genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83985288--83985418	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
83993303--83993490	29	6.5	29	79	4	148	26	15	32	24	1.96
83999307--83999432	19	6.9	18	88	5	175	36	15	11	37	1.83
83999307--83999424	35	3.3	35	95	3	200	36	14	11	37	1.83
83999307--83999429	17	6.8	18	87	10	96	36	14	11	37	1.82
84000378--84000415	18	2.2	18	85	4	51	50	2	0	47	1.15
84000385--84000422	18	2.2	18	85	4	51	47	2	0	50	1.15
84004625--84004743	41	2.9	41	81	2	132	31	31	18	17	1.94
84004728--84004764	16	2.3	16	95	0	65	24	24	29	21	1.99
84004686--84004800	57	2.0	57	84	0	149	29	28	21	20	1.98
84004745--84004891	41	3.6	41	92	0	231	30	27	21	19	1.98
84004647--84004849	98	2.1	98	84	5	268	31	28	21	19	1.97
84004625--84004882	139	1.9	139	86	3	376	31	29	20	18	1.97
84013171--84013209	20	2.0	19	85	5	51	61	2	0	35	1.10
84013918--84013969	26	2.0	26	85	7	70	36	15	0	48	1.45
84016072--84016374	24	12.5	23	65	10	113	30	38	7	23	1.82
84016093--84016371	48	5.8	48	92	3	425	30	39	7	23	1.82
84016360--84016538	33	5.7	33	75	11	160	29	35	11	24	1.90
84016335--84016699	57	6.4	57	75	13	295	27	36	11	24	1.90
84016541--84016603	24	2.6	24	77	5	65	19	44	14	22	1.86
84016287--84016725	228	1.9	228	81	2	533	27	37	11	23	1.89
84016769--84016804	18	2.0	18	89	10	56	22	47	5	25	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84016812--84016934	60	2.0	60	93	3	212	18	48	5	26	1.70
84016873--84016913	18	2.3	18	86	0	55	12	48	7	31	1.68
84016831--84016956	60	2.1	60	83	5	157	20	44	8	26	1.80
84018108--84018191	40	2.1	40	97	0	159	20	9	4	65	1.40
84018086--84018186	40	2.8	33	73	21	87	21	7	3	66	1.35
84023987--84024018	13	2.5	13	100	0	64	65	0	0	34	0.93
84027262--84027293	15	2.1	15	94	0	55	50	34	3	12	1.56
84032209--84032338	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
84042503--84042581	38	2.1	39	97	2	151	22	12	5	59	1.53
84045253--84045297	22	2.0	23	82	4	56	55	0	6	37	1.26
84049445--84049496	26	2.0	26	96	3	97	30	11	3	53	1.54
84050430--84050462	11	3.0	11	95	0	57	0	24	9	66	1.20
84051122--84051157	17	2.1	18	90	10	58	52	2	0	44	1.15
84056277--84056484	40	5.2	40	82	1	184	21	26	24	27	1.99
84056303--84056484	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
84058765--84058809	22	2.0	22	100	0	90	44	8	8	37	1.67
84059982--84060023	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
84061513--84061554	21	2.0	21	85	4	57	23	7	7	61	1.47
84063124--84063461	69	4.8	69	81	7	342	31	24	23	20	1.98
84063124--84063461	143	2.4	136	82	7	376	31	24	23	20	1.98
84065338--84065373	18	2.0	18	89	10	56	61	0	5	33	1.19
84066174--84066240	24	2.8	24	84	6	82	38	5	5	49	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84068886--84068920	16	2.1	17	94	5	63	40	11	0	48	1.39
84072236--84072334	23	4.3	23	87	5	139	50	13	2	34	1.53
84072236--84072334	45	2.2	46	90	1	155	50	13	2	34	1.53
84073382--84073409	14	2.0	14	100	0	56	42	7	14	35	1.73
84075721--84075825	51	2.1	51	80	3	113	37	29	13	20	1.90
84083173--84083339	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
84083173--84083339	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
84084165--84084210	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
84091170--84091336	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
84091186--84091336	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
84092161--84092206	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
84102053--84102181	40	3.3	38	83	3	159	25	27	23	23	2.00
84102068--84102219	40	3.8	40	81	5	164	23	26	23	26	2.00
84102053--84102219	80	2.1	79	83	5	203	23	26	23	25	2.00
84110055--84110221	40	4.2	40	81	2	167	23	26	22	26	2.00
84110071--84110221	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
84112996--84113036	20	2.1	20	95	4	75	24	9	0	65	1.22
84117168--84117225	3	19.3	3	92	0	98	31	1	1	65	1.13
84125063--84125129	21	3.0	22	70	20	66	38	25	14	20	1.91
84125053--84125143	45	2.0	45	89	4	139	37	24	15	23	1.93
84125053--84125121	21	3.0	24	70	20	74	37	23	15	23	1.93
84137587--84137613	13	2.1	13	100	0	54	33	14	14	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84143441--84143668	40	5.7	40	88	3	334	25	26	22	25	2.00
84152775--84152825	24	2.1	24	92	0	84	27	17	7	47	1.75
84154354--84154437	43	2.0	43	100	0	168	36	13	14	35	1.85
84157682--84157709	13	2.2	13	100	0	56	25	14	21	39	1.91
84162869--84162905	17	2.2	17	100	0	74	40	5	18	35	1.74
84167052--84167083	16	2.0	16	100	0	64	31	6	18	43	1.75
84181685--84181713	13	2.2	13	100	0	58	34	13	20	31	1.92
84183297--84183330	17	2.0	17	100	0	68	29	35	11	23	1.90
84183921--84183997	38	2.0	38	100	0	154	37	10	18	33	1.85
84187818--84187880	26	2.4	26	86	0	81	38	31	11	19	1.86
84187880--84187969	43	2.1	44	89	2	137	30	25	18	25	1.98
84191034--84191140	40	2.7	40	86	1	133	25	15	27	31	1.96
84199405--84199474	28	2.5	28	88	4	97	30	25	15	28	1.96
84206846--84206944	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
84210455--84210508	27	2.0	27	96	0	99	25	18	35	20	1.95
84213114--84213280	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
84213114--84213280	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
84214106--84214151	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
84221116--84221229	40	2.9	39	81	3	131	24	29	22	22	1.99
84226171--84226337	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
84226171--84226337	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
84227163--84227208	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84236245--84236273	11	2.6	11	100	0	58	24	0	0	75	0.80
84239823--84239994	86	2.0	86	90	0	272	23	15	19	41	1.89
84242883--84242921	14	2.8	14	88	7	53	46	2	7	43	1.46
84248378--84248428	25	2.0	25	100	0	102	39	19	3	37	1.70
84249742--84249884	43	3.4	41	76	6	126	30	20	15	33	1.93
84252163--84252191	6	4.8	6	100	0	58	0	48	0	51	1.00
84254708--84254954	46	5.4	45	88	6	338	20	22	14	42	1.89
84254708--84254954	88	2.7	92	89	4	360	20	22	14	42	1.89
84257327--84257355	12	2.3	13	94	5	51	24	0	0	75	0.80
84258436--84258489	14	4.1	13	74	11	56	0	16	0	83	0.65
84258436--84258483	22	2.1	23	85	11	64	0	18	0	81	0.70
84258436--84258490	26	2.3	23	82	17	69	0	18	0	81	0.68
84259507--84259955	46	9.8	46	93	2	674	22	23	14	39	1.91
84259728--84259800	25	3.1	25	61	31	61	21	20	19	38	1.94
84259507--84259954	137	3.3	138	91	3	665	22	23	14	39	1.90
84259507--84259954	91	4.9	92	93	2	690	22	23	14	39	1.90
84263336--84263391	21	2.7	21	81	13	62	30	0	3	66	1.09
84263336--84263405	19	3.5	20	75	18	65	34	0	2	62	1.10
84263377--84263403	9	3.0	9	100	0	54	44	0	0	55	0.99
84263369--84263403	18	1.9	18	88	0	52	40	0	5	54	1.24
84264143--84264185	21	2.0	21	82	8	52	32	46	2	18	1.62
84264184--84264282	22	4.6	21	69	14	67	46	28	1	24	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84264376--84264483	7	15.1	7	71	11	76	42	37	0	19	1.58
84264376--84264451	28	2.7	29	83	4	91	44	34	1	19	1.59
84264502--84264536	15	2.4	15	90	4	54	45	34	0	20	1.51
84263973--84264686	303	2.3	303	85	5	929	45	23	1	29	1.63
84264751--84264848	40	2.5	40	81	3	117	30	18	18	32	1.95
84265292--84265335	20	2.2	20	83	0	52	18	2	11	68	1.30
84267655--84267689	17	2.1	17	88	0	52	60	11	0	28	1.32
84267651--84267694	23	2.0	21	83	16	54	61	11	0	27	1.30
84268069--84268100	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
84268059--84268099	9	4.4	9	84	6	55	19	2	2	75	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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