403--39247433	12	2.6	12	94	0	53	25	48	19	6	1.72
39249579--39249647	21	3.3	21	87	0	102	2	52	15	28	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39250054--39250082	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
39255252--39255341	43	2.0	44	93	4	155	33	0	14	52	1.42
39255202--39255318	52	2.2	54	77	8	134	33	0	17	48	1.53
39257777--39258138	181	2.0	181	93	1	627	32	7	36	23	1.82
39258209--39258426	116	1.9	116	82	6	280	32	26	14	27	1.94
39258595--39258659	28	2.4	27	72	12	62	41	0	1	56	1.08
39258701--39258731	16	1.9	16	93	0	53	38	3	0	58	1.15
39258700--39258743	16	2.7	16	82	3	52	43	2	2	52	1.26
39258843--39258977	14	9.4	14	69	7	83	34	42	2	20	1.64
39258843--39258887	21	2.1	21	91	0	72	31	51	0	17	1.46
39258844--39258887	7	6.1	7	91	2	61	29	52	0	18	1.46
39258933--39259001	28	2.4	29	79	13	74	43	37	2	15	1.62
39259549--39259882	41	8.1	41	80	3	260	24	19	17	38	1.92
39259549--39259882	83	4.1	83	80	5	304	24	19	17	38	1.92
39259582--39259811	124	1.9	122	82	1	289	22	19	18	39	1.92
39263276--39263307	12	2.7	12	95	0	55	50	3	6	40	1.43
39263947--39264020	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
39269797--39269954	55	2.9	54	75	5	158	23	25	17	32	1.97
39276379--39276556	98	1.8	97	87	1	266	20	26	18	34	1.96
39277856--39278025	46	3.7	45	77	10	155	30	27	18	22	1.98
39277957--39278042	46	1.9	45	83	4	111	31	27	19	20	1.97
39279328--39279430	46	2.2	47	89	1	154	27	25	12	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39279560--39279643	44	1.9	44	83	9	109	25	26	11	36	1.90
39281061--39281130	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
39281940--39282023	27	3.1	27	86	3	98	23	25	19	32	1.97
39282085--39282192	27	3.9	27	79	13	87	33	6	15	44	1.72
39282149--39282304	27	5.8	27	75	6	120	30	10	17	41	1.83
39282303--39282475	54	3.2	54	86	3	249	39	7	23	29	1.82
39282307--39282475	27	6.3	27	87	0	221	39	7	23	28	1.82
39282308--39282502	81	2.4	81	83	0	237	37	8	23	30	1.84
39293131--39293227	30	3.2	30	76	2	106	29	15	25	28	1.96
39309491--39309755	27	9.8	26	80	8	212	37	20	11	30	1.87
39309487--39309756	54	5.0	54	82	2	283	37	20	11	30	1.88
39309491--39309757	81	3.3	81	82	4	308	37	20	11	31	1.88
39310537--39310592	28	2.0	28	89	0	85	23	21	23	32	1.98
39319074--39319113	19	2.1	19	85	0	53	37	12	12	37	1.81
39322047--39322073	10	2.7	10	100	0	54	18	11	29	40	1.85
39327681--39327840	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
39329129--39329176	25	2.0	23	84	8	60	8	16	0	75	1.04
39332186--39332212	10	2.7	10	100	0	54	18	11	29	40	1.85
39342383--39342515	22	6.0	22	84	3	169	30	18	24	25	1.98
39342398--39342527	67	1.9	67	90	3	208	33	18	23	24	1.96
39345336--39345444	56	1.9	56	83	7	141	29	14	22	33	1.94
39346994--39347053	27	2.3	27	94	2	95	31	6	18	43	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39355090--39355303	94	2.3	90	79	7	209	28	19	29	23	1.98
39358325--39358372	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
39358728--39358774	10	4.7	10	87	7	69	80	6	4	8	1.00
39369367--39369423	5	11.0	5	75	20	55	3	17	1	77	1.00
39369367--39369423	16	3.7	14	82	15	60	3	17	1	77	1.00
39369365--39369434	20	3.3	20	73	18	63	4	18	1	75	1.04
39370370--39370414	14	3.3	14	78	6	56	35	0	15	48	1.45
39371638--39371672	11	3.4	11	88	11	56	82	8	8	0	0.83
39371639--39371663	9	2.8	9	100	0	50	84	8	8	0	0.79
39373776--39373804	10	2.9	10	100	0	58	20	10	27	41	1.85
39374366--39374415	18	2.8	18	87	0	73	58	0	28	14	1.37
39374363--39374440	24	3.2	24	79	0	93	58	0	28	12	1.34
39377528--39377572	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
39379893--39379989	30	3.2	30	76	2	106	26	16	28	27	1.97
39386256--39386440	57	3.2	58	70	11	146	22	28	12	36	1.91
39386315--39386383	29	2.4	29	90	4	104	27	24	11	36	1.90
39386373--39386440	29	2.4	29	80	2	84	16	29	13	41	1.86
39391930--39391981	19	3.1	19	65	35	55	63	7	0	28	1.22
39395851--39396006	42	3.7	42	84	3	197	30	17	23	27	1.97
39400787--39400811	13	1.9	13	100	0	50	20	40	32	8	1.81
39402947--39403123	40	4.5	40	85	4	218	25	22	27	24	2.00
39402947--39403123	79	2.2	79	84	5	216	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39410985--39411240	40	6.6	40	89	7	379	23	21	27	26	1.99
39410984--39411240	117	2.2	114	88	8	378	24	21	27	26	1.99
39418985--39419264	79	3.6	79	90	3	415	23	22	27	26	1.99
39418981--39419278	118	2.5	119	89	4	444	25	21	27	25	2.00
39418985--39419278	39	7.5	40	89	4	422	24	22	27	25	2.00
39421415--39421460	22	2.2	20	84	7	56	47	0	8	43	1.34
39426830--39426889	28	2.1	29	81	9	70	43	3	23	30	1.70
39427395--39427457	31	2.0	31	96	0	117	22	17	30	30	1.96
39429088--39429338	125	2.0	125	100	0	502	35	19	13	30	1.91
39429648--39429927	40	7.1	40	78	2	242	35	18	25	20	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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