genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  239  of  318  ( 38146 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75094819--75094985	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
75095811--75095856	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
75100604--75100811	46	4.5	46	76	11	190	27	16	30	25	1.97
75115064--75115131	31	2.2	31	94	0	118	44	8	8	38	1.67
75115883--75115954	8	9.0	8	76	8	67	58	0	2	38	1.13
75115873--75115954	16	5.3	15	80	10	60	57	0	3	39	1.16
75116322--75116372	21	2.4	22	83	6	68	27	29	29	13	1.94
75120825--75120868	15	2.9	15	90	6	63	70	2	25	2	1.10
75121122--75121162	20	2.0	20	90	0	64	34	19	29	17	1.94
75125598--75125705	40	2.7	41	80	8	123	24	27	25	23	2.00
75133605--75133708	40	2.6	40	80	8	122	25	27	23	24	2.00
75140244--75140326	25	3.4	24	83	8	96	25	21	22	30	1.99
75140257--75140326	25	2.8	25	91	0	104	27	21	24	27	1.99
75140372--75140411	10	3.9	10	80	6	53	30	22	20	27	1.98
75142882--75143016	43	3.1	42	89	4	207	29	31	25	13	1.94
75143004--75143187	38	4.8	38	95	0	332	29	24	23	22	1.99
75148313--75148577	40	6.6	40	87	7	326	26	26	22	24	2.00
75148313--75148577	124	2.2	119	86	8	365	26	26	22	24	2.00
75154846--75155008	39	4.2	39	92	0	254	22	20	32	24	1.98
75159871--75160091	39	5.5	39	84	8	277	25	26	23	24	2.00
75159871--75160091	81	2.8	78	84	7	284	25	26	23	24	2.00
75167684--75167725	16	2.7	15	79	20	50	42	2	2	52	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75169252--75169337	15	5.7	15	74	17	72	30	4	1	63	1.21
75169261--75169330	19	3.8	19	68	24	51	27	5	0	67	1.13
75169542--75169573	17	1.9	17	93	6	57	34	0	0	65	0.93
75169554--75169593	21	2.0	21	90	5	64	32	2	2	62	1.22
75171094--75171137	8	5.5	8	86	0	52	34	0	0	65	0.93
75171086--75171155	24	2.9	24	80	2	77	37	1	0	61	1.05
75179711--75179784	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
75179768--75179843	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
75179711--75179843	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
75187587--75187660	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
75187644--75187719	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
75187587--75187719	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
75193852--75194008	24	6.6	24	93	2	273	22	15	25	36	1.94
75193852--75194030	48	3.8	48	91	4	283	24	16	24	35	1.95
75193852--75194030	94	1.9	95	90	4	290	24	16	24	35	1.95
75193852--75194030	24	7.5	24	89	3	229	24	16	24	35	1.95
75201465--75201528	24	2.7	23	95	4	119	21	17	25	35	1.95
75201467--75201550	24	3.6	23	88	3	78	25	17	23	33	1.97
75203223--75203406	40	4.7	40	82	6	126	22	32	21	23	1.98
75203253--75203406	40	3.9	39	85	8	213	23	32	20	23	1.97
75203261--75203405	79	1.8	78	89	7	231	22	31	20	24	1.98
75211240--75211421	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75211270--75211422	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
75213140--75213269	40	3.2	40	93	0	224	22	20	30	26	1.98
75213140--75213289	80	1.9	79	91	1	246	22	20	29	28	1.98
75214792--75214930	43	3.2	44	75	16	130	30	22	20	25	1.98
75225523--75225728	40	5.2	39	85	5	263	23	20	28	27	1.99
75225519--75225728	78	2.7	79	86	3	298	23	20	27	27	1.99
75233486--75233682	40	4.9	40	84	0	243	24	20	27	27	1.99
75233486--75233682	80	2.5	80	88	0	297	24	20	27	27	1.99
75235624--75235693	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
75235624--75235705	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
75241357--75241460	29	3.6	29	76	5	86	24	17	33	25	1.96
75245711--75245780	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
75245711--75245792	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
75255172--75255317	23	6.3	24	81	10	128	22	22	18	36	1.95
75260448--75260534	20	4.4	19	72	10	68	45	14	9	29	1.76
75268854--75268927	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
75268795--75268927	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
75276735--75276808	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
75276676--75276808	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
75282341--75282504	71	2.3	71	98	0	319	18	28	17	35	1.93
75282341--75282538	71	2.8	71	90	5	255	20	28	17	34	1.95
75291238--75291408	39	4.4	39	85	0	189	23	31	21	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75291257--75291409	39	3.9	39	88	0	216	23	32	20	23	1.98
75291226--75291408	78	2.3	79	84	1	233	22	31	21	23	1.98
75293536--75293800	40	6.7	40	90	1	365	27	27	22	22	1.99
75299050--75299148	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
75307057--75307155	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
75309628--75309668	17	2.4	17	91	0	64	14	24	39	21	1.91
75310099--75310173	28	2.8	27	76	10	73	16	20	21	42	1.89
75310311--75310375	27	2.4	28	79	5	80	30	20	20	29	1.97
75313900--75313982	34	2.4	35	87	2	114	26	21	27	24	1.99
75320401--75320509	37	2.9	37	93	0	182	26	32	19	22	1.97
75320672--75321045	47	8.0	47	88	0	532	27	29	11	32	1.91
75334029--75334057	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
75336100--75336184	43	2.0	43	84	9	111	28	25	17	28	1.98
75343027--75343178	39	3.9	39	91	0	232	24	21	30	23	1.99
75350262--75350413	39	3.9	39	91	0	232	23	21	30	23	1.99
75352546--75352590	22	2.0	23	95	4	83	42	22	17	17	1.89
75352784--75352851	28	2.7	23	78	20	82	44	33	4	17	1.69
75352795--75352878	28	3.0	28	91	1	123	45	30	3	20	1.68
75359148--75359295	79	1.8	79	83	8	192	19	20	29	30	1.97
75359148--75359259	40	2.7	41	74	9	111	19	20	27	32	1.97
75359284--75359339	24	2.3	24	93	0	103	26	8	19	44	1.80
75365932--75366047	40	2.9	39	76	8	117	21	20	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75371516--75371544	10	2.9	10	100	0	58	41	6	10	41	1.66
75376337--75376368	8	4.0	8	91	0	55	25	34	37	3	1.72
75376622--75376673	27	2.0	26	88	3	77	19	25	21	34	1.96
75376726--75376785	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
75377702--75377732	2	15.0	2	93	6	53	48	3	0	48	1.17
75381142--75381323	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
75381172--75381324	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
75388585--75388623	16	2.4	16	95	0	69	38	28	25	7	1.83
75392069--75392235	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
75395266--75395302	19	1.9	19	88	0	56	81	2	16	0	0.81
75395565--75395671	40	2.7	40	80	0	115	28	22	25	24	2.00
75395606--75395732	40	3.2	39	83	8	141	22	24	29	23	1.99
75402335--75402371	19	1.9	19	88	0	56	81	2	16	0	0.81
75402634--75402740	40	2.7	40	82	0	124	28	22	25	23	1.99
75402675--75402801	40	3.2	39	83	8	141	22	24	29	23	1.99
75406188--75406228	21	2.0	21	85	0	55	21	17	41	19	1.90
75411899--75411970	28	2.5	29	88	6	103	29	15	27	27	1.96
75417295--75417365	18	3.9	18	80	7	72	39	16	11	32	1.84
75417279--75417377	36	2.8	36	78	7	103	41	15	12	31	1.83
75417286--75417377	18	5.1	19	75	15	70	40	15	13	31	1.85
75419877--75419915	18	2.1	18	86	13	53	25	0	17	56	1.41
75423127--75423458	47	7.1	47	91	0	495	34	11	28	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75423248--75423368	22	5.2	22	63	27	63	32	13	29	24	1.93
75423432--75423568	46	3.0	46	91	0	220	34	8	31	25	1.86
75437541--75437580	18	2.2	19	86	13	57	37	0	20	42	1.52
75441439--75441605	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
75450938--75450974	18	2.1	18	89	0	56	24	5	24	45	1.74
75452849--75452909	10	5.9	10	78	5	68	36	11	19	32	1.88
75452849--75452909	21	3.0	21	87	2	79	36	11	19	32	1.88
75453494--75453539	22	2.0	23	83	4	58	32	13	2	52	1.52
75470988--75471089	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
75474032--75474072	18	2.2	20	86	8	59	41	19	9	29	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318