genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18894324--18894549	40	5.7	40	88	4	253	25	26	21	25	2.00
18894291--18894496	80	2.6	80	83	8	251	25	26	20	27	1.99
18894324--18894549	120	1.9	120	81	7	280	25	26	21	25	2.00
18906579--18906831	42	6.0	42	76	10	176	27	15	26	30	1.95
18906628--18906711	44	1.9	44	92	0	141	25	16	29	28	1.97
18909162--18909447	40	7.2	40	92	2	429	25	27	23	24	2.00
18917266--18917551	40	7.2	40	90	2	402	25	26	23	24	2.00
18925005--18925189	79	2.3	80	80	8	216	26	22	26	24	2.00
18925041--18925194	40	3.9	40	79	5	177	25	22	26	25	2.00
18933210--18933295	40	2.2	40	89	2	129	26	23	25	24	2.00
18933229--18933316	40	2.2	40	85	0	122	25	25	27	22	2.00
18936331--18936507	78	2.3	79	79	14	204	26	22	25	24	2.00
18936330--18936518	40	4.8	40	78	7	181	25	22	26	25	2.00
18944435--18944620	80	2.3	81	83	10	224	26	22	25	25	2.00
18944434--18944624	40	4.8	40	79	4	190	26	22	26	25	2.00
18947122--18947152	10	3.1	10	100	0	62	48	0	19	32	1.49
18947455--18947745	43	6.7	43	72	12	184	29	16	24	29	1.96
18947497--18947600	44	2.4	43	82	9	131	24	13	26	35	1.92
18949505--18949606	42	2.4	43	80	4	118	30	18	23	27	1.98
18953907--18953976	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
18953984--18954090	42	2.5	42	95	0	187	22	32	14	29	1.94
18957592--18957667	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18957587--18957883	47	6.3	47	94	0	450	32	9	30	27	1.88
18961936--18961996	29	2.1	29	96	0	113	21	1	27	49	1.59
18964543--18964699	42	3.7	43	79	8	167	26	19	26	28	1.98
18969020--18969083	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
18969274--18969392	46	2.5	47	89	6	170	26	21	22	29	1.99
18969275--18969392	24	5.0	24	89	7	170	26	22	22	28	1.99
18969443--18969502	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
18969443--18969497	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
18969545--18969592	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
18977102--18977194	30	3.1	30	96	1	168	21	22	16	39	1.92
18977407--18977526	23	5.1	23	94	2	186	27	20	22	29	1.99
18977386--18977527	24	6.0	24	91	5	209	26	21	22	28	1.99
18977385--18977527	71	2.0	71	89	5	218	26	21	22	29	1.99
18977386--18977527	47	3.0	47	90	6	207	26	21	22	28	1.99
18977578--18977637	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
18977578--18977632	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
18977680--18977727	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
18980416--18980468	21	2.5	21	100	0	106	47	0	7	45	1.31
18982628--18982839	46	4.5	47	79	7	182	31	20	26	22	1.98
18982857--18982986	49	2.7	49	79	7	138	26	19	29	24	1.98
18982721--18982980	142	1.9	138	82	9	330	27	18	29	24	1.98
19000957--19001098	40	3.6	39	84	5	151	23	26	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19000971--19001149	80	2.2	81	84	4	229	24	26	22	26	2.00
19001001--19001151	40	3.7	40	79	7	155	25	25	21	26	2.00
19008788--19009087	47	6.3	47	89	4	433	32	8	30	28	1.87
19008786--19009087	144	2.1	143	88	4	450	32	8	30	28	1.87
19014177--19014214	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
19016578--19016744	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
19021293--19021423	30	4.5	30	84	9	162	32	14	25	28	1.95
19022819--19022919	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
19038953--19038993	20	2.0	20	95	0	73	31	26	14	26	1.95
19046244--19046281	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
19065187--19065373	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
19065210--19065373	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
19065210--19065407	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
19072755--19072941	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
19072778--19072941	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
19072778--19072975	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
19075277--19075409	43	3.1	43	78	6	137	30	27	14	27	1.95
19080960--19081180	40	5.6	40	91	1	338	27	26	22	24	2.00
19086803--19086839	12	3.0	12	88	4	56	45	16	21	16	1.84
19087448--19087497	20	2.5	20	75	12	57	26	4	34	36	1.75
19091656--19091691	18	1.9	19	94	5	65	13	13	11	61	1.58
19092175--19092209	17	2.1	17	88	0	52	65	0	2	31	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19094996--19095107	27	4.1	27	79	4	136	27	19	11	41	1.86
19094998--19095102	54	1.9	54	88	0	156	27	20	10	40	1.85
19095112--19095307	27	7.3	27	85	0	248	36	19	18	25	1.94
19095506--19095588	27	3.1	26	86	5	94	20	21	20	37	1.95
19097299--19097402	30	3.5	30	90	1	156	30	14	27	26	1.95
19098986--19099059	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
19099177--19099357	6	29.8	6	71	16	124	20	17	13	48	1.80
19099177--19099357	79	2.2	82	89	5	269	20	17	13	48	1.80
19099177--19099378	30	7.1	30	71	17	117	20	17	13	48	1.80
19102489--19102663	29	6.1	28	85	3	199	27	14	25	32	1.95
19107072--19107218	62	2.4	62	96	0	267	29	22	24	23	1.99
19107927--19107972	23	2.0	22	88	12	67	36	4	10	47	1.58
19109871--19109908	16	2.4	16	90	0	58	60	21	10	7	1.54
19110124--19110248	29	4.3	29	91	1	189	25	15	30	28	1.96
19116942--19117076	51	2.7	50	78	6	159	26	21	24	27	1.99
19120086--19120154	14	4.8	14	79	13	77	8	10	17	63	1.49
19120086--19120151	30	2.3	27	85	14	89	9	9	18	63	1.49
19129357--19129385	14	2.1	14	100	0	58	31	6	13	48	1.69
19132378--19132502	29	4.3	29	87	1	180	26	14	28	30	1.95
19138000--19138030	15	2.1	15	94	5	55	41	12	9	35	1.76
19138085--19138154	29	2.4	29	87	0	104	15	20	31	32	1.94
19142645--19142783	74	1.9	74	83	0	179	28	30	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19142645--19142755	37	3.0	37	94	0	186	29	31	17	21	1.96
19142645--19142783	37	3.8	37	89	0	161	28	30	17	24	1.97
19142940--19143076	46	3.0	46	89	0	202	26	31	8	34	1.85
19143050--19143428	47	8.1	47	93	0	551	26	30	11	32	1.91
19149068--19149268	43	4.7	43	82	3	253	24	15	24	34	1.95
19149068--19149267	86	2.3	86	94	0	346	25	15	25	34	1.95
19149068--19149293	86	2.6	86	90	1	274	27	15	23	33	1.94
19149061--19149314	129	2.0	128	81	2	294	27	14	23	33	1.94
19150089--19150132	21	2.1	21	82	0	52	29	4	20	45	1.71
19158008--19158090	31	2.7	31	94	3	143	27	25	16	30	1.97
19158310--19158404	25	3.8	25	90	2	138	27	22	25	25	2.00
19159217--19159278	27	2.3	27	80	0	70	24	19	19	37	1.94
19159308--19159489	54	3.3	53	77	9	170	32	6	20	40	1.79
19159309--19159489	27	6.6	27	79	6	143	32	6	20	40	1.79
19159523--19159720	81	2.4	81	89	0	297	38	6	24	30	1.81
19159523--19159708	27	6.9	27	85	2	230	38	6	23	31	1.80
19161653--19161746	48	2.0	48	89	0	143	30	32	14	21	1.94
19168762--19168910	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
19168803--19168910	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
19176878--19177026	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
19176919--19177026	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
19180264--19180367	28	3.7	27	77	10	95	23	25	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19180290--19180451	28	5.8	29	71	11	124	25	27	16	30	1.96
19180290--19180451	54	2.9	56	86	5	240	25	27	16	30	1.96
19180770--19180837	33	2.1	33	97	0	127	25	30	13	30	1.93
19184583--19184612	5	6.0	5	100	0	60	60	0	40	0	0.97
19184858--19184914	23	2.5	24	80	5	64	17	26	15	40	1.90
19190762--19190815	27	2.0	27	96	0	99	38	16	11	33	1.84
19191323--19191347	5	5.0	5	100	0	50	60	0	40	0	0.97
19195939--19196009	34	2.1	33	86	2	97	30	23	19	25	1.98
19196709--19196751	22	2.0	22	95	0	77	34	9	27	27	1.88
19199700--19199743	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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