genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71193722--71193943	79	2.8	79	81	9	254	25	21	27	25	1.99
71195623--71195724	44	2.3	44	98	0	195	28	16	23	31	1.96
71196564--71196630	22	3.2	22	65	26	63	20	2	22	53	1.59
71198614--71198690	29	2.6	30	81	8	86	38	15	24	20	1.92
71198656--71198780	61	2.0	61	81	6	146	41	13	22	22	1.88
71198684--71198838	30	5.1	30	82	3	186	39	12	22	25	1.90
71198684--71198860	30	5.9	30	80	5	169	36	14	23	25	1.92
71198740--71198882	60	2.4	60	83	2	153	34	13	24	27	1.93
71202337--71202509	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
71202334--71202504	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
71209861--71210035	45	3.8	46	78	13	207	21	21	28	29	1.99
71212425--71212481	25	2.3	25	96	0	105	35	21	22	21	1.96
71212437--71212488	25	2.1	25	92	0	86	36	21	21	21	1.95
71220922--71221088	46	3.6	45	78	12	144	22	28	18	29	1.97
71225466--71225546	6	13.3	6	78	12	85	49	12	18	19	1.79
71225526--71225602	31	2.5	31	80	0	91	50	11	16	20	1.76
71225474--71225580	43	2.5	43	84	0	133	48	10	19	21	1.78
71225474--71225602	37	3.5	37	75	12	129	49	10	18	20	1.77
71225721--71225780	27	2.3	26	88	2	84	36	20	21	21	1.95
71225819--71225870	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
71226107--71226435	27	12.2	27	83	1	417	39	6	23	30	1.81
71226424--71226636	27	7.9	27	81	5	198	31	9	20	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71233875--71233934	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
71242646--71242699	11	5.4	11	70	20	55	37	11	20	31	1.88
71242641--71242699	19	3.0	20	95	5	111	35	10	20	33	1.86
71242750--71242892	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
71242750--71242892	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
71242750--71242893	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
71243084--71243147	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
71247594--71247641	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
71247684--71247742	19	3.0	20	90	5	102	33	11	20	33	1.89
71247793--71247933	23	6.0	24	90	7	200	29	21	22	26	1.99
71247793--71247933	47	3.0	47	89	7	198	29	21	22	26	1.99
71247793--71247934	70	2.0	71	87	6	209	29	21	22	26	1.99
71248125--71248188	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
71249862--71250036	46	3.8	46	76	13	187	29	28	20	22	1.98
71249871--71250040	93	1.8	93	92	0	286	28	28	20	22	1.99
71250460--71250519	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
71252822--71253064	24	10.1	24	97	0	441	37	25	17	20	1.94
71260829--71261071	24	10.1	24	97	0	441	37	25	17	20	1.94
71265901--71266075	46	3.8	46	80	10	212	28	29	21	21	1.98
71265908--71266079	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
71267531--71267638	46	2.4	45	81	12	123	25	27	15	31	1.96
71275885--71275924	20	2.0	20	90	0	62	37	17	10	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71281426--71281477	27	1.9	27	96	0	95	28	15	5	50	1.67
71298193--71298220	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
71298637--71298669	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
71303989--71304036	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
71304084--71304139	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
71304073--71304139	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
71304192--71304284	23	4.0	23	94	5	170	27	20	21	30	1.98
71304192--71304305	24	4.8	24	92	6	173	27	21	22	28	1.99
71304498--71304561	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
71311932--71311979	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
71312027--71312082	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
71312016--71312082	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
71312132--71312248	23	5.1	23	89	4	166	28	19	19	32	1.96
71312130--71312248	45	2.6	46	86	6	170	28	19	19	32	1.96
71312130--71312269	23	6.0	24	87	5	130	27	20	20	31	1.97
71312462--71312524	31	2.1	31	84	3	83	38	14	23	23	1.92
71314023--71314211	50	3.8	50	85	2	238	29	28	17	24	1.98
71314023--71314213	100	1.9	99	91	1	310	29	27	18	24	1.98
71321429--71321604	50	3.5	49	86	4	219	30	27	17	24	1.97
71327339--71327402	32	2.0	32	96	0	119	40	7	6	45	1.58
71334428--71334551	52	2.5	48	82	7	135	26	23	14	35	1.93
71339763--71339948	101	1.8	101	81	4	232	22	25	34	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71341817--71342017	40	5.1	40	89	4	275	25	29	23	21	1.99
71349370--71349970	308	2.0	307	97	2	1145	30	21	9	37	1.86
71350526--71350743	40	5.5	40	89	4	293	25	28	23	22	1.99
71358635--71358931	40	7.4	40	83	7	340	26	27	23	22	2.00
71358669--71358931	80	3.3	81	91	4	410	26	27	23	21	1.99
71363421--71363465	23	1.9	24	90	4	74	26	13	15	44	1.83
71367246--71367300	12	5.0	11	79	14	60	20	7	1	70	1.20
71367246--71367300	22	2.5	22	79	8	58	20	7	1	70	1.20
71367273--71367311	12	3.2	12	85	7	53	15	7	2	74	1.15
71369420--71369483	32	2.0	32	96	0	119	20	6	17	56	1.62
71371865--71372254	73	5.3	73	75	8	344	36	15	22	26	1.93
71372682--71372784	42	2.5	42	87	6	138	32	13	25	29	1.94
71377127--71377295	46	3.7	46	72	15	159	23	21	26	28	1.99
71377120--71377290	93	1.8	93	88	2	263	23	22	26	27	1.99
71384022--71384192	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
71389415--71389599	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
71389414--71389620	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
71389413--71389620	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
71391199--71391265	29	2.3	29	77	10	73	32	11	26	28	1.92
71394236--71394318	28	3.0	28	89	5	116	27	31	14	26	1.95
71394772--71394820	24	2.0	24	92	0	80	36	30	6	26	1.81
71397120--71397274	42	3.7	42	82	6	179	29	14	23	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71405825--71405925	48	2.1	48	88	0	148	26	20	24	27	1.99
71409703--71409815	25	4.6	25	73	2	84	27	15	19	38	1.91
71409749--71409814	24	2.7	25	80	4	80	30	18	13	37	1.89
71411488--71411660	45	3.7	47	78	15	191	21	21	28	28	1.98
71418942--71419114	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
71418939--71419109	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
71420494--71420532	19	2.1	19	95	0	69	30	15	12	41	1.85
71420529--71420576	13	3.5	13	86	10	69	50	6	14	29	1.67
71423859--71423946	41	2.1	42	89	2	133	22	21	35	20	1.96
71434308--71434367	29	2.1	29	100	0	120	31	13	10	45	1.76
71434318--71434370	17	3.4	17	65	24	53	28	18	9	43	1.81
71436145--71436304	43	3.7	42	76	12	123	22	17	27	32	1.96
71439274--71439376	51	2.0	51	98	0	197	33	11	20	34	1.89
71443577--71443747	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	22	1.99
71443572--71443744	46	3.7	46	76	10	190	28	27	21	22	1.99
71447306--71447417	24	4.7	24	84	6	113	25	16	23	34	1.95
71455086--71455197	24	4.7	24	82	6	104	26	16	22	34	1.95
71455089--71455175	24	3.6	24	90	3	122	22	16	24	36	1.94
71461583--71461792	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
71469015--71469110	34	2.9	32	78	10	86	25	20	23	30	1.99
71469751--71469800	25	2.0	25	100	0	100	48	8	8	36	1.62
71474188--71474274	43	2.0	43	97	0	165	32	5	25	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71476817--71476965	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
71476858--71476965	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
71481006--71481167	43	3.8	42	81	8	184	24	17	24	33	1.97
71483999--71484174	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
71483996--71484166	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
71487130--71487209	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
71487121--71487208	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
71489586--71489762	47	3.8	47	81	9	236	20	21	29	28	1.98
71491664--71491809	37	3.9	37	84	3	204	26	28	18	26	1.98
71491669--71491820	74	2.1	74	92	0	250	26	28	17	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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