genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56281191--56281272	27	3.0	27	85	7	105	18	23	23	35	1.96
56286032--56286108	40	2.0	40	87	5	113	37	18	5	38	1.73
56287020--56287079	30	2.0	29	96	3	111	26	16	0	56	1.40
56298431--56298602	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
56298424--56298599	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
56305919--56306047	46	2.8	46	95	0	222	29	29	21	19	1.98
56305927--56306066	46	3.0	45	88	4	140	28	29	21	20	1.98
56309149--56309218	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
56317189--56317379	30	6.5	30	91	5	291	27	25	13	33	1.93
56324659--56324757	28	3.5	29	93	5	159	27	12	28	32	1.92
56328244--56328360	44	2.7	44	87	2	173	29	24	15	30	1.96
56328423--56328451	15	1.9	15	100	0	58	34	27	24	13	1.93
56330310--56330424	55	2.1	56	83	8	146	35	21	23	19	1.96
56330335--56330424	28	3.2	27	85	4	108	33	23	23	20	1.97
56330335--56330424	27	3.2	27	82	7	110	33	23	23	20	1.97
56330530--56330594	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
56338178--56338266	27	3.2	26	87	7	115	32	23	23	20	1.98
56338372--56338436	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
56338372--56338445	28	2.6	28	85	4	96	31	8	25	35	1.85
56345706--56345878	46	3.7	46	77	11	183	22	20	26	30	1.99
56345703--56345873	93	1.8	93	92	2	290	22	21	27	29	1.99
56346103--56346140	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56349693--56349741	23	2.1	23	85	7	64	8	24	0	67	1.18
56357321--56357364	2	22.0	2	85	0	61	50	2	4	43	1.35
56358005--56358078	29	2.6	29	82	4	87	27	14	31	27	1.95
56364864--56364916	26	2.0	26	100	0	106	35	18	26	18	1.95
56365172--56365217	19	2.3	20	96	3	85	47	17	10	23	1.79
56367637--56367690	25	2.2	24	83	9	65	31	20	31	16	1.95
56372913--56373034	47	2.6	47	94	0	208	36	13	25	24	1.93
56373013--56373220	54	3.9	54	79	8	190	36	16	24	22	1.94
56377296--56377345	19	2.5	20	83	3	66	56	4	12	28	1.54
56379754--56379917	40	4.1	40	86	4	224	23	22	28	26	1.99
56383665--56383722	26	2.2	26	87	0	80	15	22	24	37	1.93
56383715--56383762	23	2.1	23	88	0	69	25	25	16	33	1.96
56383752--56383803	25	2.1	25	85	7	70	17	21	23	38	1.93
56391096--56391135	16	2.5	16	100	0	80	40	25	5	30	1.77
56407736--56407775	16	2.5	16	100	0	80	40	25	5	30	1.77
56428425--56428456	16	2.0	16	93	0	55	37	9	6	46	1.61
56436154--56436304	40	3.8	39	77	10	119	23	26	23	27	2.00
56436154--56436303	80	1.9	80	82	8	189	22	26	23	27	2.00
56439314--56439354	15	2.9	14	89	7	64	58	4	2	34	1.32
56442105--56442238	26	5.2	26	95	0	241	32	7	24	35	1.83
56444598--56444680	37	2.2	37	89	6	123	26	30	20	22	1.98
56444749--56445046	49	6.1	49	96	1	546	30	26	8	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56444751--56445050	145	2.1	145	96	0	548	30	26	8	35	1.86
56460129--56460312	40	4.6	40	81	9	214	25	22	26	26	2.00
56464863--56465010	79	1.9	80	81	4	183	22	31	24	21	1.99
56464903--56465010	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
56470976--56471141	27	6.2	26	86	6	206	34	22	24	17	1.96
56470976--56471141	54	3.1	54	91	1	253	34	22	24	17	1.96
56470976--56471141	81	2.0	81	86	6	230	34	22	24	17	1.96
56472722--56472829	26	4.2	26	92	0	180	37	23	6	33	1.80
56473557--56473614	29	2.0	29	100	0	116	37	34	6	20	1.80
56476075--56476273	39	5.1	39	87	4	260	26	30	20	22	1.98
56476075--56476277	78	2.6	78	88	4	311	26	29	20	23	1.99
56484113--56484296	39	4.7	40	89	3	268	25	29	21	23	1.99
56484097--56484296	79	2.6	78	87	5	287	26	30	21	22	1.99
56487717--56487754	20	1.9	19	94	5	67	36	5	5	52	1.47
56492900--56492954	28	2.0	28	100	0	110	47	25	0	27	1.52
56500056--56500080	8	3.1	8	100	0	50	40	24	0	36	1.55
56503761--56503928	40	4.2	40	81	1	167	23	26	23	26	2.00
56503777--56503928	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
56511807--56511915	39	2.8	38	84	9	123	21	29	25	23	1.99
56511807--56511957	40	3.8	39	78	7	144	21	27	24	26	2.00
56519827--56519975	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
56519868--56519975	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56521555--56521826	135	2.0	135	100	0	544	31	20	15	32	1.94
56528071--56528219	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
56528112--56528219	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
56531098--56531139	21	2.0	21	86	9	59	47	26	9	16	1.77
56536842--56536985	43	3.3	43	80	5	157	30	25	15	27	1.96
56536865--56536988	43	2.9	43	87	2	160	33	26	16	24	1.96
56552666--56552853	40	4.7	40	91	1	279	23	21	29	25	1.99
56552662--56552873	80	2.7	80	88	2	311	23	21	28	26	1.99
56556200--56556325	43	2.9	43	85	4	157	34	27	14	23	1.93
56566377--56566642	47	5.7	46	73	10	200	27	19	29	22	1.98
56583449--56583670	46	4.8	46	79	7	209	27	19	29	23	1.98
56591203--56591231	12	2.3	13	94	5	51	27	27	37	6	1.82
56596165--56596231	34	2.0	34	100	0	134	26	5	32	34	1.81
56596672--56596772	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
56604627--56604727	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
56607845--56607929	28	3.0	28	81	3	98	29	14	27	29	1.95
56610713--56611117	48	8.4	48	78	2	337	27	19	27	25	1.99
56610713--56611128	96	4.3	96	81	3	415	27	19	27	24	1.99
56610762--56611127	143	2.5	144	85	3	475	28	19	27	25	1.99
56625876--56625954	33	2.4	33	91	0	122	27	17	24	30	1.97
56631936--56632533	299	2.0	299	96	0	1090	19	19	21	39	1.92
56642377--56642406	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56642996--56643026	15	2.1	15	100	0	62	51	6	0	41	1.27
56653565--56653821	48	5.3	48	81	3	293	26	19	26	27	1.99
56653565--56653840	96	2.9	96	84	1	327	26	19	26	27	1.99
56656640--56656803	47	3.5	47	83	5	188	33	20	23	23	1.97
56656669--56656770	23	4.4	23	76	2	87	37	19	22	20	1.95
56657829--56657933	27	3.9	27	82	7	106	37	20	21	20	1.95
56658323--56658352	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
56669392--56669423	12	2.7	12	100	0	64	25	50	25	0	1.50
56676971--56677313	39	8.8	39	92	0	535	23	26	27	22	2.00
56679294--56679460	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
56687284--56687467	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
56687324--56687512	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
56695398--56695581	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
56695438--56695626	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
56707430--56715546	611	13.2	611	92	1	12955	35	19	18	26	1.95
56716901--56717077	40	4.4	40	81	4	207	27	27	21	23	1.99
56721673--56721743	35	2.0	35	100	0	142	29	11	14	45	1.79
56724897--56724981	42	2.0	42	93	4	145	25	29	17	27	1.98
56741051--56741089	19	2.1	19	100	0	78	35	5	20	38	1.75
56742528--56742566	17	2.3	17	95	0	69	20	7	12	58	1.58
56760093--56760279	49	3.8	49	84	1	257	30	27	16	26	1.96
56760094--56760287	99	2.0	99	93	0	334	29	27	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56764596--56764679	43	2.0	43	90	0	132	23	22	0	53	1.46
56767282--56767474	44	4.4	44	81	2	217	39	13	11	34	1.81
56771511--56771568	30	1.9	30	85	0	80	31	20	6	41	1.79
56777118--56777151	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
56778434--56778464	15	2.1	15	100	0	62	6	25	19	48	1.72
56787992--56788159	40	4.2	40	78	6	162	26	22	25	25	2.00
56793056--56793104	12	3.9	12	83	5	62	61	0	2	36	1.08
56793064--56793143	2	40.5	2	70	16	51	53	2	5	38	1.36
56793553--56793589	18	2.1	18	89	0	56	62	8	0	29	1.24
56797585--56797662	32	2.4	32	97	0	147	37	16	15	30	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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