genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 99090824 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  99090824

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73573353--73573412	27	2.3	26	82	2	66	33	20	25	21	1.97
73573739--73574039	27	11.2	27	85	0	352	41	7	21	29	1.80
73573739--73574039	81	3.7	81	85	4	392	41	7	21	29	1.80
73574036--73574213	27	6.6	27	80	8	132	30	9	20	39	1.84
73574087--73574213	54	2.4	54	83	2	166	31	9	20	38	1.85
73574208--73574278	27	2.6	27	88	0	106	28	23	18	29	1.98
73574971--73575009	15	2.6	15	100	0	78	35	33	15	15	1.89
73577467--73577501	18	1.9	18	88	0	52	42	11	17	28	1.83
73581079--73581137	9	6.6	9	84	7	84	44	22	8	25	1.81
73582145--73582181	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
73582599--73582633	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
73583702--73583753	2	26.5	2	83	11	63	51	1	1	44	1.23
73597815--73597889	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
73597873--73597946	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
73600705--73600871	40	4.2	40	79	3	160	26	22	27	23	1.99
73608711--73608877	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
73612288--73612429	57	2.5	58	86	5	182	30	16	23	30	1.96
73613264--73613307	22	2.0	22	86	0	61	18	15	31	34	1.92
73614622--73614660	18	2.1	19	86	13	55	38	2	10	48	1.51
73615294--73615333	18	2.2	18	95	0	71	42	5	25	27	1.75
73616589--73616948	47	7.6	48	74	10	216	27	19	28	24	1.99
73616767--73616948	96	1.9	96	86	5	258	26	19	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73616767--73616893	49	2.6	50	83	3	159	26	19	29	23	1.98
73623583--73623607	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
73624313--73624437	47	2.7	45	77	11	130	27	17	31	24	1.97
73624551--73624666	48	2.4	47	86	9	148	25	18	27	28	1.98
73635296--73635394	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
73642990--73643088	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
73644401--73644567	45	3.7	45	91	1	264	29	27	19	22	1.98
73645758--73645987	35	6.7	35	82	1	214	33	25	13	26	1.93
73645757--73645987	34	6.7	34	80	4	124	33	25	13	26	1.94
73646087--73646197	44	2.5	44	89	0	168	30	25	13	30	1.94
73646175--73646207	7	4.7	7	96	0	57	24	30	3	42	1.70
73646202--73646295	27	3.5	27	86	0	134	20	29	10	39	1.86
73648806--73648937	27	4.9	26	87	3	165	36	22	23	17	1.95
73650560--73650667	26	4.2	26	90	0	171	37	22	7	33	1.82
73652473--73652634	75	2.2	75	94	0	279	24	32	21	21	1.98
73654039--73654070	16	2.0	16	93	0	55	46	9	6	37	1.61
73656398--73656645	50	4.9	50	81	6	295	30	26	18	24	1.98
73656398--73656645	101	2.5	100	80	8	295	30	26	18	24	1.98
73658195--73658376	48	3.8	48	82	0	229	23	28	21	26	1.99
73658187--73658424	96	2.5	95	90	2	352	26	27	19	26	1.99
73661052--73661121	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
73667622--73667787	40	4.2	40	78	8	162	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73667622--73667771	79	1.9	79	84	5	205	26	22	27	24	2.00
73669801--73669838	18	2.1	18	100	0	76	28	34	10	26	1.90
73670489--73670616	40	3.3	39	80	4	159	24	28	23	23	1.99
73670505--73670653	40	3.8	40	79	6	162	22	27	23	26	1.99
73678470--73678637	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
73678486--73678635	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
73681483--73681643	87	1.8	88	86	6	238	39	19	8	33	1.81
73682605--73682706	48	2.2	47	77	8	111	30	5	3	59	1.39
73682700--73682764	26	2.4	27	82	10	80	38	0	1	60	1.07
73685461--73685502	6	7.2	6	86	2	59	30	16	0	52	1.44
73685536--73685566	14	2.2	14	100	0	62	35	6	38	19	1.77
73689882--73689958	15	5.3	15	76	18	74	10	14	14	61	1.58
73689871--73689949	30	2.6	31	81	13	94	12	13	15	58	1.64
73693481--73693568	38	2.3	38	98	0	167	39	5	19	35	1.75
73704438--73704570	29	4.6	30	81	3	123	26	32	15	25	1.96
73709333--73709357	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
73709627--73709695	31	2.3	30	85	12	88	28	18	4	47	1.68
73711107--73711222	43	2.7	42	80	2	142	29	16	26	27	1.97
73715288--73715337	25	2.0	25	96	0	91	34	20	16	30	1.94
73717654--73717770	43	2.8	42	82	7	164	29	17	25	28	1.97
73719539--73719566	11	2.5	11	100	0	56	17	0	21	60	1.36
73721007--73721174	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73726630--73727037	49	8.1	49	79	12	425	33	11	26	28	1.91
73726628--73727037	98	4.1	98	87	8	615	33	11	26	29	1.91
73726820--73726847	13	2.2	13	100	0	56	39	7	14	39	1.73
73726772--73726945	62	3.0	61	84	12	237	34	12	24	28	1.91
73726630--73727037	208	2.0	209	94	0	719	33	11	26	28	1.91
73727108--73727194	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
73729021--73729151	40	3.2	40	91	1	190	25	19	28	26	1.99
73729875--73730055	40	4.5	40	79	9	163	27	23	24	24	2.00
73732881--73733135	49	5.2	49	96	0	447	33	11	26	28	1.91
73732881--73733216	98	3.3	98	89	5	483	33	12	26	27	1.92
73733121--73733148	13	2.2	13	100	0	56	39	7	14	39	1.73
73733072--73733197	62	2.0	62	96	0	234	34	12	23	29	1.92
73734617--73734747	29	4.5	29	97	0	244	24	24	14	36	1.93
73736415--73736641	49	4.6	49	96	0	391	33	10	26	29	1.90
73736710--73736796	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
73745000--73745029	15	2.0	15	100	0	60	26	6	26	40	1.81
73750473--73750684	46	4.6	45	78	8	196	25	29	17	26	1.98
73753754--73753787	17	2.0	17	100	0	68	29	11	17	41	1.85
73754629--73754746	42	2.8	41	78	10	130	30	16	23	28	1.97
73759897--73760059	40	4.1	39	82	3	166	25	28	20	24	1.99
73759897--73760059	79	2.0	80	83	1	202	25	28	20	24	1.99
73766776--73767400	314	2.0	314	93	1	1083	31	14	22	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73767345--73767483	42	3.2	43	75	10	115	26	14	25	33	1.94
73769487--73769583	39	2.5	39	81	5	108	25	29	24	19	1.98
73769554--73769716	39	4.2	39	92	0	263	26	30	22	20	1.98
73769516--73769714	78	2.6	79	84	7	230	25	30	23	20	1.98
73774251--73774439	50	3.8	49	85	2	234	28	25	19	25	1.99
73774264--73774447	101	1.8	99	87	2	269	28	26	19	25	1.99
73782591--73782624	17	2.0	17	94	0	59	26	20	11	41	1.87
73788299--73788343	20	2.2	20	88	0	63	40	11	4	44	1.60
73792110--73792234	51	2.5	51	81	7	130	28	31	15	25	1.95
73792259--73792390	52	2.6	51	79	9	135	34	27	12	25	1.92
73797986--73798208	39	5.7	40	85	5	242	25	28	21	24	1.99
73797986--73798155	79	2.2	78	87	5	236	25	28	21	24	1.99
73807108--73807158	21	2.3	23	83	12	63	19	7	3	68	1.30
73808460--73808594	70	1.9	70	90	0	216	31	11	19	37	1.88
73809370--73809524	43	3.6	43	86	0	229	24	20	30	23	1.98
73818423--73818538	49	2.4	47	86	4	151	29	17	29	24	1.97
73823470--73823533	20	3.3	20	86	4	87	15	34	31	18	1.93
73826262--73826433	93	1.8	93	93	0	299	27	29	22	21	1.99
73826255--73826430	46	3.8	46	77	12	198	28	28	21	21	1.98
73828168--73828344	48	3.7	48	91	0	282	26	28	19	25	1.99
73833838--73833940	29	3.6	29	90	2	127	27	32	14	26	1.95
73837336--73837406	35	2.0	35	86	0	97	42	21	7	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73840364--73840450	6	14.2	6	71	13	61	47	12	19	20	1.82
73840364--73840450	31	2.8	31	80	1	104	47	12	19	20	1.82
73840603--73840632	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
73840898--73841120	27	8.3	27	85	2	268	25	20	18	35	1.95
73840898--73841113	81	2.7	81	87	2	310	25	20	18	35	1.95
73841102--73841398	27	11.0	27	73	9	131	32	8	20	38	1.82
73841214--73841397	54	3.4	54	85	4	219	32	7	20	40	1.80
73841214--73841418	81	2.5	81	83	0	257	31	7	20	40	1.79
73841240--73841397	54	2.9	54	88	1	228	31	6	21	40	1.80
73841244--73841430	54	3.4	54	83	5	182	32	6	20	40	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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